Botnafjorden er en fjord i Flora kommune i Sogn og Fjordane som ligger på nordsiden av Florø. Fjorden er en fortsettelse av Årebrotsfjorden som ligger lenger vest og strekker seg omtrent 3 kilometer østover der den deler seg i to. Den sørlige delen fortsetter som Klavfjorden, mens den nordlige delen fortsetter som Norddalsfjorden.
Fjorden har innløp mellom holmen Skutelen i nord og Haustholmen i sør. I øst ender fjorden ved Storeneset på Grønenga. Brandsøy ligger på sørsiden av fjorden. På nordsiden av fjorden ligger Store Terøya og Lille Terøya.
Referanser Botnafjorden på Norgeskart.no fra Statens kartverk
Kategori:Fjorder i Kinn