1999年のJリーグカップは4月7日に開幕し、11月3日迄の日程で行われた大会である。
優勝は柏レイソル（初優勝）。
大会名称 ヤマザキナビスコを冠スポンサーとしてJリーグヤマザキナビスコカップの名称で開催された。
レギュレーション 1999年のJリーグカップのレギュレーションは以下の通りである。 参加クラブはJリーグJ1・J2の全26クラブ。 全てノックアウト戦。 1回戦から準決勝まではホーム&アウェーで試合を行い、2試合の合計点数で勝敗を決める。 第1戦は90分で終了。第2戦の90分終了時に勝敗が決まらない場合、Vゴール方式の延長戦→PK方式で勝者を決める。 決勝戦は90分の1試合を行う。90分で勝敗が決まらない場合、Vゴール方式の延長戦→PK方式で勝者を決める。
試合結果 下表の「チーム #1」が第1戦のホームチーム。 1回戦 第1戦が4月7日に、第2戦が4月14日に行われた。 詳細は、公式記録 を参照。
2回戦 第1戦が6月12日に、第2戦が6月19日に行われた。 詳細は、公式記録 を参照。
準々決勝
準々決勝第1戦
準々決勝第2戦
2戦合計2-0により、柏が準決勝進出
2戦合計3-2により、名古屋が準決勝進出
2戦合計3-2により、FC東京が準決勝進出
2戦合計2-2となったため、延長戦を実施し、Vゴールにより鹿島が準決勝進出
準決勝
準決勝第1戦
準決勝第2戦
2戦合計3-3となったため、延長戦を実施し、Vゴールにより柏が決勝進出
2戦合計3-1により、鹿島が決勝進出
決勝 決勝は、初のタイトル獲得を目指す柏レイソルと、2度目のタイトル獲得を目指す鹿島アントラーズとの対戦となった。柏は累積警告で洪明甫を欠いた。試合は序盤柏が先制するも、後半たてつづけに2ゴールを挙げた鹿島が逆転。このまま決するかと思われたが、試合終了間際のDF渡辺毅のゴールで柏が追いつき、試合は延長戦へ。延長でも決着がつかずに、大会2度目のPK戦にもつれ込む。1人ずつが失敗してサドンデスに突入した6人目、この年頭角を現した鹿島のキッカーMF小笠原満男のシュートを柏のGK吉田宗弘がセーブ。柏はDF萩村滋則が決めて、柏に初の3大タイトル獲得をもたらした。
柏レイソル GK 22 吉田宗弘 DF 4 渡辺毅 DF 2 萩村滋則 DF 3 薩川了洋 MF 12 酒井直樹 MF 5 下平隆宏 MF 8 バデア MF 24 平山智規 MF 10 大野敏隆 FW 9 北嶋秀朗 FW 11 加藤望 控えメンバー： GK 16 佐藤大 DF 19 入江徹 MF 15 砂川誠 MF 13 渡辺光輝 FW 26 長谷川太郎 監督： 西野朗鹿島アントラーズ GK 21 高桑大二朗 DF 2 名良橋晃 DF 15 室井市衛 DF 20 リカルド DF 7 相馬直樹 MF 6 本田泰人 MF 18 熊谷浩二 MF 16 阿部敏之 MF 10 ビスマルク FW 13 柳沢敦 FW 11 長谷川祥之 控えメンバー： GK 1 古川昌明 DF 4 奥野僚右 MF 14 増田忠俊 MF 27 小笠原満男 FW 9 鈴木隆行 監督： ジーコ テレビ中継 TBS系列 WOWOW
表彰 大会MVP 渡辺毅（柏レイソル） ニューヒーロー賞 佐藤由紀彦（FC東京）
関連項目 1999年のスポーツ 1999年のJリーグ 1999年のJ1リーグ 1999年のJ2リーグ 第79回天皇杯全日本サッカー選手権大会