mini|Michelsens regjering i 1905. Foran fra venstre: Forsvarsminister Olssøn, handelsminister Arctander, statsminister Michelsen, utenriksminister Løvland, finansminister G. Knudsen, og landbruksminister Vinje. Bak fra venstre: Medlem av statsrådsavdelingen i Stockholm Bothner, justisminister Bull, arbeidsminister Lehmkuhl, kirke-og undervisningsminister Chr. Knudsen. Christian Michelsens regjering tiltrådte 11. mars 1905, da det viste seg at Hagerups regjering ikke maktet å holde sammen i de urolighetene som uavhengighetsvåren bød på. Michelsens regjering var en koalisjon mellom Venstre (V), Høire (H), Moderate Venstre (MV) og Samlingspartiet.
Christian Michelsen var finansminister i Francis Hagerups andre regjering, men var imot statsministerens ønske om forhandlinger med svenskene angående unionen. Allerede i april 1904 hadde Michelsen varslet at dersom forhandlingene brøt sammen, ville det bli snakk om "nye linjer og nye mål". Med dette gjorde Michelsen det klart at hvis ikke svenskene godtok Norges ønske om et eget konsulatvesen, ønsket han å gå inn for å oppløse unionen og etablere en uavhengig norsk stat. Michelsen hadde også blitt enig med Jakob Schøning om stå fritt om forhandlingene brøt sammen, for å tvinge gjennom en endring i regjeringens politikk. I november 1904 resulterte forhandlingene i at svenskene la fram et forslag med seks punkter, kjent som "lydrikepunktene". Dette forslaget var totalt uakseptabelt fra norsk side, og kastet regjeringen ut i kaos. 28. februar 1905 valgte Michelsen og Schøning, på grunn av misnøye med Hagerups mangel på besluttsomhet, å gå ut av regjeringen i et forsøk på å sprenge den. Dette gjorde det klart at regjeringen ikke kunne overleve, og den 6. mars lyktes en spesialkomite nedsatt av Stortinget, under ledelse av stortingspresident Carl Berner, å få til et kompromiss. Michelsen fikk dretter i oppdrag å danne den nye regjeringen. venstre|miniatyr|Statsminister Christian Michelsen. Regjeringen Michelsens tiltredelseserklæring kom i Stortinget 15. mars 1905, og endte dermed det politiske kaoset. I erklæringen, som mest sannsynlig var skrevet av Michelsen selv, dreide seg bare om en sak, konsulatsaken. Regjeringen la opp til at alle store partispørsmål og uenigheter skulle settes til side, sånn at regjeringen samlet kunne jobbe for å oppløse unionen. Regjeringen leverte sin avskjedssøknad til Oscar II 27. mai, etter at kongen nektet å signere den nye konsulatloven som var blitt vedtatt av Stortinget. Kongen valgte å avslå avskjedssøknaden på bakgrunn av at en ny regjering ikke kunne dannes, og dette valgte Michelsen å bruke som sitt argument for at Oscar II hadde opphørt å fungere som Norges konge. Dette var på grunn av at kongens fremste plikt var å skaffe en konstitusjonell regjering. Dette gjorde Michelsen sånn at det skulle se ut som det var kongemakten og ikke Stortinget som hadde oppløst unionen. Deretter ønsket Michelsen å legge regjeringens embeter i Stortingets hender, og at Stortinget skulle erklære unionen for oppløst. Hele Stortinget, utenom Arbeiderpartiets fem mandater, valgte å stille seg bak regjeringen. 7. juni erklærte Stortinget at unionen var oppløst. Likevel var Michelsens kanskje største mesterverk i unionsoppløsningen Karlstadforhandlingene, som resulterte i Karlstad-forliket. Her viste Michelsen seg som en særdeles dyktig diplomat, og klarte å forhandle en avtale som begge sider kunne godta. Dette avverget faren for krig med Sverige, og samtidig berget Michelsen Kongsvinger- og den historiske delen av Fredriksten Festning fra å bli revet da svenskene krevde at alle forsvarsverker langs grensen skulle rives. Den siste delen av unionsoppløsningen som måtte avklares, var Norges styreform. Regjering hadde tidligere lagt fram Bernadotte-tilbudet, men dette var blitt avvist av Oscar II. Etter dette identifiserte Michelsen danske prins Carl som regjeringens favoriserte kandidat. Den republikanske opposisjonen var imidlertid sterk, og på grunn av dette ønsket prins Carl at styreformen skulle bestemmes gjennom en folkeavstemning. Folkeavstemningen ga et klart flertall for fortsatt monarki i Norge, og 18. november ble prins Carl enstemmig valgt til ny konge av Stortinget. Dette førte til at Michelsens finansminister Gunnar Knudsen gikk av, ettersom han som republikaner var imot kongevalget. Prins Carl valgte å ta regentnavnet Haakon VII, og avla den 27. november sin ed til forfatningen. Etter unionsoppløsningen var Michelsen en særdeles populær mann i Norge. miniatyr|Michelsen og hans politikk var ofte et subjekt for politisk satire I utgangspunktet var Michelsens regjering bare dannet for å løse konsulatsaken, og senere for å oppløse unionen med Sverige. Regjeringen skulle derfor i utgangspunktet gå av etter at oppgaven var løst, noe som også var Michelsens personlige ønske. Han valgte imidlertid å fortsette som statsminister for å rydde opp i den uoversiktlige parlamentariske situasjonen etter unionsoppløsningen, samt hjelpe den unge og uerfarne kongen. En annen grunn var Michelsens ønske om at samlingspolitikken fra 1903, med politisk isolasjon av Venstres radikale fløy, skulle fortsettes. Før det neste valget fikk Michelsen gjennom en ny valgordning i Stortinget, som innførte flertallsvalg i enmannskretser. Michelsen gikk imidlertid med på, som en innrømmelse til Venstre, at skulle være omvalg når en kandidat ikke oppnådde absolutt flertall i første valgomgang. Stortingsvalget i 1906 viste seg å være en triumf for Venstre, men regjeringen fikk fortsette ettersom Michelsen hadde støtte fra flere Venstrepolitikere for sin politikk. For å sikre støtten til venstrerepresentantene, begynte regjeringen å bevege seg mer mot venstre etter valget. Denne taktikken viste seg å ikke funke, da konsesjonene til Venstre var utilstrekkelige og resulterte bare i stigende irritasjon fra den konservative fløyen.
Etter valget begynte det som Michelsen omtalte som "den nye arbeidsdag", der regjeringen skulle fokusere på nasjonale, sosiale og økonomiske spørsmål. Den fremste delen av dette arbeidet var Michelsens initiativ til å begrense utlendingers til å erverve norske naturressurser, og i april 1906 vedtok Stortinget Konsesjonslovene. Disse lovene krevde konsesjoner ved oppkjøp av fossefall for både norske og utenlandske selskaper. Dette ble gjort av Michelsens frykt for at industriell ekspansjon ville føre til et voksende og opprørsk proletariat, noe han mente kunne føre til en reel politisk fare. Regjeringen ble imidleritd kritisert for å ikke ha vært konsekvent i håndhevelsen av Konsesjonslovene. Et eksempel på dette var at regjeringen tillot Glommen Brugseierforening å regulere vannstanden i innsjøen Mjøsa. Dette vedtaket ble skarpt kritisert av Stortinget, og sommeren 1907 ble det bestemt at regjeringen ikke fikk utdele nye konsesjoner uten å gå gjennom Stortinget først. Dette førte til at samlingsregjeringens parlamentariske basis smuldret opp, og dette svekket Michelsens politiske posisjon. Dette, kombinert med Michelsens dårlige helse, førte til at regjeringen søkte avskjed og gikk av 23. oktober 1907. Han ble etterfulgt som statsminister av sin utenriksminister Jørgen Løvland.
Ved sin avgang ble Michelsen hyllet av det, til i dag, største folketoget i Oslos historie. En pengeinnsamling blant folket resulterte i at Michelsen mottok et større pengebeløp som takk for sin innsats. Michelsen donerte så dette beløpet til fondet "Nationalgaven til Chr. Michelsen". Det ble bestemt at fondets avkastning skulle brukes til å fremme formål som var vitenskapelige eller produktive for næringslivet. Dette skulle gjøres ved å dele ut stipendier til "unge fremragende norske mænd eller kvinder". Fondet deler også ut pengepremien på 50 000 kroner som gis til vinneren av "Chr. Michelsen pris - for fremragende utviklingsforskning". Ved sin avgang ble Michelsen tildelt Borgerdådsmedaljen i gull. Michelsen var den første som mottok denne prisen med kong Haakons brystbilde på.
Unionsoppløsningen Etter århundreskiftet hadde Unionen blitt et stadig mer omstridt tema blant politikerne i Stortinget, og folket var stadig mer fiendtlige til forslag om en fortsatt union med svenskene. Statsminister Hagerup og Høyre ønsket en fortsatt union med svenskene hvis det ble full likestilling mellom statene, mens Venstre ønsket full uavhengighet. Etter at Hagerups regjering hadde forsøkt å forhandle med svenskene, hadde svenskene fjernet sin utenriksminister Alfred Lagerheim. Etter dette forsvant den forhandlingsvillige innstillingen fra den svenske regjeringen. 11. mars 1905 ble Hagerups avskjedssøknad godkjent av den svenske kronprinsen.
Etter dette ble Christian Michelsen den nye statsministeren. Samtidig ble den svenske statsministeren, Erik Gustaf Boström, tvunget til å gå av som følge av press fra både den svenske og den norske siden av unionen. Boström, som var kjent for sin kompromissløse holdning ovenfor nordmennene, fikk hans avgang til å fremstå som at det var nordmennene som var uvillige og hadde drevet fram hans avgang. venstre|miniatyr|Kong Oscar II var Norges konge fra 1872 til unionsoppløsningen i 1905 Etter at Michelsen tok over som statsminister, var noe av det første han gjorde å sende Fridtjof Nansen til både Tyskland og Storbritannia. Dette ble gjort for å prøve å vinne deres støtte til en eventuell norsk uavhengighet. Arbeidet til Nansen styrket regjeringens posisjon, ettersom Nansen selv var sterkt involvert i kampen for uavhengighet. Nansen var også en en meget populær mann, både i Norge og i utlandet, og han kastet sin støtte bak Michelsen.
Den 27. mai 1905 sendte den norske regjeringen en ny lov om et eget norsk konsulatvesen til den svenske kongen. Denne loven innebar at det skulle opprettes et eget norsk konsulatvesen allerede fra 1906. Som forventet nektet kongen å sanksjonere loven, og da leverte den norske statsministeren i Stockholm inn den norske regjeringens avskjedssøknad. På tross av protester fra kongen, opprettholdt de avskjedssøknaden på bakgrunn av at de oppfattet sanksjonsnektelsen som en «fornegtelse af rigets suverænitet» og dessuten ga «udtrykk for en personlig kongemagt i strid med grundloven og konstitutionell statsskikk».
Bakgrunnen for fratredelsen henger sammen med Venstres kontrasignaturlære fra 1890-årene. Tradisjonell konstitusjonell tankegang var at regjeringen skulle protokollføre en protest og så kontrasignere. Dette ble blant annet gjort under Stattholdersaken på 1860-tallet. Venstres kontrasignaturlære gikk imidlertid ut på at dette ikke var nok for at regjeringen kunne fraskrive seg ansvaret for saken, og at de måtte nekte kontrasignering og gå av.miniatyr|Stortinget 7. juni 1905.Kongen valgte å ikke godkjenne avskjedssøknaden med bakgrunn at det ville være umulig å finne en ny regjering. Ifølge kontrasignaturlæren ville da de som tok over som regjering måtte signere på kongens sanksjonsnektelse, og dermed stå til ansvar for den. Ettersom Stortinget var samlet bak avgjørelsen ville det vært umulig for Oscar II å finne noen som ville gå imot den. Unionsoppløsningen ble fullført den 7. juni, da stortingspresidenten Carl Berner talte til Stortinget. I den avsluttende delen av talen hans kom han med bisetningene at: «at foreningen med Sverige under én konge er opløst som følge af, at kongen har ophørt at fungere som norsk konge».