バラタナゴ（薔薇鱮、薔薇鰱、Rhodeus ocellatus）は、コイ目タナゴ科バラタナゴ属に分類される淡水魚。種小名は「小さな目をもつ」を意味する。ニッポンバラタナゴ（Rhodeus ocellatus kurumeus）とタイリクバラタナゴ（Rhodeus ocellatus ocellatus）の2亜種ならびに、両亜種の交雑個体が知られる川那部ほか（2001）。
分布・保全状況評価 R. o. kurumeus ニッポンバラタナゴ
日本固有亜種。亜種名は「久留米市の」を意味する。大阪府の淀川水系、奈良県の大和川水系、兵庫県、岡山県、香川県、福岡県、佐賀県、熊本県、大分県大分県のレッドデータブックには「情報不足」として記載。過去に生息報告があったが、1990-2010年の間に生息が確認できなかったという。『レッドデータブックおおいた』、『レッドデータブックおおいた2011』を参照。、長崎県。
兵庫県に残っている集団は、大阪府からの移殖である可能性が高いとされてきたが片野ほか（2005）、2018年10月、純系タイリクバラタナゴとの交雑（本文後述）が認められないことをいう。の集団が発見されたことが神戸市から公表された神戸市北区北神支所大沢連絡所の情報による。「兵庫県版レッドリスト2017」･「神戸版レッドデータ2015」では、ともに「絶滅危惧I類相当（Aランク）」に選定されている。。
各生息地ともに局所的な分布となっており、希少種保護の観点から、生息地の詳細は非公開が通例である奈良県・香川県等における本亜種の保護指針や各府県のレッドデータブックの記述による。。
2010年4月に改訂・公表された「岡山県版レッドデータブック」において、同県内のため池1か所の個体群が純系のニッポンバラタナゴであると報告された。しかし、滋賀県・京都府ではすでに絶滅している。生息が確認されている府県すべてでレッドデータブックに記載されており、奈良県では2005年に30年ぶりに再発見されたものの野生絶滅となったほか、他の府県では軒並み「絶滅危惧I類相当」に選定されている（下表参照）。徳島県では過去に確実な生息報告がなかったため、2014年のレッドリスト改訂に伴って「情報不足」から削除された各府県版レッドデータブックの記載による。。
都道府県別レッドリスト（2017年5月現在）
カテゴリ 都道府県 絶滅 滋賀県 京都府 野生絶滅 奈良県 絶滅危惧I類相当 大阪府 兵庫県 岡山県 香川県 福岡県 佐賀県 熊本県 長崎県 情報不足 大分県
2001年に山口県山口市の水路におけるバラタナゴ個体群から、さらに2008年、宮崎県の北川水系における個体群からそれぞれニッポンバラタナゴのミトコンドリアDNA（mtDNA）が確認され、北部九州産のニッポンバラタナゴについては、従来の見解より広範囲に分布していた可能性が示唆された。ただし、山口市・北川水系ともに遺伝情報の解析により、ニッポンバラタナゴ・タイリクバラタナゴ両方のmtDNAが検出されたため、両亜種の交雑集団であると判断されている三宅琢也、中島淳、鬼倉徳雄 ほか、「ミトコンドリアDNAと形態から見た九州地方におけるニッポンバラタナゴの分布の現状」 『日本水産学会誌』 2008年 74巻 6号 p.1060-1067, 。その後、北川水系の個体群がもつニッポンバラタナゴのmtDNAは、北部九州産ではなく大阪・奈良産に由来するものであることが判明した。大阪・奈良産の交雑個体群が侵入し増殖したと考えられている（後述）日本魚類学会自然保護委員会（2013）、74-78頁。。
R. o. ocellatus タイリクバラタナゴ
中国南部、台湾、朝鮮半島に分布多紀（2008）。日本全国に移入（後述）。
環境省は「要注意外来生物」に、日本生態学会は「日本の侵略的外来種ワースト100」にそれぞれ選定している交雑・競合（本文後述）の要因で、「被害に係る一定の知見はあり、引き続き特定外来生物等への指定の適否について検討する外来生物」と環境省は定義しているが、本亜種はニッポンバラタナゴと形態的識別が難しいこと（本文後述）や飼育個体の大量の遺棄が生じる恐れがあることで防除の実施と被害の拡大防止が困難になるとして、特定外来生物への指定は、2010年現在検討中となっている。。
地方名 ニッポンバラタナゴ青山ほか（2002）。また、環境省（調査時は環境庁）「第2回自然環境保全基礎調査総合とりまとめ 第2回緑の国勢調査（本編）（1982）」にも淡水魚の地方名に関する調査結果が記されている。 キンタイ、タウラコ、ボテキン（大阪府） ボテ、ボテジャコ、クソボテ（琵琶湖・淀川水系、他のタナゴ類との混称） キンタナゴ（琵琶湖・淀川水系） キンタ、キンタフナ、ケンタ、ペタキン（奈良県） カメンタ（岡山県、他のタナゴ類との混称） ニガブナ（香川県・福岡県・佐賀県） イタブナ、タイコブナ、ニガンチョウ、ヒラブナ（香川県） シビンタ（福岡県・佐賀県・熊本県） ベンチョコ（福岡県、他のタナゴ類との混称） シュビンタ、シュブタ、ハエ（福岡県） シブタ、シンゴッチャー（佐賀県） カンノンバヤ、クソバヤ、タバヤ、デンバヤ、ベンバヤ（佐賀県、他のタナゴ類との混称） シビンチャ、ビンタ、ベンタサン、アカブナ、シビンタン、ショビンタ、ニガビンタ、ヒラビンタ（熊本県）
タイリクバラタナゴ タランコ（福島県、他のタナゴ類との混称） オカメ、オカメタナゴ（関東地方、ゼニタナゴとの混称） センパラ、センペラ（濃尾平野、イタセンパラとの混称） ボテ、ボテジャコ、ヒランタ（琵琶湖・淀川水系、他のタナゴ類との混称）
形態 各器官については魚類#体の構造も参照
おおむね雌よりも雄の方が大型になる。平らな体をもち、体高が高い。口髭はない。体は銀色だが虹色の光沢がある。稚魚・未成魚では背鰭の前端部に明瞭な黒斑が入るが、雄の場合成熟に従って消失する。染色体数は2n=48。
繁殖期の雄は紫色や鮮紅色の光沢をもつ婚姻色に輝く。この婚姻色（バラ色）が和名の由来。雌の産卵管は長く、産卵期の伸長時には全長を上回ることがある。
R. o. kurumeus ニッポンバラタナゴ
大まかに九州北部、本州と四国の集団で遺伝的には2系統存在する。全長約5cm。雄の婚姻色は、タイリクバラタナゴよりも体高が低い場合が多く赤褐色を帯び、腹鰭が黒く縁取られる。側線は不完全。鰭条数は背鰭主鰭で11-12（最頻値12）・背鰭分岐軟条が9-12、臀鰭主鰭で11-12（最頻値12）・臀鰭分岐軟条が9-12。側線有孔鱗の数は産地によって異なるが、およそ0-5である（最頻値0。九州産の個体群は若干多い）。大阪産・九州産の個体群の一部には、腹鰭の前縁部にごく薄い白線が現れるものも見られるニッポンバラタナゴの腹鰭に薄い白線を発現させる遺伝子の存在が確認されている。遺伝的多様性が低下した集団では白線は認められなくなるという。Nagata,Y., T.Tetsukawa, T.Kobayashi and K.Numachi.1996.“Genetic markers distinguishing between the two subspecies of the rosy bitterling,Rhodeus ocellatus(Cyprinidae)”.Ichthyol. Res.,43(2):pp.117-124 に詳述。三倉忠徳、高森亮佑、藤原基季 ほか「マイクロサテライトマーカーから見た大阪産ニッポンバラタナゴ溜池集団の遺伝的特徴」 『日本水産学会誌』 2014年 80巻 6号 p. 908-916, 。
R. o. ocellatus タイリクバラタナゴ
全長約8cm。腹鰭の前端部にグアニン層による白い筋が入るとされる。しかし雌では不明瞭であったり、なかったりする個体も存在する。原産地の中国でも地域による変異が多く、浙江省の個体群には腹鰭の白線がないとされる。側線は不完全で、鰭条数は背鰭主鰭で12-14（最頻値13）・背鰭分岐軟条が10-13、臀鰭主鰭で12-13（最頻値12）・臀鰭分岐軟条が10-12。側線有孔鱗の数は2-7（最頻値5）。
ニッポンバラタナゴとタイリクバラタナゴは容易に交雑し、代々妊性（稔性）をもつ交雑個体群が繁殖（遺伝子浸透を伴って交雑）し分布を広げていくため、形態のみによる両亜種の判別は困難である河村ほか（2009）。側線有孔鱗の計数や腹鰭の白色帯の有無の確認により、ニッポンバラタナゴの集団にタイリクバラタナゴや交雑個体群の侵入が認められるかを概観することはできる。九州産のバラタナゴ46集団696個体について側線有孔鱗の計数とmtDNA分析を行ったところ、ニッポンバラタナゴ型のmtDNAが確認されたのは28集団で、そのうち17集団の側線有孔鱗数が0、残り11集団の側線有孔鱗の平均値は0.1-0.7であった。タイリクバラタナゴ型のmtDNAが確認されたのは5集団で、側線有孔鱗の平均値は3.8-5.2となった。両亜種のmtDNAが確認されたのは13集団で、側線有孔鱗の平均値は0.5-5.7の結果が得られた。さらに、タイリクバラタナゴ型のmtDNAの頻度と側線有孔鱗数の平均値との相関を調査したところ、両者は極めて高い正の相関が存在する（ニッポンバラタナゴの個体群にタイリクバラタナゴが侵入した集団において、タイリクバラタナゴ型のmtDNAの頻度が上がれば当該集団の側線有孔鱗数も増加する）ことが明らかになっている。腹鰭の白色帯や側線有孔鱗がないにもかかわらず、タイリクバラタナゴ型のmtDNAが検出される個体が存在するので、最終的に純系のニッポンバラタナゴであることを示すには、個体群あるいは集団単位1集団あたり10-20個体を目安とする。でmtDNA分析等を行って、タイリクバラタナゴ型の遺伝情報が検出されないことで形態情報と合わせて総合的に判定する三宅琢也、河村功一、細谷和海 ほか、「奈良県内で確認されたニッポンバラタナゴ」 『魚類学雑誌』 2007年 54巻 2号 p.139-148, 。mtDNAは母系遺伝のため、1個体のmtDNA分析では両亜種の交雑の有無を判断することはできないが、複数の個体を解析すると、交雑が起こっている集団ではタイリクバラタナゴ型のmtDNAをもつ個体が現れてくる大井（2011）、58-59頁。。
ニッポンバラタナゴとタイリクバラタナゴが交雑・増殖する過程では、前者の対立遺伝子が後者の対立遺伝子に置換され、タイリクバラタナゴの形質が強く現れた個体群となっていく傾向が高いことが判明している（遺伝的汚染・遺伝的攪乱(かくらん)）。
2009年、野外調査と飼育実験によって、適応度の高さがタイリクバラタナゴ>交雑個体>ニッポンバラタナゴ、であることが明らかにされた。その際、両亜種が混在した状態ではある程度の生殖的隔離（交配前隔離）が働くもののニッポンバラタナゴ雄×タイリクバラタナゴ雌・タイリクバラタナゴ雄×ニッポンバラタナゴ雌のペア産卵の頻度と成功率は、ニッポンバラタナゴ・タイリクバラタナゴ同士のペア産卵の3分の1から2分の1であった。雄の求愛行動がニッポンバラタナゴとタイリクバラタナゴとで異なっていることが一因と考えられている。しかし、亜種間で交雑が生じるときには、交雑の方向性に有意な差は認められず、F1個体に雑種強勢も存在しなかったという。あわせて、交雑個体群ではハーディー・ワインベルクの法則が継続して成立し、連鎖不平衡指数がほぼ0の「連鎖平衡」も成立していることから、交雑個体群は任意交配の状態にあるとされる。河村ほか（2009）に詳述。、個体数の偏り（ニッポンバラタナゴの集団に少数のタイリクバラタナゴが侵入すること）によって同亜種間の交配が妨げられて交雑が生じ、タイリクバラタナゴの繁殖率の高さ（後述）が加わってニッポンバラタナゴは絶滅へと向かうことが判明した。あわせて、ニッポンバラタナゴが絶滅した後もタイリクバラタナゴは個体群を維持し、交雑個体群と戻し交雑を生じさせて、交雑個体へタイリクバラタナゴの遺伝子を浸透させ続ける可能性が高いと指摘された。
2000年以降、mtDNAのPCR-RFLP分析に加え、ミトコンドリアシトクロムb遺伝子やNADH脱水素酵素サブユニット遺伝子（ND1）の塩基配列の決定と系統解析、高感度の遺伝マーカーであるマイクロサテライトの分析によって、ニッポンバラタナゴのハプロタイプを産地別に明らかにし、タイリクバラタナゴや交雑個体群との遺伝的分化を解明したり保全単位を推定したりする研究が進められている青山ほか（2002）、10-13頁。白井康子、池田滋、田島茂行、「バラタナゴ2亜種（ニッポンバラタナゴおよびタイリクバラタナゴ）におけるマイクロサテライト座のサイズホモプラシー」 『魚類学雑誌』 2009年 56巻 2号 p.165-169, 参考文献の他に、香川県産ニッポンバラタナゴについては2001年より、香川県環境保健研究センターと香川大学総合生命科学研究センターが共同で解析を行っている。結果は、『香川県環境保健研究センター所報』第5号-第8号、第11号-第14号（2006-2009年、2012-2015年）にまとめられている。これらの研究を追試し両亜種の判別を試みた文献として、大井和之「DNAによるニッポンバラタナゴとタイリクバラタナゴの識別」、（財）九州環境管理協会『環境管理』第40号、2011年、54-59頁が挙げられる。。一例として、mtDNAのPCR-RFLP分析において、調節領域を含む約2.0kbp（D-loop領域）のPCR産物を制限酵素EcoRIで消化し、電気泳動パターンを解析すると、ニッポンバラタナゴではフラグメント長1310bp,450bp,290bpが、タイリクバラタナゴでは830bp,480bp,450bp,290bpがそれぞれ検出され、両亜種の判別が可能となる。また、ND1領域の集団解析により、北部九州産のニッポンバラタナゴは大阪・奈良・岡山・香川産とは塩基置換率約1％で異なり、独自のクレードをつくることが分かった日本魚類学会自然保護委員会（2013）、74-76頁。。
大阪・奈良・香川産のニッポンバラタナゴは、生息地の分断化によって閉鎖的かつ小規模な水域のため池に生息域を狭められたが故に、個体群間の交流が妨げられたりボトルネック効果が生じたりして、遺伝的多様性や適応度が低下していることが明らかになってきた。同時に、九州産の個体群と比較したところ、大阪産のそれは、産卵数・孵化率・仔魚の生存率・成長・白点病や細菌感染症などの魚病に対する抵抗力、の各項目すべてで著しく劣ることが分かった。ため池という隔離され不安定な環境ため池は年間の水位変動が大きく、降水量が少ないと渇水になりやすい。また、人間の手によって池の構造や形状、周囲の環境が大きく改変されたり、池の管理放棄が生じたり、外来生物（本文後述）が侵入したりすることがある。結果として、ニッポンバラタナゴの生息に不適な状態となり生息個体数の大幅な減少を招く。の中で、小集団化と近親交配が進んでニッポンバラタナゴについて鱗移植の実験を行ったところ、九州産同士では拒絶反応が起こり受理されなかったのに対して、大阪産同士では移植した鱗が受理されたという。河村功一の研究（2005年）による。片野ほか（2005）、125-126頁ならびにKawamura, K. 2005.“Low genetic variation and inbreeding depression in small isolated population of the Japanese rosy bitterling, Rhodeus ocellatus kurumeus”. Zool. Sci., 22:pp.517–524 に詳述。遺伝的に劣化が生じ、個体群の維持を難しくさせているのが現状である。大阪産ニッポンバラタナゴ9集団について、マイクロサテライトのアレルリッチネスの平均値を算出したところおよそ2となり、国内希少野生動植物種のスイゲンゼニタナゴよりは高いもののミヤコタナゴと同程度であったという。
2008年、九州産のニッポンバラタナゴについては、ほとんどの生息地三宅ほか（2008）によると、筑紫平野の中部・東部を除いた水域を指す。においてその近隣にタイリクバラタナゴや交雑個体群が確認された。当地のニッポンバラタナゴは水路や河川の緩流域等の開放的な水域に生息するため、タイリクバラタナゴの遺伝子が侵入する危険に常に晒されている。
亜種
Rhodeus ocellatus kurumeus Jordan and Thompson, 1914 ニッポンバラタナゴ Rhodeus ocellatus ocellatus （Kner, 1866） タイリクバラタナゴ
2001年、両亜種は遺伝的に大きく異なることが明らかになったため、両者の分類学的再検討が必要であると指摘されている環境省生物多様性情報システム「絶滅危惧種情報検索」内の記述による。その根拠となる出典としては、Kawamura, K., T.Ueda, R.Arai, Y.Nagata, K.Saitoh, H.Ohtaka and Y.Kanoh(2001).“Genetic introgression by the rose bitterling,Rhodeus ocellatus ocellatus, into the Japanese rose bitterling, R. o. kurumeus (Teleostei: Cyprinidae)”. Zool. Sci., 18:pp.1027-1039 が挙げられる。「分類学的再検討」とは、両亜種（「亜種」と定義することへの検討も含んでいる）の学名の最適化・ニッポンバラタナゴ、タイリクバラタナゴ、交雑個体の簡便かつ正確な同定法の開発等である。。
生態 河川の中・下流域で比較的流れの穏やかなところや、用水路の緩流域・ため池・湖・沼などに分布する。止水域を好む。
付着藻類などの植物食を主とするが、仔稚魚期を中心にワムシなどの輪形動物・ミジンコなどの甲殻類や小型の底生動物も食べる。
繁殖形態は卵生で、3-9月にドブガイ類などのイシガイ科の二枚貝に産卵する。繁殖のピークは4月下旬-6月上旬。雄は二枚貝の周りになわばりをつくり、十分成熟した雌を二枚貝に誘導し産卵を促すなわばりをもてなかった雄は、なわばりをもち雌を二枚貝に誘導する雄の隙を窺って侵入し、産卵の直前と直後に精子を放っていく。この類の雄を「スニーカー」という。産卵行動は長田（2014）、34-43頁に詳述。。雌は二枚貝の様子を覗き込み、タイミングを見計らって産卵管を二枚貝の出水管に入れ、貝のえらの中に卵を産みつける。その直後に雄は貝の入水管の上で精子を放ち、貝が精子を貝内に取り込むことによって卵は受精する。受精卵の卵径と形は、ニッポンバラタナゴで2.75×1.8mm、タイリクバラタナゴで3.2×1.5mmの電球形で、タイリクバラタナゴの方が細長い中村（1969）。受精卵は1-3日で孵化し、孵化直後の仔魚の全長は、ニッポンバラタナゴ2.8mm、タイリクバラタナゴ3.4mmと記録されている。前期仔魚期には卵黄が翼状に変化し突起を形成することで、二枚貝のえらから吐き出されるのを防いでいる。仔魚は約20日から1か月間貝内で過ごし、卵黄が吸収されて全長7-8mmに成長すると、主に夜から夜明け前にかけて貝から泳ぎ出てくる産卵行動の詳細、卵の発生、仔魚の貝内での成長、産卵母貝の利用の仕方など、NPO法人流域環境保全ネットワークや、NPO法人ニッポンバラタナゴ高安研究会のサイトが詳しい。参照されたい。。二枚貝への産卵によって、貝内の卵や仔魚の生残率を上げることに加え、その後一連の成長の過程である程度の生活力を伴って二枚貝から泳出することによって、捕食者から逃れよい条件下での摂餌や移動を可能にして、泳出後の仔稚魚期の生残率も上げているものと解されている長田（2014）、34頁。。
仔魚は約1年で成熟し、寿命は自然下でおよそ2年。ただし、産卵期の初期に生まれた成長のよい個体の中には、同年秋までに成熟し産卵するものも見られる。これはタイリクバラタナゴに多い瀬能・松沢（2008）。
大阪産のニッポンバラタナゴの場合、雌は1繁殖期に9-12日の周期で3-5回排卵するという。1回で約10個を排卵し、上記の産卵行動1回当たりで1-3個を産卵し、2-3日で複数のドブガイ類に産み付けていく。栃木産のタイリクバラタナゴでは、大阪産のニッポンバラタナゴと比較して排卵周期は2倍速く、1繁殖期当たりの排卵回数は4倍、1回の排卵数は1.5倍それぞれ多く、繁殖期は3倍長かったことが判明している。
つまり、タイリクバラタナゴはニッポンバラタナゴより成長が早く繁殖期が長く産卵数も多い。結果として、タイリクバラタナゴが移殖された地域では、産卵する二枚貝や生息場所などをめぐって他のタナゴ類と競合すると言われる（生態系の攪乱）。例えば、神奈川県鶴見川水系のため池はゼニタナゴの生息地であったが、1980年代初頭にタイリクバラタナゴが侵入したことで、ゼニタナゴは激減した。水質の悪化で大幅に減少したドブガイ類にタイリクバラタナゴが、ゼニタナゴの産卵シーズンである秋にかけても集中して産卵を続けたため、ゼニタナゴの産卵が阻害されたからであるタイリクバラタナゴの侵入と同じくして、ため池の一部がコンクリート護岸化され湧水の流入がなくなった。結果、ため池に軟泥（ヘドロ）が堆積し、ドブガイ類の死滅を招いた。激減したゼニタナゴは、1993年より神奈川県水産総合研究所内水面試験場で系統保存されている。その後、ため池にはブルーギルが移殖され、ブルーギルの侵入からおよそ5年後、自然下ではゼニタナゴもタイリクバラタナゴも当地から姿を消した。片野ほか（2005）、134-135頁に詳述。。
霞ヶ浦とその流入河川・農業用水路における、タナゴ類・二枚貝の生息調査ならびに環境要因の分析によると、タイリクバラタナゴは採捕されたタナゴ類全体の約70-90%を占めていた。そして、同所生息するアカヒレタビラ・タナゴ等と比較してコンクリート護岸化や水質の悪化に対する耐性をもっていることが明らかになった諸澤崇裕、藤岡正博、「霞ヶ浦における在来4種と外来3種のタナゴ類（Acheilognathinae）の生息状況」 『魚類学雑誌』 2007年 54巻 2号 p.129-137, 。加えて、2009年の同地域における調査では、タイリクバラタナゴは優占するイシガイ殻長4cm以上の個体にアカヒレタビラが産卵していた。アカヒレタビラは大型のイシガイに産卵することが明らかになった。には産卵せず、生息数の少ないドブガイ類を選択して利用していたという。タイリクバラタナゴはアカヒレタビラとは産卵母貝の選択を異にし、卵や仔魚についてはアカヒレタビラがタイリクバラタナゴより多く観察されたにもかかわらず、捕獲される個体数ではタイリクバラタナゴが卓越する結果となった。餌や生息場所の利用・環境改変への耐性などが、アカヒレタビラをはじめとするタナゴ類よりもタイリクバラタナゴに有利に働いていると考えられている北村淳一、諸澤崇裕、「霞ヶ浦流入河川におけるタナゴ亜科魚類の産卵母貝利用」 『魚類学雑誌』 2010年 57巻 2号 p.149-153, 。
清風高等学校生物部が2008-2009年に行った実験によると、ドブガイ類が排出する水にはアラニン・グルタミン・グリシン・リシン等のアミノ酸が含まれており、成熟したバラタナゴはこれを刺激に産卵・放精に入ることが分かった。雌の産卵時に放出される卵巣腔液にはリシンが高い濃度で含まれており、雄はそれに誘発され放精することも明らかになった。バラタナゴとドブガイ類・バラタナゴの雌雄間で共通のアミノ酸が情報伝達に使われていることから、バラタナゴとトブガイ類は共進化してきた可能性が示された清風高等学校生物部（2010）。同時にこの実験の過程で、吸水・排水の循環機能を持つ人工のドブガイ模型を開発し、バラタナゴの産卵ならびに受精に成功している。。
人間との関係 開発による生息地の改変、二枚貝の減少、ため池管理の放棄、人為的に移殖されたオオクチバス（ブラックバス）・ブルーギル2005年に「特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律」が施行され、これらの移殖放流は違法である。罰則規定あり。等による捕食、水質汚濁、乱獲などがバラタナゴの減少要因である。特にニッポンバラタナゴは、1940年代には琵琶湖以西の本州瀬戸内海側（岡山県まで）・香川県・九州北中部に広く生息していたが、その後タイリクバラタナゴの移殖に伴い亜種間での交雑が進んだことも加わって分布域は年々狭められている。結果、ニッポンバラタナゴは純系を維持するのが極めて厳しい状況で、絶滅の危機に瀕している。
タイリクバラタナゴは、第二次世界大戦中の1940年代前半、中国から食用としてソウギョ、ハクレンなどを日本（主に利根川水系）に導入する際、これらに混じって運ばれてきたと言われる。20世紀後半には、イケチョウガイなどの淡水産二枚貝の移動、琵琶湖産アユの放流、琵琶湖・淀川水系からのヘラブナの移殖琵琶湖産アユやヘラブナの種苗の中にタイリクバラタナゴが混入していた。、ペットショップでの流通、飼育個体の放流や遺棄などによって、全国各地へ同時に分布を広げていった。2001年に公表された、ミトコンドリアシトクロムb遺伝子の塩基配列の解析結果によると、少なくとも2系統のタイリクバラタナゴ個体群が日本に侵入したと考えられている。九州では、琵琶湖産アユの放流歴のない河川でタイリクバラタナゴや交雑個体群が確認され、その中には大阪・奈良産のニッポンバラタナゴのmtDNAをもつ交雑個体とヘラブナとが同所的に出現した地点が7地点（46地点中）あったという。近畿地方からヘラブナの移殖に付随して交雑個体群が侵入していることが裏付けられている日本魚類学会自然保護委員会（2013）、78頁。。岡山県でも、交雑個体群からタイリクバラタナゴと岡山産ニッポンバラタナゴと大阪・奈良産ニッポンバラタナゴのmtDNAが検出され、近畿地方からの人為的移殖が起こった可能性が強く確認された日本魚類学会自然保護委員会（2013）、76頁。。
両亜種は、観賞魚として飼育され、ペットショップで販売されている。タイリクバラタナゴについては突然変異等により、黄変個体・白変個体・透明鱗個体なども増殖され流通している。水槽飼育では、強い水流を避け植物質の含有量の多い飼料を与え、群泳させるとよいとされている。雄の婚姻色を楽しむためには、照明と水温を自然下に近づけ、水槽の正面以外の面に黒系のスクリーンを張り、セキショウモ属のような水面付近まで茂る水草を植えるとよいと言われる赤井・伊藤・橋本（2008）。飼育下での繁殖法としては、二枚貝を同居させ自然に産卵させる方法と、繁殖期の雌雄から卵と精子を搾り出し人工授精させる方法がある赤井ほか（2004）。タイリクバラタナゴの人工授精において、水温を23℃程度に保ち遮光した条件の下、酸素を十分に含みメチレンブルー0.0001%を添加した飼育水をガラス製のシャーレに満たし、その中に受精卵を入れて20日程度管理すると、卵菌感染による水カビ病の抑制・仔魚の生残率の向上につながることが判明している北川哲郎・細谷和海「バラタナゴのシャーレ式人工繁殖法における水カビ病の抑制技術」 『水産増殖』 2012年 60巻 1号 p.139-141, 。