東京ヴェルディ1969（とうきょうヴェルディ1969、）は、日本の東京都をホームタウンとする、日本プロサッカーリーグ（Jリーグ）に加盟するプロサッカークラブ。Jリーグ創設当初からのチーム、オリジナル10の1つであり、Jリーグ・Jリーグ杯初代王者。呼称は東京ヴェルディ（とうきょうヴェルディ）。
概要 1969年創設、日本サッカーリーグ（JSL）で活動していた読売サッカークラブを前身とする。
ホームタウンは東京都。ホームスタジアムは味の素スタジアムと国立競技場と西が丘サッカー場。練習グラウンドはよみうりランド敷地内にあるヴェルディグラウンド。クラブ名の「ヴェルディ」は、ポルトガル語で「緑」を意味する「」の造語。1992年3月16日に発表された。
エンブレムに描かれている生物は始祖鳥。マスコットキャラクターはコンドルをモチーフにしたヴェルディ君と、始祖鳥をモチーフにしたリヴェルン。
Jリーグ・Jリーグ杯初代王者であり、これまでJリーグ年間優勝2回、Jリーグ杯優勝3回、天皇杯優勝2回。
複数の異競技組織を持つ総合型スポーツクラブとして、2018年8月8日に東京ヴェルディクラブを発足。女子チームである日テレ東京ヴェルディベレーザを筆頭に、バレーボール、ビーチサッカー、トライアスロン、E-SPORTSなど16競技以上のチームを所有する。
名称・呼称 チーム名（正式名称）は、創部から1991年までは「読売サッカークラブ」、1999年1月31日までは「読売日本サッカークラブ」、同年2月1日より2009年10月20日までは「FCニッポン」、2009年10月21日以降は現名称の「東京ヴェルディ1969」となっている。
呼称は、日本サッカーリーグ時代は読売クラブ。リーグ発足時から2000年まではトップチームのみホームタウンを神奈川県川崎市に置き（下部組織、女子チームは東京都のまま活動）、ヴェルディ川崎（ヴェルディかわさき）の呼称が用いられていた（前身の読売サッカークラブは東京都をホームタウンとして活動していたが、Jリーグ発足時、都内にJリーグ規格内のスタジアムがなかったため、隣接の神奈川県川崎市を本拠地とした。詳細はスタジアム・練習場を参照）。
ホームタウンを東京都に戻した2001年に呼称を東京ヴェルディ1969に改称。この1969は、前身の読売サッカークラブの創設年に由来する。その後、2008年より「東京ヴェルディ」に変更した。
運営会社の商号は、東京ヴェルディ株式会社（1998年までは株式会社読売日本サッカークラブ、1998年から2009年10月20日までは株式会社日本テレビフットボールクラブ、2017年9月までは東京ヴェルディ1969フットボールクラブ株式会社）。
各種メディアの掲載ページでは、FC東京と区別するため「東京V」（一部では「東京ヴ」）または「ヴェルディ」と表記されている。
チーム名の変遷
1969年 - 1991年 読売サッカークラブ 1991年 - 1998年 読売日本サッカークラブ 1999年 - 2009年 FCニッポン 2009年 - 現在 東京ヴェルディ1969
呼称の変遷
1969年 - 1992年 読売クラブ 1992年 - 2000年 ヴェルディ川崎 2001年 - 2007年 東京ヴェルディ1969 2008年 - 現在 東京ヴェルディ
運営会社商号の変遷 1969年 - 1991年 ※任意団体としての活動のため商号は存在せず 1991年 - 1998年 株式会社読売日本サッカークラブ 1999年 - 2009年 株式会社日本テレビフットボールクラブ 2010年 - 2017年 東京ヴェルディ1969フットボールクラブ株式会社 2018年 - 現在 東京ヴェルディ株式会社
歴史
前身 →詳細は「読売サッカークラブ」を参照
1969年10月1日に読売新聞社らが主体となってクラブチーム（任意団体）「読売サッカークラブ」を創設。1972年に日本サッカーリーグ（JSL）2部に、1978年にJSL1部にそれぞれ昇格した。JSL1部で優勝5回、天皇杯優勝5回、JSLカップ優勝3回、アジアチャンピオンクラブ選手権優勝1回の戦績を残した。
1991年 - 1992年 1991年10月、Jリーグ開幕に備えて、読売サッカークラブの出資母体である読売新聞社、株式会社よみうりランド、日本テレビ放送網の読売グループ3社の出資により運営会社として株式会社読売日本サッカークラブが設立された。川崎市の等々力陸上競技場を本拠地とすることになった。（※川崎市での活動経緯はスタジアム・練習場を参照）
Jリーグ発足当時、「地域密着」の理念を掲げたJリーグに対し、クラブの出資者である読売グループ（とりわけ読売新聞社社長だった渡邉恒雄）はこの理念を「空疎」と断じて真っ向から反発。チーム名表記に際して企業名を排除して「ホームタウンの自治体（都道府県名、ないしは市区町村名）+ニックネーム」とするJリーグの方針に反し、Jリーグ発足前後の1992年から1993年にかけて、読売系のメディア（読売新聞・日本テレビ・スポーツ報知）を中心として読売ヴェルディという呼称を用いた特にスポーツ報知・日本テレビでは、他チームにも「日産FC横浜マリノス」「ASフリューゲルス」「パナソニックガンバ大阪」「三菱浦和レッズ」と企業名を付けて呼称した。1994年のゼロックススーパーカップ終了直後からこれらの表現を止め、読売系メディアでも「ヴェルディ川崎」に表記を統一するようになった。。
本拠地に関しても川崎市での活動初年度から東京移転構想を掲げるなど、Jリーグ、取り分け川崎市から大きな反発を受けることとなった。
1992年のJリーグカップ（ナビスコ杯）で清水エスパルスを三浦知良の決勝ゴールで破り、初代王者に輝く。一方、1993年元旦の天皇杯決勝では、横浜マリノスに延長戦の末に1-2で敗れた。この試合を最後にペペ監督が退任した。
Jリーグ開幕 - 2000年 1993年 1993年Jリーグ開幕節を控え、松木安太郎が新監督に、フランツ・ファン・バルコムがHCに就任すると、オランダ人のヘニー・マイヤーとイェーネ・ハンセンが加入するなど、突如これまでのブラジル色の強いチームから、ヨーロッパ色の強いチームへと変貌した。日本代表チームに召集されたメンバー、新外国人のチーム合流が開幕戦の数日前であったことから連携が上手くいかず Jサッカーグランプリ Jリーグイヤーブック1993 92-93ページ、5月15日の開幕戦では、横浜Mと対戦、1-2で敗北、次節のジェフ市原戦も敗戦するなど、チーム内の不協和音が報じられた。マイヤーは数試合に出場した後に退団した。都並、ラモスら怪我人が続いたこともありながら、6連勝もあって1stステージを2位で終えた。松木と確執があり、起用されなくなった加藤久が1stステージで退団した。2ndステージから、ビスマルク、パウロ・ロドリゲス・バルク、エリック・ファン・ロッサムが加入、2ndステージ11節で1987年3月8日以来勝利出来ずにいた、マリノスを破ったJサッカーグランプリ Jリーグイヤーブック1993 94ページ。清水エスパルスとの優勝争いの末、第17節で浦和レッズを破って優勝を決めた。Jリーグチャンピオンシップで鹿島を破り、初代Jリーグ年間王者となった。ナビスコ杯でも北澤の決勝点でエスパルスを逆転で破って2連覇を果たした。
1994年 1994年の1stステージ終了後、三浦知良がレンタルでジェノアCFCに移籍。また、長年チームに在籍した戸塚哲也も柏レイソルに移籍した。カピトンらが加入。2ndステージからネルシーニョがHCに就任、加藤久がエスパルスから復帰した。三浦の代役として獲得したベンチーニョが活躍するなど、2ndステージを制覇。1stステージ制覇のサンフレッチェ広島F.Cをチャンピオンシップで破り、2年連続の年間王者となった1993年から1995年のJリーグチャンピオンシップは国立霞ヶ丘競技場陸上競技場で行われた。1994年の2ndレグの試合は等々力で開催されることが一度決まっていたが、等々力は芝生の状態が思わしくなかったことや、改修工事の第2期を行うことが決まっていたこともあり、等々力での開催を返上。国立での開催を決めたが、当初予定の11月30日は翌12月1日に行われるトヨタカップのための練習を行った関係で使えず、12月2日に延期した。。ナビスコ杯でもベンチーニョとビスマルクのゴールでジュビロ磐田を破って 3連覇を果たす。天皇杯はジャパンフットボールリーグ（旧JFL）優勝のセレッソ大阪に敗戦。この年限りで加藤久が引退、松木安太郎監督も退任した。
1995年 1995年、鹿島からアルシンドが加入。ファーストステージは2位に終わったが、セカンドステージから三浦知良が復帰し、このシーズンを制覇し、マリノスとのチャンピオンシップへ出場したが、2戦でいずれも1点差で敗れ、3連覇は達成出来なかった。シーズン終了後、長年左サイドバックとしてチームに在籍した都並敏史、ペレイラがチームを離れた。
1996年 1996年、ドニゼッチが加入、三浦泰年が4年振りに復帰。武田修宏がジュビロ磐田へレンタル移籍。シーズン前半途中に調子が上がらず成績不振を理由にネルシーニョが監督を辞任。後任としてエメルソン・レオンが監督に就任すると、レオンの下ではプレー出来ないとして、ラモス瑠偉が京都移籍した。シーズン前半でドニゼッチが退団し、マグロンが加入。三浦が得点王を獲得する活躍も、リーグ戦では7位に終わったが、1997年元旦にサンフレッチェを破って天皇杯で優勝を果たした。天皇杯終了後にエメルソン･レオンが監督を解任される。シーズン終了後、ビスマルクが契約内容への不満から退団、鹿島に移籍した週刊サッカーマガジン 1997年 平成9年3月5日号 p.24-25。
1997年 1997年、加藤久が監督就任。当時最高金額の移籍金である推定3億4千万円で前園真聖を獲得。8月にラモスがサンガからが復帰した。しかし、前園は活躍出来ず、三浦知良も怪我を抱えて調子が上がらず、また、ビスマルクの抜けた穴の影響は大きく、アルシンドを再加入させたものの、チーム成績は1stステージ16位、2ndステージ12位と初の2桁順位に低迷した。
1998年 1998年シーズン、高木琢也、エウレルが加入した。1stステージ2節以降6連勝もあったが、終盤から調子を落とし、1stステージ15節から2ndステージ4節にかけて7連敗、その後も12節から17節まで連敗を喫した。シーズン終了後に読売新聞社とよみうりランドが経営から撤退し、日本テレビ放送網の全額出資となる。それに伴い運営法人名は「株式会社読売日本サッカークラブ」から「株式会社日本テレビフットボールクラブ」、トップチーム名は「FCニッポン」に変更された。同時に経費削減を目的に三浦や柱谷哲二ら高額年俸の選手がチームを去った。ラモスは引退した。
1999年 1999年には前年より導入された現役高校生を強化指定選手（現在の特別指定選手）として受け入れを開始、その3選手のうち最年長で帝京高等学校3年（義務教育終了4年目）矢野隼人が「J1公式戦出場した強化指定選手」第1号となった。リーグ戦では1stステージ2位。また中澤佑二がチームとしては3年振りのベストイレブンに選出された。2ndステージは10位に留まった。
2000年2月15日のJリーグ理事会において翌年からの東京都移転が承認された。
2001年 - 2005年 2001年にホームタウンを川崎市から東京都なお2001年のJリーグイヤーブック、ファンズガイド（いずれも当時は「トランスアート」発売・制作）には「東京都稲城市」のみをホームタウンとする記述があったが、翌2002年（NTT出版発売・制作）以後は「東京都全域」に修正されている。 に移転、呼称も東京ヴェルディ1969へと変更された。また、ホームスタジアムを調布市の東京スタジアム（現:味の素スタジアム）にした。練習場のある稲城市の他、周辺の多摩市、日野市や清水建設、京王電鉄系列の広告代理店である京王エージェンシーなど地元企業も出資し、日本テレビの出資比率は約79%となった。2008年に立川市も出資した。 但し、スタジアムのある調布市はFC東京に出資しており、資本関係には無い。
チーム名が変わった2001年シーズン、チームは松木安太郎を再び監督に招聘し、菊池・武田・永井といった黄金期を知るメンバーが復帰、また元サッカー日本代表の小倉隆史・三浦淳宏が移籍加入し、さらに小林大悟や富澤清太郎が加入。1stステージは最下位。成績不振とフロントとの確執もあり松木は1stステージ終了をもって解任、監督を小見幸隆に代えて迎えた2ndステージではシーズン中盤に獲得したマルキーニョス、さらに最終盤に獲得したブラジル代表のエジムンドのブラジル人の活躍により、9位。年間総合順位では自動降格圏の15位福岡との勝ち点差わずか3の14位で残留を果たした。天皇杯はJ2の川崎フロンターレに敗れベスト8敗退。この年限りで武田修宏、菊池新吉、本並健治が引退。小倉が戦力外を受けコンサドーレ札幌に移籍。
2002年限りで北澤が引退。
2004年、アルディレス体制2年目。天皇杯全日本サッカー選手権大会を制し、東京移転後初のタイトルを獲得。同日行われた全日本女子サッカー選手権大会では女子チームのベレーザが優勝し、全日本選手権初の男女同時優勝を達成。
2005年、アルディレス体制3年目。ゼロックス杯で優勝。ブラジル全国選手権得点王のワシントンを獲得したが、7月2日のG大阪戦、7月6日の浦和戦、7月17日の磐田戦での大量失点が響き、アルディレスが解任され、バドンが監督に就任したが、11月26日の柏戦で1-5の大敗を喫し、最終順位は17位となってJ2降格が決まった。シーズン終了後にバドンは退任。また、22点を挙げたワシントンが浦和へ完全移籍、林健太郎、米山篤志などが退団した。天皇杯優勝によって獲得したAFCチャンピオンズリーグ2006の出場権がJ2降格によって剥奪されるのではないかと心配されていたが、AFCから出場が認められた。
2006年 - 2007年（J2） 2006年 クラブスローガン ：「All for win.」 OBのラモス瑠偉が監督に就任。開幕後、課題とされた失点の多さは解消されなかった。スタメンがほぼ毎試合ごとに入れ替わり、デジマール、ヒキ、アナイウソン、バジーリオの外国籍選手4人はシーズン途中に解雇。最終順位は7位であった。天皇杯は初戦で栃木SC（当時はJFL所属）に敗退した。AFCチャンピオンズリーグは2試合を戦い、いずれも敗戦でグループリーグ敗退。
2007年 thumb|200px|フッキ（写真はヴェルディ移籍後のFCポルト時代のもの） クラブスローガン ：「全緑疾走！」 ラモス体制2年目。選手会長だった柳沢将之を含めて選手を大量に放出。新たに元日本代表の服部年宏、名波浩を始め土屋征夫、佐藤悠介などを獲得。外国籍選手では既に契約を更新していたマルクスが横浜FMへ移籍したが、フッキ、ディエゴを獲得。また、新人選手も7人が加入、結果的に約半数のメンバーが入れ替わった。萩原敏雄代表は「内容が悪ければ早期での解任もありえる」と発言した。
開幕5試合は4勝1分であったが、第7節（福岡戦）から第13節（水戸戦）までクラブワーストタイの7連敗を喫し9位へ転落。ラモスの解任騒動に発展したが、京都戦に4-1で快勝するとその後は1度の連敗もなく安定して勝ち点を積み重ね、最終節で優勝は逃したが2位の成績でJ1復帰を果たした。また、フッキが37ゴールを挙げてJ2得点王となった。シーズン終了後にラモスが監督を退任して、エグゼクティブディレクターになり、柱谷哲二が監督に就任した。天皇杯は初戦でJFLのHonda FCに敗退。
2008年（J1） クラブスローガン ：「全緑疾走2008闘強」 柱谷体制1年目。呼称が「東京ヴェルディ1969」から「東京ヴェルディ」に変更された。FC東京から元日本代表MF福西崇史やGK土肥洋一、横浜FMからDF那須大亮、清水からDF和田拓三を獲得。新外国人としてサンパウロFCからFWレアンドロ、6月に大黒将志を獲得した。前シーズン後に川崎にレンタル復帰していたフッキを開幕後に再度獲得したが、7月にFCポルトに移籍した。
初勝利は第5節の神戸戦となるが、フッキ加入後は次第に勝ち星が増え始める。しかしフッキ退団後には思うように勝てなくなり、9月には4戦全敗を喫する。終盤には、チームの攻撃の核であるディエゴを累積警告と天皇杯での退場による4試合出場停止で欠き、深刻な得点力不足に陥る上に試合終了間際での失点なども増えていき、第33節終了時点で16位。最終節で川崎に敗れ、17位だった千葉が勝利したため最終順位が17位となり、J2自動降格が決まった（2008年J1最終節）。クラブ史上2度目の下位ディビジョンへの降格となった。柱谷はシーズン終了後に監督を退任した。
親会社の日本テレビが37年ぶりに赤字に転落。その影響を受け2009年の費用は大幅に削減されることとなり、土肥、服部、福西など多くの主力選手と来期の契約を結ばないことを発表(土肥と服部は再契約という形で残留)。日本テレビがほぼ100%保有している株式の譲渡を検討していることが一部マスコミに報じられた。こういったネガティブな状況や不明瞭な強化方針に対し、一部サポーターから不満が噴出。最終節終了後の7時間半に及ぶ座り込み、来年度のシーズンチケット不買運動、ラウンドテーブル（フロント、サポーターによるミーティング）開催にあたっての公開質問状提出など、一連の抗議行動へと発展した。
2009年 - 2023年（J2） 2009年 クラブスローガン ：「奪取」 前年コーチを務めた高木琢也が新監督に就任。横浜FC監督時代にコーチとして高木を支えた中村有や、ヴェルディの下部組織で指導していた柴田峡、津越智雄が新たにスタッフとして加わった。 前年の戦力外選手に加え、那須大亮、ディエゴがそれぞれJ1のクラブへと移籍。和田拓三もレンタル元の清水へ戻った後ジェフ千葉へと移籍。2008年はJ2のクラブへレンタル移籍していた戸川健太と一柳夢吾もレンタル先へと完全移籍した。新たに横浜FCで高木と共にJ1昇格を経験した滝澤邦彦と岩倉一弥、ジュビロ磐田のベテランMF河村崇大、ジュニアユース時代にヴェルディに所属していた永里源気を獲得した。また、過去2年レンタル移籍していた弦巻健人とレオナルドが復帰し、移籍が濃厚だった大黒も残留した。そして、一度は戦力外と発表された土肥洋一、服部年宏、船越優蔵と再契約を結んだ。
シーズン途中で成績不振を理由に高木監督が解任され、10月に松田岳夫が新監督に就任するも7位に終わり、1年でのJ1復帰に失敗した。
9月に日本テレビが所有する全株式約98.8％をクラブOBらにより発足した持株会社・東京ヴェルディホールディングス（VHD）へ譲渡することを発表し、創設40年目にして読売グループがクラブ経営から完全撤退した。株主の変更は財政基盤の確保などを条件にJリーグに承認された。
2010年 クラブスローガン ：「結集のチカラ」 川勝良一が3度目の監督に就任。服部、高木義成らと契約を更新せず、資金難により2009年の大卒新人3人を全員放出。レアンドロ、大黒と攻撃陣の核となっていた選手も放出され、16人がクラブを去った。新たに加わった選手は川勝の法政大学時代の教え子である吉田正樹や菊岡拓朗、アカデミー出身の佐伯直哉、清水康也など12人である。選手人件費はレンタル移籍している選手を除いて1億3000万円程度となった『サッカー批評 48』双葉社、2010年、87頁。ユースからは前年Jリーグデビューを果たした高木俊幸が昇格し、2010年シーズンから高木善朗、小林祐希、南秀仁がユース所属のままJリーグデビューした。J2へ昇格した北九州に初勝利かつ唯一のシーズン勝利を献上するなど一時は18位に低迷。その後巻き返して4位にまで浮上したが、11月20日に福岡に敗れてJ1昇格を逃し、5位でシーズンを終えた。天皇杯は初戦で町田に敗れ、6年連続の初戦敗退となった。
2011年 thumb|250px|東京ダービー（2011年5月4日開催）での東京Vサポーター クラブスローガン ：「原点回帰～All for VERDY～」 川勝体制2年目。この年よりエンブレムの文字が「FC NIPPON」から「FOOTBALL CLUB」へと変更された。前年チーム内で最長出場の柴崎晃誠が川崎フロンターレに、得点数2位の高木俊幸が清水エスパルスに移籍した。小林祐希ら4人をユースより昇格させ、川崎で契約非更新となっていた森勇介や、期限付き移籍で岡山からキム・テヨン、喜山康平（4年ぶりの復帰、8月にJFL・讃岐へ移籍）、大宮から市川雅彦、甲府からマラニョンなどを獲得。6月に高木善朗がエールディヴィジ・FCユトレヒトへと移籍した。7月には、元京都の中谷勇介、元アルテ高崎の秋葉勇志を獲得。ジュニアコーチの塗師亮を選手登録し、関西学院大学の梶川諒太を特別指定選手として登録した。8月には、元日本代表の巻誠一郎を獲得した。J1昇格争いに加わっていたが最終的に5位に終わりJ1昇格を逃した。なお、天皇杯は7年ぶりに初戦を突破した。
2012年 クラブスローガン ：「One.」 川勝体制3年目。17年在籍していた菅原智が引退。富澤清太郎が横浜F・マリノス、河野広貴がFC東京、菊岡拓朗が栃木SC、井上平がFC岐阜、福田健介がヴァンフォーレ甲府、吉田正樹が松本に完全移籍、北九州にレンタル移籍していた福井諒司が柏に完全移籍、平繁龍一、市川雅彦がレンタル移籍期間満了となった。一方、千葉から昨シーズンC大阪にレンタル移籍していた中後雅喜、愛媛からジョジマール、吉弘充志、草津からアレックス、磐田から西紀寛、京都から鈴木慎吾、水戸から小池純輝、大分から刀根亮輔、G大阪から太洋一を完全移籍で獲得。仙台から島川俊郎を期限付き移籍で獲得した。さらに昨シーズン特別指定選手だった梶川諒太が加入した。また杉本竜士、南秀仁、舘野俊祐、田中貴大がユースから昇格し、2月に中島翔哉が2種登録選手として登録された。 コーチ陣は、元柏監督の高橋真一郎と元京都監督の秋田豊がトップチームコーチに就任した。
シーズン開幕後は3月28日に杉本健勇をセレッソ大阪より同年7月17日までの期限付き移籍で、6月1日に練習に参加していたペ・デウォンを獲得した。杉本がC大阪に戻った後、7月26日に柴崎晃誠を川崎より2013年1月31日までの期限付き移籍で、7月28日に日系三世のニコラスがCRフラメンゴより2013年1月1日までの期限付き移籍で、8月13日に松本から木島良輔を完全移籍で、8月14日にジミー・フランサを清水より2013年1月31日までの期限付き移籍で獲得した。
6月17日に行われた第20節で千葉に勝利して首位に立ち、リーグ戦前半は2位で折り返した。しかし8月に入ると勝利から遠のくようになり、8月23日にジョジマールとの契約を解除。9月6日に川勝が監督および強化本部長を退任。高橋が監督代行の後、9月11日に監督に就任したが、第41節の横浜FC戦に敗れ、7位以下が確定。プレーオフ進出を逃した。最終順位は7位。天皇杯は3回戦で清水に敗退。シーズン終了後に高橋が監督を退任した。
2013年 クラブスローガン ：「TOKYO GLOCAL“GLOCAL”とは造語で、東京という地域（LOCAL）から世界（GLOBAL）を目指すという意味が込められている。 STANDARD」 2012年11月25日、OBで前北九州監督の三浦泰年の監督就任が発表される。それに伴い、常盤聡、安田晃大、佐藤優也、金鐘必、関光博ら5選手が北九州からいずれも完全移籍、北九州に在籍した時に三浦監督の元でプレーした柏の福井諒司が完全移籍で復帰、北九州にレンタルしていたキローラン菜入、キローラン木鈴が復帰など北九州に在籍した選手を数多く獲得した。その他福岡から鈴木惇、清水から高原直泰が完全移籍、湘南から石神直哉が期限付きで加入。ユースからは楠美圭史、安在和樹、ポープ・ウィリアム、吉野恭平、前田直輝が昇格し、中島翔哉も正式に登録された。さらに特別指定選手だった関西学院大学の井林章が加入した。
一方、佐伯直哉、中谷勇介、木島良輔、吉弘充志、アレックス、秋葉勇志、新井章太、竹中公基との契約を更新せず、期限付き移籍だったジミー・フランサ、柴崎晃誠も所属元に復帰、磐田にレンタル移籍していた小林祐希がそのまま磐田に移籍、和田拓也が仙台、高橋祥平が大宮、梶川諒太が湘南、土屋征夫が甲府、深津康太、吉弘充志が町田へそれぞれ完全移籍した。また柴崎貴広が横浜FC、田中貴大と北九州に期限付き移籍していた高野光司が町田へいずれも期限付き移籍し、町田に期限付き移籍していた平本一樹は甲府へ期限付き移籍、富山に期限付き移籍中の舘野俊祐は移籍期間1年延長となったため、チームの陣容が大幅に入れ替わることとなった。
2月19日、カマタマーレ讃岐との練習試合で、ペ・デウォンが接触プレイにより讃岐の藤田浩平に右足関節開放性脱臼骨折の重傷を負わせ、クラブ公式ホームページに謝罪文を掲載する事態に発展、さらに同試合における三浦の言動も問題視され、「選手を守るためであったとはいえ、決して許される行為ではない」として、三浦はリーグ戦開幕節および第2節のベンチ入り停止、ペは最長3月一杯まで対外試合出場停止というクラブの自主的処分が下された。7月2日、ニコラスが期限付き移籍が終了でフラメンゴに復帰し、7月5日には練習に参加していた三渡洲舞人を獲得した。
7月9日、ジュニアからユースまで東京Vに所属していた慶応義塾大学の端山豪を特別指定選手として登録した。
リーグ戦は第6節のFC岐阜戦で初勝利を上げた後も勝ち切れない試合を重ねていく。怪我人も相次ぎ、2連勝以上の連勝も一度も無く、最終成績は14勝14分14敗での13位。
天皇杯は3回戦で川崎Fに敗退した。
2014年 クラブスローガン ：「ONE FLAG」 三浦体制2年目。アカデミー出身で長年クラブを支え2013年度の主将を務めた飯尾一慶が小池純輝と共に横浜FC、中島翔哉がFC東京（2014年はシーズン途中まで富山へ期限付き移籍）、刀根亮輔が名古屋、巻誠一郎が熊本、西紀寛がポリス・ユナイテッドFCなど2013年度の主力選手が数多く移籍。また吉野恭平は広島に完全移籍しレンタルバックの形で残留(8月6日にレンタル期限が終了し、広島に移籍した)。
一方仙台から田村直也、日本体育大学から北脇健慈を獲得。ユースから澤井直人、菅嶋弘希、安西幸輝、畠中槙之輔が昇格し、期限付き移籍していた舘野俊祐、田中貴大、南秀仁、杉本竜士、柴崎貴広、平本一樹が復帰。清水から姜成浩を同年7月31日までの期限付き移籍で獲得。また新外国人のギリャルメとニウドも期限付きで加入した。コーチは寺門大輔、間瀬秀一から久永辰徳、安田好隆になった。選手の多くはアカデミー出身で若いメンバーとなった。
シーズン開幕後に昨年度チーム得点王の高原直泰が相模原に期限付き移籍し、前年まで琉球に所属した永井秀樹が6年ぶりに復帰した。また8月13日にオペラリオに所属していたアブダを獲得した。
第31節終了後、J3降格圏寸前の20位に低迷していたため監督の三浦を解任。また、安田好隆、吉岡宏の両コーチも解任、久永辰徳も辞任したドタバタ東京Ｖ…三浦泰年監督解任をＬＩＮＥで選手に通達（スポーツニッポン2014年9月15日 9月16日閲覧）。後任の監督には東京Vユース監督の冨樫剛一が就任、コーチには、なでしこリーグの日テレ・ベレーザのコーチをしていた村田達哉、GKコーチには育成GKコーチだった土肥洋一が就任、さらに竹本一彦をテクニカルダイレクターに招聘した。
監督交代後も勝ち切れない試合が続き、年間順位は20位でクラブ史上最低の順位となった。天皇杯は2回戦で北九州に敗戦した。
2015年 クラブスローガン ：「ONE FLAG 野心」