ハプログループC (mtDNA)は分子人類学におけるミトコンドリアDNAハプログループの一タイプであり、ハプログループCZの子型のうち「489 10400 14783 15043van Oven, Mannis; Manfred Kayser (13 Oct 2008). "Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation". Human Mutation 30 (2): E386–E394. doi:10.1002/humu.20921. . Retrieved 2009-05-20.」等で定義されるもの。現存するハプログループCの下位系統の最も近い共通祖先は今より約23912.2 (SD 4780.8)年前に生きた一人の女性と推定されているBehar DM, van Oven M, Rosset S, Metspalu M, Loogväli EL, Silva NM, Kivisild T, Torroni A, Villems R. A "Copernican" reassessment of the human mitochondrial DNA tree from its root. Am J Hum Genet. 2012 Apr 6;90(4):675-84. . Erratum in: Am J Hum Genet. 2012 May 4;90(5):936. ; .。 ハプログループCは更に、姉妹群を成すハプログループZとは今より36473.3 (SD 7392.0)年前に最も近い共通祖先を持つと推定されている。
分布 南アメリカから中央アメリカにかけてのアメリカ先住民で最大80%G. Keyeux et al. 1998, Haplogrupos fundadores del DNA mitocondrial en poblaciones colombianas: Aporte a los estudios en América. Pontifica Universidad Javeriana, Santafé de Bogotá, Colombiaの高頻度で観察される他、シベリア（北アジア）においてもエベンキで72%Elena Starikovskaya et al 2003-2005 Mitochondrial DNA Diversity in Indigenous Populations of the Southern Extent of Siberia, and the Origins of Native American Haplogroups 、ユカギール人で69%Natalia V. Volodko et al 2008, Mitochondrial Genome Diversity in Arctic Siberians, with Particular Reference to the Evolutionary History of Beringia and Pleistocenic Peopling of the Americas など高頻度に観察される。東アジアにおいてもそれほど割合は大きくないものの、観察される。東アジアでは中国で比較的多く（漢族 3.817%）、韓国人の約3.02%にも見られるJeon S, Bhak Y, Choi Y, Jeon Y, Kim S, Jang J, Jang J, Blazyte A, Kim C, Kim Y, Shim J, Kim N, Kim YJ, Park SG, Kim J, Cho YS, Park Y, Kim HM, Kim BC, Park NH, Shin ES, Kim BC, Bolser D, Manica A, Edwards JS, Church G, Lee S, Bhak J. "Korean Genome Project: 1094 Korean personal genomes with clinical information." Sci Adv. 2020 May 27;6(22):eaaz7835. doi: 10.1126/sciadv.aaz7835. ; PMCID: PMC7385432.が、日本では稀（0.7%、0.46%、東京都 0%）なハプログループとなっている。なお、日本で稀に見られるハプログループCは主にC1aに属し、そのほかC5+T16093C（pre-C5c）やC7b等が散発的に観察されているのに対し、中国では主にC7a（漢族 1.721%）、C4a1（漢族 0.697%）、C7(xC7a, C7b) （漢族 0.526%）、C5（漢族 0.360%）、C4a2（漢族 0.212%）が観察される。C1は主にアメリカ大陸で観察される系統だが、C1aというサブクレードはアジアで見られ、C1eはアイスランドで見られる。
下位系統 M8 (4715, 7196A, 8584, 15487T, 16298) CZ (249d) C (489 10400 14783 15043) 日本（近畿地方・中部北陸地方等・計0.7%、0.46%）、中国（漢族 3.817%） C1 (290-291d 16325): アメリカ大陸（先住民）で一般的、中国（漢族 0.046%）、日本（0.30%） C1a ロシア（ウリチ・ナナイYFullによるmtDNAハプログループCの系統樹）、モンゴル、中国（ダウール族、漢族 0.037%）、日本（北海道地方・九州地方・中部北陸地方・計0.3%）Subgrupo C1 C1a1 (C1a+T5774C) キルギス、モンゴル、ロシア（ブリヤート） C1a2 (C1a+C9099A) 日本（東京都等） C1b: アメリカ先住民, 特に北アメリカ.Tamm, Erika et al 2007, Beringian Standstill and Spread of Native American Founders Mitochondrial Genome Diversity in Arctic Siberians, with Particular Reference to the Evolutionary History of Beringia and Pleistocenic Peopling of the Americas C1c: アメリカ先住民. C1d: アメリカ先住民, 特に 南アメリカ. pre-C1e アイスランドFamilyTreeDNAによるmtDNAハプログループCの系統樹、ロシア（オムスク州ロストフカ出土の紀元前2133年～紀元前1919年の人骨1体Rostovka 15ことROT015） C1e アイスランドEbenesersdóttir, Sigríður Sunna et al 2011, A new subclade of mtDNA haplogroup C1 found in icelanders: Evidence of pre-columbian contact? C4 (C+G6026A+G11969A+T15204C; 以前はC2とも) エベンキ58%、イルクーツク先住民50%、ブリヤート40%、中国（漢族 1.080%） C4a'b'c (C4+T2226TA) C4a (C4+T2226TA+A12672G) 中国（天津市、漢族 0.937%） C4a1 (C4a+T7999C+T16093C+G16129A!) 中国（新疆ウイグル自治区出土の今より約2111年前の人骨KKSX_M18、漢族 0.697%） C4a1a (C4a1+C1715T+T15968C) ロシア（ブリヤート） C4a1a1 (C4a1a+T2226TA+A8508G) ロシア（カルムイク） C4a1a1a (C4a1a1+C3576T+A4884G+A4958G) C4a1a1a1 (C4a1a1a+T16117C) インド（レプチャ族）、ネパール C4a1a1a2 (C4a1a1a+A5843G) インド（ラチュンパ[シッキム州チベット族]） C4a1a1a3 (C4a1a1a+T5493C) インド（ワンチョー族） C4a1a1a4 (C4a1a1a+T5918C) 中国（チベット自治区出土の今より約1232年前の人骨1体及び今より約2000年前の人骨2体） C4a1a1b (C4a1a1+C194T) ポーランド、フィンランド（今より約200年前の人骨1体） C4a1a1b1 (C4a1a1b+T4254C) ポーランド C4a1a+T195C! 日本（中部北陸地方・計0.1%） C4a1a2 中国（貴州省等）、カンボジア C4a1a2a 中国（河南省漢族・イリカザフ自治州漢族等） C4a1a2b (C4a1a2+A11893G) 中国（ウイグル族等） C4a1a3 ハンガリー（今より約1000年前の人骨1体）、アルバニア、トルコ、イラン（カシュガイ人）、中国（バルガ族・新疆出土の今より約2950年前の人骨1体）、ロシア（ケメロヴォ州ロシア人・コリャーク・エヴェンキ・ブリヤート・エヴェン・トジャ・ユカギール・ヤクート・アルタイ人） C4a1a4 ロシア（イテリメン）、中国（黒竜江省ダウール族・四川省漢族） C4a1a4a (C4a1a4+C16150T) 中国（バルガ族・チベット族）、ロシア（ウデへ・エヴェン・ヤクート・アルタイ人）、トルコ C4a1a4a1 (C4a1a4a+A8271AC) ハンガリー（今より約1300年前のアヴァール人骨） C4a1a4a1a (C4a1a4a1+T4688C) 中国（ウイグル族） C4a1a4a1a1 (C4a1a4a1a+T10908C) ロシア（テレウト・ショル） C4a1a4a2 (C4a1a4a+G12372A) ロシア（エヴェンキ・ヤクート）、キルギス、ウクライナ（ザポリージャ州出土の今より約500年前の人骨1体） C4a1a4a3 (C4a1a4a+T8639C) 中国（アルトゥシュ市キルギス族） C4a1a4a4 (C4a1a4a+A14696G) ロシア（エヴェン） C4a1a4a5 (C4a1a4a+T16249C) ウクライナ（ザポリージャ州出土の今より約500年前の人骨1体） C4a1a4a5a (C4a1a4a5+A5120G) ロシア（ブリヤート）、中国（バルガ族） C4a1a4a6 (C4a1a4a+A2363G) 中国（バルガ族）、ロシア（ハムニガン） C4a1a4b (C4a1a4+G4491A) ロシア（ブリヤート・ハムニガン）、中国（バルガ族） C4a1a4c (C4a1a4+A1047G) 中国（ウイグル族） C4a1a4d (C4a1a4+C3747T) ハンガリー（今より約1200年前のアヴァール人骨2体） C4a1a4e (C4a1a4+A1008G) ロシア（ヤクート等） C4a1a+T195C!+A14878G C4a1a+T195C!+C13583T C4a1a+T195C!+T8715C C4a1a+T195C!+T6896C C4a1a+T195C!+C3212T C4a1a+T195C!+C6563T C4a1a+T195C!+C12098T C4a1a+T195C!+G263A C4a1a+T195C!+T16263C C4a1a+T195C!+C10484T C4a1a+T195C!+C5309T C4a1a+T195C!+G16434A C4a1a+T195C!+A7001G C4a1a5 (C4a1a+T4080C+G5460A+G6261A) ロシア（テレウト） C4a1a5a (C4a1a5+A8623G) インド（ラダック） C4a1a6 (C4a1a+T6221C) C4a1a6a (C4a1a6+C12432T) 中国（バルガ族・ブリヤート族）、ロシア（ハムニガン） C4a1a6a1 (C4a1a6a+C6221T!) キルギス、ロシア（バシコルトスタン） C4a1a6b (C4a1a6+T11253C) 中国（バルガ族・ブリヤート族・ウイグル族）、モンゴル、ロシア（ブリヤート・ヤロスラヴリ州） C4a1a7 (C4a1a+C9129T) デンマーク、中国 C4a1a8 (C4a1a+T3906C) 中国 C4a1a9 (C4a1a+A3714G) アフガニスタン、中国（ウイグル族） C4a1a10 (C4a1a+C895T) 韓国 C4a1b (C4a1+C5846T+C16192T) 中国 C4a1b1 (C4a1b+T9148C) 中国、タイ王国（パローン族） C4a1c (C4a1+T13674C) C4a1c1 (C4a1c+G8078A) イラン（アゼルバイジャン人）、ロシア（アディゲ人）、中国（シボ族） C4a1c1a (C4a1c1+T9722C) ロシア（バシコルトスタン） C4a1d (C4a1+G7074A) ハンガリー（今より約1015年前の人骨1体） C4a1e (C4a1+A13200G) ポーランド C4a1f (C4a1+T12705C) パキスタン（コー人）、中国（タシュクルガンタジク自治県サリコリ族・ワヒ族） C4a1f1 (C4a1f+G7805A) パキスタン（コー人・シナ人） C4a1f2 (G15734A) パキスタン（コー人） C4a1f2a (C4a1f2+A11179G) パキスタン（パシュトゥーン人）、中国（タシュクルガンタジク自治県キルギス族・サリコリ族） C4a2 中国（漢族 0.212%） C4a2a C4a2a1 (C4a2a+A16171G) ロシア（テレウト・チェルカン・ショル・ヤクート・エヴェンキ・ケット・アルタイ人・ブリヤート）、カザフスタン（カザフ人）、中国（ブリヤート族、漢族 0.055%）、韓国、日本（中部北陸地方・計0.1%） C4a2a1a (C4a2a1+A8869G) C4a2a1b (C4a2a1+A8014G+A9263G) C4a2a1c (C4a2a1+G47A) C4a2a1d (C4a2a1+T11147C) C4a2a1e (C4a2a1+A6663G) C4a2a1f (C4a2a1+A14053G) C4a2a1g (C4a2a1+A8221G) C4a2a1h (C4a2a1+A503G) ロシア（ポドカメンナヤツングースカ流域エヴェンキ） C4a2a2 (C4a2a+T7080C) ロシア（ヤクート・チュミカン村エヴェンキ） C4a2b 中国（漢族 0.023%） C4a2c アルメニア、中国（漢族 0.032%） C4b (C4+T2226TA+A3816G) 中国（漢族 0.069%） C4b1 C4b2 C4b3 C4b4 C4b5 C4b6 C4b7 C4b8 C4b9 C4b10 C4b11 C4b12 C4b13 C4c (C4+T2226TA+C14433T+G15148A) アメリカ大陸先住民: コロンビアの:en:Arhuaco people 、カナダ:es:Shuswap.Haplogroup C4c C4c1 C4c2 C4d'e (C4+T152C!) ロシア（バシコルトスタン） C4d'e+T4742C 中国（新疆ウイグル自治区出土の今より約3065年前の人骨1体と今より約2043年前の人骨1体）、ロシア（アルタイ共和国出土の古人骨RISE602） C4d'e+T4742C+C9102A イラン（ファールス州）、中国（新疆青河県査干郭勒遺跡出土の今より約4243年前の人骨1体） C4d'e+T4742C+C9102A+T8602C パキスタン（ブルショー人）、中国（サリコリタジク族） C4d'e+T4742C+C9102A+T8602C+G11176A タジキスタン（パミール人） C4d'e+T4742C+G8152A 中国（ウイグル族） C4d'e+T4742C+G8152A+T16093C 中国（チベット、新疆ウイグル自治区出土の今より約1471年前の人骨1体[BZL_M15]） C4d'e+T4742C+G8152A+T16093C+A7106G キルギス C4d'e+A12780G C4d'e+A12780G+C9739T C4d (C4d'e+A12780G+A7100G+A15236G) ベトナム（ホーチミン市キン族）、中国（漢族 0.060%） C4d1 (C4d+T16093C) カザフスタン、トルコ、中国チベット自治区（ニンティ市チベット族・チャムド市チベット族・山南市・ローバ族） C4d1a (C4d1+T16311C!) 中国チベット自治区（チャムド市チベット族）、タイ王国（北タイ人） C4d'e+T8473C C4d'e+T8473C+G13263A! ルーマニア C4e (C4d'e+C151T+A7307G+T15479C) ロシア（ショル人）、中国（新疆ウイグル自治区出土の今より約2553年前の人骨SSG_M25、山西省漢族1人・計0.0046%） C4e1 (C4e+C14392T) ロシア（テレウト） C4g (C4+C8410T) ロシア（マルコヴォ村チュバン人） C4h (C4+C6713T) ロシア（トファ人） C4i (C4+C3192T) C4j (C4+C14004T) ロシア（ロシア人）、ハンガリー（今より約1200年前の人骨1体） C4k (C4+C5138A) 中国（新疆ウイグル自治区出土の今より約3850年前～今より約2221年前の人骨6体） C4l (C4+T3786C) C4m (C4+C12103T) 中国（新疆ウイグル自治区出土の今より4243年前～今より2210年前の人骨10体）、キルギス（今より2076年前の人骨1体） C2a または C4b: シベリアで一般的. C2b または C4a: シベリアで一般的。中国とインドでも低頻度Chandrasekar, Adimoolam et al 2009, Updating Phylogeny of Mitochondrial DNA Macrohaplogroup M in India: Dispersal of Modern Human in South Asian Corridor。 C5 (C+T16288C+595.1C; 以前はC3とも): シベリアのチュクチ, ユカギール人、中国（漢族 0.360%） C5+T9233C ロシア（ガナサン・トジャ）、中国（バルガ族） C5a (C5+G3591A+C16261T+T16327C!) C5a1 (C5a+C4904T+C8140T) ロシア（ブリヤート）、カザフスタン、モンゴル、中国（内蒙古自治区バルガ族・黒竜江省ダウール族、漢族 0.088%） C5a1a (C5a1+G1211A) ロシア（アルタイ人） C5a1a2 (C5a1a+G14384A) ロシア（ハンティ） C5a1a2a (C5a1a2+TC593T!) ロシア（トジャ） C5a1+G7356A ロシア（ハムニガン） C5a1b (C5a1+T4216C) ロシア（マガダン州エヴェン・カムチャツカ地方コリャーク・ウリチ） C5a1c (C5a1+A9007G) ロシア（ヤクート・ハムニガン） C5a1d (C5a1+T57C) モンゴル、ロシア（ブリヤート）、中国（ブリヤート） C5a1e (C5a1+A9374G) 中国（ウイグル族） C5a1f (C5a1+A5319G) 中国（ウイグル族） C5a1g (C5a1+C345T) 韓国（大田広域市）、中国（シボ族） C5a2 (C5a+T10084C+A11928G+T16093C) C5a2a (C5a2+G1462A) ロシア（ブリヤート・ヤクート）、アゼルバイジャン人 C5a2a1 (C5a2a+C16214T) ロシア（ニュクジャ川流域及びイエングラ川流域エヴェンキ） C5a2b (C5a2+T16189C!) ロシア（コリャーク・チュクチ・ユカギール・ネルカン村或いはジグダ村エヴェンキ・カムチャツカ地方エヴェン） C5a2b1 (C5a2b+A8440G) ロシア（コリャーク） C5a2b1a (C5a2b1+A15151G) ロシア（コリャーク・マガダン州エヴェン） C5a2b1b (C5a2b1+A15442G) ロシア（マガダン州コリャーク） C5a2b2 (C5a2b+C14845T) ロシア（ユカギール） C5a2b2a (C5a2b2+C4892T) ロシア（チュクチ・コリャーク） C5b (C5+A1718AG) C5b1 (C5b+C16148T) ロシア（ブリヤート）、中国（漢族 0.051%） C5b1a (C5b1+A3397G+T9233C) グルジア、ロシア（エヴェンキ） C5b1a1 (C5b1a+T1717TA) ロシア（ヤクート・ガナサン・ブリヤート・ハムニガン）、中国（タシュクルガンタジク自治県キルギス族、江蘇省漢族1人・計0.0046%） C5b1a1a (C5b1a1+C8270CACCCCCTCT) ロシア（トファ・ブリヤート） C5b1a2 (C5b1a+A12855G) ハンガリー（今より約950年前の人骨1体） C5b1a2a (C5b1a2+A15848G) ロシア（Irtysh Barabinsk Tatar・アルタイ人） C5b1b (C5b1+T4937C+A14344G+G15734A+A16164G) ロシア（ブリヤート・チェチェン）、ブルガリア（トルコ人）、中国（漢族 0.023%） C5b1b1 (C5b1b+T15055C) ロシア（ヤクート） C5b1b1a (C5b1b1+G7498A) ロシア（ヤクート・エヴェンキ・エヴェン・ベルゴロド州ロシア人） C5b1b2 (C5b1b+T282C) 中国（ウイグル族） C5b1c (C5b1+C4637T) インド（ラダック） C5b1d (C5b1+T16126C+C16192T+C16278T!) ロシア C5b1e (C5b1+T10927C+A15799G) 日本、ロシア C5b3 (C5b+T4705C) ポーランド C5+T16093C 日本（愛知県、中部北陸地方・計0.1%） C5c (C5+T16093C+T10454C+G16518T+C16527T) ロシア（クマンディン・テレウト・チェルカン・Tuba）、イラン（ペルシア人） C5c+C16234T イラン（クルド人） C5c1 (C5c+C16234T+A1670T) ポーランド（ポーランド人） C5c1a (C5c1+C7694T) ポーランド C5c1a1 (C5c1a+TC593T!) ウクライナ（リヴィウ州） C5c2 (C5c+A8381T) ロシア（テレウト・クマンディン） C5d (C5+A15080G) 中国（漢族 0.074%） C5d1 (C5d+G1415A+A8188G+G16390A) ロシア（チュミカン村エヴェンキ・ Iiy村トジャ）、中国（河北省漢族1人・浙江省漢族1人・計0.009%） C5d1a (C5d1+T593TC) ロシア（エヴェン・エヴェンキ・ユカギール・アルタイ人）、中国（シボ族・赫哲族・黒竜江省ダウール族） C5d1a1 (C5d1a+G3460A) ロシア（トゥヴァ人） C5d1a2 (C5d1a+A14133G) ロシア（ユカギール） C5d2 (C5d+A10682G+G13968A) 中国（内蒙古自治区バルガ族、漢族 0.037%） C5d2a (C5d2+T593TC) ロシア（ハムニガン） C5d2a1 (C5d2a+T14067C!) C5d2a1a (C5d2a1+C8293T) 中国（チャムド市チベット族等） C5d2a1b (C5d2a1+A3837C) イギリス C5d3 (C5d+A11092G) ベトナム（Hmong族）、タイ王国（Hmong族）、中国（貴州省ミャオ族） C7: 中国（漢族 2.331%Yu-Chun Li, Wei-Jian Ye, Chuan-Gui Jiang, Zhen Zeng, Jiao-Yang Tian, Li-Qin Yang, Kai-Jun Liu, and Qing-Peng Kong, "River Valleys Shaped the Maternal Genetic Landscape of Han Chinese," Molecular Biology and Evolution, Volume 36, Issue 8, August 2019, Pages 1643–1652, https://doi.org/10.1093/molbev/msz072）、朝鮮 、ベトナム、ラオス、カンボジア、タイ、ミャンマー、インド（アルナーチャル・プラデーシュ州 など） C7a 中国（漢族 1.721%） C7a1 中国（漢族 0.858%） C7a1c 中国（漢族 0.397%） C7a2 中国（漢族 0.374% C7a2a 中国（漢族 0.042%） C7a2b (C7a2+T4062C) 中国（漢族 0.065%）、ベトナム（キン族） C7a2b1 (C7a2b+A12672G) 中国（傣族・貴州省ミャオ族）、ラオス（ルアンパバーン郡ラーオ族） C7a2b1a (C7a2b1+A10086G) タイ王国（北タイ人） C7a2b1b (C7a2b1+G16129A!) ベトナム（パテン族・ヌン族） C7a2b2 (C7a2b+G1503A) 中国（貴州省ミャオ族等）、タイ王国（中部タイ人）、アメリカ合衆国 C7b モルドバ、オーストリア、中国（漢族 0.083%、ナシ族、新疆ウイグル自治区出土の今より約2228年前の人骨1体）、ハンガリー、ウクライナ、ロシア（バシコルトスタン）、日本（北海道地方・計0.1%Yamamoto, K., Sakaue, S., Matsuda, K. et al. "Genetic and phenotypic landscape of the mitochondrial genome in the Japanese population." Commun Biol 3, 104 (2020). https://doi.org/10.1038/s42003-020-0812-9）、イラン（アゼルバイジャン人）、インド（Gallong族）
脚注