新宿駅（しんじゅくえき）は、東京都新宿区・渋谷区にある新宿駅 周辺地図 東日本旅客鉄道（2019年9月7日閲覧）。、東日本旅客鉄道（JR東日本）・京王電鉄・小田急電鉄・東京地下鉄（東京メトロ）・東京都交通局（都営地下鉄）の駅。
各社間の路線の乗り換えや直通運転も含めた1日あたりの平均乗降者数は約305万人で、世界最多の駅利用者数としてギネス世界記録に認定されている（2024年）。
新宿地区の中心に位置しており、東京都西部の多摩地域を中心に郊外のベッドタウンを結ぶ中央線や私鉄などの路線と、新宿駅から千代田区や港区といった都心方面に伸びる地下鉄やJRの路線が結集しており、多くの通勤・通学客が郊外から都心方面への乗り換えなどで利用するため利用者数が非常に多い。
当駅周辺は東口（新宿・歌舞伎町）を中心として日本最大の繁華街・歓楽街が広がっており、昼夜を問わず人の流れが絶えない。また、西口（西新宿）は「副都心」として超高層ビルが林立する東京でも有数の規模を誇るオフィス街である。JRの駅を中心に東口・西口・南口、周辺の各地下鉄駅、商業施設などが地下通路や地下街などで広範囲に連絡している。
概要 もともと駅開業時の1885年（明治18年）には、当駅は東京の街外れに位置していたため、駅利用者数は1日50人程度の小さな駅であった。1923年に発生した関東大震災をきっかけに駅利用者数が急増するようになり、その後の高度成長期を経て新路線の開業に伴う駅施設の拡張や駅周辺の再開発などにより、日本を代表する巨大ターミナル駅へと発展した。現在は「新宿グランドターミナル」といった再開発計画が進行中で、2040年代の完成を目指して駅施設の改良及び駅周辺の建物のスクラップアンドビルドが計画されている。
乗り入れ路線 JR東日本・京王電鉄・小田急電鉄・東京メトロ・東京都交通局の5社局が乗り入れる巨大ターミナル駅である。以下のうち、京王線と小田急小田原線、都営地下鉄新宿線は当駅を起点としている。
このうち、都営大江戸線のホームは渋谷区代々木に所在し、同区で最北端に位置する（都営新宿線及び他社路線は全て新宿区）。同一駅名で複数の市町村区の所在地が存在する駅である23区内で他の例は水道橋駅（JR中央・総武線各駅停車が千代田区、都営地下鉄三田線が文京区）、御茶ノ水駅（JR中央線快速および中央・総武線が千代田区、東京メトロ丸ノ内線が文京区）、飯田橋駅（JR中央・総武線と東京メトロ東西線が千代田区、東京メトロ有楽町線及び東京メトロ南北線が新宿区、都営地下鉄大江戸線が文京区）、市ケ谷駅（JR中央・総武線と都営地下鉄新宿線が千代田区、東京メトロ有楽町線及び東京メトロ南北線が新宿区）がある。このうち、飯田橋駅は千代田区、新宿区、文京区の3区に所在地がある唯一の駅。。
JR東日本 JR東日本の駅に乗り入れている路線は、線路名称上は山手線と中央本線で、このうち山手線を当駅の所属線としている。一方、当駅に乗り入れている運転系統は以下のように多岐にわたっている。また、特定都区市内制度における「東京都区内」および東京山手線内に属する。また、JR東日本の駅には「SJK」のスリーレターコードが付与されている。
（線路名称上の）山手線では、電車線を走行する環状線としての山手線電車のほか、山手貨物線を走行する埼京線と湘南新宿ラインが全列車停車する。旅客案内ではそれぞれ別路線として扱われている。また、空港連絡特急「成田エクスプレス」や、東武日光線直通特急なども山手貨物線経由で乗り入れている。
中央本線では、急行線を走行する中央線快速電車と、緩行線を走行する中央・総武線各駅停車の2系統が運行されている。また、甲府駅・松本駅方面へ向かう特急列車も発着する（複々線区間では急行線を走行する）。 山手線：渋谷駅・品川駅方面（内回り）、池袋駅・上野駅方面（外回り）の電車線を走行する環状線 - 駅番号はJY 17。 埼京線：山手貨物線を走行、大宮駅方面の川越線と大崎駅方面のりんかい線新木場駅まで、東海道貨物線経由で羽沢横浜国大駅から相鉄線との相互直通運転も実施 - 駅番号はJA 11。 湘南新宿ライン：山手貨物線を走行する中距離電車、大宮駅方面（北行）の宇都宮線・高崎線と横浜駅方面（南行）の東海道線・横須賀線を相互直通運転 - 駅番号はJS 20。 中央線快速：急行線を走行する中央本線の近距離電車、立川駅から青梅線の青梅駅および大月駅から富士山麓電気鉄道富士急行線の河口湖駅まで直通する列車も運行 - 駅番号はJC 05。 中央・総武線（各駅停車）：緩行線を走行する中央本線の近距離電車、御茶ノ水駅から総武本線緩行線に直通 - 駅番号はJB 10。
京王電鉄 京王電鉄の駅に乗り入れている路線は、線路名称上は京王線のみであるが、運転系統は当駅を起点とする「京王線」と、都営地下鉄新宿線と直通運転を行っている「京王新線」に分かれており、前者が発着する駅は「京王線新宿駅」、後者は「新線新宿駅」と呼ばれている。京王八王子駅方面の列車のほか、調布駅から相模原線に直通する列車、北野駅から高尾線に直通する列車も設定されている。駅番号は京王線新宿駅・新線新宿駅共通で「KO 01」が与えられている。京王電鉄の駅では唯一新宿区に所在する駅で、京王線新宿駅・新線新宿駅とも単独で新宿管区に所属する。
小田急電鉄 小田急の路線は、当駅を起点とする各駅停車、快速急行、急行は小田原駅までの小田原線、相模大野駅から江ノ島線に直通する列車、新百合ヶ丘駅から多摩線に直通する列車が運行されている。また、特急ロマンスカーの発着駅ともなっている。駅番号は「OH 01」が与えられている。小田急の駅では最北端かつ最東端に位置する。
東京地下鉄 東京地下鉄（東京メトロ）は丸ノ内線が乗り入れており、駅番号が与えられている。 東京メトロ丸ノ内線 - 駅番号はM 08。
東京都交通局 東京都交通局（都営地下鉄）は2路線が乗り入れており、各路線ごとに駅番号が与えられている。 都営地下鉄新宿線 - 駅番号はS 01。 都営地下鉄大江戸線 - 駅番号はE 27。
その他の鉄道路線 以下の駅とは地下通路などでつながっており、各鉄道会社によっては公式な接続駅となっている駅もある。 西武新宿駅（西武新宿線）- 新宿サブナード経由で連絡。東京メトロ丸ノ内線の新宿駅（および都営地下鉄大江戸線の新宿西口駅）と接続駅扱いで、乗り換え割引の適用もある。その他、都営地下鉄新宿線・大江戸線を除き、他線の新宿駅とも定期券における連絡運輸を取り扱っている（西武新宿線 - 都営地下鉄新宿駅方面相互間の連絡運輸は、新宿西口駅から都庁前駅経由のほか、中井駅接続でも取り扱っている）。 新宿西口駅（都営地下鉄大江戸線）- 丸ノ内線新宿駅や西武新宿駅と接続駅扱いで、乗り換え割引の適用もある。このほか都営地下鉄新宿線・大江戸線を除き、他線の新宿駅とも定期券による連絡運輸を取り扱っている。東京都交通局は他社線から大江戸線への乗り換えについて、目的地に応じて新宿西口駅と新宿駅を使い分けるよう案内している新宿西口駅と新宿駅について-東京都交通局。 新宿三丁目駅（東京メトロ丸ノ内線・副都心線、都営地下鉄新宿線）- 新宿通り真下・丸ノ内線直上の地下通路（メトロプロムナード）および甲州街道直下の地下通路で連絡。
地下鉄各線との連絡 当駅において京王・小田急・東京メトロ・都営地下鉄の相互間で乗継割引が適用される場合があるが、連絡する事業者によって割引の有無が異なる。なお、東京メトロ丸ノ内線と都営地下鉄新宿線・大江戸線は両駅間の距離が遠いため、乗継割引が適用されない。丸ノ内線と新宿線の乗換は新宿三丁目駅、丸ノ内線と大江戸線の乗換は東京メトロ新宿駅・都営地下鉄新宿西口駅間（接続駅扱い）または新宿三丁目駅 - 新宿駅間のみ新宿線経由乗り換え（あるいは中野坂上駅接続）で行えば乗継割引70円が適用される。 乗継割引適用の有無（○：適用、×：不適用） 京王○小田急○○東京メトロ○○×都営新宿駅××○×都営新宿西口駅
歴史 東京の副都心・新宿に位置するターミナル駅である。1885年に日本鉄道により当時の南豊島郡角筈村に現在の山手線が開業したのが当駅の始まりである。4年後の1889年には南豊島郡淀橋町となる。この当初は東京市（現在の東京23区）には含まれておらず、東京市の郊外として周辺は田畑が広がっていた。開業時から新宿を副都心にする計画が発表されるまでは当駅周辺はまだ街の外れで閑散としており利用客は少ないものだった。1923年の関東大震災をきっかけに、浅草や銀座、日本橋といった地盤が弱い下町の繁華街が壊滅的な被害を受け、表層地盤が比較的強い武蔵野台地上の新宿や東京西部の郊外に人口がシフトしていった。次第に東京の市街地が西側（山の手）に拡大するにつれ、東京市西部のターミナル駅として多くの私鉄が乗り入れるようになる。ターミナルとなって周辺が発展するにつれて利用客は増え続け、1931年には私鉄や日本国有鉄道（国鉄）などを合わせた利用者数で日本一になった2012年10月26日『日本経済新聞』電子版「新宿南口、線路上に巨大ターミナル“大新宿駅”が実現」。。また、鉄道の一大拠点として成長するにつれ、戦前から東口は東京有数の繁華街として発展していった。そして、1966年の乗車人数では、国鉄池袋駅の41万67人を抜いて、当駅が41万69人と日本一である。さらに1960年代から当駅西側一帯（西新宿）で進められた新宿副都心計画によって、70年代には多くの超高層オフィスビルが建設され利用者の増加に拍車がかかった。
戦前 新宿駅の駅名は、江戸時代に甲州道中（甲州街道）の日本橋と高井戸の間に新しく作られた宿場「内藤新宿」が由来する。
1885年（明治18年）3月1日、日本初の私鉄（実質上の半官半民会社）である日本鉄道が赤羽 - 品川間（のちの山手線の一部および赤羽線にあたる）で支線を開業。その中間駅として「新宿駅」を開業した『停車場変遷大事典』第2巻 p.61 JTB。これが現在の新宿駅の起こりである。初代駅舎は現在の新宿駅東口駅ビル「ルミネエスト新宿」（旧：マイシティ）の位置にあった。初代駅舎は木造で改札口は1箇所、列車は2両編成であった。当時は町外れに駅が設けられたため駅前には茶屋があるのみで、乗降客は1日50人程度、雨の日はほとんど利用がないこともあったという100年、p.21。。
次いで1889年（明治22年）4月11日、甲武鉄道により新宿 - 立川間が開業し、同年8月11日には八王子まで延伸された。
1906年（明治39年）3月、新宿駅構内の改良工事が竣工。2代目駅舎が現在の東口付近から「甲州口」（現：南口付近、甲州街道沿い）へ移転した。駅舎移転に伴い、甲武鉄道は駅南端の「甲州口」のほか、北端の「青梅口」（現：西口付近、大久保駅寄りの青梅街道沿い）の2箇所にプラットホームを設置した。青梅口付近の淀橋には淀橋浄水場があり、また東京地方専売局淀橋工場が銀座三丁目（銀座松屋裏）から移転するなど、付近で働く労働者が増えたため通勤需要に応えたものである。同年3月31日には鉄道国有法を公布、これにより同年10月1日に甲武鉄道が国有化され中央本線の一部となった。
1923年（大正12年）に関東大震災が発生し、東京市中心部は壊滅的な被害を受けた。震災で被災した人々は浅草や両国などの下町から、地盤の安定した東京西部の武蔵野台地へ移り住み、人の流れが大きく変わることとなった。これにより新宿駅の利用者も急増した。翌1924年（大正13年）には震災復興のための拡張工事が行われ、甲武鉄道によって作られた中央線の2箇所のプラットホームを一本化。1925年（大正14年）には鉄筋コンクリート造2階建ての3代目駅舎が完成した。そして震災4年後の1927年（昭和2年）には、早くも一日あたりの乗降客数が日本一に達した。 サムネイル|新宿駅構内（1930年代） これと前後して私鉄の乗り入れも相次ぎ、1915年（大正4年）に京王電気軌道（現・京王電鉄）が南口の甲州街道上に、1923年（大正12年）には帝国電灯西武軌道線（のちの都電杉並線）が東口に、1927年（昭和2年）には小田原急行鉄道（現・小田急電鉄）が西口にそれぞれ新宿駅を開業させている。 サムネイル|1936年（昭和11年）、京王帝都新宿駅の新宿松屋ビル
京王線の新宿起点は、新宿駅ではなく新宿追分交差点であり、現在の新宿三丁目駅の位置付近（伊勢丹新宿店の交差点南側路上）にあった。のちに隣接する路面外の土地に移設され京王新宿駅を名乗るが、旧京王電軌が大東急に統合された後、大東亜戦争（太平洋戦争末期の1945年（昭和20年）5月25日、第3次東京大空襲（山手大空襲）で初台の変電所が被災して京王線の電圧が降下した影響で南口跨線橋の急勾配を電車が走行できなくなり、同年7月24日に将来の武蔵電気鉄道（現・東急東横線）の駅予定として旧東横電鉄が取得していた現在の西口に移転。その後の大東急解体で京王帝都電鉄が発足した際に、東急から譲渡されて京王の資産となった。
初代新宿駅はかつての宿場町として栄えた内藤新宿（現：新宿1～3丁目付近）からは西に外れた場所にあったわけだが、2代目駅舎が甲州街道沿いに建設されたことにより、街道沿いに商店が立ち並び始め、宿場町から新宿駅周辺にかけて賑わいを見せるようになる。さらに3代目駅舎が青梅街道沿いに移ったことで、駅東口の繁華街が青梅街道沿いに拡がった。この頃には新宿駅付近に百貨店が開店し、1926年（大正15年）にほてい屋、1930年（昭和5年）に三越新宿店（現：ビックロ）が開業。1933年（昭和8年）には伊勢丹が開業し、隣接地にあったほてい屋を1935年（昭和10年）に買収した。
戦後 戦後には、1952年（昭和27年）に西武鉄道の新宿線が西武新宿駅（歌舞伎町付近）まで延伸した。また地下鉄各線が新宿駅に乗り入れて開業している。1960年代には、新宿駅を出てすぐの甲州街道上を走っていた京王線が路面区間解消のために地下化され、小田急小田原線も限られたスペースでの発着番線確保のために駅が二層化された。1964年（昭和39年）には民衆駅（国鉄の駅ビル）として、東口に新宿ステーションビル（のち「マイシティ」を経てルミネエスト新宿）が開業した。
京王と小田急のホームが地上にあった一時期に、のりばの番号が国鉄（現・JR）→小田急→京王の順で連番だったこともある。当時は各社の駅をつなぐ連絡跨線橋が設置され乗り換えに供用されていた。また軌間が同じ国鉄と小田急の間には連絡線が設置されていた。
かつて国鉄駅の東側には新宿貨物駅があり、構内はヤード機能も備えられており、その敷地は代々木駅手前まで広がっていた鉄道図書刊行会『鉄道ピクトリアル』2014年9月号「山手貨物線の線路配線と駅構内の今昔」pp.18 - 21。。新宿駅の最も東側には山手貨物線が通っており、西側に向かって下り着発線2線、仕訳線10線、客車留置線2線があり、西側に各旅客線ホームが配置されていた交友社『鉄道ファン』1980年4月号「新宿駅付近配線略図」pp.30 - 31の間。（厳密には貨物仕訳線と旅客ホームは斜めにずれている）。このほか貨物積卸線群、貨車留置線群、引上げ線や客貨車区なども備えていた。線路は中央本線（中央線快速・中央・総武緩行線）とも繋がっており、中央本線の西側方面や東側方面（飯田町駅まで製紙を輸送）への貨物列車の中継地点にもなっていた。
山手線内では最大規模の貨物駅ほかに山手線内（山手貨物線）では、大崎駅、恵比寿駅、渋谷駅、原宿駅、目白駅、池袋駅、大塚駅、巣鴨駅で貨物取り扱いを行っていた。であり、1980年（昭和55年）5月20日の池袋貨物駅廃止後は山手線内最後の貨物駅となっていた鉄道図書刊行会『鉄道ピクトリアル』2014年9月号「山手貨物線の線路配線と駅構内の今昔」pp.12 - 13。。最終的には1984年（昭和59年）2月1日に国鉄当駅での貨物の取り扱いが廃止された。
現在の新宿駅南側に位置する1 - 6番線ホームやタカシマヤタイムズスクエア、JR新宿ミライナタワービル部などの一帯が、かつての新宿貨物駅跡である。
年表
1885年（明治18年）3月1日：東京府南豊島郡角筈村に日本鉄道の駅が開業（現在のルミネエスト新宿付近で開業）。貨物営業も開始100年、p.20。。 1889年（明治22年）4月11日：甲武鉄道の駅が開業100年、p.24。。 1904年（明治37年）1月：駅改良工事に着手100年、p.35。。 1906年（明治39年） 3月1日：駅改良工事が竣工100年、p.36。。同時に甲州街道に面した場所（現在の東南口付近）に駅本屋を移転。甲武鉄道の電車ホームが甲州口ホームと青梅口ホームの2箇所設けられる（ホーム間は約350 m）。 10月1日：甲武鉄道が鉄道国有法により国有化100年、p.38。。 11月1日：日本鉄道が鉄道国有法により国有化。 1909年（明治42年）10月12日：線路名称制定により山手線の所属となる。 1915年（大正4年）5月1日：京王電気軌道（京王電鉄の前身）の駅が甲州街道上に開業（当時は停車場前）三十年史、p.117。。 1916年（大正5年）11月28日：駅構内にある新宿電車庫で火災が発生する100年、p.45。。 1919年（大正8年）10月7日：駅改良工事に着手（後の関東大震災により大破）100年、pp.46 - 47・50 - 51。。 1923年（大正12年） 9月1日：関東大震災により駅舎が大破する100年、pp.50 - 51。。 12月2日：帝国電灯西武軌道線（のちの都電杉並線）の駅が東口に開業。 1924年（大正13年） 7月13日：中央線（旧甲武鉄道）甲州口ホームと青梅口ホームが1箇所に集約される100年、p.54。。 9月11日：青梅口（南口）を開設。 1925年（大正14年）4月26日：新駅舎が完成。旅客専用地下道及び小荷物専用地下道の供用開始新宿歴史コラム vol.6 新宿の劇的変貌。 1926年（大正15年） 5月1日：甲州街道口にあった旧駅舎が廃止される。 6月1日：貨物中継ホームを新設100年、p.56。 1927年（昭和2年） 4月1日：小田原急行鉄道（小田急電鉄の前身）の駅が開業100年、p.58。。 10月28日：京王ビルを建設し、京王電気軌道（京王電鉄の前身）の駅が当ビルの1階に移転三十年史、p.127。。 1932年（昭和7年）11月21日：貨物中継業務を廃止100年、p.64。。 1937年（昭和12年） 4月1日：特別一等駅の指定を受ける。 5月1日：京王電気軌道（京王電鉄の前身）の駅が四谷新宿駅から京王新宿駅に改称。 6月1日：京王電気軌道との連絡運輸を開始100年、p.75。。 1942年（昭和17年）5月1日：戦時中の合併により小田急電鉄の駅が東京急行電鉄小田原線の駅となる。 1944年（昭和19年）5月31日：戦時中の合併により京王電気軌道の駅が東京急行電鉄の駅となる。 1945年（昭和20年） 5月25日：空襲で被災100年、p.84。。 7月24日：東急京王線の起点が四谷新宿駅から国鉄青梅口（現在の西口）の新宿駅に暫定移転。 1947年（昭和22年） 1月23日：甲州口に東急小田原線と東急京王線との連絡口を開設。 4月7日：中央地下道に東急小田原線との連絡口を開設100年、pp.88 - 89。。 1948年（昭和23年）6月1日：東京急行電鉄の分割により東京急行電鉄の駅が京王帝都電鉄（現・京王電鉄）および小田急電鉄の駅になる。 1952年（昭和27年）3月25日：西武新宿駅開業100年、p.100。。 1955年（昭和30年）10月：ラッシュ時に混雑する国鉄ホームに旅客整理係学生班が投入。乗客を車内に押し込む様子から「押し屋」と呼ばれるようになった。 1958年（昭和33年）5月1日：中央地下道口を開設100年、p.108。（中央地下道から東口への出入口）。 1959年（昭和34年）3月15日：営団地下鉄丸ノ内線の駅が開業100年、p.110。。 1961年（昭和36年） 2月8日：営団地下鉄荻窪線（現在の丸ノ内線新宿駅 - 荻窪駅間）が開業。 12月7日：国鉄甲州口（のちの南口）駅舎が火災で全焼100年、p.112。。 1962年（昭和37年）11月3日：小田急百貨店（現在のハルク）がオープン。 1963年（昭和38年） 4月1日：京王帝都電鉄の新宿駅が地下駅となる100年、pp.118・120。。道路との併用軌道から切り替え100年、p.118。。 7月1日：貨物低床ホームの使用開始。 12月1日：都電杉並線廃止。 12月20日：国鉄甲州口（南口）駅舎再建100年、p.120。。 1964年（昭和39年） 2月17日：小田急電鉄新宿駅第1次大改良工事完成。立体式ターミナルになり地下ホームの使用を開始する100年、p.122。。 3月1日：国鉄東口駅舎の駅務部分（地下3階から地上2階および6階）の使用を開始。 5月18日：地上8階・地下3階の国鉄東口駅舎及び地下街が完成、オープンは5月20日。 10月1日：国鉄の0番線ホームを1・2番線に変更し、他のホームを3番線から10番線に順番に番号を振り替える。 11月10日：京王百貨店新宿店がオープン。 1965年（昭和40年）9月25日：みどりの窓口が開設100年、pp.128 - 129。。 1966年（昭和41年）11月30日：西口駅前立体広場が完成100年、p.132。。 1967年（昭和42年） 8月8日：米軍燃料輸送列車事故が発生、国電1,100本が運休100年、p.136。。 11月21日：地上14階・地下3階建の小田急新宿駅ビルが完成。 1968年（昭和43年） 6月1日：小田急電鉄新宿駅ホームにクーラーを設置し、供用開始。 10月21日：新宿騒乱事件が発生100年、p.140。。全学連の学生運動が活発化。 1969年（昭和44年） 6月28日：新宿西口反戦フォークゲリラ事件が発生。フォークソングの歌手達が反戦歌などでベトナム戦争反対を訴え、最大で4万人が集結するが、警察が集会を禁止した。 10月21日：新宿駅線路内に過激派が乱入する10.21国際反戦デー闘争 (1969年)が発生100年、p.142。。 1970年（昭和45年）3月26日：都電が廃止され、新宿から路面電車が消滅。 1973年（昭和48年）4月24日：首都圏国電暴動発生。新宿駅構内でも破壊・放火などの被害100年、p.150。。 1974年（昭和49年）月：国鉄の改札内に「アルプスの広場」を開設100年、p.154。。 1976年（昭和51年）3月10日：国鉄南口駅舎改築。新宿ルミネオープン100年、p.158。。 1978年（昭和53年） 10月31日：京王新線開業。 11月17日：国鉄東口駅舎改装。駅ビル名が新宿マイシティ（のちのルミネエスト新宿）に改称100年、p.164。。 1980年（昭和55年） 3月16日：都営地下鉄新宿線の駅が開業し、京王帝都電鉄と相互乗り入れ開始100年、p.168。。 8月19日：新宿西口バス放火事件発生。 1981年（昭和56年）7月13日：小田急電鉄の地下駅ホームの使用を再び開始し、地下駅も10両運転対応となる。 1982年（昭和57年） 4月1日：小田急電鉄新宿駅第2次大改良工事完成。地上駅・地下駅とも10両編成運転に対応した（10両運転そのものは地上駅のホームを利用して1977年7月に開始していた）ほか、乗り換えが改善された。 9月1日：国鉄南口コンコースが拡幅される100年、p.172。。 10月19日：京王帝都電鉄の新宿駅ホームを10両編成化する工事が完成。 11月15日：国鉄駅のヤード機能を廃止。 1984年（昭和59年） 2月1日：国鉄駅での貨物の取り扱いが廃止100年、p.176。。 10月4日：南口に駅ビル「新宿ミロード」がオープン100年、p.179。。 1986年（昭和61年） 3月3日：国鉄埼京線運行区間が延伸。第1ホーム（現1・2番線）を使用開始し既存ホームの番線がずれる。 4月2日：横須賀線臨時列車の一部が1・2番線を共用して当駅で運行を開始する。 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化に伴い、国鉄の駅は東日本旅客鉄道（JR東日本）の駅（山手線所属）となる。 1988年（昭和63年）10月20日：ルミネ2口（のちの東南改札）がオープン。 1990年（平成2年） 6月5日：丸ノ内線ホームの西新宿方にある引上線にて、回送列車が車止めに衝突する事故が発生する。詳細は営団地下鉄丸ノ内線新宿駅引上線衝突事故を参照。 6月30日：南口に自動改札機を設置し、供用開始。 1991年（平成3年） 1月16日：小田急電鉄の西口に自動改札機を設置し、供用開始。 2月23日：京王帝都電鉄の改札口に自動改札機を設置し、供用開始。 3月9日：JRの東口、中央口に自動改札機を設置し、供用開始。 3月16日：JRの新南口がオープン。同時に自動改札機の供用開始。 3月19日：「成田エクスプレス」運転開始により第2ホーム（現3・4番線）を使用開始し、既存ホームの番線がずれる。西口、小田急口に自動改札機を設置し、供用開始。 1993年（平成5年）12月1日：ダイヤ改正で、中央本線の中距離列車の当駅乗り入れを廃止。 1995年（平成7年） 4月1日：JRの東南口に自動改札機を設置し、供用開始。 5月5日：当駅で青酸ガス事件が発生（新宿駅青酸ガス事件、オウム真理教（→アーレフ）の元信者の犯行）。 1996年（平成8年）3月9日：JRと小田急の連絡改札口に自動改札機を設置し、供用開始。 1997年（平成9年）12月19日：都営地下鉄大江戸線の駅が開業。 2000年（平成12年）：JR東日本の駅が関東の駅百選に選定される。小田急・京王・都営・営団（当時）は選定対象になっていない。 2001年（平成13年） 3月27日：京王線のダイヤ改定により準特急が新設され、その始発・終着駅となる。 11月18日：ICカード「Suica」の利用が可能となる。 12月1日：湘南新宿ラインが停車を開始。 2002年（平成14年）3月23日：小田原線に湘南急行が設定され、発着駅となる。 2003年（平成15年）2月1日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、中央線特急の発着ホームを現在使用の仮設ホームに移転。既存の第3ホームの工事開始。 2004年（平成16年） 4月1日：帝都高速度交通営団（営団地下鉄）民営化に伴い、丸ノ内線の駅は東京地下鉄（東京メトロ）に継承される。 9月25日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、中央線快速上りの発着ホームを工事中だった第3ホームに移転。それまで使っていた第4ホームの工事開始。 12月11日：小田原線に快速急行・区間準急が設定され、発着駅となる。 2006年（平成18年） 3月18日：東武日光線直通特急「（スペーシア）日光・きぬがわ」が運行開始。 4月16日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、サザンテラス口がオープン。中央線快速下りの発着ホームを工事中だった第4ホームに移転。それまで使っていた第5ホームの工事開始。 2007年（平成19年） 3月18日 JR新宿駅で、中央線快速・特急ホーム増床に伴い、山手線・中央・総武線各駅停車の番線番号を2ずつ繰り上げ（11 - 14番線→13 - 16番線）。 小田急電鉄・京王電鉄・東京メトロ・都営地下鉄でICカード「PASMO」の利用が可能となる。 4月15日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、中央線快速下りの発着ホームを工事中だった第5ホーム（11・12番線）に移転。それまで使っていた第4ホーム（9・10番線）の工事開始。 11月25日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、中央線特急の発着ホームを仮設ホームから工事中の第4ホームに移転。 2008年（平成20年）3月15日：ダイヤ改正で、「成田エクスプレス」や東武線直通特急などの発着ホームを第2ホームから仮設ホームに移転。 2010年（平成22年）11月28日：甲州街道跨線橋架け替え工事に伴い、新南口を移設。 2018年（平成30年）