別表神社（べっぴょうじんじゃ）とは、神社本庁が定めた、神社本庁が包括している一部の神社のことである。
概要 昭和21年（1946年）2月2日、GHQ（連合国軍最高司令官総司令部）の神道指令による神社の国家管理と近代社格制度が廃止された為、代案として昭和23年（1948年）に定められた。伊勢神宮等旧官国幣社や一部の規模の大きな神社は神職の進退等に関して他の神社と同じ扱いをすると不都合があるから、「役職員進退に関する規程」（昭和23年9月30日規程第15号）において特別な扱いをすることと定められた。その対象となる神社が同規程の別表に記載され、「別表に掲げる神社」を「別表神社」と通称する。
別表神社は、人事の面で以下のような特別の扱いがされる。 一定以上の基準に達すれば宮司の下に権宮司を置くことが認められる 宮司・権宮司は明階以上の階位を有する者でなければ任用されない（一般神社では権正階以上） 禰宜は正階以上の階位を有する者でなければ任用されない（一般神社では直階以上） 権禰宜は権正階以上の階位を有する者でなければ任用されない（一般神社では直階以上） 宮司・権宮司の在任中の身分は特級、一級・二級上以外の者は二級とする 宮司・権宮司の任免は各都道府県の神社庁長の委任事項としない（神社本庁統理の直接任免とする）
当初の別表神社は旧官国幣社のみであったが、昭和26年（1951年）7月9日に「別表に掲げる神社選定に関する件」という通達（昭和26年7月9日通達第4号）が出され、旧官国幣社以外で新たに別表神社に加える神社の選定基準が示された。それは以下のものである。
由緒 社殿・境内地等の宗教施設の状況 常勤神職の数 最近3年間の経済状況 神社の活動状況 氏子崇敬者の概数、その分布等崇敬状況
また、別表神社の総数は一応300社程度とした。別表神社は昭和27年（1952年）1月29日の宗教法人「神社本廳」新廳規発行と共に旧官国幣社190社が指定され、次いで同年5月の第7回評議員会で現に権宮司を置くことを承認された東京大神宮以下8社が、同年5月27日に追加指定された。昭和28年（1953年）には各神社庁で選考された約30社が神社本庁に内申され、3月23日に行われた初の別表に掲げる神社審査委員会の審議、5月の第8回評議員会の審議を経て、同年5月29日付の「役職員進退に関する規程の一部を改訂する規程」により別表から京都府出雲神社（出雲大神宮）を削除、神奈川県伊勢山皇大神宮以下29社が追加された。昭和30年（1955年）7月1日に北海道小樽市の住吉神社、上川郡（現・旭川市）の上川神社、旭川市の北海道護國神社、岡山市の岡山縣護國神社、徳島県那賀郡（現・阿南市）の津峯神社が追加された。
この規定により、旧府県社・内務大臣指定護国神社を中心に別表神社の数は次第に増加し、昭和35年（1960年）末時点で261社、昭和41年（1966年）6月24日時点で307社、平成18年（2006年）現在で353社となっている。なお、別表神社の追加選定は5年毎に行われるのが通例だが、明治維新百年を記念した特例追加（1968年）等も行われている。
昭和28年（1953年）5月30日に通達された「役職員進退に関する規程の一部改正について」（昭和28年5月30日通達第5号）に「別表に掲げることは、事務取扱上の区別をしたに止まり、何等社格的な意味はない。」とあるように、別表神社は社格のような神社の格付けではなく、あくまでも神職の人事のみにかかわる区別である。しかし、別表に掲げられている神社は社殿、境内、神職の数などの面で比較的大きな規模の神社であり、一般には一種の格付けとして捉えられている。
なお、社格同様、伊勢神宮は別格として別表神社に入れられておらず、神宮大宮司の任免は「神宮規則」により「神宮崇敬者総代の同意を得て責任役員（当該大宮司を除く）が連署の上、勅裁を仰ぐ」とされ（第32条）、さらに特別の扱いがなされている。
別表神社一覧 「式内」は式内社（名神=名神大社、国史=国史見在社）、「近代」は近代社格制度の社格（官大=官幣大社、国中=国幣中社、別官=別格官幣社、護国=内務大臣指定護国神社）。「加列年」は、旧官国幣社で昭和23年（1948年）の制度開始時点で本庁被包括であったものについては当初より別表神社であるので、一律で1948年と記載している。1948年以降に本庁被包括となったものについては「役職員進退に関する規程の一部を変更する規程」により別表神社一覧に加列した年を記載している。
また、神社本庁評議員会の決議（役職員進退に関する規程改正の附帯決議）で「単立の旧官国幣社が本庁（神社本庁）に所属した場合は別表に掲げる神社とすること」とされたことから、熊野座神社（熊野本宮大社）など旧官国幣社が神社本庁に所属した場合は別表神社に登載されている。
なお、昭和61年（1986年）に「本庁に所属しない神社の被包括関係設定に伴ふ特例措置に関する規程」（昭和61年規程第4号）が定められており、第3条「非所属神社の由緒中、旧官国幣社の取扱ひを受けた神社は、被包括関係設定の承認と同時に、（略）別表に掲げる神社（以下「別表神社」といふ。）とする」と非所属神社（単立神社）が神社本庁に所属した場合の別表神社に関する取り扱いが定義されている。このため、神社本庁から一時離脱していた別表神社のうち、旧官幣大社だった明治神宮は平成22年（2010年）の神社本庁への復帰と同時に別表神社に再加列しているが、旧府県社相当だった北海道護國神社は、平成15年（2003年）に神社本庁へ復帰したものの、別表神社への再加列は平成23年（2011年）となるなど、旧社格によって取り扱いが異なっている。
名称鎮座地式内近代その他の社格加列年 北海道 北海道神宮北海道札幌市中央区 官大蝦夷国新一宮1948年 函館八幡宮北海道函館市 国中 1948年 住吉神社北海道小樽市 県社 1955年 上川神社北海道旭川市 県社 1955年 帯廣神社北海道帯広市 県社 1976年 樽前山神社北海道苫小牧市 県社 1986年 北海道護國神社北海道旭川市 護国 1955年加列1958年削除2011年再加列 青森県 岩木山神社青森県弘前市 国小津軽国新一宮1948年 猿賀神社青森県平川市 県社 1959年 岩手県 駒形神社岩手県奥州市小社国小陸中国新一宮1948年 志和稲荷神社岩手県紫波郡紫波町－県社奥州総鎮護 1957年 盛岡八幡宮岩手県盛岡市－県社 宮城県 鹽竈神社宮城県塩竈市名神国中 陸奥国一宮1948年 志波彦神社宮城県塩竈市－国中 1948年 黄金山神社宮城県石巻市小社論社県社 1952年 竹駒神社宮城県岩沼市 県社 1948年 宮城縣護國神社宮城県仙台市青葉区－護国 1960年 大崎八幡宮宮城県仙台市青葉区 村社 2016年 秋田県 古四王神社秋田県秋田市国史国小 1948年 太平山三吉神社秋田県秋田市 県社 1953年 秋田諏訪宮秋田県仙北郡美郷町 県社 1953年 秋田県護国神社秋田県秋田市－護国 1961年 山形県出羽三山月山神社山形県東田川郡庄内町名神官大 1948年出羽神社山形県鶴岡市小社国小 1948年湯殿山神社山形県鶴岡市 国小 1948年 鳥海山大物忌神社山形県飽海郡遊佐町名神国中出羽国一宮1948年 上杉神社山形県米沢市－別官 1948年 金峯神社山形県鶴岡市 県社 1952年 熊野神社山形県南陽市 県社 1953年 山形県護国神社山形県山形市－護国 1953年 鮎貝八幡宮山形県西置賜郡白鷹町－県社 1959年 谷地八幡宮山形県西村山郡河北町－県社 1959年 北舘神社山形県東田川郡庄内町－郷社 1961年 鳥海月山両所宮山形県山形市－県社 1961年 寒河江八幡宮山形県寒河江市－県社 1966年 福島県 都々古別神社福島県東白川郡棚倉町棚倉名神論社国中陸奥国一宮1948年 伊佐須美神社福島県大沼郡会津美里町名神国中陸奥国二宮・岩代国新一宮1948年 都々古別神社福島県東白川郡棚倉町八槻名神論社国中陸奥国一宮1948年 霊山神社福島県伊達市－別官 1948年 福島縣護國神社福島県福島市－護国 1996年 茨城県 鹿島神宮茨城県鹿嶋市名神官大常陸国一宮・勅祭社1948年 大洗磯前神社茨城県東茨城郡大洗町名神国中 1948年 酒列磯前神社茨城県ひたちなか市名神国中 1948年 常磐神社茨城県水戸市－別官 1948年 笠間稲荷神社茨城県笠間市 村社 1953年 筑波山神社茨城県つくば市名神・小社県社 茨城県護国神社茨城県水戸市－護国 1966年 東照宮茨城県水戸市－県社 1966年 大杉神社茨城県稲敷市 郷社 1981年 栃木県 二荒山神社栃木県日光市名神論社国中下野国一宮1948年 二荒山神社栃木県宇都宮市名神論社国中下野国一宮1948年 唐澤山神社栃木県佐野市－別官 1948年 群馬県 一之宮貫前神社群馬県富岡市名神国中上野国一宮1948年 群馬縣護國神社群馬県高崎市－護国 1996年 埼玉県 氷川神社埼玉県さいたま市大宮区名神官大武蔵国一宮（三宮）・勅祭社1948年 金鑚神社埼玉県児玉郡神川町名神官中武蔵国二宮1948年 秩父神社埼玉県秩父市小社国小 知知夫国新一宮1948年 三峯神社埼玉県秩父市 県社 1952年 寳登山神社埼玉県秩父郡長瀞町 県社 1957年 箭弓稲荷神社埼玉県東松山市 県社 1961年 氷川神社埼玉県川越市 県社 2001年 鷲宮神社埼玉県久喜市 県社 2001年 高麗神社埼玉県日高市 県社 2006年 千葉県 安房神社千葉県館山市名神官大安房国一宮1948年 香取神宮千葉県香取市名神官大下総国一宮・勅祭社1948年 玉前神社千葉県長生郡一宮町名神国中上総国一宮1948年 小御門神社千葉県成田市－別官 1948年 千葉縣護國神社千葉県千葉市若葉区－護国 1996年 東京都 日枝神社東京都千代田区－官大准勅祭社1948年 明治神宮東京都渋谷区－官大勅祭社1948年2004年削除2010年再加列 大國魂神社東京都府中市 官小准勅祭社・武蔵国総社1948年 東京大神宮東京都千代田区－ 元・神宮司庁東京出張所1952年 乃木神社東京都港区－府社 神田神社東京都千代田区 府社准勅祭社（東京十社）・江戸総鎮守 東郷神社東京都渋谷区－府社 1961年 大宮八幡宮東京都杉並区－府社 1966年 井草八幡宮東京都杉並区－郷社 1966年 湯島天満宮東京都文京区 府社 2001年 神奈川県 寒川神社神奈川県高座郡寒川町名神国中相模国一宮1948年 箱根神社神奈川県足柄下郡箱根町 国小 1948年 江島神社神奈川県藤沢市 県社 1953年 平塚八幡宮神奈川県平塚市 県社 1953年 報徳二宮神社神奈川県小田原市－県社 1953年 稲毛神社神奈川県川崎市川崎区 郷社 1966年 大山阿夫利神社神奈川県伊勢原市小社県社 2001年 伊勢山皇大神宮神奈川県横浜市－県社神奈川県宗社旧官幣国幣社等外別格1953年加列2003年削除2016年再加列 新潟県 彌彦神社新潟県西蒲原郡弥彦村名神国中越後国一宮1948年 度津神社新潟県佐渡市小社国小佐渡国一宮1948年 新潟縣護國神社新潟県新潟市中央区－護国 1966年 白山神社新潟県新潟市中央区小社論社県社 1981年 富山県 高瀬神社富山県南砺市小社国小越中国一宮1948年 雄山神社富山県中新川郡立山町小社国小越中国一宮1948年 射水神社富山県高岡市名神論社国中越中総鎮守一宮1966年 富山縣護國神社富山県富山市－護国 1966年 日枝神社富山県富山市－県社 1968年 石川県 白山比咩神社石川県白山市小社国中加賀国一宮1948年 菅生石部神社石川県加賀市小社国小加賀国二宮1948年 尾山神社石川県金沢市－別官 1948年 大野湊神社石川県金沢市小社県社 1966年 石川護國神社石川県金沢市－護国 2001年 福井県 氣比神宮福井県敦賀市名神官大越前国一宮1948年 金崎宮福井県敦賀市－官中 1948年 若狭彦神社福井県小浜市名神国中若狭国一宮1948年 劔神社福井県丹生郡越前町小社国小越前国二宮1948年 藤島神社福井県福井市－別官 1948年 福井神社福井県福井市－別官 1948年 福井県護国神社福井県福井市－護国 1961年 神明神社福井県福井市 県社 1976年 山梨県 浅間神社山梨県笛吹市名神論社国中甲斐国一宮1948年 小室浅間神社山梨県富士吉田市 郷社 1957年 北口本宮冨士浅間神社山梨県富士吉田市 県社 1966年 冨士御室浅間神社山梨県南都留郡富士河口湖町 県社 1971年 山梨縣護國神社山梨県甲府市－護国 1996年 武田神社山梨県甲府市－県社 2001年 長野県諏訪大社上社本宮長野県諏訪市名神官大信濃国一宮1948年上社前宮長野県茅野市下社春宮長野県諏訪郡下諏訪町下社秋宮長野県諏訪郡下諏訪町 生島足島神社長野県上田市名神国中 1948年 戸隠神社長野県長野市 国小 1948年 穂高神社長野県安曇野市名神国小信濃国三宮1948年 長野縣護國神社長野県松本市－護国信濃國総守護 1957年 四柱神社長野県松本市－村社 1959年 深志神社長野県松本市 県社 1966年 手長神社長野県諏訪市 県社 1968年 武水別神社長野県千曲市名神県社信濃国四宮1971年 若一王子神社長野県大町市 県社 1976年 岐阜県 南宮大社岐阜県不破郡垂井町名神国大美濃国一宮1948年 飛騨一宮水無神社岐阜県高山市小社国小飛騨国一宮1948年 伊奈波神社岐阜県岐阜市 国小美濃国三宮1948年 岐阜護國神社岐阜県岐阜市－護国 1953年 桜山八幡宮岐阜県高山市 県社 1976年 静岡県 三嶋大社静岡県三島市名神官大伊豆国一宮・総社1948年 富士山本宮浅間大社静岡県富士宮市名神官大駿河国一宮1948年 井伊谷宮静岡県浜松市浜名区－官中 1948年 小國神社静岡県周智郡森町小社国小遠江国一宮1948年 神部神社静岡県静岡市葵区小社国小駿河国総社1948年 淺間神社静岡県静岡市葵区－国小 1948年 大歳御祖神社静岡県静岡市葵区小社国小 1948年 伊豆山神社静岡県熱海市小社国小 1948年 久能山東照宮静岡県静岡市駿河区－別官 1948年 秋葉山本宮秋葉神社静岡県浜松市天竜区 県社 1953年 伊古奈比咩命神社静岡県下田市名神県社 1953年 靜岡縣護國神社静岡県静岡市葵区－護国 1953年 焼津神社静岡県焼津市 県社 1966年 大井神社静岡県島田市 県社 1966年 五社神社・諏訪神社静岡県浜松市中央区 県社 1971年 来宮神社静岡県熱海市 村社 1981年 富知六所浅間神社静岡県富士市小社郷社 1986年 愛知県 熱田神宮愛知県名古屋市熱田区名神官大尾張国三宮・勅祭社1948年 真清田神社愛知県一宮市名神国中尾張国一宮1948年 大縣神社愛知県犬山市名神国中尾張国二宮1948年 砥鹿神社愛知県豊川市小社国小三河国一宮1948年 津島神社愛知県津島市 国小 1948年 尾張大國霊神社愛知県稲沢市小社国小尾張国総社1948年 愛知縣護國神社愛知県名古屋市中区－護国 1957年 若宮八幡社愛知県名古屋市中区 県社 1971年 知立神社愛知県知立市小社県社三河国二宮 1976年 三重県 多度大社三重県桑名市名神国大 伊勢国二宮1948年 敢國神社三重県伊賀市大社国中伊賀国一宮1948年 結城神社三重県津市－別官 1948年 北畠神社三重県津市－別官 1948年 三重県護国神社三重県津市－護国 1957年 椿大神社三重県鈴鹿市小社論社県社伊勢国一宮1968年 猿田彦神社三重県伊勢市－無格 1968年 二見興玉神社三重県伊勢市 村社 1968年 滋賀県 建部大社滋賀県大津市名神官大近江国一宮1948年 多賀大社滋賀県犬上郡多賀町小社官大 近江国三宮1948年 日吉大社滋賀県大津市名神官大二十二社・近江国二宮1948年 近江神宮滋賀県大津市－官大勅祭社1948年 御上神社滋賀県野洲市名神官中 近江国三宮1948年 阿賀神社滋賀県東近江市 村社 1961年 滋賀縣護國神社滋賀県彦根市－護国 1961年 日牟禮八幡宮滋賀県近江八幡市 県社 1966年 長浜八幡宮滋賀県長浜市 県社 2006年 京都府 賀茂別雷神社京都府京都市北区名神官大山城国一宮・二十二社・勅祭社1948年 賀茂御祖神社京都府京都市左京区名神官大山城国一宮・二十二社・勅祭社1948年1960年削除1966年再加列 石清水八幡宮京都府八幡市国史官大二十二社・勅祭社1948年 松尾大社京都府京都市西京区名神官大二十二社1948年 平野神社京都府京都市北区名神官大二十二社1948年 平安神宮京都府京都市左京区－官大勅祭社1948年 八坂神社京都府京都市東山区 官大二十二社1948年 貴船神社京都府京都市左京区名神官中二十二社1948年 大原野神社京都府京都市西京区国史官中二十二社1948年 吉田神社京都府京都市左京区 官中二十二社1948年 北野天満宮京都府京都市上京区 官中二十二社1948年 籠神社京都府宮津市名神国中丹後国一宮1948年 護王神社京都府京都市上京区－別官 1948年 豊國神社京都府京都市東山区－別官 1948年 愛宕神社京都府京都市右京区－府社 白峯神宮京都府京都市上京区－官大 1966年 大阪府 枚岡神社大阪府東大阪市名神官大河内国一宮1948年 大鳥神社大阪府堺市西区名神官大和泉国一宮1948年 生國魂神社大阪府大阪市天王寺区名神官大 1948年 水無瀬神宮大阪府三島郡島本町－官大 1948年 坐摩神社大阪府大阪市中央区大社官中摂津国一宮1948年 阿部野神社大阪府大阪市阿倍野区－別官 1948年 四條畷神社大阪府四條畷市－別官 1948年 大阪天満宮大阪府大阪市北区 府社 1953年 住吉大社大阪府大阪市住吉区名神官大摂津国一宮・二十二社1952年 大阪護國神社大阪府大阪市住之江区－護国 1953年 高津宮大阪府大阪市中央区 府社 1959年 今宮戎神社大阪府大阪市浪速区 郷社 1959年 兵庫県 伊弉諾神宮兵庫県淡路市名神官大淡路国一宮1948年 廣田神社兵庫県西宮市名神官大二十二社1948年 生田神社兵庫県神戸市中央区名神官中 1948年 長田神社兵庫県神戸市長田区名神官中 1948年 海神社兵庫県神戸市垂水区名神官中 1948年 出石神社兵庫県豊岡市名神国中但馬国一宮1948年 伊和神社兵庫県宍粟市名神国中播磨国一宮1948年 湊川神社兵庫県神戸市中央区－別官 1948年 西宮神社兵庫県西宮市 県社 1953年 射楯兵主神社兵庫県姫路市小社県社播磨国総社 1953年 廣峯神社兵庫県姫路市国史県社 兵庫縣姫路護國神社兵庫県姫路市－護国 1959年 兵庫縣神戸護國神社兵庫県神戸市灘区－護国 1959年 赤穂大石神社兵庫県赤穂市－県社 1966年 多田神社兵庫県川西市－県社 1968年 奈良県 大和神社奈良県天理市名神官大二十二社1948年 石上神宮奈良県天理市名神官大二十二社1948年 廣瀬大社奈良県北葛城郡河合町名神官大二十二社1948年 龍田大社奈良県生駒郡三郷町名神官大二十二社1948年 丹生川上神社上社奈良県吉野郡川上村－官大二十二社1948年 丹生川上神社奈良県吉野郡東吉野村名神官大二十二社1948年 丹生川上神社下社奈良県吉野郡下市町－官大二十二社1948年 吉野神宮奈良県吉野郡吉野町－官大 1948年 橿原神宮奈良県橿原市－官大勅祭社1948年 談山神社奈良県桜井市－別官 1948年 春日大社奈良県奈良市名神官大二十二社・勅祭社1948年 奈良縣護國神社奈良県奈良市－護国 1966年 石園座多久虫玉神社奈良県大和高田市大社県社 1966年 大神神社奈良県桜井市名神官大大和国一宮・二十二社1967年 和歌山県 竈山神社和歌山県和歌山市小社官大 1948年 熊野速玉大社和歌山県新宮市大社官大 1948年 伊太祁曽神社和歌山県和歌山市名神官中紀伊国一宮1948年 熊野那智大社和歌山県東牟婁郡那智勝浦町－官中 1948年 熊野本宮大社和歌山県田辺市名神官大 1961年 丹生都比賣神社和歌山県伊都郡かつらぎ町名神官大紀伊国一宮1963年 鬪雞神社和歌山県田辺市 県社 1971年 鳥取県 宇倍神社鳥取県鳥取市名神国中因幡国一宮1948年 大神山神社鳥取県米子市小社国小伯耆国二宮1948年 倭文神社鳥取県東伯郡湯梨浜町小社国小伯耆国一宮1948年 名和神社鳥取県西伯郡大山町－別官 1948年 島根県 出雲大社島根県出雲市名神官大出雲国一宮・勅祭社1948年 熊野大社島根県松江市名神国大出雲国一宮1948年 美保神社島根県松江市小社国中 1948年 水若酢神社島根県隠岐郡隠岐の島町名神国中隠岐国一宮1948年 日御碕神社島根県出雲市 国小 1948年 物部神社島根県大田市小社国小石見国一宮1948年 須佐神社島根県出雲市小社国小 1948年 佐太神社島根県松江市小社国小出雲国二宮1948年 松江護國神社島根県松江市－護国 1961年 濱田護國神社島根県浜田市－護国 1961年 平濱八幡宮島根県松江市 県社 太皷谷稲成神社島根県鹿足郡津和野町 郷社 1966年 八重垣神社島根県松江市小社県社 1981年 岡山県 吉備津神社岡山県岡山市北区名神官中備中国一宮1948年 中山神社岡山県津山市名神国中美作国一宮1948年 安仁神社岡山県岡山市東区名神国中備前国一宮1948年 吉備津彦神社岡山県岡山市北区－国小備前国一宮1948年 岡山縣護國神社岡山県岡山市中区－護国 1955年 広島県 厳島神社広島県廿日市市名神官中安芸国一宮1948年 速谷神社広島県廿日市市名神国中安芸国二宮1948年 沼名前神社広島県福山市小社国小 1948年 亀山神社広島県呉市 県社 1957年 備後護國神社広島県福山市－護国 1959年 比治山神社広島県広島市南区 村社 1959年 広島護國神社広島県広島市中区－護国 1960年 福山八幡宮広島県福山市 県社備後福山総鎮守 1969年 吉備津神社広島県福山市－国小備後国一宮1985年 山口県 赤間神宮山口県下関市－官大 1948年 住吉神社山口県下関市名神官中長門国一宮1948年 玉祖神社山口県防府市小社国中周防国一宮1948年 忌宮神社山口県下関市小社国小長門国二宮1948年 豊榮神社山口県山口市－別官 1948年 野田神社山口県山口市－別官 1948年 防府天満宮山口県防府市 県社 1953年 琴崎八幡宮山口県宇部市 県社 1966年 亀山八幡宮山口県下関市 県社長門国三宮 1968年 山口縣護國神社山口県山口市－護国 1996年 徳島県 忌部神社徳島県徳島市（名神）国中 1948年 大麻比古神社徳島県鳴門市名神国中阿波国一宮1948年 津峯神社徳島県阿南市 郷社 1955年 徳島縣護國神社徳島県徳島市 護国 2016年 香川県 田村神社香川県高松市名神国中讃岐国一宮1948年 愛媛県 伊曽乃神社愛媛県西条市名神国中 1948年 石鎚神社愛媛県西条市 県社 1953年 大山祇神社愛媛県今治市名神国大伊予国一宮1952年 和霊神社愛媛県宇和島市 県社 1953年 伊豫豆比古命神社愛媛県松山市名神県社 1953年 愛媛縣護國神社愛媛県松山市－護国 1953年 高知県 土佐神社高知県高知市大社国中土佐国一宮1948年 高知縣護國神社高知県高知市－護国 1966年 天満宮高知県高知市 県社 1976年 福岡県 香椎宮福岡県福岡市東区国史官大勅祭社1948年 宗像大社福岡県宗像市名神官大 1948年 筥崎宮福岡県福岡市東区名神官大筑前国一宮1948年 高良大社福岡県久留米市名神国大筑後国一宮1951年 英彦山神宮福岡県田川郡添田町 官中 1948年 太宰府天満宮福岡県太宰府市 官中 1948年 竈門神社福岡県太宰府市名神官小 1948年 住吉神社福岡県福岡市博多区名神官小筑前国一宮1948年 志賀海神社福岡県福岡市東区名神官小 1948年 宮地嶽神社福岡県福津市 県社 1953年 水天宮福岡県久留米市 県社 1953年 櫛田神社福岡県福岡市博多区 県社 1953年 風浪宮福岡県大川市 県社 飛幡八幡宮福岡県北九州市戸畑区 県社 1957年 甲宗八幡神社福岡県北九州市門司区 県社 1957年 福岡縣護國神社福岡県福岡市中央区－護国 1957年 若松恵比須神社福岡県北九州市若松区 村社 1959年 鷲尾愛宕神社福岡県福岡市西区 郷社 1959年 宇美八幡宮福岡県糟屋郡宇美町 県社 1962年 大富神社福岡県豊前市 県社 1961年 光雲神社福岡県福岡市中央区 県社 1966年 十日恵比須神社福岡県福岡市博多区 1968年 曩祖八幡宮福岡県飯塚市 県社 1971年 佐賀県 田島神社佐賀県唐津市名神国中 1948年 千栗八幡宮佐賀県三養基郡みやき町 国小肥前国一宮1948年 佐嘉神社佐賀県佐賀市－別官 1948年 祐徳稲荷神社佐賀県鹿島市－県社 1953年 佐賀縣護國神社佐賀県佐賀市－護国 1953年 長崎県 住吉神社長崎県壱岐市名神国中 1948年 海神神社長崎県対馬市名神国中対馬国一宮1948年 諏訪神社長崎県長崎市－国中 1948年 亀山八幡宮長崎県佐世保市 県社 1953年 長崎縣護國神社長崎県長崎市－護国 1966年 熊本県 阿蘇神社熊本県阿蘇市名神官大肥後国一宮1948年 八代宮熊本県八代市－官中 1948年 藤崎八旛宮熊本県熊本市 国小 1948年 菊池神社熊本県菊池市－別官 1948年 青井阿蘇神社熊本県人吉市 県社 1959年 熊本縣護國神社熊本県熊本市 －内務大臣指定護国神社相当1959年 高橋稲荷神社熊本県熊本市－無格 1966年 大分県 宇佐神宮大分県宇佐市名神官大豊前国一宮・勅祭社1948年 西寒多神社大分県大分市大社国中豊後国一宮1948年 柞原八幡宮大分県大分市 国小豊後国一宮1948年 大分縣護國神社大分県大分市－護国 1959年 八幡朝見神社大分県別府市 県社 1961年 春日神社大分県大分市 県社 1968年 宮崎県 宮崎神宮宮崎県宮崎市 官大 1948年 鵜戸神宮宮崎県日南市 官大 1948年 都農神社宮崎県児湯郡都農町小社国小日向国一宮1948年 青島神社宮崎県宮崎市 村社 1966年 高千穂神社宮崎県西臼杵郡高千穂町国史論社村社 1971年 天岩戸神社宮崎県西臼杵郡高千穂町 村社 1971年 神柱宮宮崎県都城市 県社 1976年 狭野神社宮崎県西諸県郡高原町 県社 1976年 宮崎縣護國神社宮崎県宮崎市 －内務大臣指定護国神社相当2016年 鹿児島県 霧島神宮鹿児島県霧島市小社論社官大 1948年 鹿兒島神宮鹿児島県霧島市大社官大大隅国一宮1948年 新田神社鹿児島県薩摩川内市 国中薩摩国一宮1948年 枚聞神社鹿児島県指宿市小社国小薩摩国一宮1948年 照國神社鹿児島県鹿児島市－別官 1948年 鹿児島縣護國神社鹿児島県鹿児島市－護国 1957年 沖縄県 波上宮沖縄県那覇市 官小琉球国新一宮1972年
かつて別表神社だった神社 かつては別表神社だったが、神社本庁から離脱（被包括関係を解消）して別表神社ではなくなった「元別表神社」は以下の通り。
（神社本庁を一旦離脱したが復帰して、現在は別表神社になっている神社も、歴史記録として併記してあるが、区別のため背景色を暗くしている。）