第68回天皇杯全日本サッカー選手権大会（だい68かいてんのうはいぜんにほんサッカーせんしゅけんたいかい）は、1988年（昭和63年）12月24日から1989年（昭和64年）1月1日まで開かれた天皇杯全日本サッカー選手権大会である。
概要 本大会出場は32チーム。
出場チーム 日本サッカーリーグ1部 古河電工（24回目） 三菱重工（24回目） ヤンマーディーゼル（21回目） NKK（17回目） フジタ工業（17回目） 本田技研（15回目） 読売クラブ（14回目） ヤマハ発動機（12回目） 日産自動車（11回目） 住友金属工業（8回目） 松下電器（8回目） 全日空サッカークラブ（3回目）
北海道 札幌大学（14回目）
東北 TDK（3回目）
関東 筑波大学（13回目） 東芝（8回目） 富士通（8回目） 東邦チタニウム（3回目） 駒澤大学（2回目） 青山学院大学（初出場）
北信越 YKK（2回目）
東海 トヨタ自動車（14回目） コスモ石油（5回目） 中央防犯（初出場）
関西 田辺製薬（14回目） 大阪商業大学（12回目） 大阪体育大学（7回目） 同志社大学（5回目）
中国 マツダ（37回目）
四国 帝人（18回目）
九州 新日本製鐵（32回目） 三菱化成黒崎（2回目）
試合 1回戦 ヤマハ発動機 3-0 東邦チタニウム 富士通 1-2 松下電器 コスモ石油 2-1 東芝 青山学院大学 0-8 本田技研 読売クラブ 4-1 TDK 駒澤大学 2-1 YKK ヤンマーディーゼル 8-1 札幌大学 筑波大学 0-2 日産自動車 三菱重工 1-0 マツダ 同志社大学 1（延長）2 住友金属工業 大阪商業大学 3-4 新日本製鐵 三菱化成黒崎 1-5 フジタ工業 古河電工 1-0 中央防犯 田辺製薬 4-1 帝人 全日空サッカークラブ 5-0 大阪体育大学 トヨタ自動車 1-0 NKK
2回戦 ヤマハ発動機 2-0 松下電器 コスモ石油 0-2 本田技研 読売クラブ 3-0 駒澤大学 ヤンマーディーゼル 0-1 日産自動車 三菱重工 1-2 住友金属工業 新日本製鐵 0-7 フジタ工業 古河電工 1(PK2-4)1 田辺製薬 全日空サッカークラブ 3-1 トヨタ自動車
準々決勝 ヤマハ発動機 2-0 本田技研 読売クラブ 1(PK2-3)1 日産自動車 住友金属工業 0-2 フジタ工業 田辺製薬 0-1 全日空サッカークラブ
準決勝 ヤマハ発動機 0-1 日産自動車 フジタ工業 2-1 全日空サッカークラブ
決勝 日産自動車 3(延長)1 フジタ工業
関連項目 1988年-1989年のJSL 第13回JSLカップ