九州新幹線（きゅうしゅうしんかんせん）は、福岡県福岡市博多区の博多駅から鹿児島県鹿児島市の鹿児島中央駅までを結ぶ九州旅客鉄道（JR九州）の高速鉄道路線（新幹線）、およびその列車である。
整備新幹線としての九州新幹線のうち、「鹿児島ルート」（かごしまルート）と呼ばれていた区間に相当し、旅客向けには単に「九州新幹線」と案内されている。
概要 1972年（昭和47年）に、全国新幹線鉄道整備法第4条第1項の規定による『建設を開始すべき新幹線鉄道の路線を定める基本計画』により公示され、1973年（昭和48年）11月13日に整備計画が決定された5路線（いわゆる整備新幹線）の路線の一つである。国鉄の財政悪化により建設が一時凍結されたが、1991年（平成3年）に八代 - 西鹿児島（現・鹿児島中央）間がスーパー特急方式で着工された。その後、起点が新八代に変更され、1998年に新八代駅 - 船小屋信号場（現 筑後船小屋駅）がスーパー特急方式で着工、2000年（平成12年）に残る博多駅 - 船小屋信号場間が着工、同時に全区間がフル規格化された。2004年（平成16年）3月に新八代駅 - 鹿児島中央駅間がフル規格で開業した。また、新八代駅では博多駅 - 新八代駅間の在来線特急「リレーつばめ」と同一ホームで接続することで、博多駅 - 鹿児島中央駅間の所要時間は大幅に短縮された。その後、2011年（平成23年）3月に博多駅 - 新八代駅間が開業し、九州新幹線（鹿児島ルート）は整備計画の決定から38年を経て全線開業し、同時に西日本旅客鉄道（JR西日本）の山陽新幹線（新大阪駅 - 博多駅間）との直通運転を開始した。鉄道建設・運輸施設整備支援機構が鉄道施設を建設・保有し、JR九州により運営されている。
整備新幹線としての九州新幹線には鹿児島ルートのほかに福岡市と長崎市を結ぶ西九州ルート（長崎ルート）があり、整備計画では西九州ルートは福岡市（博多）- 分岐点（新鳥栖）間を鹿児島ルートと共用する計画となっている。2022年（令和4年）9月23日には武雄温泉駅 - 長崎駅間が「西九州新幹線」として開業したが、鹿児島ルートと分岐する先の新鳥栖 - 武雄温泉間の整備方針は2022年時点で未決定である。
なお、九州新幹線は整備新幹線だが、「JR線路名称公告」上では、博多駅 - 新八代駅間および川内駅 - 鹿児島中央駅間は鹿児島本線の無名枝線という扱いで、営業キロは鹿児島本線の営業キロを採用している。一方、並行在来線が肥薩おれんじ鉄道線として経営分離された新八代駅 - 川内駅間は「九州新幹線」という独立した線路として扱われ、営業キロも実キロを採用している。ただし、事業基本計画や国土交通省監修『鉄道要覧』では全区間ともに鹿児島本線とは別の路線として掲載されている。
路線データ
営業主体：九州旅客鉄道（JR九州） 建設主体 日本国有鉄道（国鉄）（博多 - 博総分岐間） 独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（博総分岐 - 鹿児島中央間） 路線距離（実キロ）：博多駅 - 鹿児島中央駅間 256.8 km（営業キロは288.9 km） 線内の距離標は東京駅起点として設置されている。鹿児島中央駅付近には日本国内の鉄道路線の距離標が示す距離としては最長のものである東京駅起点1,325 kmを示す距離標が設置されている。 軌間：1,435 mm（標準軌） 駅数：12（起終点駅含む） このうち、新幹線単独駅は4駅（新大牟田駅・新玉名駅および肥薩おれんじ鉄道線併設の新水俣駅・出水駅）である。また、JR九州公式サイトの会社案内の「交通・営業データ」 においては、JR西日本管理となる博多駅を計上せず、11駅としている。 複線区間：全線複線 電化区間：全線（交流25,000 V・60 Hz、架空電車線方式） 最高速度： 260 km/h（博総分岐 - 鹿児島中央） 120 km/h（博多 - 博総分岐） 保安装置：ATC、車内信号式 KS-ATC（博総分岐 - 鹿児島中央） ATC-NS（博多 - 博総分岐） 道床：スラブ軌道・バラスト軌道 架線吊架方式 博多駅 - 博総分岐：ヘビーコンパウンドカテナリ式（耐荷速度320 km/h） 博総分岐 - 新八代駅：PHCシンプルカテナリ式（耐荷速度350 km/h） 新八代駅 - 鹿児島中央駅：CSシンプルカテナリ式（耐荷速度300 km/h） 車両基地： 熊本総合車両所（熊本県熊本市） 川内駅留置線（川内旧車両基地、鹿児島県薩摩川内市） 保線基地：新鳥栖・熊本・出水 運転指令所 博多総合指令センター（新幹線総合指令室）（博総分岐 - 鹿児島中央） 東京指令所（新幹線総合指令所）（博多 - 博総分岐） 列車運行管理システム 九州新幹線指令システム (SIRIUS)（博総分岐 - 鹿児島中央） 新幹線運行管理システム (COMTRAC)（博多 - 博総分岐）
全線を本社鉄道事業本部内の新幹線部が管轄している。ただし、博多駅から博多総合車両所分岐（博総分岐）にかけての区間はJR西日本山陽新幹線統括本部の管理に置かれており、博多駅から博多総合車両所分岐（博総分岐）の間は、博多南線と線路を共用するため、営業最高速度は博多南線の最高速度である120 km/hに制限されている。会社境界は博多南駅から400メートルほど新鳥栖寄りに存在する。ただし九州新幹線上には博多南駅は存在せず、別系統である。
博多駅 - 新八代駅間の約3割、新八代駅 - 鹿児島中央駅間の約7割がトンネル区間で構成され、山陽新幹線と同様に総延長の半分（49%）がトンネルで占められる路線である。工費を節減するために新幹線としてはやや簡素な仕様で建設されている部分があり、筑紫トンネル博多側坑口側や、新八代駅 - 鹿児島中央駅間 に、新幹線では最急の35パーミル勾配区間が設けられるなどの影響が出ている。
構造種別延長割合は以下の通り『鉄道ピクトリアル 2008年2月号(Vol.800)』電気車研究会 p.145「日本の高速鉄道 - その軌跡と今後の展望 -」高津 俊司、土井 充。 博多駅 - 新八代駅間 路盤 5% 橋梁 14% 高架橋 51% トンネル 30% 新八代駅 - 鹿児島中央駅間 路盤 12% 橋梁 7% 高架橋 12% トンネル 69%
駅一覧
新大阪駅・東京駅からの営業キロは、山陽新幹線新岩国駅 - 徳山駅間を岩徳線経由として計算したものを示す。 各列車の停車駅の詳細については「ダイヤパターンと停車駅」を参照。 駅名博多からの新大阪からの東京からの接続路線所在地営業キロ実キロ営業キロ実キロ営業キロ実キロ博多駅 0.00.0622.3553.71174.91069.1●西日本旅客鉄道： 山陽新幹線・ 博多南線九州旅客鉄道： 鹿児島本線・ 篠栗線（福北ゆたか線）（00）福岡市交通局： 空港線（K11）・ 七隈線（N18）福岡県福岡市博多区新鳥栖駅28.626.3650.9580.01203.51095.4 九州旅客鉄道： 長崎本線（JH02）佐賀県鳥栖市久留米駅35.732.0658.0585.71210.61101.1 九州旅客鉄道： 鹿児島本線（JB17）・ 久大本線（ゆふ高原線）久留米市筑後船小屋駅51.547.9673.8601.61226.41117.0 九州旅客鉄道： 鹿児島本線（JB21）筑後市新大牟田駅69.359.7691.6613.41244.21128.8 大牟田市新玉名駅90.476.3712.7630.01265.31145.4 玉名市熊本駅118.498.2740.7651.91293.31167.3●九州旅客鉄道：鹿児島本線・ 豊肥本線（阿蘇高原線）・ 三角線（あまくさみすみ線）熊本市交通局： 幹線・田崎線（A系統 熊本駅前停留場：3）熊本市西区新八代駅151.3130.0773.6683.71326.21199.1 九州旅客鉄道：鹿児島本線八代市新水俣駅194.1172.8816.4726.51369.01241.9 肥薩おれんじ鉄道：肥薩おれんじ鉄道線（OR12）水俣市出水駅210.1188.8832.4742.51385.01257.9 肥薩おれんじ鉄道：肥薩おれんじ鉄道線（OR16）出水市川内駅242.8221.5865.1775.21417.71290.6 九州旅客鉄道：鹿児島本線肥薩おれんじ鉄道：肥薩おれんじ鉄道線（OR28）薩摩川内市鹿児島中央駅288.9256.8911.2810.51463.81325.9●九州旅客鉄道：鹿児島本線・日豊本線・指宿枕崎線鹿児島市交通局：第二期線・唐湊線（2系統 鹿児島中央駅前停留場：N11 ）鹿児島市 停車…●：すべての列車が停車する駅（2011年3月改正時） 長距離乗車券の特定都区市内 ：福岡市内 博多駅（新幹線）はJR西日本の管理委託駅
各駅の構造 博多駅を除く各駅のホームには可動式安全柵が設置されている。また、博多駅以外のホーム有効長は8両分（博多駅11番線は10両分）だが、新鳥栖駅 - 熊本駅と鹿児島中央駅は10両分まで延伸可能な構造となっている【図説】日本の鉄道特別編成 山陽・九州新幹線ライン（講談社）ISBN 978-4-06-270073-3、40–43頁・48頁。通過線を有する駅は存在しない。 +各駅の構内配線とホームの形式配線分類2面4線2面3線2面2線3面6線2面4線（終着駅）構内図該当駅新鳥栖駅・熊本駅筑後船小屋駅・新水俣駅久留米駅・新大牟田駅・新玉名駅・新八代駅・出水駅・川内駅博多駅鹿児島中央駅
全列車停車駅 2011年現在、九州新幹線内におけるすべての定期旅客列車が停車する駅の概要を記す。いずれも県庁所在地の駅となっている。
博多駅 九州随一の都市である福岡市の代表駅だが、駅名に都市名を冠せず地域の名称を用いている。1889年（明治22年）に九州鉄道の駅として開業し、1907年（明治40年）に国有化。1975年（昭和50年）に山陽新幹線の終点駅となり、鹿児島・熊本・長崎・佐世保・大分といった九州各都市を結ぶ在来線特急列車が発着し、これらの列車と新幹線との接続駅となった。2011年（平成23年）に九州新幹線と直結し、それに伴う構内の拡張が実施され、3面6線の配線となった。また、福岡市地下鉄空港線・七隈線も接続していて、当駅東方にある福岡空港や九州随一の繁華街天神、さらには筑肥線を経由して唐津方面にアクセスできる。筑豊地方方面の福北ゆたか線も発着する。また、博多総合車両所までの回送線を利用した博多南線も接続しており、博多南駅までの区間列車も運行されている。 当線博多乗り入れ1週間前には駅ビル建て替えと増床工事が完成し、日本最大規模の駅ビル「JR博多シティ」に生まれ変わった。 熊本駅 九州中・南部地域の最大かつ中心都市である熊本市の中心駅。複数の路線が乗り入れ、熊本市の拠点となるターミナル駅である。1891年（明治24年）に九州鉄道の駅として開業し、1907年（明治40年）に国有化。 下通など、熊本市の中心市街地からやや離れた場所に位置しており、中心市街地へは熊本市電A系統や路線バスが接続している。 また、熊本市電田崎線・幹線（田崎線と幹線はA系統として一体的に運行される）やJR鹿児島本線・豊肥本線が乗り入れ、三角線のすべての列車や、人吉方面からの列車も鹿児島本線経由で当駅まで乗り入れ、「A列車で行こう」や「かわせみ やませみ」といった観光列車などが発着している。また、2021年には駅ビル「JRくまもとシティ」が建設された。 鹿児島中央駅 南九州における主要都市の代表格にあたる鹿児島市の中心駅。1913年（大正2年）に川内線武駅として開業し、1927年（昭和2年）に鹿児島本線に編入され西鹿児島駅に改称した。2004年（平成16年）の部分開業時から九州新幹線の終着駅となっており、開通と同時に現在の駅名に改称した。新幹線ホームと在来線ホームがほぼ直角に交わる構造となっている。 日豊本線との境界は隣の鹿児島駅だが、新幹線開通前から日豊本線全列車を含むほとんどの列車が当駅を発着駅としており、鹿児島市の中心駅として機能している。また、当駅から指宿枕崎線が分岐している。なお、繁華街の天文館地区など市の中心部へは鹿児島市電2系統や路線バスによるアクセスとなっている。 なお、下り最終の「さくら」号の到着時刻に合わせて在来線全線の最終列車が設定されている（2026年3月14日現在鹿児島本線と指宿枕崎線が23時35分、日豊本線は23時41分）。
車両 各形式概説 前述のように急勾配区間が多い路線のため、対応可能な車両として800系とN700系7000・8000番台が開発・製造された。
800系 「つばめ」「さくら」で使用されている車両。2004年の部分開業以来「つばめ」に使用されてきた車両で、内装やデザインがジャパネスク調であり全車両が動力車である。最高速度は260 km/h。全編成6両編成で、U編成として9編成在籍。後に増備された1000番台・2000番台の3編成は内外装をマイナーチェンジした九州新幹線新800系を投入 JR九州 - 鉄道コム 2008年12月23日。部分開業時の列車愛称は「つばめ」1種類のみで、当初は車体側面に「つばめ」の筆文字ロゴが描かれていたが、全線開業後は「さくら」でも使用されることとなったため、乗客の混乱防止のため新たなロゴマークに変更された。 山陽新幹線内への乗り入れも可能な改造が施されており、山陽新幹線内での試運転も行われた800系U009編成が山陽新幹線で試運転 - 鉄道ファン 鉄道ニュース 2011年1月29日。当初は新下関駅発着の「さくら」に使用する計画があったが実現せず「鉄道ファン」2012年7月号p.48。、一貫して九州新幹線内折り返し列車限定で運用されている。 N700系 「さくら」「みずほ」「つばめ」に使用されている車両。東海道・山陽新幹線用のN700系をベースとしたJR九州とJR西日本との共同開発による8両編成で、下り坂35‰の急勾配に対応するため、全台車に抑速ブレーキを備えている。車両自体は最高速度300 km/hでの営業運転が可能であり登坂性能も問題無いが、九州新幹線内では路線の設計速度である260 km/hで運行されている。2012年春までにJR西日本が7000番台（S編成）19編成、JR九州が8000番台（R編成）10編成の合計29編成（232両）を製造し、その後同年7月にR編成1本が追加製造された。6号車は半分がグリーン車となっている。普通車は2000年登場のひかりレールスター同様、指定席が2列+2列、自由席（3両）が2列+3列の座席配置。現在、山陽新幹線に乗り入れる列車は全てこの形式が使用されている。さらに、九州新幹線内折り返し列車の一部は運用の関係上JR西日本のS編成が充当されている。
車内・発車メロディ 九州新幹線の発車メロディや車内メロディ（JR九州所属車のみ）には、全曲キーボーディストの向谷実が作曲した曲が採用されている向谷実の鉄道と音楽がいっぱい（鉄音モバイル）。車内メロディは、標準メロディおよび博多・熊本・鹿児島中央それぞれの駅の発車・到着用特別メロディの計4曲があり、熊本駅到着時は「おてもやん」、鹿児島中央駅到着時は「おはら節」をアレンジしたもの が使用される。発車メロディは、熊本駅と鹿児島中央駅は前述のアレンジのメロディ、JR西日本管轄の博多駅ではゴダイゴの「銀河鉄道999」、他の駅は全て「The Journey」となっている。
九州新幹線の全線開業前は、全駅において発車メロディ・車内メロディに向谷実が作曲した「風は南から」が使用されていたが、全線開業を機に全て新しいメロディに切り替えられた。
The Journeyと風は南からは両方とも一曲として仕上げたバージョンがあり、iTunes Storeなどで販売されている向谷倶楽部 音楽部。
なお、JR西日本所属車では博多・熊本・鹿児島中央各駅用の特別メロディは流されず、車内メロディは「いい日旅立ち・西へ」が九州新幹線内でもそのまま使用されており、途中駅用（サビ）と始発・終着駅用（歌い出し）の2つの区別しかない。
運行形態 九州新幹線が全線開業した2011年3月12日にダイヤ改正が実施され、山陽新幹線との直通運転が開始された。また、博多駅始発・終着の列車についても博多駅での接続が考慮されたダイヤが組まれている。
なお、他新幹線やJR九州の在来線で進んでいた位置情報配信システムを長らく導入していなかったが、2022年7月1日より、JR九州の位置情報配信システム「どれどれ」にて九州新幹線の位置情報が配信されている。
+2025年3月ダイヤ改正における日中時間帯の1時間あたりの運行本数（定期列車のみ）路線山陽新幹線九州新幹線備考列車名＼駅名…………みずほ0-1本一部の時間帯においてさくらの代わりに運転。さくら1-2本一部運転されない時間帯や、博多発着さくらがない代わりに山陽新幹線直通が2本運転される時間帯あり。0-1本つばめ0-1本1本一部運転されない時間あり。ごく一部山陽新幹線新下関から直通運転。詳細は「#ダイヤパターンと停車駅」の節を参照。
九州新幹線内停車駅
列車名
「みずほ」 「みずほ」は、新大阪駅 - 鹿児島中央駅間で運転されている山陽・九州新幹線直通列車で、この区間における最速達列車である。種別カラーはオレンジ色。
1日に定期列車8往復が運転されている。九州新幹線内では博多駅・熊本駅・鹿児島中央駅に全列車が停車し、一部の列車は久留米駅・川内駅にも停車する。所要時間は新大阪駅 - 鹿児島中央駅間が最速3時間41分、新大阪駅 - 熊本駅間が同2時間57分、博多駅 - 鹿児島中央駅間が同1時間17分、博多駅 - 熊本駅間が同32分。車両はN700系7000番台・8000番台が使用されている。
当初、山陽・九州新幹線直通列車は「さくら」のみと発表されていたが、競合する航空機路線の対抗策として同列車が新たに計画された。
「みずほ」の定期列車は、2025年3月ダイヤ改正時点ですべて新大阪駅 - 鹿児島中央駅間の運行である。なお、同改正前には新大阪駅 - 熊本駅間の列車も設定されていた（繁忙期には鹿児島中央駅まで延長運転していた）。
「さくら」 「さくら」は、「みずほ」とともに新大阪駅 - 鹿児島中央駅間で運転されている山陽・九州新幹線直通の速達タイプの列車、または九州新幹線内で運行されている速達タイプの列車である。種別カラーはピンク色。
車両はN700系7000番台・8000番台と、800系（九州新幹線内完結列車のみ）が使用されている。
博多駅 - 鹿児島中央駅間で1時間に2本運転されている。このうちの1 - 2本が山陽新幹線の新大阪駅まで直通運転を行っており、広島駅発着の列車も1往復ある。九州新幹線内では博多駅・新鳥栖駅・久留米駅・熊本駅・川内駅・鹿児島中央駅に全列車が停車し、1時間に2本のうち1本が熊本駅 - 鹿児島中央駅間の各駅に停車する。このほか、筑後船小屋駅・新大牟田駅・新玉名駅に新大阪駅発着の列車が1日に2往復停車し、このうち上下各1本は博多駅 - 熊本駅間の各駅に停車する。
列車名は公募により決定し、2009年2月26日に発表された。「さくら」の名称は応募総数168,951通のうち最多となる7,927通を獲得し、新車両のコンセプトである「日本の美しさ」に合致することからも選ばれた。
「つばめ」 「つばめ」は、博多駅 - 鹿児島中央駅間で運転されている各駅停車タイプの列車で、運行する区間の全駅に停車する。種別カラーは水色。
部分開通時の新幹線列車名は、速達・各駅停車問わず「つばめ」で統一されていたが、全線開通後「つばめ」は全区間各駅停車として運行している。2012年3月17日のダイヤ改正より上り2本が山陽新幹線に乗り入れ、うち1本は小倉行き、もう1本は新下関行きで運転されていた。2013年3月16日のダイヤ改正で一旦山陽新幹線への乗り入れがされなくなったが、2017年3月4日のダイヤ改正で朝に1本のみ小倉行きとして復活した。
九州新幹線内の全区間で運転されるが、日中は、新八代駅 - 鹿児島中央駅間各駅へのアクセスは熊本駅 - 鹿児島中央駅間の各駅に停車する「さくら」が「つばめ」の代替となる形で担っており、鹿児島中央駅発着の「つばめ」は朝・夜の運行に限定される。したがって、日中の「つばめ」は博多駅 - 熊本駅間で運転されており、主にこの区間の地域間輸送としての役割を担っている。また、下り始発列車は川内旧車両基地からの出庫列車として、川内駅 - 鹿児島中央駅間の1区間運行になっている。
車両は主に800系が使用されるが、朝夕の通勤時間帯などではN700系7000番台・8000番台も使用されている。
九州新幹線は、2016年4月14日夜に発生した熊本地震によって全線運休となり、同年4月20日に新水俣駅 - 鹿児島中央駅間、4月23日に博多駅 - 熊本駅間、4月27日に熊本駅 - 新水俣駅間の運行が再開されたが（後節参照）、4月28日に「さくら」「みずほ」の運行および山陽新幹線との直通運転が再開されるまでは、全列車「つばめ」として運行された。
ダイヤパターンと停車駅 山陽新幹線の影響で昼間時間帯は毎時の発車時刻・到着時刻がほぼ一定のダイヤが組まれているが、朝晩は「さくら」の停車パターンが若干変化したり、九州内で完結する速達タイプの「さくら」の一部が博多 - 熊本・鹿児島中央の「つばめ」として運行されたりと、やや変則的なダイヤとなっている。九州新幹線内完結の列車は、ほぼ全列車が博多駅で東海道・山陽新幹線「のぞみ」などと同一ホームで接続している。
以下は2021年3月13日ダイヤ改正時点の日中の1時間帯の平均的なダイヤパターンであり、時間帯によって着発時刻は若干異なる場合がある。
2021年3月13日
下り種別始発駅博多駅発車時刻博多新鳥栖久留米筑後船小屋新大牟田新玉名熊本新八代新水俣出水川内鹿児島中央鹿児島中央駅到着時刻終着駅さくら新大阪（博多）04・05分●●●△△△●●●●●●40・41分鹿児島中央みずほ ※新大阪36分●→△→→→●→→→→●55分鹿児島中央さくら新大阪44分●●●→→→●→→→●●10分鹿児島中央つばめ博多50分●●●●●●● （熊本39・41分）熊本
上り種別始発駅鹿児島中央駅発車時刻鹿児島中央川内出水新水俣新八代熊本新玉名新大牟田筑後船小屋久留米新鳥栖博多博多駅到着時刻終着駅さくら鹿児島中央05・06分●●●●●●△△△●●●41分（博多）新大阪さくら鹿児島中央34・35分●●→→→●→→→●●●00分新大阪つばめ熊本（熊本38・40分） ●●●●●●●28分-31分博多みずほ ※鹿児島中央49・51分●△→→→●→→→△→●08分新大阪さくら ◆鹿児島中央16分●●→→→●→→→●●●41分新大阪
●：停車、△：1日1本停車、→：通過、◆：臨時列車、※：日中の一部の時間帯では運転しない
号数の振り方
2026年3月14日ダイヤ改正時点における号数の割り当ては次の通り。 みずほ 新大阪駅 - 熊本駅・鹿児島中央駅間：600 - 615号 さくら 新大阪駅 - 熊本駅・鹿児島中央駅間：定期列車は740 - 773号、臨時列車は784 - 799号（熊本駅始発・終着は740号、773号のみ） 広島駅・博多駅 - 鹿児島中央駅間：定期列車は400 - 411号（広島駅始発・終着は401号、408号のみ） つばめ 新下関駅・小倉駅・博多駅 - 筑後船小屋駅・熊本駅・鹿児島中央駅間、熊本駅・川内駅 - 鹿児島中央駅間：300 - 342号（小倉駅終着は302号のみ、新下関駅始発は321号のみ）
列車番号は、「号数+A」（臨時列車は「7000+号数+A」）が割り当てられている。広島以西の一部列車の号数は東京駅 - 新大阪駅間の臨時「のぞみ」と重複しているが、列車番号の重複はない。
東海道・山陽新幹線との接続 九州新幹線と山陽新幹線では1時間に1-2本程度の直通運転を行っているが、それ以外の列車は基本的に博多駅始発・終着の「さくら」・「つばめ」となる。
これに伴い、博多駅始発・終着の列車は、ほとんどの列車が「のぞみ」などの東海道・山陽新幹線方面の列車と同一ホームで接続しており、山陽新幹線との直通列車がほとんど停車しない駅との乗り継ぎの便宜や、九州新幹線と乗り入れを行っていない東海道新幹線区間（東京駅 - 新大阪駅間）への需要にも対応する。また、新鳥栖駅 - 新玉名駅間の各駅では、開業当初駅の電光掲示板・構内放送などでも「この列車は、博多駅で、のぞみ○○号東京行と接続しています」と案内されていた。
しかし、2012年3月17日のダイヤ改正で九州新幹線内完結列車の多くが行き止まりの博多駅11番線で折り返すようになったため、それまで可能だった同一ホームでの乗り継ぎが不可能になる列車が増え、さらに熊本駅 - 鹿児島中央駅間各駅停車の「さくら」に接続していた「のぞみ」の一部がこの改正で削減対象になったため、乗り継ぎ自体が不可能となってしまう事例も発生した。
九州新幹線内での接続 九州新幹線では各駅停車専用の列車として「つばめ」が運行されているが、先述の通り「つばめ」は博多駅 - 熊本駅間での区間運行が大半であり、熊本駅 - 鹿児島中央駅間では博多駅 - 熊本駅間速達の「さくら」が各駅停車として運行される。このため、筑後船小屋駅・新大牟田駅・新玉名駅に停車する列車は、それぞれ1日1往復停車する鹿児島中央駅 - 新大阪駅間の「さくら」と、博多駅 - 鹿児島中央駅間を運行する上り6本・下り2本の「つばめ」を除き、大半が熊本駅発着となっている。
そこで、熊本駅発着の「つばめ」と熊本駅 - 鹿児島中央駅間で各駅に停車する「さくら」は、一部を除き熊本駅の同一ホームで接続を取っており、新鳥栖駅 - 新玉名駅間の各駅の電光掲示板や構内放送でも、同一ホーム接続の列車については「この列車は、熊本駅で、さくら○○○号鹿児島中央行と接続しています」などと案内されていた。
なお、「みずほ」が運転される時間のうちの「つばめ」に関しては、鹿児島中央駅発着の上下各1本が熊本駅で「みずほ」と接続している。
過去の運行形態 全線開業以前 九州新幹線は、2004年3月13日に部分開業し、新八代駅 - 鹿児島中央駅間で営業運転を開始した。当時はまだ博多駅 - 新八代駅間が未開業であったため、現在とは全く異なる形態で運行されていた。
以下に部分開業から全線開業までの約7年間実施された運行概況を記す。
「つばめ」
「つばめ」は新八代駅 - 鹿児島中央駅間の部分開業と同時に運行を開始した。上下ともに毎時2本が運行され、通過駅のある速達タイプと各駅停車タイプがそれぞれ毎時1本運行されていた（朝夕は各駅停車タイプのみ毎時2本）。東北・上越・長野新幹線同様、速達タイプと各駅停車タイプで同一名称が用いられていた。また、列車番号の後ろに付く英字も「A」ではなく「F」が使用されていた。
博多駅 - 新八代駅間では在来線特急「リレーつばめ」が運転され、新八代駅で「リレーつばめ」と同一ホームでの対面乗り換え方式で接続し（接続時間3分）、「つばめ」と「リレーつばめ」は一体的に運行されていた。
速達タイプ（1号 - 23号）は基本的に川内駅のみ停車。接続する「リレーつばめ」も鹿児島本線区間では停車駅の少ない速達タイプで運行されていた。各駅停車タイプ（31号 - ）も「リレーつばめ」と接続が基本であった。
「つばめ」の名称は、一般公募で列車名を募った際の第5位の得票数であった交通新聞 2003年3月25日読売新聞 2003年3月21日朝刊12版 38面。最多得票を集めたのは「はやと」であったが、スピード感があり、また南から北上して春を告げる鳥というイメージと、戦前から長年使われてきた伝統ある列車名であることから採用された。
ダイヤパターンと停車駅 開業時から規則的なパターンダイヤを導入していたが、在来線と一体的な運用を行っていたことから他の新幹線と比べて毎時の発車時刻・到着時刻はあまり一定していなかった。
以下は当時の昼間時間帯の平均的なダイヤパターンである。