thumb|180px|高杉晋作挙兵像（功山寺境内） 功山寺挙兵（こうざんじきょへい）は、元治元年12月15日（1865年1月12日）に高杉晋作ら正義派の長州藩諸隊が、俗論派（保守派）打倒のために功山寺（下関市長府）で起こしたクーデター。 回天義挙とも。これに端を発する長州藩内の一連の紛争を元治の内乱という。結果は、第一次長州征討以降主導権を握っていた保守派を破って長州を再び討幕へと導くこととなった。
概要 禁門の変・馬関戦争の後、朝廷と江戸幕府は長州藩へ、懲罰として十五万もの征長軍派遣を決定した（長州征討）。長州では藩存亡の危機を前に、攘夷を志向しこれまで藩制を指導してきた長州正義派と、正義派の藩制指導に反発する椋梨藤太に率いられた俗論派らの争いが激化し、武力衝突にまで発展する。最終的に正義派が勝利し俗論派は排撃されたが、正義派・俗論派・征長軍の各勢力内は細かく分派し、それぞれが独自行動をしたため事件は複雑な経緯を辿る。
主な団体と人物 長州正義派
尊皇攘夷を志向して藩政を指導。
京都で八月十八日の政変ならびに禁門の変を引き起こし長州を存亡の危機に陥れる。征長軍が迫る中でも藩政改革（主に軍備軍制改革）を主張し、謝罪はすれども責任者の処罰や領地割譲を断固拒否する武備恭順を説いた。
俗論派が藩政を握ると、高位の正義派藩士の多くが投獄・処刑される。
福原元僴 （長州藩家老） 益田親施 （長州藩家老） 国司親相 （長州藩家老格） 清水親知 （長州藩家老格） 宍戸真澂 （長州藩士） 山田亦介 （長州藩士） 前田孫右衛門 （長州藩士） 竹内正兵衛 （長州藩士） 毛利登人 （長州藩士） 松島剛蔵 （長州藩士） 中村九郎 （長州藩士） 佐久間左兵衛 （長州藩士） 大和弥八郎 （長州藩士） 渡辺内蔵太 （長州藩士） 楢崎弥八郎 （長州藩士） 周布政之助 （長州藩士）
長州正義派諸隊
長州藩の攘夷方針に従い、兵力増強のために長州藩士のみならず、長州藩士以外の武士・庶民を兵員として編成された混成部隊の総称。
主な部隊に奇兵隊、御楯隊、遊撃隊、八幡隊、南園隊、力士隊などがあり、幹部や兵員には長州出身者だけでなく、他藩の脱藩浪士や攘夷志士が多く参加した。
高位の正義派藩士が追い落とされ、長州全体が俗論派に牛耳られる中、藩政府の統制を離れ、最終的に決起して俗論派の萩藩政府を打ち破る。決起時の総員は750人。うち奇兵隊が400人を占めた。諸隊の大半は正義派に属したが、荻野隊や力士隊の一部は俗論派の萩藩政府につき正義派諸隊と戦った。
高杉晋作 （長州藩士 奇兵隊創始者） 井上聞多 （長州藩士 鴻城隊総督） 赤禰武人 （長州藩士 奇兵隊総督） 山県狂介 （長州藩士（中間） 奇兵隊軍監） 石川小五郎 （長州藩士 遊撃隊総督） 伊藤俊輔 （長州藩士 力士隊総督） 太田市之進 （長州藩士 御楯隊総督） 佐世八十郎 （長州藩士 高杉の参謀） 吉富簡一 （周防国矢原村の豪農）
長州俗論派 長州藩内の佐幕派。
長州に征長軍が迫る際、正義派を追い落とし藩政を握る。
幕府への絶対（純一）恭順を説き、正義派高官を捕らえ大量に処刑するなど強権的な勢力であったという。ただし正義派高官の処刑については幕府（征長軍）が促した為とされる資料もある。
椋梨藤太 （長州藩士 政務座） 中川宇右衛門 （長州藩士） 粟屋親忠 （長州藩士） 村岡伊助 （長州藩士） 井上快雪 （徳山藩士） 飯田厚蔵 （徳山藩士）
鎮静会議員・その他長州藩士 長州藩士は正義派・俗論派に別れ相争った一方で、大半の藩士がどちらにも属さず両派の争いを止めようともした。その中でも特に両者の停戦に尽力した一 派は東光寺派、あるいは鎮静会議員と呼ばれた。
正義派に同情的であっても、私情は私情として藩政府の指示に従う藩士も多かった。
桜井三木三 （長州藩士） 広沢真臣 （長州藩士） 杉孫七郎 （長州藩士） 浦元襄 （長州藩士） 根来上総 （長州藩士 馬関総奉行）
長州藩侯 長州藩主。
萩藩の最高権力者であるものの指導力を発揮できず、時々に藩政を牛耳る正義派・俗論派の両方の意見に半ば盲目的に従った。
毛利敬親 （前長州藩藩主 隠居したものの長州藩内ではトップと目されていた） 毛利元徳 （長州藩藩主 敬親子息）
長州支藩 長州には複数の支藩があり、支藩藩主らは概ね尊皇攘夷思考で正義派に同情的であったが、正義派・俗論派の争いは宗藩である長州本藩の内部抗争として積極的な介入を避けた。
しかし俗論派が長州本藩を掌握し正義派諸隊に圧力をかけると、居場所をなくした諸隊は無許可で長府藩に移動し、支藩藩主らに正義派への助力を乞う。
毛利元周 （長府藩藩主） 毛利元純 （清末藩藩主） 三吉周亮 （長府藩次席家老）
長州藩岩国領 長州には支藩の他に、関ヶ原の戦いの経緯により江戸幕府から半ば独立勢力と認められた岩国領があった。
長州藩・毛利氏の家臣であり岩国領領主である吉川経幹は、朝敵認定され、かつ内乱状態に陥り身動きの取れない長州本藩の代わりに、長州藩を代表して幕府と和戦交渉をした。吉川は、征長軍との開戦回避のために正義派幹部の処刑をしきりに求めた為、高杉からは俗論派筆頭・奸臣と憎悪された。しかし、征長軍が困難な休戦条件を持ち出す度、長州本藩の利益と藩主父子の安全を最優先に交渉に臨み、戦争を回避させたのも吉川であった。
吉川経幹 （岩国領領主）
五卿 八月十八日の政変により、長州に亡命し山口に在した七卿落ちの残存メンバー澤宣嘉は生野の変で挙兵するため脱走し、錦小路頼徳は元治元年4月27日に病没している。。
禁門の変の際には上洛しようとしたが、失敗して山口に戻る。攘夷の意志を持ち、諸隊が俗論派に追われて山口を退出する際は長府行に同行した。
五卿の長州退去が戦争回避の条件の一部となり、九州へ移る際も最大限正義派の為に行動した。
三条実美 三条西季知 四条隆謌 東久世通禧 壬生基修
脱藩浪士 禁門の変の際に決起し、敗北後は長州軍に帯同し長州に亡命した諸国の脱藩浪士たち。
亡命後は五卿の家臣になるか、正義派諸隊の一つである遊撃隊に入隊するかに別れた。征長軍が迫る際、他藩にネットワークを持つ脱藩浪士たちは長州を救うべく他藩へ積極的に和平斡旋をした。五卿が長州から退去する際は、五卿を奉じる脱藩浪士は一緒に九州に移り、遊撃隊の脱藩浪士は高杉晋作の決起に協力した。総員は遊撃隊に入隊した者を含め70人程度。
中岡慎太郎 （土佐脱藩浪士 公卿らの世話役） 中村円太 （福岡脱藩浪士） 淵上郁太郎 （久留米脱藩浪士） 所郁太郎 （美濃国の医者 遊撃隊軍監） 高橋熊太郎 （水戸脱藩浪士 遊撃隊参謀）
征長軍総督府 朝廷および幕府より長州征討を命じられ、西国を中心に三十五藩の藩兵により構成された討伐軍。
総督は尾張藩主徳川慶勝で、広島を本営とし長州征討に関する全権を委任されていた。副総督は越前藩主松平茂昭で、小倉を本営とし九州諸藩を統括した。総勢十五万人という大連合軍であるが、幕閣と総督の意思疎通すら出来ておらず、動員された諸藩の士気も低かった。
徳川慶勝 （尾張藩藩主 征長軍総督 広島を本営とする） 成瀬正肥 （尾張藩附家老 総督名代） 長谷川敬 （尾張藩士 巡見使の一人） 永井尚志 （江戸幕府大目付・若年寄 広島征長軍帯同） 戸川安愛 （江戸幕府目付 広島征長軍帯同） 松平茂昭 （越前藩藩主・征長軍副総督 九州諸藩統括 小倉に在する） 若井鍬吉 （尾張藩士 小倉に在した広島本営との連絡役）
福岡藩 征長軍に属す。福岡藩には多くの攘夷志士がおり、その筆頭である加藤司書は福岡藩の執政に任じられ、藩主黒田長溥も尊王攘夷派と目されていた。そのため長州正義派は、福岡藩攘夷派を筑前正義派と呼び身内扱いしていた。
福岡藩の攘夷派も、攘夷を実行した長州を高く評価し、かつ内戦を無益と考え戦争回避と長州藩の赦免に積極的に関与し、また諸隊の状況に同情し長州内の内戦回避にも尽力した。
加藤司書 （福岡藩執政） 月形洗蔵 （福岡藩士） 喜多岡勇平 （福岡藩士） 筑紫衛 （福岡藩士） 建部武彦 （福岡藩士） 早川養敬 （福岡藩医）
薩摩藩 征長軍に属す。
薩摩藩は禁門の変で長州撃退の功績があったため、征長軍で大きな発言力を持っていた。
長州藩は敵となった薩摩を薩賊と呼び激しく憎んでいた。禁門の変では長州と相対した薩摩ではあるが、先年、薩英戦争があり、外国勢力が日本に迫る時に内戦は無益であるとの認識から長州征討回避に動く。西郷隆盛は征長軍総督慶勝の信任を得て戦争回避の交渉を取り仕切った。薩摩藩は藩命として長州内の内戦回避にも尽力した。
西郷隆盛 （薩摩藩士 征長軍における薩摩藩代表） 高崎五六 （薩摩藩士）
経過 元治元年9月 俗論派の攻勢
元治元年9月25日、山口政事堂で藩主敬親臨席の元、君前会議が開かれ正義派の代表格である井上聞多は武備恭順論・藩政改革を説いた。 俗論派の抵抗により会議は紛糾したが、最終的に敬親が武備恭順を長州の国是とする事を言明して終わった。 しかし会議からの帰途、井上は暴徒（俗論派の刺客）に襲われ重傷を負う。
9月26日、禁門の変を阻止出来なかった事に責任を感じていた周布政之助（麻田公輔）が自害する。 聞多襲撃と周布自害は正義派に大打撃を与え、藩の要職を占めていた正義派は次々解任され、代わって登用された俗論派の幹部らが藩政府を掌握していく。
また幕府が長州征討を決定し西国諸藩に動員をかけたとの情報がもたらされる。 俗論派は禁門の変を積極的に指導した正義派三家老、福原元僴、益田親施、国司親相を切腹させ幕府に降伏する事を主張した。これに対し長州正義派の一つである諸隊の幹部は三家老切腹反対の建議書を提出した。
9月30日、攘夷を理由に山口城へ居を移していた藩主親子の萩への帰還が決定する。 諸隊は、俗論派の牙城である萩に帰還せず山口へ残留するよう藩主父子に建議書を提出したが無視された。
福岡藩・薩摩藩の和平斡旋
同日、福岡藩士の喜多岡勇平、薩摩藩士の高崎五六（兵部）が、吉川経幹と開戦回避の話し合いのため岩国新湊に到着する。 吉川は山口出張中であったため、高崎は吉川の書状の入手を依頼した。 また高崎は、薩摩藩と長州藩は禁門の変で戦ったが、薩摩に遺恨はなく薩摩藩が捕虜とした長州人十人について引渡しの用意があることを伝えた。
2藩の関与は、長州に亡命していた久留米藩の脱藩浪士淵上郁太郎が、知己の福岡藩士に長州藩の危急を救うための助力を求めたのが始めとされる。 長州藩に深入りすることを反対する福岡藩上層部を、加藤司書らが内戦回避は幕朝の為でもあると説得し和平斡旋に乗り出した。ただ福岡藩単独では事態打開は困難と考えたのか、喜多岡を京都の薩摩藩邸に派遣し助力を依頼し、当時京都に居た西郷がこの提案を受け入れ、高崎五六を同行させ岩国に向かわせたのがこの訪問である。
元治元年10月 駆逐される正義派
10月3日、敬親は山口を発し萩へ向かう。 政務員や俗論派の実戦部隊である撰鋒隊も帯同する。 山縣ら奇兵隊幹部は、いまだ山口に滞在していた藩主の息子である毛利元徳に拝謁し、建議書を提出して萩行を止めるよう求めたが受け入れられなかった。
10月4日、元徳も山口を発し萩へ向かい、山口に残る藩重役は浦元襄のみとなる。 俗論派は萩に移った藩主を手中にし、萩・山口を掌握してゆく。
10月5日、徳川慶勝は征長軍総督の任を受諾し、大阪にて征長軍の軍議を開くことを諸藩に周知した。
公爵山県有朋伝によると同日、俗論派が藩を壟断する状況に危機感を覚えた奇兵隊軍監・山県狂介は、三田尻に駐屯している奇兵隊を他所へ移動させることを考え、石州国境に至るまでの方々の地形を視察したという。 ただし公爵山縣有朋伝は山縣没後に作られた伝記で、功山寺挙兵の段には他資料と矛盾する点が多くある。
10月7日、山口にて福岡藩・薩摩藩の斡旋を知らされた吉川は、部下に書簡を持たせ広島の高崎の下へ派遣し、征長軍との交渉を依頼する。
10月9日、正義派の毛利登人、大和国之助、前田孫右衛門、渡辺内蔵太らが謹慎となる。
10月11日、奇兵隊と膺懲隊は、藩政府の命令により、幕軍侵入に備えて徳地の要害に退却した。
公爵山縣有朋伝によると同日、山縣らは俗論派の台頭を警戒し、藩政府に無断で奇兵隊・膺懲隊を徳地へ移動させることを検討したとあるのみで、史料に矛盾がある。
10月13日、正義派の山県半蔵、小田村素太郎（後の楫取素彦）、寺内暢蔵が罷免される。
10月17日、高杉晋作が政務役を罷免される。
10月18日、宮市を通過する吉川経幹に面会した山縣は、拝謁して武備恭順の建議書を提出した。さらに山県は、但馬の脱藩浪士からもたらされた京都の情勢を吉川に報告した。
10月20日、徳地に移動した後、奇兵隊総監である赤禰武人は諸隊に七ヶ条の要目を出し、周辺住民の慰撫と諸隊の綱紀粛正に努めた。 さらに諸隊幹部は諸隊の隊員が一人で外出する事を禁じ、隊員に送付される手紙はすべて幹部が検閲した。 徳地への移転についても「剛健質実の気象を振作し、誓て文弱氣死の風習をせん」と述べている。
公爵山縣有朋伝によると、奇兵隊と膺懲隊が三田尻を引き払い徳地に移ったのはこの日であり、俗論派の影響を避けるために藩の命令を得ず兵を動かした独断行動であったとされる。 さらにこの時、俗論派は山口を未だ掌握しきれておらず、山県は山口に残留していた所帯方頭人（米銀出納事務を取扱う役職）に面会し、奇兵隊一年分の給与の前払いを依頼し、その給付を受ける事に成功したとある。 上述の通り矛盾しており、どちらが正しいかは不明である。
同日、幕府は毛利藩主父子の字偏諱と官位の剥奪を通達する。
抗命
10月21日、藩政府は諸隊幹部を山口の政事堂に集合させ諸隊の解散を命令した。 また出席しなかった奇兵隊、八幡隊、眞武隊には解散令を封送した。 山口に集められた諸隊幹部はその場で解散を拒否した。 諸隊幹部は合議を行い、以後、藩政府から距離を置き諸隊全体で同一行動を取ることで一致した。 そして諸隊は山口に在していた五卿を帯同し、正義派家老である益田の知行地・須佐へ移り各地へ檄文を出して藩政の転換を図ることを計画する。
ただこの時出された解散令は比較的穏当で、「身元無者（おそらく脱藩浪士）」についても一箇所に差置、また危急の事態がいつ来るか分からず、全員いつでも復隊できるよう支給はこれまで通り行うとあった。 俗論派の萩藩政府は正義派高官の追い落としには熱心であったが、身分の低い諸隊には当初注意を払わなかった。
10月22日、大坂城にて征長軍総督・慶勝は軍議を開き、11月11日までに動員を終え各攻め口に着陣し、1週間後の18日に開戦することを決定した。 一方、慶勝は岩国の吉川に使者を送り、降伏謝罪すれば開戦を回避できる旨を伝えるよう手配した。 実は慶勝は長州征討に否定的だった。 征長軍総督就任についても何度も拒否したが重ねて依頼されたため、全権を委任する事を条件に就任したという経緯があり、慶勝は戦争回避に意欲があった。 吉川は慶勝の使者にたいして、三家老の首を差し出して恭順の意を示したい旨の書状を復命する使者に持たせた。
10月23日、高杉晋作は俗論派の台頭に身の危険を感じ萩を脱出した。 その際楢崎弥八郎を誘うも楢崎は萩脱出に同意しなかった。残留した楢崎は捉えられ、後に処刑された。
10月24日、大阪にて征長軍総督徳川慶勝に、薩摩藩を代表して拝謁した西郷は、開戦回避の為に長州藩が受諾すべき条件とそれを履行させるプロセスを提案した。 慶勝は西郷の提案を非常に喜び、その場で西郷へ脇差一刀を与えて信認の証とした。これより後、西郷は征長軍の参謀格となった。
10月25日、萩を脱出した高杉は山口へ赴き井上聞多の病床を見舞った。
同日、征長軍総督・徳川慶勝が大阪を出発し広島へ向かう。 また慶勝が大阪を出発する際、江戸幕府は禁門の変の際に捕らた長州人7人を斬首して征長軍の門出を祝した。
10月27日、高杉は山口から三田尻を経て徳地へ赴き山縣と面会し脱藩の意図を伝える。 高杉は九州を巡って遊説し、各地で同志を募り攘夷を継続することを考えていた。山縣は隊に留まるよう説得したが高杉の意思は固く翻意させられなかった。山縣は、九州へ赴く高杉に伊藤伝之助らを同行させることにした。 二人は夜遅くまで将来の方策を語りあったが、逃げる高杉にも残る山縣にも状況は絶望的であった。 高杉は議論の最後に以下の俳句を書き留めている。
ともし火の 影ほそく見る 今宵かな
10月29日、富海より船で馬関に到着した高杉らは白石正一郎邸に向かった。高杉は白石邸にて九州諸藩の浪士たちと会談し、九州で同志を得る計画を練る。
元治元年11月 離脱計画
11月1日、 徳地にて、山縣と会議をしていた松島剛蔵の元へ、俗論派に牛耳られている萩より出頭の急使が来た。 山縣は萩に行けば処刑されると考え、松島に留まるよう説得した。 松島は罪に問われるとしても遠島程度で済むはずだと答え山口に向かった。 萩に赴いた松島は捕らえられ、後に処刑された。
同日夜、山縣の元に山口より諸隊参謀の福田侠平が来訪した。 福田は、俗論派の勢力が日ごとに増大する事を伝え、これに対抗するため諸隊を合じ五卿を奉じて北部の須佐に撤退することを提案し、すでに五卿がこれを了承したことを伝えた。 山縣は驚愕し、交通の便のよくない須佐では再起を図ることができないと反対した。 代わりに山縣は、山口へ進出した後、五卿を帯同し正義派に同情的な長州支藩である長門長府藩の藩主、毛利元周を頼り馬関に赴くことを提案する。 福田は山縣に同意し、山口へ帰還して諸隊へこの案を伝えた。 山口の諸隊は衆議し、俗論派が勢いを増す現状を打破するため、まず全諸隊を山口に集結させることを決した。
11月2日、奇兵隊・膺懲隊は徳地を出発し山口へ向かう。
同日、高杉が馬関より九州へ渡航した。白石の弟、大庭伝七らがこれに同行した。
11月3日、西郷隆盛が広島を発して岩国に向かう。
11月4日、奇兵隊が山口に到着する。 他にも太田市之進が椋野より御楯隊を率いて到着し、伊藤俊輔も馬関より力士隊を率いて到着する。 （俗論派に牛耳られている）萩藩政府の妨害の為か、萩付近に屯していた南園隊は山口に現れなかった。 諸隊幹部は山口に残る藩重役浦元襄の元を訪れ建白書を提出する。 建白書の内容は、幽閉中の三家老を許し、藩政を攘夷に戻し、藩主父子は山口帰還し、俗論派を抑えて正義派を登用し、武備恭順を目指そうというものであった。 この建白書は山口に集結したすべての諸隊の連名で提出された。 また諸隊は、これとは別に当時山口に留まっていた藩主父子の両夫人の館に建白書の写しを提出し、粗暴な行動に出ないことを約束した。 この日、諸隊隊員が藩政府が武器庫としていた毛利隆元の霊を祀る常栄寺に赴き、銃器等の引き渡しを強く求めた。 武器庫を管理していた役人は、解散を命令された諸隊に武器を貸与することは出来ないと拒否した。 山縣有朋は藩政府と全面抗争になるのは得策ではないとして諸隊隊員を制止し、銃器は引き渡されなかった。
この間、山口を掌握していた俗論派は藩主敬親の名前を利用して懐柔を試みたが、諸隊は応じなかった。
開戦回避への運動
同日、岩国にて吉川経幹は西郷隆盛と会談する。 西郷は、長州をこれまで指導していた三家老と四参謀を斬首し、首を征長軍に提出すれば当面の開戦を回避できると言い、すぐに行動するよう求めた。 会談の後、吉川は長州本藩へ向けて家老切腹と参謀斬首を促すための急使を送った。 吉川は、征長軍の開戦日が18日であり、各攻め口には14日に最終命令が発信される事を伝え、その前に総督府に首級を提出しなければならない危急の事態であることを強調し、長州本藩に即座に行動するよう求めた。 他にも吉川と西郷は、今後の藩主父子・五卿の取り扱いについても会談したが一致せず、西郷は広島に帰った。
また同日、博多に到着した高杉らは筑前藩士月形洗蔵らと面会し、各地へ遊説に向かう。 高杉の九州行は、筑前正義派とも称された福岡藩尊王攘夷派が面倒をみた。
さらに同日、萩藩政府は長州藩内各攻め口に使者を送り、征長軍と衝突しないよう周知した。
11月5日、 毛利藩主父子は山口の五卿に連絡を取り、五卿を通じて諸隊の鎮撫を行おうとした。 しかし攘夷思考の強い五卿は諸隊を支持しており受付なかった。 逆に五卿は、正義派を復権し攘夷の意思を取り戻す旨の手紙を藩主父子に書いた。 手紙は諸隊の建白書と一緒に藩主父子の元に届けられ、後日、藩主父子は五卿への返答のために使者を派遣することとなる。
11月7日、藩政府は諸隊に対し、藩の解散令に従わない場合は罪を問う旨を布告する。 さらに藩主父子は、諸隊総督に親しく諭す所があるため萩へ赴くよう命じる。 諸隊は俗論派を警戒して拒否するも、萩藩政府は藩主父子を通じて諸隊へ、連日のように萩への参集を命じた。
11月8日、西郷隆盛は吉川経幹へ書状を出し、禁門の変の際に薩摩藩が捕虜とした長州人十人を送還した。
11月9日、度重なる藩主父子の命に従い、諸隊は萩へ数人の幹部を送る。 毛利敬親は諸隊幹部を召し出し親しく諭したものの、拝謁は形式に終始したため効果を表さなかった。 藩主に謁見した諸隊幹部の証言では、藩主父子の周りを数十人の俗論派が取り囲んでいたという。
同日、萩藩政府は12日に三家老を切腹させることを最終決定する。 これを聞いた太田市之進・山縣有朋ら諸隊幹部が浦の元を訪れ切腹中止を強く求めた。 他にも諸隊隊士の中には三家老奪還を公言する者も多くあった。
浦は萩藩政府へ山口の諸隊の情勢を伝えた。 諸隊の強硬さに驚いた藩政府は、すぐに山口に毛利親直を鎮静奉行として遣わし、さらに危急の自体に備え徳山に若干の軍兵が配置される。 既に俗論派政府は三家老を切腹させることを決心しており、諸隊が奪還に動いた場合、三家老を斬首して首級を得、征長軍に提出するつもりであったという。
11月10日鎮静奉行が山口に到着したのは深夜であったが、危急の事態のため、浦は諸隊総督を招集した。 しかし諸隊は下級隊士を派遣し、出席した隊士も建白書を採用するよう求めるのみであった。
同日、九州へ渡った高杉は方々へ遊説に向かうが、禁門の変敗走の後という事もあり、九州でも佐幕派が勢いを増していて同志を得るという目標は成功しなかった。 またこの時期、高杉は幕府の追跡を逃れるため谷梅之助の偽名で活動したが、尊皇攘夷志士として高名な高杉はすぐに注目されるようになる。高杉は月形洗蔵の紹介で福岡藩平尾村の野村望東尼の元へ身を隠す事となった。
三家老四参謀の死
11月11日、俗論派は幕府への謝罪のため正義派三家老の福原元僴、益田親施、国司親相を切腹させた。 切腹を一日早めたのは、諸隊の奪還を恐れた為と言われる。
山口では鎮静奉行毛利親直が再び諸隊幹部を政事堂に招集し、藩主父子の新書を掲げ藩の方針に従うよう迫るも、諸隊幹部らはしきりに建白書の採用を請うのみであった。 この時、太田市之進と野村靖之助らが進み出て、幕府が兵器没収を命じたり、領土削減を命じた場合に藩政府はどう対応するか問いただした。 鎮撫使は止むをえないと答えた。 太田はさらに、藩主父子の身上に、言うに忍びざるの命（切腹や処刑の事と思われる）が下った場合はどう対応するか問うた。 鎮撫使の一人である諫早己次郎は、それもまた止むをえないと答えたという。 太田らは大いに怒り罵倒して政事堂を去った。
同日、征長軍副総督越前藩主松平茂昭が小倉に着陣したが、従軍諸藩の軍勢はまったく到着しておらず、兵船の準備も整っていなかった。 茂昭は九州諸藩に書状を送り従軍を促す。
11月12日、俗論派は、禁門の変を指導した正義派の四参謀を野山獄にて死刑に処した。
同日、萩藩政府は山口に在していた藩主父子の夫人を萩に移す事を決める。 また諸隊の暴発に備えるため、萩居住の藩士に動員をかけ明倫館に兵を集めた。 さらに山口で諸隊説得にあたっていた鎮静奉行毛利親直にも使者を送り、諸隊の暴発に備えるため徳山・岩国に急行する事を命じ、毛利親直の兵として明倫館に集合した藩士の中から200人を徳山に派遣することを決定した。
11月13日、三家老が切腹したという情報が山口にもたらされ、諸隊幹部は激怒した。 さらに諸隊は、萩藩政府が軍兵の動員をかけた事を察知する。 諸隊は衆議し、山口の地形は寡兵で守ることが出来ないと判断し、長府藩主毛利元周を頼り長府へ赴くことを決め、その旨を文書にして藩政府に提出した。 諸隊の戦略としては、五卿を帯同して長府に赴き、正義派に理解のある長府・清末両藩と力を合わせ、馬関の長州本藩会所を抑えて金米を取り、役人を追い払い、俗論派退治のための義兵を起こすというものであり、この計画は後に高杉挙兵の下地となる。
開戦回避
11月14日、広島国泰寺へ急行した長州藩士志道安房が三家老の首級を征長軍総督名代成瀬隼人正と、江戸幕臣戸川安愛へ提出した。 さらに志道は四参謀も斬首した旨を伝えた。
総督府はこれを受け、従軍する諸侯に「毛利大膳父子事伏罪之姿も相見候付 当月十八日攻懸日限之儀重て一左右相達候迄攻懸可被見合事」と布告し、18日に予定されていた開戦を延期した。
同日、高田殿（井上聞多の実家であり山口での三條ら五卿の住居）五卿はもともとは三田尻御茶屋内の招賢閣に滞在していたが、政情不安定で、三条は湯田の草刈屋敷に、他の五卿は大内の氷上山真光院に住まいを替えた。藩士の草刈が俗論派で居心地が悪かったため、三條は井上聞多の実家に移ったが、手狭だったため、新たに離れを増築、これが高田御殿だが、そこへ笠間藩の儒学者加藤有隣が長州へ下向し三条に従っていたため、三条は加藤に新たな離れに名前を付けるよう命じ、「何遠亭」と名付けられる。三條はここに5月1日から11月15日までいた。ここは現在、井上公園。何遠亭(かえんてい)は復元されている。2015年6月22日から一般公開されている。の三條に奇兵隊より手紙が届く。 内容は、俗論派が諸隊討伐の命を下すようなので、山口では防戦しがたく長府へ移る為、五卿の諸隊との同行を願うというものであった。 五卿は衆議の後、これに同意した。
また同日、福岡藩士筑紫衛が萩に入り、藩政府へ正義派と俗論派の和解を説き、捕縛されている正義派高官を開放し要職に付けるよう進言した。 これは福岡藩士らが、長州の内部抗争は藩の要職を俗論派が占めた為に生じたと考え、正義派と俗論派の均衡がとれれば内部抗争も自然解決すると考えたためとされる。 筑紫の案は採用にならなかったものの、これ以降萩藩政府と福岡藩の間に度々密使が行き来し、諸隊も度々福岡に赴くようになる。
諸隊と五卿の長府行
11月15日、諸隊は、山口を出て長府へ向かう。 諸隊は途中、高田殿へ赴き三條実美ら五卿に謁見し、五卿は諸隊の長府行に同行する事となる。 武力衝突に至らないものの、萩藩政府の統制から完全に逸脱する行動であり、諸隊の行動はこの時点でクーデター同然であった。
驚愕した浦は、すぐさま諸隊を追いかけ五卿に留まるよう進言したが聞き入れられなかった。浦は諸隊鎮静を果たし得ずとして萩藩政府へ辞表を提出し、家臣には諸隊に与しないよう命じた。
諸隊は山口を立つにあたり、俗論派に捉えられた松島剛蔵ら正義派高官7名の釈放と諸隊存続、武備恭順などを俗論派の藩政府と交渉するため、奇兵隊総管赤禰武人を萩へ派遣した。 萩行きには時山直八らが随行しており、赤禰武人は正式な諸隊代表という立場であった。
11月16日、征長軍総督徳川慶勝が広島に着陣する。
11月17日、諸隊と五卿が長府へ到着する。 長府藩主毛利元周は五卿の到着を歓迎した。功山寺を五卿の滞在所として尚義隊・忠勇隊がこれを警護し、残余の諸隊は功山寺とその周辺の各寺院に分宿する事となった。 同日、三田尻に駐屯していた忠勇隊も長府に至り、諸隊に合流した。
戦争回避条件のすり合わせ
11月18日、征長軍総督徳川慶勝は三家老の首実検を行った。 征長側は総督名代の成瀬正肥、江戸幕閣稲葉正邦、大目付の永井尚志、軍目付の戸川安愛。長州側は吉川経幹、志道安房が出席した。参謀の辻将曹と西郷は次室に控えていた。 『征長出陣記』ではこの時、永井は戦争回避の条件として、藩主父子を面縛（後ろ手で罪人として引き渡す）、萩・山口城の明け渡しなどを吉川に通知した。