thumb|400px|戦国時代から江戸時代初期にかけての上杉氏系図。米沢藩の初代藩主・上杉景勝から第3代藩主・上杉綱勝まで。 thumb|400px|江戸時代中期から昭和時代までの上杉氏系図。4代藩主・上杉綱憲から現当主まで。 米沢藩（よねざわはん）は、出羽国（明治維新以降の羽前国）置賜郡（現在の山形県東南部置賜地方）を治めた藩。藩庁は米沢城（米沢市）。藩主は外様大名の上杉氏。石高は当初30万石で国主大名だったが、1664年に15万石に減封される。その後、幕末に加増されて18万7千石となるも戊辰戦争後に14万7千石に減封となり、支藩で有る米沢新田藩1万石を併合して廃藩置県を迎えた。
前史 thumb|200px|伊達政宗 米沢は戦国時代の天文17年（1548年）から伊達家の本拠地であった。当時の伊達家は第14代伊達稙宗と嫡子の晴宗による内紛（天文の乱）が起こっており、その内紛に勝利した晴宗は伊達家第15代となり米沢に本拠を移した。しかし晴宗と嫡子の輝宗も内紛を起こし、輝宗が勝利して第16代となるも、伊達家はそのために勢力拡大が大幅に遅れていた。
天正12年10月（1584年）、輝宗は隠居して嫡子の政宗が第17代当主となる。政宗は相馬家、二本松畠山家、蘆名家など奥州南部の諸氏を攻めて勢力を拡大。天正17年6月（1589年）に摺上原の戦いで蘆名家に大勝して同家を滅ぼし、以後政宗は蘆名家の本拠であった黒川城を本拠とした。さらに二階堂家、石川家や岩城家を滅ぼした政宗は奥羽66郡の内、およそ半ばを支配する奥羽の覇者となった。
しかし天正18年（1590年）の小田原征伐で政宗は6月に小田原に参陣して豊臣秀吉に臣従した。このため伊達家の存続は許されたが、秀吉の奥州仕置により会津郡・安積郡・岩瀬郡など3郡は秀吉の発令していた奥羽両国惣無事令違反であるとして没収され、政宗は再び本拠を米沢に移した。だが秀吉は奥州仕置に際して厳しい検地を命じたため、10月初旬に奥州仕置で改易された大崎家や葛西家の旧領で一揆を起こした。この一揆は会津の新領主となった蒲生氏郷と政宗によって鎮定されたが、一揆の扇動に政宗があり、また氏郷暗殺の謀略があったとして秀吉は天正19年（1591年）秋に政宗から故地米沢をはじめ、伊達郡や信夫郡などを没収して大崎・葛西の旧領を与えた。これにより伊達家の領地はさらに減少し、年貢収入に至っては従来の半分ほどになった。政宗は岩手沢城を新たな居城と定めて岩出山と改名した。
政宗が移封された後、伊達家の旧領は会津の領主であった蒲生氏郷の所領となり、氏郷は米沢に蒲生郷安を入れた。だが文禄4年（1595年）に氏郷が死去。嫡子の秀行が13歳で跡を継ぐ。しかし東北の鎮守として90万石もの所領を支配するのは容易ではなく、重臣間の諍いがあって18万石に減封された。
蒲生家に代わって会津に入封したのは越後春日山城主の上杉景勝であった。領地は蒲生旧領と出羽庄内に東蒲原文禄4年（1595年）の蒲生騒動により、上杉家は新川と東蒲原を交換し越後・佐渡を完全領有した（前田は越中を完全領有。能登・加賀には他領あり）。朱印状では「越後、佐渡二国に信濃川中島四郡、出羽庄内三郡、他に上方に台所入（軍役外）の在京領」・佐渡を加えた120万石であり、これは徳川家康や毛利輝元（輝元の朱印高は112万石天正19年に豊臣秀吉から発給された領知朱印状・領知目録 「安芸 周防 長門 石見 出雲 備後 隠岐 伯耆三郡 備中国之内、右国々検地、任帳面、百拾二万石之事」『毛利家文書』天正19年（1591年）旧暦3月13日付（『大日本古文書 家わけ文書第8 毛利家文書之三』所収）。）含む毛利一族（小早川秀包、安国寺恵瓊など、九州と四国に輝元とは別に領地をもつ）に次ぐ第3位の石高であった。景勝は家老直江兼続に30万石（一説には甘粕氏の刈田郡白石城を含め32万石）を与えて米沢に入れ、伊達政宗及び山形の最上義光に対する抑えとした。ただし直江自身の所領は6万石だったといわれ、直江は上杉家全体を執政する立場にあったことから米沢には城代を派遣し、自らは本拠の若松城で景勝を補佐した。
慶長3年8月（1598年）に秀吉が、慶長4年閏3月（1599年）に前田利家が死去すると、徳川家康の勢力は豊臣政権内において抜きん出た立場になり、家康は政宗をはじめとする諸大名との無断婚姻を繰り返した。家康に対抗しようと五奉行の石田三成は直江兼続に接近し、直江は景勝と慶長4年8月（1599年）に会津に帰国すると、領内の山道を開き、武具や浪人を集め、28の支城を整備するという軍備増強に出た。景勝・兼続主従は慶長5年2月（1600年）から若松城に代わる新たな城として、若松の北西およそ3キロの地点に位置する神指村に神指城の築城を開始した。しかしこの軍備増強は、越後の堀秀治や出羽の最上義光らにより家康に報告され、また上杉家中でも和平を唱える藤田信吉が出奔して江戸に落ち延びたため、家康は景勝に弁明を求める使者を出したが景勝は拒絶し、家康は諸大名を集めて会津征伐を開始した。
神指城築城は6月まで続けられたが、家康率いる討伐軍が江戸にまで来たため中止し、白河城の修築が急がれた。7月24日、下野小山で石田三成らの挙兵を知った家康は、次男の結城秀康や娘婿の蒲生秀行らを宇都宮城に牽制として残し、8月に西上を開始した。直江兼続は家康を追撃しようとしたが、上杉領の北に位置する最上義光や伊達政宗らの攻勢もあって追撃は断念した。一説に景勝は天下に上杉家の信を失い、恥辱を残すことを恐れて許さなかったとされている。直江兼続は矛先を出羽山形の最上義光に向け、9月3日に直江は米沢に帰城すると、大軍を最上領に差し向けた（慶長出羽合戦）。直江は現在の東村山郡山辺町畑谷にあった畑谷城を落としたが、長谷堂城で最上軍の猛烈な反撃を受けて攻勢は停滞、その間の9月15日、関ヶ原の戦いで石田三成の西軍は壊滅したため、家康ら東軍の圧勝に終わった。9月29日に景勝のもとに石田大敗の急報が入り、景勝は直江に総退却を命じた。この時、上杉軍と最上軍、及び最上を救援する伊達軍との間で熾烈な追撃戦が行われ、両軍合わせて3,000余の戦死者が出た。
景勝は家康と和睦するため、11月に重臣の本庄繁長を上洛させて謝罪させた。自らも慶長6年8月8日（1601年）に結城秀康に伴われて伏見城において家康に謝罪した結果、8月17日に家康は上杉家の存続を許したが会津など90万石を没収して出羽米沢30万石へ減封した。こうして上杉家の支配による幕藩体制下の米沢藩が成立した。
藩史 上杉景勝の時代 thumb|200px|上杉景勝 thumb|200px|上杉家家老の直江兼続 上杉景勝が関ヶ原の戦いで出羽米沢に減移封されたため、直江兼続は米沢城を景勝に譲った。藩領は、上杉氏の旧会津領120万石のうち、出羽置賜郡（置賜地方）18万石と陸奥国伊達郡（現伊達市、伊達郡、福島市）および信夫郡（現福島県福島市）12万石からなっており、米沢からは峠を隔てた陸奥側の抑えとして福島城に重臣本庄氏を城代として置いた。
米沢は直江兼続の所領であったが、直江は上杉家全体の執政として若松城に詰めていたことが多かったため、内政はほとんど整っておらず、城下は蒲生家の時代に築かれた8町6小路の町人町と数百の侍町があるに過ぎない小さな城下町であった。この小さな城下町に会津に住んでいた家臣団や越後以来の寺社・職人などが大人数で移ってきたため、城下は大混乱した。直江は上・中級家臣は別として、下級家臣に対しては一軒に2、3世帯を共同で同居させてそれでも住居が無理なら掘っ立て小屋を建てたという。また屋敷割りから祖の上杉謙信の霊廟を築いたりした。
大坂の陣では徳川方についた。米沢の藩政の基礎を固めた直江兼続は元和5年12月（1620年1月）に、上杉景勝はその4年後に死去した。
男系断絶と所領の半減 景勝の死後、家督はただ1人の息子であった定勝が継承した。定勝時代の米沢藩は安定しており、事件は寛永17年（1640年）の数百戸を焼失した大火と寛永19年（1642年）の凶作くらいだったとされる。定勝は正保2年（1645年）に死去し、家督は嫡子の綱勝が継いだ。だが寛文4年閏5月（1664年）に綱勝は嫡子も養子も無いままに急死した。このため上杉家は無嗣断絶の危機に立たされたが、綱勝の正室の父に当たる会津藩主保科正之が奔走し、綱勝の妹富子と高家の吉良義央との間に生まれていた当時2歳の綱憲を末期養子とすることを訴えて幕閣に認められた。ただし所領に関しては、ペナルティとして信夫郡と伊達郡にあった12万石、屋代郷（現山形県高畠町）3万石が没収されて置賜郡内の15万石のみとされた。
綱憲から重定まで 綱憲は華奢な生活や吉良家への財政支援などにより藩財政を悪化させる。綱憲の時代の元禄14年3月14日（西暦1701年4月21日）、江戸城内の松の廊下において、赤穂藩主・浅野長矩（内匠頭）が、綱憲の実父の吉良義央を襲撃し刃傷を負わせる。加えて元禄15年12月（1703年1月）に赤穂藩浪士の吉良邸討ち入りがあった（元禄赤穂事件）。これにより吉良義央はじめ上杉家から派遣されていた小林央通や清水義久らが斬殺され、綱憲次男の吉良家新当主・義周や家老・左右田重次らが負傷した。赤穂浪士は切腹、義周は信濃諏訪藩に流罪となり同地で死去している。この事件を扱った作品群（忠臣蔵）では吉良家との関係から上杉家が登場してくることも多いが、江戸家老で山鹿流の達人山鹿素行が序文を書き上杉家に贈った『楠正成一巻之書』が現存している。（米沢図書館 所蔵）・千坂兵部が大石内蔵助と頭脳戦を展開したり、出兵しようとする綱憲を押しとどめたりと事実と異なる設定も多い（千坂は事件当時すでに死去していた。近年は事件時に生存していた江戸家老色部又四郎に差し替えられていることも多い。史実で綱憲を制止したのは親戚の畠山義寧）。討ち入りの際に出合って吉良家臣で最も奮戦したと伝わる山吉新八郎は元上杉家臣で義周に従って吉良家の家臣になっていた人物だった。綱憲は事件後の2年後に病気を理由に家督を長男の吉憲に譲って隠居した。
吉憲は在任18年で享保7年（1722年）に死去し、長男の宗憲が第6代を継ぐが、宗憲も享保19年（1734年）に死去し第7代を弟の宗房が継ぐが、これも延享3年（1746年）に死去と、病弱な藩主が相次ぎ短期間で入れ替わった。
第8代は宗房の弟の重定が継ぐ。重定は先代までのように病弱ではなかったが暗愚で、藩政を省みず遊興にふけって借財だけを増やした。このため、米沢藩の財政は危機的状況に陥り、重定は幕府へ領地を返上しようと真剣に考えるほどであった。
藩主が頻繁に入れ替わったため、藩政の実権は筆頭奉行の清野内膳が掌握したが、清野は宝暦6年（1756年）に辞職するまで藩政改革に手をつけず、何ら為すところが無かった。重定の時代には与板組の下級武士ながら寵愛されていた側近の森平右衛門利直が出世して実権を握った。森は租税の増収を図り、郷村の統制機構を整備して年貢の増徴を図ったが、一方で自らの親類を側近に取り立てたり人事や賞罰を独断して行うなど専横が強まり、藩政は腐敗したため、宝暦13年2月（1763年）に森は竹俣当綱により誅殺された。
上杉鷹山の時代
thumb|200px|上杉鷹山 第9代藩主の治憲（鷹山）は日向高鍋藩秋月家の生まれで養子であるが、生母が秋月藩黒田氏に嫁いだ上杉綱憲の孫娘なので全く上杉家と無縁というわけではない。明和4年（1767年）に鷹山は家督を継ぐ。前述のように米沢藩は極端な財政難と政治腐敗で藩政が破綻寸前にあった。このため鷹山は、藩政と財政の再建を目指して自らが家督相続した強い決意を示し、さらに大倹約を主旨とした大倹令を発布した。また自らの生活費を大幅に切り詰め、奥女中も大幅なリストラを行った。他にも殖産興業政策、籍田の礼、世襲代官制度の廃止、備荒20ヵ年計画など改革は次々と実行され、鷹山の時代に米沢藩は息を吹き返すことになった。
だが鷹山の改革は上杉家譜代の老臣らから根強い反対があり、1度は七家騒動において須田満主、芋川正令らが処分されたが、改革も後半になると再び老臣らが鷹山の腹心となっていた竹俣当綱を失脚させるなどした。また天明の大飢饉などで改革が停滞に入ったことも事実であり、鷹山は天明5年（1785年）に隠居し、第10代は重定の四男の治広が継承した。しかし治広と第11代藩主の斉定はいずれも鷹山の後見を望んだため、以後も鷹山の改革が続行されることとなる。
鷹山は停滞した改革を再び再建するため、借財返済の延期懇請と財政支出の大幅緊縮を行った。しかし外国船の日本接近による軍役や家臣が多すぎる問題などから、財政は再び悪化していた。このため鷹山は寛政期に入ると、等級の区別無く有能な人材を大量に召しだして登用した。また財政再建16ヵ年計画を定め、農村復興計画や上書箱の設置、緊縮財政から領民保護など様々な改革を行った。一方、藩財政の悪化から事実上廃絶していた藩校興譲館を再興した。福祉政策も充実させて、滅亡寸前だった米沢藩を再建した名君上杉鷹山は、文政5年3月（1822年）に死去した。
幕末から明治へ thumb|200px|上杉茂憲
第12代藩主斉憲の時代に、米沢藩は幕末を迎える。弘化元年7月16日（1844年）、高野長英が興譲館に蘭学の同門・堀内素堂を訪ね来訪。国学・蘭学の影響で藩風は勤皇開国に流れ、東国外様としては唯一、藩主が西国雄藩と共に朝儀に召集された。斉憲は徳川家茂の京都上洛に御供して文久3年（1863年）に上洛して京都警衛を果たし、八月十八日の政変で斉憲は中川宮・松平容保・稲葉正邦・池田茂政（備前藩主）・池田慶徳（因州藩主）・蜂須賀茂韶（阿波世子）らと共に朝議に列し、長州藩を擁護し事態収拾を図るも七卿落ちを招く。
翌年からは嗣子茂憲が上洛して2年間京都警衛を果たしたため、その功績により慶応2年9月（1866年10月）に屋代郷3万7248石を幕府より与えられ、米沢藩の知行高は19万石近くまで増加した。
大政奉還が行われると、藩論は佐幕派と尊皇派に分かれた。開明派で西国雄藩とも近い軍事奉行の千坂高雅が、慶応4年正月（1868年）には薩長に従い3,000人を率いて上洛、弾薬の海上運搬もおこなったが、藩主斉憲は保科正之の旧恩があるとして幕府に味方した。
慶応4年4月（1868年5月）に江戸城の無血開城が成り、戊辰戦争がいよいよ東山道に波及し始めると、米沢藩はかつての保科正之への恩義もあることから会津藩と新政府軍の間に立って仲介に努めたが、その行動はかえって新政府軍から疑いの目を向けられる結果を招いた。するとこれを察知した米沢藩の方でも、新政府軍は会津攻撃が終了したあとも北進して東北の佐幕派諸藩を攻撃するらしいという風聞を信じて驚き慄き、双方疑心暗鬼のうちに米沢藩は奥羽越列藩同盟に加わって仙台藩や会津藩とともに新政府軍に対峙するという好ましからぬ状況にはまってしまった。仙台藩が奥州街道・常磐方面を担当したのに対し、米沢藩はその故地でもある越後を担当したが、長岡藩と共同して戦った北越戦争において新政府軍に敗退、羽越国境の大里峠まで迫られたところで、同年8月18日、新政府軍方から思いがけない報せが藩主の正室貞姫を経由して米沢藩にもたらされた。東山道先鋒総督府は土佐藩の迅衝隊を中心に編成された部隊だったが、その幹部である谷干城・片岡健吉・伴権太夫らは連名で米沢藩に恭順を薦める内容の書状を認め、これを土佐藩主山内豊資 → その三女で米沢藩主上杉茂憲の正室となっていた貞姫 → 藩主茂憲へと送付したのである。これを受けて米沢藩は24日までに藩論をまとめて恭順した。その後は新政府軍のために勤皇し、庄内藩攻撃のために兵を出し、会津藩に対してもその非を説き恭順することを諭した。
米沢藩は戦後の処置で、明治元年12月（1869年1月）に4万石を減封されて14万7000石となった。また藩主斉憲は隠居となり、嫡子の茂憲が家督を継いだ。明治2年（1869年）に蔵米支給の支藩米沢新田藩を併合した。
米沢藩は宮島誠一郎の指導のもと、版籍奉還などの明治政府の改革を積極的に支持していくことで「朝敵」の汚名をそそぐことに尽力した。明治4年7月14日（1871年8月29日）廃藩置県によって米沢県となり、11月に置賜県を経て、山形県に編入された。
また、館県を除く北海道が開拓使の所管となり、上杉家による北海道の分領支配（後志国の一部）も終了した。新暦1878年（明治11年）に奥羽地方を視察旅行したイザベラ・バードは、置賜地方を「東洋の理想郷（アルカディア）」と賞賛した"Unbeaten Tracks in Japan" 第二巻「北日本旅行記」（Isabella Lucy Bird 1880）。
藩主家は明治2年6月17日の版籍奉還と同時に華族に列し、1884年（明治17年）7月7日の華族令で伯爵を授けられた。上杉茂憲は藩主退任後、沖縄県令として県政の再建に尽力している。
藩主のほか米沢藩士の中にも池田成章（置賜県判事、沖縄県書記官など）、森長義（深津県権参事、小田県参事など）のように、明治政府の官吏となる人材も輩出した日本歴史学会編「明治維新人名辞典」より「廃藩置県」。また、平田東助も品川弥二郎から高く評価されて山県有朋の側近となり、内務大臣・内大臣などの要職を歴任した。
平田の甥である伊東忠太（慶応3年・1867年米沢藩医の家に生まれる）も、上杉神社社殿・一橋大学兼松講堂・靖国神社遊就館など、多数の建造物を設計・建築しており、1954年（昭和29年）には米沢市名誉市民・第1号となる。
明治初期には靖国神社に、官軍に転じた米沢藩の松本誠蔵、堀尾啓助（勘定頭・役所役筆頭）らが合祀されている明治12年（1879年）6月24日合祀（第11回合祀祭）。
藩政 宗教 豊臣時代の領主である蒲生氏郷がキリシタン大名であった影響から、旧蒲生領は東北地方におけるキリシタンの根拠地のような地域になっていた。米沢も氏郷の家臣の蒲生郷安が城主であり、この郷安が氏郷の影響からキリシタンであったため、米沢にも少なからずキリシタンが存在した。やがて上杉家が米沢に入封すると、慶長16年（1611年）にフランシスコ会の神父ルイス・ソテロによって上杉謙信時代の宿老甘粕景継の子信綱が入信し、以後信綱ことルイス右衛門によって米沢のキリシタンが拡大することになった。
江戸幕府における慶長18年（1613年）の全国禁教令を契機として、厳しいキリシタン弾圧が展開された。この幕府の弾圧で京都・大坂方面のキリシタンは衰退の一途を辿るが、それら迫害されたキリシタンは主に東北地方に逃れたため、かえって東北方面のキリシタンは盛況を呈するようになり、米沢では信綱の熱心な布教活動もあって信徒が1万人を越える勢いだった。このため幕府は米沢にキリシタン弾圧を命じるが、上杉景勝は幕府の命令に形式的には従いながらもキリシタンにはかなり寛容な態度をとった。これは上杉家中にかなりキリシタン武士が存在し、有能な人材を失いたくない景勝の思惑があったためとされる。だが景勝の死後、跡を継いだ定勝は幕府の度重なる圧力に屈して寛永5年（1628年）に甘粕信綱とその家族家臣など14名を処刑したのをはじめ、その後もキリシタン弾圧を続けて殉教者は寛永5年だけで70名以上に上った（米沢寛永5年のキリシタン弾圧）。
島原の乱以後はキリシタン弾圧がさらに強化され、定勝の従兄弟にあたる公家山浦玄蕃（知行1,000石）も定勝没後の承応2年（1653年）に幕府の命令で処刑されている。
家臣の人数 米沢藩上杉家は他の藩と比較して下級武士の数が圧倒的に多かった。これは関ヶ原の戦いに敗れて所領を4分の1に削減されたにもかかわらず、家臣に暇を出すことをせず、そのまま米沢に連れて来たからである。必然的に家臣ひとり当たりの知行高は低く抑えられ、のちのち上杉家そのものだけでなく家臣たちひとりひとりの極端な経済的困窮につながった。大坂の陣では上杉軍は2万の軍を率いて出陣しているが、本来は30万石であるから動員できる兵力は多く見ても7,500人から9,000人（そもそも1万石の動員数が250人から300人）であり、上杉家は倍以上の兵を動員している勘定になる。同じ山形県内にあった庄内藩酒井家14万石の家臣は約1,900人であるが、米沢藩は約5,000人という数から比較しても、家臣の極端な大人数が財政難の原因のひとつとなったことは確かである。なお、上杉家の上級家臣（高家衆・奉行・家老・分領家）は95人で全体のおよそ2パーセント、中級家臣（上杉謙信の旗本だった馬廻組・上杉景勝の旗本だった五十騎組・直江兼続の与板衆）が930人で全体のおよそ19パーセント、残りが下級家臣でおよそ3,900人であった。
下級武士 一般的に最下級の足軽以下の階級は技能職分として扱われ、士分階級のように世襲ではなく1代雇用が原則であった。だが米沢藩は足軽（特に鉄砲足軽）は世襲とされ、扶持に関しても手明組などの徒士階級、三扶持方の下士階級とあまり変わらず、場合によってはより高い扶持をもらっていた者もいた。米沢藩では鉄砲の技能を重んじ、その修練を奨励しており、毎年正月には「矩（のり）の鉄砲」と呼ばれる藩主上覧の鉄砲披露があり、家臣が鉄砲の技量を競う晴れ舞台であったためだった。鉄砲は中級武士も撃つことを許されたが、扱うことができたのは10匁筒だけであり、20匁以上の大筒撃ちは専門職の足軽だけに許された特殊技能であり、特別の大筒を操作できる者には30匁撃ちに3石、40匁撃ちに4石、50匁撃ちに5石の加恩給を与えられた。
関ヶ原の戦い後に知行を大幅に削減されて下級武士の生活は困難になったため、米沢藩は会津口の南原、板谷口の山上、仙台口の東原に屋敷割りをして下級武士を住まわせ、藩境警備の任務に当たらせると同時に周辺の荒地を開墾させて半士半農の生活をさせるという屯田兵の暮らしをさせ、この集団は原方衆と呼ばれた。原方衆は下級武士の半数を占める約1,900人であり、農民とあまり変わらぬ生活をしていたために「原方の糞つかみ」と蔑まれたが、彼らの中には武士の矜持を忘れずに学問や武芸の修練に励む者も多かったと伝わる。また、自ら開拓した土地はそのまま与えられ、収穫した年貢も一般農民よりは軽減されていたので、城下で暮らす武士階級よりずっと生活は安定していたといわれる。
逆に原方衆を蔑んでいたと伝わる城下集住の下級武士の生活はかなり苦しく、藩財政が逼迫して減俸されると扶持のみでは生計が成り立たなくなった。このため、米沢藩特産品の筆結いなどの内職を行い、それでもなお不足なので職人や日雇い人足になって収入を稼ごうとした。彼らの雇い主である米沢の町人は、日雇い武士に失礼のないようにと「人足様」「大工様」と敬称をつけて呼んでいたといわれ、この遺風は現在まで続いている。
財政（江戸初期から重定まで） 貢租は蒲生時代以来、半石半永制をとる。これは貢租納入の半分を貨幣で納入するもので幕末まで踏襲された。また貢租の貨幣にあてる分は一定の米や漆、紅花、青苧、真綿といった特産物の買い上げ代金を廻すという方法が採られた。このため、早くから藩の買上制が実施された。米沢藩は120万石からの大減封を受け、しかも佐渡銀山などを失って大幅な収入減を受けた。関ヶ原の戦いの際に備えて雇った傭兵や浪人などは解雇したが、越後時代から付き従ってきた譜代家臣、並びに武田家や小笠原家、蘆名家旧臣の召し放ちを極力行わず、6,000人と言われる家臣団を維持した。そのため、江戸時代初期から厳しい財政難に苦しめられた。
また米沢城は、伊達氏時代からの三階櫓を中心とした平城であったがほとんど拡張を行わなかった。また城下町は伊達家・蒲生家時代から手狭だったため、上杉家の家臣や家族が入るに及んで大混乱が起こった。このため上杉景勝・直江兼続らは下級武士を手狭な城下町の外に住まわせて、半農半士の生活を送らせたが、このような下級武士のことを原方衆という。それでも初期の米沢藩は、2代藩主上杉定勝が表高30万石に対して内高51万石と言われるまでに新田開発を進めたが、寛文4年（1664年）の15万石への半減で藩財政は再び大きな打撃を受けた。これ以降の実高は30万石程度（幕末の18万石への加増時には35万石前後）であるが、依然として家臣団は減らさなかったので、財政はますます厳しくなった。ちなみに、明治初年の史料をもって比較すると、加賀102万石の前田家の場合は、内高が120万石で、士族7,077戸、男12,414名、卒族戸数9,474戸、男14,029人であった。一方の米沢藩14万7千石（列藩同盟処分の削封後）の上杉家の場合は、内高が30万石で、士族3,425戸、男7,565名、卒族戸数3,308戸、男11,980人であった。この比較からも、米沢藩の厳しい状況は一目瞭然である。
このような深刻な財政難にもかかわらず、第3代藩主綱勝は藩士に対して倹約を命じつつ自らは大好きな能楽にのめり込み、明暦3年（1657年）の火事では城下の東600戸を焼失したにもかかわらず6,000人の家臣を動員して狩りを行い、それに要した費用は代官や商人から借りることで補い、米沢藩の借金生活がこの時から開始された。綱憲は実父吉良義央夫妻の浪費による負債2,780両を立て替えた上に、藩主の実父であるとして毎年6,000両の援助金を送り、元禄11年（1698年）の鍛冶橋における吉良屋敷類焼では呉服橋に8,000両の費用をかけて新邸を造築した上、米沢から大工50人を派遣した。さらに麻布藩邸などの新築、参勤交代などでの奢侈を行い、藩の貯金を一般会計に流用するまでに至る。
7代藩主上杉宗房の代では領内農村の荒廃がすさまじく、年貢未進もかさんでいたため、元文3年（1738年）には当年分完納を条件に、それ以前7ヶ月の未納分の延納を許可する有様であった。上杉重定の代になると、派手好きで奢侈に走ったことに加え、寛永寺普請手伝いによる5万7千両超の工事費や宝暦5年（1755年）の凶作損毛高7万5,800石超の被害も重なって、借財が莫大な額に上ったので、竹俣当綱（美作）の進言に従って幕府に15万石の返上を願い出ることを親族の尾張藩主に相談して、明和元年（1764年）に諭される返答をされる始末であった。
財政（鷹山の改革） 1767年（明和4年）、17歳で重定の跡を継いだ養子の治憲（鷹山）は竹俣当綱と莅戸善政らを登用して藩政改革に乗り出した。倹約令発布、農村統制の強化、絹織物の専売制実施等の財政再建と、桑や漆の植樹、縮織技術の導入や黒井忠寄による灌漑事業などの殖産興業政策を行って藩財政を立て直した。また、先述のとおり特産品の青苧、紅花、蝋等も藩財政を助けた。儒学者細井平洲を招いて藩校の興譲館（現山形県立米沢興譲館高等学校）を設け、藩士の教育にもあたった。一方で、1773年7月（安永2年）には家老の須田満主や奉行の色部照長や千坂高敦らによる竹俣一派排除訴訟（七家騒動）も起こる。
米沢藩では、藩主上杉家の実質上の祖である上杉謙信が藩祖として祀られ、その遺骸を納めた甕は遠く越後春日山（新潟県上越市）から米沢に運ばれて米沢城本丸内に安置されていた。上杉謙信崇拝に基づいた藩風は、越後以来の家臣の召し放ちが少なかったこともあって独特の誇り高い気風を生んだが、その一方で体面を重んじ、頑固で保守的な面があって、そのことが鷹山の藩政改革の障害となったという見方もある。しかし、鷹山隠居後も藩政改革に取り組む名君が続いたため、治憲・治広の代には借財を返済して5千両の囲い金（備蓄）を有するに至る。斉憲の代には、庄内藩の「三方領知替え」の際、本間光暉に移転費用や転封阻止の費用七万三千両を提供しており『酒田市史 改訂版』上、財政に余裕が出てきている。
財政（幕末から廃藩置県） 最後の藩主茂憲は、戊辰戦後に3万両を新政府に献上して三条実美らによる改易論を封じ込め、また、奥羽越列藩同盟参加の責任を戦死した家老色部久長に転嫁することによって藩存続の危機を乗り切った。廃藩置県の際は、旧藩士らに囲金や備金などから17万両余を分与した。明治4年5月には、禄券法（家禄を売買可能な禄券に換えて、私有財産化して処分出来るものとした方法）の伺いを政府に提出した。