Manchester Uniteds historie fra 1999 til 2013 handler om perioden etter seieren i Mesterligaen i 1999 frem til Alex Fergusons avgang som manager. Perioden var preget av sterkt økonomisk vekst i engelsk fotball, der flere klubber ble kjøpt opp av rike investorer. Dette skulle få stor betydning for hvilke klubber som dominerte i denne perioden på 14 år. Etter 3 seire i ligaen, fikk United økt konkurranse fra Arsenal, og etterhvert pengesterke Chelsea. Ferguson bygde et helt nytt lag i denne perioden, og kronet verket med en ny seier i Mesterligaen i 2008. Etterhvert ble også Manchester City kjøpt opp av et investeringsselskap fra De forente arabiske emirater, og fikk tildelt nærmest ubegrensede midler til spillerkjøp. Dette førte til deres første ligaseier siden 1968, på mest dramatisk vis, da Uniteds gull glapp 3 minutter på overtid i siste kamp. Før Ferguson takket for seg sommeren 2013, klarte hans mannskap å gjenerobre Premier League-tittelen, denne gangen med hele 11 poeng.
Historisk oversikt Overlegne i England, men slet med å gjenskape suksessen i Europa Manchester United hadde vunnet Mesterligaen i mai 1999, men etter sesongen mistet man den storvokste keeperkjempen Peter Schmeichel til portugisisk fotball, fordi han mente kampprogrammet i England var for tøft for ryggen hans, samtidig som han ønsket andre utfordringer. Erstatteren som ble kjøpt inn var australieren Mark Bosnich, men dette skulle bare bli en av mange keepere i årene som fulgte. Også italieneren Massimo Taibi ble kjøpt dette året, men han fikk bare fire kamper, og vil for alltid bli husket for en kjempetabbe. Den allsidige venstrebacken Mikael Silvestre ble hentet fra Inter Milan og midtbanespilleren Quinton Fortune ble kjøpt fra Atlético Madrid. Grunnstammen i laget var fortsatt ung, derfor ville Alex Ferguson bare gjøre minimale utskiftninger. I sesongoppkjøringen var det god stemning og laget reiste til både Australia, Hongkong og Kina. Det største sjokket kom da United kunngjorde at de ville trekke seg fra denne sesongens FA-cup, for å delta i FIFAs verdensmesterskap for klubblag i januar. Mens United koste seg i 35 varmegrader i Brasil, med 3 kamper man åpenbart ikke tok helt alvorlig, måtte de andre lagene spille et knallhardt kampprogram i minusgrader hjemme i England. Verdensmesterskapet endte med uavgjort (1-1) mot Rayos del Necaxa, tap mot Vasco da Gama (1-3) og 2-0 seier mot South Melbourne. Selve ligasesongen begynte bra og laget var ubeseiret frem til Chelsea knuste United 5-0 på Stamford Bridge i oktober. Dette var én av tre kamper som endte med tap. Mot vårparten virket United veldig friske, etter Brasil-turen, og West Ham United ble nedsablet 7-1. Til slutt endte man med 91 poeng, mens Arsenal fikk 73 poeng. Ren utklassing.
SesongDivPosFA-cupenLiga-cupenE-cupenManagerToppscorerMål1999/00PrL1-3. rundeKvart-finAlex FergusonDwight Yorke202000/01PrL14. runde4. rundeKvart-finAlex FergusonTeddy Sheringham15
Eneste kjøpet sommeren 2000 var franskmannen Fabien Barthez, som nettopp hadde vunnet Europamesterskapet i fotball 2000, og bare to år tidligere blitt verdensmester. United ville opprinnelig kjøpe Ruud Van Nistelrooy denne sommeren, men han besto ikke legetesten på grunn av kneproblemer. Dette skulle vise seg smart fordi Nistelrooy skadet seg kort tid etterpå, og var ute av spill i lange tider.
De fleste bookmakere hadde United som favoritt denne sesongen, og innen juletider stanset man alle veddemål på dette. 25. februar 2001 kom høydepunktet, da Arsenal ble slått 6-1 hjemme på Old Trafford. I FA-cupen ble laget slått ut av West Ham United i 4. runde, og i Mesterligaen ble det tap for Bayern München i kvartfinalen. Dette var laget de hadde slått i finalen i 1999, da Solskjær ble matchvinner. Alex Ferguson ble den første manageren noensinne som har vunnet ligaen tre ganger på rad, selv om 3 lag har klart denne bragden tidligere (Arsenal, Huddersfield og Liverpool). Årets største konkurrent var Arsenal, men United endte hele ti poeng foran dem.
Stadige rekorder på overgangsmarkedet Sommeren 2001 brøt United overgangsrekorden to ganger, først med Ruud Van Nistelrooy og deretter med Juan Sebastian Veron, for henholdsvis £19 millioner og £28 millioner. Utover høsten var det mye bråk internt i klubben, spesielt da Jaap Stam ga ut boken «Head to head». I boken nevnte han hvordan Manchester United og Alex Ferguson brøt internasjonale fotballregler da de kjøpte ham fra PSV Eindhoven sommeren 1998. Ferguson har tidligere påstått at Stam ikke ble solgt til italienske SS Lazio på grunnlag av boken, men på grunn av at han hadde mistet noe hurtighet etter en operasjon. Dette var noe pressen nektet å godta, og mente å vite at han regelrett hadde fått sparken etter påstandene i boken. Den franske verdens- og europamesteren Laurent Blanc ble kjøpt inn som erstatter umiddelbart. Dette ble en av de få sesongene der United ikke vant en eneste tittel, og endte på 3.-plass bak Arsenal og Liverpool og første gangen siden 1991 at klubben ikke fikk 2.-plass eller bedre. I Mesterligaen gikk det veldig bra, men laget hadde litt uflaks da de ble slått ut på bortemålsregelen i semifinalen mot tyske Bayer Leverkusen. Ferguson hadde sommeren 2001 kunngjort at han ønsket å gi seg som manager etter denne sesongen. Det ble utrolig mye spekulasjoner og avisskriverier om dette temaet. Ferguson har senere innrømmet at dette påvirket både ham selv og spillerstallen denne sesongen. I februar 2002 ble det avholdt pressekonferanse der han fortalte at han hadde signert en ny treårskontrakt med klubben. Denne har senere blitt fornyet flere ganger.
SesongDivPosFA-cupenLiga-cupenE-cupenManagerToppscorerMål2001/02PrL34. runde3. rundeSemi-finAlex FergusonRuud van Nistelrooy232002/03PrL15. rundeFinaleKvart-finAlex FergusonRuud van Nistelrooy252003/04PrL3Vinner4. runde8. delsfinAlex FergusonRuud van Nistelrooy20
Arsenal kollapset, United vant ligaen Sommeren 2002 satte Manchester United ny britisk overgangsrekord igjen, da klubben kjøpte 24-åringen Rio Ferdinand for rundt £29 millioner. I tillegg signerte man Diego Forlan, en angriper som ikke skulle score på de første 27 kampene sine. 2 år senere ble han solgt og ble toppscorer i hele Europa med Villarreal CF. Arsenal hadde styringen hele denne sesongen også, spesielt ettersom United på høsten tapte mot Bolton, Leeds, Manchester City og Middlesbrough. Denne sesongen hadde Ferguson latt 7 spillere opereres for skader. Dette skulle vise seg å være et genialt trekk. I løpet av jula så det ut til at lykken skulle snu, da både Liverpool og Arsenal ble beseiret. Ferguson prøvde å fortelle spillerne at de var gode nok til å vinne ligaen, men det så ut som Arsenal skulle stikke av med seieren. Den dagen United tapte ligacupfinalen mot Liverpool, ledet Arsenal ligaen med 8 poeng. Men United var virkelig i form. Fra 2. juledag og helt frem til 3. mai, spilte United 17 kamper på rad uten å tape. Arsenal kollapset og United kom seg opp på førsteplass like før ligaavslutningen. Ruud van Nistelrooy hadde da scoret hele 43 ganger, inkludert 12 mål på 7 viktige kamper i innspurten. Selv ikke episoden der Ferguson sparket en fotballstøvel i ansiktet på David Beckham, med alt avisskriveri som fulgte, og etter hvert ledet til Beckhams overgang til Real Madrid påfølgende sommer, så ut til å distrahere United fra ligainnspurten. Dette har blitt omtalt som Uniteds mest imponerende ligaseier gjennom tidene. Det var samtidig Fergusons 8. ligamesterskap på 17 år i klubben. Dette var også en periode med mye krangel i avisene mellom de to managerne Ferguson og Wenger. I England kaller man dette for «mind games», et spill der Ferguson omtales som meget dyktig. Til slutt vant United med 5 poeng foran sin rival.
United kjøpte stortalentet Cristiano Ronaldo right|thumb|Den tradisjonsrike årlige kampen spilles på nye Wembley. right|thumb|Manchester United tar æresrunde på Wembley etter de vant Community Shield. Sommeren 2003 spilte Manchester United en treningskamp mot Sporting Lisboa i Portugal. Det var én spiller som utmerket seg såpass at United-spillere spurte manager Ferguson om klubben ikke kunne kjøpe ham. Spilleren var Cristiano Ronaldo, og var bare 18 år. United hadde hatt ham under oppsikt i flere år allerede, og klubber som AC Milan og Juventus var også interessert. Ferguson handlet raskt, og gutten kostet ca. 135 millioner kroner. Ronaldo gikk fra en ukelønn på 3 000 kroner til over 300 000 i uken hos United. United hadde akkurat solgt David Beckham til Real Madrid og var derfor i nød for en høyrekantspiller, en rolle Ronaldo etterhvert skulle fylle glimrende. Ferguson ga Ronaldo drakt nr. 7, og han tok dermed opp arven etter store spillere som Best, Robson, Cantona og Beckham. Ronaldo selv ønsket ikke denne drakten, men turte ikke å krangle med Ferguson. Ronaldo debuterte som innbytter i 4-0 seieren mot Bolton i august, han spilte så bra at publikum virkelig sperret opp øynene. Dette var noe man ikke hadde sett siden George Bests dager, med en slik teknikk og hurtighet. Men Ronaldo var veldig egosentrisk i spillet sitt, og trengte flere år på å utvikle seg til å bli en lagspiller.
4 år uten uten seier i ligaen: Pengesterke Chelsea ble for tøffe, mens Ferguson bygger nytt lag Keeper ble byttet også denne sesongen, og nå var det klart for amerikanske Tim Howard, etter at Roy Carroll ikke hadde levert som forventet. 22. september 2003 var det klart for en ny skandale da Rio Ferdinand ikke møtte opp til en dopingtest. Laget fikk merke dette da han ble utestengt fra alt spill de fire siste månedene av sesongen (åtte måneder tilsammen). Dette var dagen etter United-spillerne hadde slåss med Arsenal-spillerne i spillertunnelen på Old Trafford, etter en 0-0 kamp. Flere spillere ble bøtelagt, og det haglet med beskyldninger i media, blant annet at spillerne kastet pizza på hverandre. United hadde lange perioder med kun seiere denne sesongen, men gikk på forsmedelige tap mot lag som Southampton, Fulham, Chelsea, Wolves, Middlesbrough, Manchester City (hele 1-4), Portsmouth, Liverpool og Blackburn. 9 tap ble alt for mye i en sesong som huskes best fordi Arsenal ikke tapte en eneste kamp. Dette hadde aldri blitt gjort tidligere. Henry, Ljungberg, Vieira, Pirez og Bergkamp var helt uslåelige. United endte på 3.-plass, hele 15 poeng bak. I FA-cupen gikk det bedre, og United nådde finalen på Millennium Stadium etter seier mot Arsenal i semifinalen. Manchester United vant som forventet mot Millwall i finalen. Det ble 3-0 etter mål av Ronaldo og 2 av Van Nistelrooy.
SesongDivPosFA-cupenLiga-cupenE-cupenManagerToppscorerMål2004/05PrL3FinaleSemi-fin8. delsfinAlex FergusonWayne Rooney112005/06PrL25. rundeVinnerGruppeAlex FergusonRuud van Nistelrooy21
Så kom Wayne Rooney right|thumb|Stort show før kampen, som minnet litt om åpningsseremonier for olympiader right|thumb|Situasjonen da Drogba ble utvist for å ha slått til Vidic right|thumb|Stadion, sett fra United-fansens side. right|thumb|United-spillerne blir overøst med glitter mens de stiller opp til lagbilde. Ferguson så nå at laget hans manglet viktige brikker, spesielt fremover som støtte til Van Nistelrooy. Han kjøpte derfor Louis Saha fra Fulham, Alan Smith fra Leeds United og den unge stjernen Wayne Rooney. I tillegg kjøpte klubben venstrebacken Gabriel Heinze. Forventningene var enorme til Wayne Rooney, som hadde debutert og scoret for Everton allerede som 16-åring. Han debuterte for United mot Fenerbahçe i Mesterligaen, og scoret hat-trick. I ligaen ble han toppscorer for United med 11 mål, og ble kåret til Årets unge spiller.