ウイルスの分類（ウイルスのぶんるい）は、生物の分類と同様に常に議論が続けられていくものである。これまでに宿主や症状、伝染方法、ウイルス粒子の形状などを基準に分類されてきたが、今日ではウイルスに含まれる核酸の型と、その発現形式に重点を置く分類が広く用いられるようになっている。これはウイルスによる逆転写を発見した功績でノーベル生理学・医学賞を受賞したデビッド・ボルティモアによって提案され、現在では国際ウイルス分類委員会の定める分類体系の基本骨格となっている。
ボルティモア分類
通常の細胞性の生物は2本鎖DNAに遺伝情報を保存しているが、2本のうちの1本は冗長である。ウイルスの場合にはゲノムは1本鎖であったり2本鎖であったりする。またDNAではなくRNAを用いている場合もある。1本鎖RNAを用いる場合には、さらに+鎖（mRNAと同様に遺伝子が5'→3'方向に読み取られる）を用いる場合と、-鎖（遺伝子が相補鎖を使って3'→5'方向に読み取られる）を用いる場合がある。ボルティモア分類とは、こうしたゲノムの種類と発現様式によってウイルスを以下の7群に分類するものである。
2本鎖DNAウイルス (dsDNA) 1本鎖DNAウイルス (ssDNA) 2本鎖RNAウイルス (dsRNA) 1本鎖+鎖RNAウイルス ((+)ssRNA) 1本鎖-鎖RNAウイルス ((−)ssRNA) 1本鎖RNA逆転写ウイルス (ssRNA-RT) 2本鎖DNA逆転写ウイルス (dsDNA-RT)
分類階級 国際ウイルス分類委員会 (ICTV) による分類体系では、まずボルティモアによる7群に分けた上で、その中を通常の生物のものと似た分類階級を用いて階層的に分類している。またウイロイドなどについても同様の階層分類を行っている。
ウイルスの分類階級は以下で、それぞれの学名は括弧内に示す統一語尾を与えられる。生物種の学名とは異なり、。
このうちICTVが取り仕切るのは、2003年時点では、「科」から「種」までである国立感染症研究所ウイルス第二部、武田直和、白土東子、岡智一郎、片山和彦、宇田川悦子、名取克郎、宮村達男「カリシウイルスの命名変更について」病原微生物検出情報（IASR）Vol.24(12)No.286, p 311-312.2003年。「株名」は発見機関、発見者が独自に決めてよい。
「科名」「属名」「種名」は正式名称として確立したときに「大文字で始まるイタリック体」で記述する。
。国際ウイルス分類委員会の報告書第8版（2005年）では73科約2000種のうち、10科が3目に所属しているだけで、それ以外のほとんどの科は目に所属していなかった。
その後、目から上位の域（レルム）まで使用されるようになり「国際ウイルス分類委員会の新しい分類体系（「ICTV New Taxonomy Release（2019）」）で提唱された目より上位の分類（2020年3月承認）」神谷茂 監修、錫谷達夫・松本哲哉 編『標準微生物学 第14版』付録、医学書院、2021年、表 27-4、2022年4月19日閲覧。、2019年のICTV発表では4域 (realm)、9界 (kingdom)、16門 (phylum)、8亜門 (subphylum)、36綱 (class)、55目 (order)、8亜目 (suborder)、168科 (family)、103亜科(subfamily)、1421属 (genus)、68亜属 (subgenus)、6590種 (species)であるVirus Taxonomy: 2019 ReleaseICTV。
種名 当初、ウイルスの種名は生物と異なり二名法に則っておらずウイルス（系統）名と同様であることが多かったが、2024年よりすべてのウイルスの種名が属名（同属の種で共通となる学名）と種小名（ラテン語、英数字、自由形式のいずれか）の組み合わせに統一された。例えばA型インフルエンザウイルスの学名は「Influenza A virus」から「Alphainfluenzavirus influenzae」に変更されている鈴木信弘・岩谷靖雅・松野啓太・西村秀一・渡辺登喜子・山田雅夫「ウイルス命名作業部会報告2024：背景，活動内容，役割」『ウイルス』第74巻 2号、日本ウイルス学会、2024年、141-148頁。https://doi.org/10.2222/jsv.74.141。
国際ウイルス分類委員会の分類体系 国際ウイルス分類委員会の報告書第8版（2005年）の体系を示す。第1群と第2群と第7群はDNAウイルスとして考えられており、その他はすべてRNAウイルスである。また、第1群に分類されている階層不明の巨大核質DNAウイルス (Nucleocytoplasmic large DNA viruses) は、真の生物であり、それも新たなドメインを構成するものである可能性も示唆されているGlimpses of the Fourth Domain? Discover。
第1群 (Group I) - 2本鎖DNA カウドウイルス目
オートグラフィウイルス亜科 (Autographivirinae)
パントエアファージライムライト (Pantoea phage Limelight) パントエアファージライムゼロ (Pantoea phage Limezero) シュードモナスファージLKA1 (Pseudomonas phage LKA1) シュードモナスファージphiKMV (Pseudomonas phage phiKMV) Sp6様ウイルス属 (Sp6likevirus) 腸内細菌ファージK5 (Enterobacteria phage K5) 腸内細菌ファージK1-5 (Enterobacteria phage K1-5) 腸内細菌ファージK1E (Enterobacteria phage K1E) 腸内細菌ファージSP6 (Enterobacteria phage SP6) エルビニア・アミロ ボーラファージEra103 (Erwinia amylovora phage Era103) T7様ウイルス属 (T7likevirus) 腸内細菌ファージT7 (Enterobacteria phage T7) クライベラファージKvp1 (Kluyvera phage Kvp1) シュードモナスファージgh-1 (Pseudomonad phage gh-1) 属未割当(Unassigned) プロクロロコッカスファージP-SSP7 (Prochlorococcus phage P-SSP7) シネココッカスファージP60 (Synechococcus phage P60) シネココッカスファージsyn5 (Synechococcus phage syn5) ピコウイルス亜科 (Picovirinae) Ahjd様ウイルス属 (Ahjdlikevirus) ストレプトコッカスファージ44AHJD (Staphylococcus phage 44AHJD) ストレプトコッカスファージC1 (Streptococcus phage C1) Phi29様ウイルス属 (Phi29likevirus) バシラスファージB103 (Bacillus phage B103) バシラスファージGA-1 (Bacillus phage GA-1) バシラスファージphi29 (Bacillus phage phi29) クルチアファージ6 (Kurthia phage 6) 属未割当(Unassigned) アクチノマイセスファージAv-1 (Actinomyces phage Av-1) マイコプラズマファージP1 (Mycoplasma phage P1) ストレプトコッカスファージCp-1 (Streptococcus phage Cp-1) 亜科未割当(Unassigned) Bppuna様ウイルス属 (Bppunalikevirus) ボルデテラファージBPP-1 (Bordetella phage BPP-1) バークホルデリアファージBcepC6B (Burkholderia phage BcepC6B) Epsilon15様ウイルス属 (Epsilon15likevirus) エシェリヒアファージPhiV10 (Escherichia phage PhiV10) サルモネラファージepsilon15 (Salmonella phage epsilon15) Luz24様ウイルス属 (Luz24likevirus) シュードモナスファージLUZ24 (Pseudomonas phage LUZ24) シュードモナスファージPaP3 (Pseudomonas phage PaP3) N4様ウイルス属 (N4likevirus) エシェリヒアファージN4 (Escherichia phage N4) P22様ウイルス属 (P22likevirus) 腸内細菌ファージP22 (Enterobacteria phage P22) サルモネラファージHK620 (Salmonella phage HK620) サルモネラファージST64T (Salmonella phage ST64T) シゲラファージSf6 (Shigella phage Sf6) Phieco32様ウイルス属 (Phieco32likevirus) 腸内細菌ファージPhieco32 (Enterobacteria phage Phieco32) 属未割当(Unassigned) 細胞内共生ファージAPSE-1 (Endosymbiont phage APSE-1) ラクトコッカスファージKSY1 (Lactococcus phage KSY1) フォルミディウムファージPf-WMP3 (Phormidium phage Pf-WMP3) フォルミディウムファージPf-WMP4 (Phormidium phage Pf-WMP4) シュードモナスファージ119X (Pseudomonas phage 119X) シュードモナスファージF116 (Pseudomonas phage F116) ロゼオバクターファージSIO1 (Roseobacter phage SIO1) ビブリオファージVpV262 (Vibrio phage VpV262) サイフォウイルス科 C2様ウイルス属 (C2likevirus) ラクトコッカスファージbIL67 (Lactococcus phage bIL67) ラクトコッカスファージc2 (Lactococcus phage c2) L5様ウイルス属 (L5likevirus) マイコバクテリウムファージD29 (Mycobacterium phage D29) マイコバクテリウムファージL5 (Mycobacterium phage L5) ラムダ様ウイルス属 (Lambdalikevirus) 腸内細菌ファージHK022 (Enterobacteria phage HK022) 腸内細菌ファージHK97 (Enterobacteria phage HK97) 腸内細菌ファージlambda (Enterobacteria phage lambda) N15様ウイルス属 (N15likevirus) 腸内細菌ファージN15 (Enterobacteria phage N15) Phic3una様ウイルス属 (Phic3unalikevirus) ストレプトマイセスファージphiC31 (Streptomyces phage phiC31) Psimuna様ウイルス属 (Psimunalikevirus) メタノバクテリウムファージpsiM1 (Methanobacterium phage psiM1) Spbeta様ウイルス属 (Spbetalikevirus) バシラスファージSPbeta (Bacillus phage SPbeta) T5様ウイルス属 (T5likevirus) 腸内細菌ファージT5 (Enterobacteria phage T5) エシェリヒアファージAkfv33 (Escherichia phage Akfv33) エシェリヒアファージBf23 (Escherichia phage Bf23) エシェリヒアファージEps7 (Escherichia phage Eps7) エシェリヒアファージH8 (Escherichia phage H8) エシェリヒアファージT5 (Escherichia phage T5) サルモネラファージSpc35 (Salmonella phage Spc35) ビブリオフ149(IV型) (Vibrio phage 149 (type IV)) Tuna様ウイルス属 (Tunalikevirus) クロノバクターEsp2949-1 (Cronobacter phage Esp2949-1) 腸内細菌ファージF20 (Enterobacter phage F20) 腸内細菌ファージT1 (Enterobacteria phage T1) エシェリヒアファージEb49 (Escherichia phage Eb49) エシェリヒアファージJk06 (Escherichia phage Jk06) エシェリヒアファージRogue1 (Escherichia phage Rogue1) エシェリヒアファージRtp (Escherichia phage Rtp) エシェリヒアファージTls (Escherichia phage Tls) シゲラファージShfl1 (Shigella phage Shfl1) Yua様ウイルス属 (Yualikevirus) ファージphiJl001 (Phage phiJl001) シュードモナスファージM6 (Pseudomonas phage M6) シュードモナスファージYua (Pseudomonas phage Yua) ヘルペスウイルス目 (Herpesvirales) アロヘルペスウイルス科 (Alloherpesviridae) 亜科未割当(Unassigned) カエルウイルス属 (Batrachovirus) アカガエルヘルペスウイルス1型 (Ranid herpesvirus 1) アカガエルヘルペスウイルス2型 (Ranid herpesvirus 2) コイウイルス属 (Cyprinivirus) ウナギヘルペスウイルス (Anguillid herpesvirus 1) コイヘルペスウイルス1型 (Cyprinid herpesvirus 1) コイヘルペスウイルス2型 (Cyprinid herpesvirus 2) コイヘルペスウイルス3型 (Cyprinid herpesvirus 3) アメリカナマズウイルス属 (Ictalurivirus) チョウザメヘルペスウイルス2型 (Acipenserid herpesvirus 2) アメリカナマズヘルペスウイルス1型 (Ictalurid herpesvirus 1) アメリカナマズヘルペスウイルス2型 (Ictalurid herpesvirus 2) サケウイルス属 (Salmonivirus) サケヘルペスウイルス1型 (Salmonid herpesvirus 1) サケヘルペスウイルス2型 (Salmonid herpesvirus 2) サケヘルペスウイルス3型 (Salmonid herpesvirus 3) ヘルペスウイルス科 (Herpesviridae) アルファヘルペスウイルス亜科 (Alphaherpesvirinae) イルトウイルス属 (Iltovirus) トリヘルペスウイルス1型 (Gallid herpesvirus 1) オウムヘルペスウイルス1型 (Psittacid herpesvirus 1) マルディウイルス属 (Mardivirus) カモヘルペスウイルス1 (Anatid herpesvirus 1) ハトヘルペスウイルス1型 (Columbid herpesvirus 1) トリヘルペスウイルス2型 (Gallid herpesvirus 2) トリヘルペスウイルス3型 (Gallid herpesvirus 3) シチメンチョウヘルペスウイルス1 (Meleagrid herpesvirus 1) スクータウイルス属 (Scutavirus) ウミガメヘルペスウイルス5型 (Chelonid herpesvirus 5) 単純ウイルス属 (Simplexvirus) クモザルヘルペスウイルス1型 (Ateline herpesvirus 1) ウシヘルペスウイルス2型 (Bovine herpesvirus 2) オナガザルヘルペスウイルス2型 (Cercopithecine herpesvirus 2) 単純ヘルペスウイルス1型(Human herpesvirus 1)（学名：HHV-1）(HSV-1：herpes simplex virus-1) 単純ヘルペスウイルス2型 (Human herpesvirus 2)（学名：HHV-2） (HSV-2：herpes simplex virus-2) ウサギヘルペスウイルス4型 (Leporid herpesvirus 4) Bウイルス (Macacine herpesvirus 1) カンガルーヘルペスウイルス1型 (Macropodid herpesvirus 1) カンガルーヘルペスウイルス2型 (Macropodid herpesvirus 2) ヒヒヘルペスウイルス2型 (Papiine herpesvirus 2) リスザルヘルペスウイルス1型 (Saimiriine herpesvirus 1) 属未割当(Unassigned) ウミガメヘルペスウイルス6型 (Chelonid herpesvirus 6) ワリセロウイルス属 (Varicellovirus) ウシヘルペスウイルス1型 (Bovine herpesvirus 1) ウシヘルペスウイルス5型 (Bovine herpesvirus 5) スイギュウヘルペスウイルス1型 (Bubaline herpesvirus 1) イヌヘルペスウイルス1型 (Canid herpesvirus 1) ヤギヘルペスウイルス1型 (Caprine herpesvirus 1) オナガザルヘルペスウイルス9型 (Cercopithecine herpesvirus 9) シカヘルペスウイルス1型 (Cervid herpesvirus 1) シカヘルペスウイルス2型 (Cervid herpesvirus 2) ウマヘルペスウイルス1型 (Equid herpesvirus 1) ウマヘルペスウイルス3型 (Equid herpesvirus 3) ウマヘルペスウイルス4型 (Equid herpesvirus 4) ウマヘルペスウイルス8型 (Equid herpesvirus 8) ウマヘルペスウイルス9型 (Equid herpesvirus 9) ネコヘルペスウイルス1型 (Felid herpesvirus 1) 水痘・帯状疱疹ウイルス (Human herpesvirus 3) アザラシヘルペスウイルス1型 (Phocid herpesvirus 1) ブタヘルペスウイルス1型 (Suid herpesvirus 1) ベータヘルペスウイルス亜科 (Betaherpesvirinae) サイトメガロウイルス属 (学名：HHV-5)(Cytomegalovirus) ヨザルヘルペスウイルス1型 (Aotine herpesvirus 1) オマキザルヘルペスウイルス1型 (Cebine herpesvirus 1) アフリカミドリザルヘルペスウイルス5型 (Cercopithecine herpesvirus 5) ヒトヘルペスウイルス5型 (Human herpesvirus 5) マカクヘルペスウイルス3型 (Macacine herpesvirus 3) Panine herpesvirus 2 ヒヒヘルペスウイルス3型 (Papiine herpesvirus 3) リスザルヘルペスウイルス4型 (Saimiriine herpesvirus 4) ムロメガロウイルス属 (Muromegalovirus) ネズミヘルペスウイルス1型 (Murid herpesvirus 1) ネズミヘルペスウイルス2型 (Murid herpesvirus 2) ネズミヘルペスウイルス8型 (Murid herpesvirus 8) プロボスシウイルス属 (Proboscivirus) ゾウヘルペスウイルス1型 (Elephantid herpesvirus 1) ロゼオロウイルス属 (Roseolovirus) ヒトヘルペスウイルス7型 (Human herpesvirus 7)（学名：HHV-7）（突発性発疹） ヒトヘルペスウイルス6A型 (Human herpesvirus 6A)（学名：HHV-6A）（突発性発疹） ヒトヘルペスウイルス6B型 (Human herpesvirus 6B)（学名：HHV-6B）（突発性発疹） 属未割当(Unassigned) テンジクネズミヘルペスウイルス2型 (Caviid herpesvirus 2) ブタヘルペスウイルス2型 (Suid herpesvirus 2) ツパイヘルペスウイルス1型 (Tupaiid herpesvirus 1) ガンマヘルペスウイルス亜科 (Gammaherpesvirinae) リンホクリプトウイルス属 (Lymphocryptovirus) マーモセットヘルペスウイルス3型 (Callitrichine herpesvirus 3) オナガザルヘルペスウイルス14型 (Cercopithecine herpesvirus 14) ゴリラヘルペスウイルス1型 (Gorilline herpesvirus 1) エプスタイン・バール・ウイルス (Human herpesvirus 4) (EBV：Epstein-Barr virus) （伝染性単核球症、バーキットリンパ腫） マカクヘルペスウイルス4型 (Macacine herpesvirus 4) Panine herpesvirus 1 ヒヒヘルペスウイルス1型 (Papiine herpesvirus 1) オランウータンヘルペスウイルス2型 (Pongine herpesvirus 2) マカウイルス属 (Macavirus) ハーテビーストヘルペスウイルス1型 (Alcelaphine herpesvirus 1) ハーテビーストヘルペスウイルス2型 (Alcelaphine herpesvirus 2) ウシヘルペスウイルス6型 (Bovine herpesvirus 6) ヤギヘルペスウイルス2型 (Caprine herpesvirus 2) ブルーバックヘルペスウイルス1型 (Hippotragine herpesvirus 1) ヒツジヘルペスウイルス2型 (Ovine herpesvirus 2) ブタヘルペスウイルス3型 (Suid herpesvirus 3) ブタヘルペスウイルス4型 (Suid herpesvirus 4) ブタヘルペスウイルス5型 (Suid herpesvirus 5) ペルカウイルス属 (Percavirus) ウマヘルペスウイルス2型 (Equid herpesvirus 2) ウマヘルペスウイルス5型 (Equid herpesvirus 5) イタチヘルペスウイルス1型 (Mustelid herpesvirus 1) ラディノウイルス属 (Rhadinovirus) クモザルヘルペスウイルス2型 (Ateline herpesvirus 2) クモザルヘルペスウイルス3型 (Ateline 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(Polyomaviridae) ポリオーマウイルス属 (Polyomavirus) JCポリオーマウイルス (Polyomavirus JC) BKポリオーマウイルス (Polyomavirus BK) ヒトポリオーマウイルス (Human polyomavirus ) アフリカミドリザルポリオーマウイルス (African green monkey polyomavirus:AGMPyV) シミアンウイルス12 (Simian virus 12:SV-12) シミアンウイルス40 (Simian virus 40:SV-40) 巨大核質DNAウイルス (Nucleocytoplasmic large DNA viruses) アスファウイルス科 (Asfarviridae) アフリカ豚熱ウイルス (African swine fever virus) アスコウイルス科 (Ascoviridae) アスコウイルス (Ascovirus) イリドウイルス科 (Iridoviridae) ラナウイルス(Ranavirus) カエルウイルス3 (Frog virus 3) 流行性造血器壊死ウイルス (epizootic haematopoietic necrosis virus)