東京都の二級水系一覧では、東京都を流れる水系のうち、東京都が管理する二級水系を記述する。2012年現在10水系、15河川ある。
リストの順序は東から西・島嶼部の順に、河口の位置を基準にして並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
水系名延長(km)流域面積(km2)河川数河口所在地備考 (利根川) 77.12 10銚子市、神栖市一級水系 (荒川) 253.036 38江戸川区、江東区一級水系 越中島川 0.54 0.37 1江東区 築地川 0.75 5.55 1中央区 汐留川 0.90 0 1中央区 古川 7.0 22.84 2港区水系名は古川。河川名は下流部が古川、上流部は渋谷川。河川数のカウントは2。 目黒川 30.13 45.8 4品川区 立会川 7.41 7.6 1品川区 内川 1.55 3.25 1大田区 呑川 17.03 2大田区 (多摩川) 410.98 40大田区一級水系 (鶴見川) 20.75 4横浜市鶴見区一級水系 境川 28.51 1藤沢市東京都・神奈川県の県境を流れ、町田市より下流は神奈川県。総延長は東京都内のみ 八ッ瀬川 1.20 1小笠原村
関連項目 河川 二級水系 日本の川一覧 河川法
参考資料 東京都の河川・都管理河川（東京都水防計画）
外部リンク 東京都建設局 : 河川