Helligåndskirken (eller Helligaandskirken) er en kirke som ligger ved Amagertorv midt i København. Kirkens adresse er Niels Hemmingsensgade og gaten er oppkalt etter Niels Hemmingsen som var prest i kirken 1547–53. I forbindelse med kirken ligger Helligåndshuset og Helligaandskirkens barnehave.
Kirken het tidligere skiftevis Helligaands, Helliggeist og Helliggæst (på dansk). Etter reformasjonen ble Helliggeist det mest alminnelige, men i 1881 ble navnet fastsatt til Helligaandskirken ved kongelig resolusjon. Den stavemåten benyttes også på kirkens hjemmeside.
Over hovedinngangen har kirken en stentavle med inskripsjon med kirkens historie:
"DENNE KIRKE VAR FØRST EN DEL AF DET GAMLE HELLIGAANDS HOSPITAL. I KONG CHRISTIAN I's REGJERINGSTID OMBYGGEDES DEN SOM KIRKE FOR DET DAVÆRENDE DUEBRØDREKLOSTER. AAR 1530 PRÆDIKEDES HER DEN LUTHERSKE REFORMATION. AAR 1537 BLEV KIRKEN EN AF STADENS SOGNEKIRKER. PRYDEDES VED RIGSHOVMESTER VALKENDORFS OMSORG I AARENE 1582 OG 1594 MED TAARN OG SPIR. BRÆNDTE MED EN STOR DEL AF STADEN I AARET 1728. PAANY OPFØRT I DE FØLGENDE AAR OG OFTERE SIDEN UDBEDRET. NU I KONG CHRISTIAN IX's 16de REGJERINGSAAR ATTER FULDSTÆNDIG ISTANDSAT OG PRYDET MED TVENDE SPIR. MENIGHEDEN TIL OPBYGGELSE GUD TIL ÆRE. AAR 1878-1879."
Helligåndskirkens historie går tilbake til ca. 1295 da biskop Johannes Krag opprettet et helligåndshus på stedet, dvs. et hospital for de fattige. Det var en verdslig stiftelse, men den har utvilsomt vært knyttet til en kirke og prest. Den første sikre omtalen av en kirke er fra 1449, men Københavns matrikkel fra 1377 viser at tomten hadde samme utstrekning som ved reformasjonen og at det rimeligvis allerede lå en kirke på området.
I 1469 omdannet Christian I Helligåndshuset i København domus sancti spiritus Hafnis til kloster. Under sin reise til Roma i 1474 fikk han det godkjent av paven som et kloster i Helligåndsordenen. Historie Klosterkirken thumb|Kirkens grunnplan gjennom tidene. Man vet ikke mye om størrelsen på den første kirken. Bygningene er bedre dokumentert etter at de ble bygget om til kloster. Klosterkomplekset besto av fire lengder rundt en urtegård (kirkegård), hvor kirken utgjorde sydfløyen og det nåværende Helligåndshuset vestfløyen. Nordfløyen er siden forsvunnet og av østfløyen er det bare noe murverk bevart i sakristiet/prestekontoret nord for koret. thumb|left|Utsnitt av Christian Geddes kart fra 1757 av Frimands kvarter og Helligåndskirkens plassering. Det eldste bildet av klosterkirken er Jan van Wijcks københavnsprospekt fra 1611 som viser en kirke med nesten samme grunnplan som den nåværende. Undersøkelser av fundamentet i 1870–årene og av murverket i 1928 har påvist at kirken opprinnelig har hatt et kortere kor, antakelig kun ett fag med flat gavl og det har vært uten tårn. Kirken lå der allerede før opprettelsen av klosteret, men alderen er vanskelig å fastslå. Den nevnes første gang i 1449, men er altså eldre. Stilmessig kunne den være fra 1300–tallet, men er snarere fra første halvdel av 1400–tallet.
Formen var en basilika med et bredt, høyt midtskip på fem fag avsluttet i øst av et korfag i samme dimensjoner. På hver side av midtskipet var et lavere sideskip på fem fag med pulttak. Utvendig var murene fagoppdelt av støttepilarer og i hvert fag et spissbuet vindu. Det var også vinduer i midtskipets murer over sideskipenes takhøyde. Taket var prydet av et gotisk spir som antas å være like gammelt som bygningen og som formodentlig har inneholdt kirkens klokker. På det nordøstlige hjørnet av koret var det bygget på et trappetårn som ga adgang til loftet og klokkene. Innvendig var midtskip og sideskip atskilt av avlange, profilerte søyler som bar arkadebuer. Hvert fag i midtskip og sideskipene hadde krysshvelv.
Etter opprettelsen av klosteret ble det bruk for plass til munkene i koret og det ble forlenget til tre fag pluss den polygonale østenden. Bygningen hadde høyere gesims og høyere vinduer enn den nåværende. Det ble konstatert flere steder i forbindelse med H.B. Storcks renovering i 1878 og kan fortsatt sees i murverket over det østligste vinduet i koret.
Kirken hadde to portaler i det sydlige sideskipet, én i det vestligste faget og én i det østligste. Det er funnet spor etter tre dører i korets nordvegg, men de har neppe vært i bruk samtidig. I tilbygget nord for koret sees spor etter en dør i andre etasjes høyde, som fører inn i koret. Klosterets østfløy må ha hatt to etasjer, antakelig med sovesal eller celler for munkene på øverste etasje hvor de har hatt direkte adgang til kirken. Det har sannsynligvis vært en forlengst forsvunnet trapp langs veggen i koret. Rundt 1520 startet man å bygge et tårn ved østenden av det nordre sideskipet, men innen det ble skikkelig høyt, kom reformasjonen og klosteret ble nedlagt i 1530.
Sognekirken i perioden 1537–1728 Etter nedleggelsen av klosteret overtok bystyret kirken. Den ble tildelt et sogn og har fungert som sognekirke siden da. I vindusnisjen i korets nordside er årstallet 1538 satt inn i form av murankre og det henviser sannsynligvis til datoen for overgang til sognekirke. Kirkens nye funksjon medførte blant annet endringer i inventaret og i de nesten 200 år før brannen i 1728, ble det foretatt forskjellige endringer med bygningen.
Tårnet I 1582 tok Københavns stattholder Christoffer Valkendorf initiativ til at tårnet skulle ferdigstilles. Det ble nå bygget i kryssforband hvor det tidligere hadde vært munkeforband og overgangen mellom den gamle og den nye delen er tydelig i murverket. Tårnet ble oppført i åtte stokkverk atskilt av bjelkelag hvor det øverste var omtrent dobbelt så høyt som de øvrige. Dette inneholdt klokkene. Det gamle utvendige trappetårnet ble ført opp til klokkestokkverket. Tårnet ble kronet av et spir likt det kirken har i dag. På grunn av utformingen og stilen på spiret er det tilskrevet Hans van Steenwinckel den eldre.
I den øverste kulen på spiret ble det lagt inn en forgylt kopperplate med en innskrift som fortalte at spiret ble reist i august 1594. Omtrent 75 år senere innberettet kirkevergene at det var oppstått svakheter i tømmerkonstruksjonen og kongen ga den 10. april 1671 ordre om at den øverste delen skulle fjernes. Før man rakk å gjøre det blåste spissen ned den 16. august 1671. Skaden ble reparert samme år og kopperplaten ble forsynt med en ny innskrift til minne om det.
Portalene thumb|Våpenhusets portal med årstallet 1620 risset inn i gesimsen, Christian IVs monogram i toppstykket og Christian VIs monogram på toppen av gavlen.Kirkens to portaler mot syd i de ytterste av de fem fagene som var i skipet dengang, ble begge fornyet på 1600-tallet. Den vestlige ble i 1612 forsynt med en sandstensportal av rådmann Thomas Lorck. Den kjennes bare fra Laurids de Thurahs gjengivelser ettersom alle andre bilder viser portalens avløser fra 1770-årene. de Thurah gjengir kirkens sydside i oppstalt i både Den Danske Vitruvius fra 1746 og Hafnia Hodierna fra 1748, men det er betydelige forskjeller på de to gjengivelsene.
Den østlige portalen fikk senere tilføyet et våpenhus, men det eksakte tidspunktet lar seg ikke bestemme: Inngangen er utstyrt med portal og gavlavdekninger av sandsten; stilistiske uoverensstemmelser tyder på at de forskjellige delene ikke er samtidige. Årstallet 1620 er risset inn i gesimsen, Christian IVs monogram er i toppstykket og det er bruskbarokkdetaljer som tidligst kan være fra 1630-årene. Christian VIs monogram på toppen av gavlen stammer fra en langt senere renovering i 1730-årene. thumb|left|Griffenfelds gravkapell bygget i 1672–73 etter tegninger av Lambert van Haven. Den sirkelrunde bygningen har en ytre diameter på 9 m og koppertekket kuppeltak. thumb|Fra Thurahs Hafnia Hodierna fra 1748 Det er sannsynlig at portalen opprinnelig var laget til Børsen, men ble overflødig pga. endringer under byggingen. Portalen ble oppmagasinert i et par årtier inntil den ble bestemt for kirken og fikk et moderne toppstykke. Byggetidspunktet var rundt 1640. Våpenhuset, som er 8 m bredt og 4 m dypt, har ovale vindusglugger fra 1878 i sidene.
Skipet Det søndre sideskipet er forlenget med et fag mot øst, noe som har forkortet koret til to fag og rundingen. Utvidelsen ble foretatt rundt 1650 (og ikke som tidligere ment etter brannen i 1728): Det lå en gravkrypt under faget, og dens historie kan føres tilbake til 1678, hvor den lå innenfor kirkemurene. En kilde fra 1654 forteller at døpefonten ble flyttet til dette hjørnet i forbindelse med at Helligaandshuset ble omdannet til gravkapell. Den nye muren er ikke forbundet med våpenhuset.
Kapellene Etter nedleggelsen av klosteret tilhørte ikke Helligåndshuset kirken lenger, men i 1650 fikk den huset tilbake for å benytte det som gravkapell. Første bisettelse fant sted i 1652 og fortsatte frem til 1858 da begravelser innenfor vollene ble forbudt.
Rundt 1680 ble det bygget et mindre gravkapell ved Helligaandshusets nordøsthjørne til rådmann Ditmer Bøfke. I 1768 ble det bygget et tilsvarende kapell til Hans Christopher Hersleb på sydsiden, så de dannet én bygning med felles tak. Begge kapellene var på 7x7 alen. De ble revet i 1879.
Det seneste tilbygg til kirken som fremdeles står, er Griffenfelds gravkapell, som er bygget i 1672–73 og tegnet av Lambert van Haven. Det er en sirkelrund bygning på 9 m i ytre diameter med koppertekket kuppeltak på kirkens nordside rett vest for tårnet. Adgang til kapellet skjer fra det nordre sideskipet og her var det en portal, som må ha gått tapt under brannen. Man vet ikke hvordan den så ut.
Kapellet ble bygget til Griffenfelds ektefelle, Karen Nansen, som døde i 1672, og hun er så vidt man vet den eneste som ble bisatt i kapellet. Etter Griffenfelds fall ble kisten hennes overført til Vær kirke.
Sognekirken i perioden 1728–1878 Københavns brann i 1728 gikk hardt ut over Helligåndskirken. På ettermiddagen den 21. oktober nådde ilden kirken og rundt kl. 20 styrtet tårnet sammen. Hvelvingene falt ned i kirkerommet og alt brant opp. Kirkens prest på denne tiden, Knud Tommerup, anbrakte formuen sin i kirken før han selv i all hast forlot den brennende byen. Formuen gikk opp i røyk.
Ved gjenoppbyggingen av kirken var det kun deler av yttermuren som kunne gjenbrukes. Arkitekt J.C. Krieger utarbeidet en plan for gjenoppbyggingen som ble godkjent av Frederik IV i hans siste leveår. Kriegers bygning hadde samme grunnplan som den brente kirken, men der den gamle bygningen var i basilikaform med lave sideskip og felles tagrygg for midtskip og kor, fikk den nye sideskip med samme gesimshøyde som resten av bygningen og felles tak med midtskipet. Det ble dermed høyere enn korets tak, som også ble avvalmet i østenden, hvor det tidligere hadde vært en kamtaksgavl bøyd rundt den polygonale koravslutningen.
Kirkevergene var ikke helt tilfredse med Kriegers plan. De ville ha hvelvinger i kirkerommet i stedet for det flate loftet som Krieger foreslo, de ville ha takrytteren igjen og de ville ha et høyere åttekantet spir på tårnet i stedet for den forholdsvis beskjedne avslutningen som Krieger hadde tegnet (se de Thurahs gjengivelse). Byggekommisjonen innvilget at det ble laget hvelvinger i tre mot at kirken selv betalte halvparten av merutgiften, men på de øvrige punktene ble det med den godkjente planen. thumb|left|Lerretsbodene Gesimshøyden på Kriegers kirke ble noe lavere enn på middelalderkirken. Det er flere ting som avslører det, men tydeligst sees det på korets østende, hvor det er rester av den gamle vinduesbuen i murverket over det nåværende vinduet. Skipets gavler måtte bygges opp til den nye takhøyden – vestgavlen ble forsynt med tre rundbuede vinduer. Portalene på sydsiden ble renovert. Det var ved denne anledningen at Christian VIs monogram ble anbrakt i gavltoppen på våpenhuset. Den utvendige trappen til tårnet ble murt igjen.