mini|Samer fra Karasjok avbildet av Johan Fredrik Eckersberg 1852. Samenes forhistorie handler om folkegruppens opprinnelse og deres aner tilbake til stein-, bronse og tidlig jernalder i Fennoskandia. Så langt tilbake som omtrent 1000 år før Kristus er det arkeologiske spor etter utvikling av to adskilte kulturer i Norden, nemlig en innlands- og en kystkultur. Disse to kulturene eller identitetene bestod av en fangstkultur i innlandet og en landbrukskultur ved kysten. Senere utviklet disse seg til norrøn og samisk identitet. Det samiske språket er en helt sentral del av utviklingen av deres identitet. Hvorledes det samiske språket har oppstått, er uklart for forskerne, men en mener at det må ha vært forårsaket av en ytre påvirkning. En teori er at et tidlig finsk-samisk urspråk ble snakket i den kamkeramiske kulturen i steinalderens Finland og at det ble splittet opp i to språk i møtet med stridsøkskulturen. Ut fra det kunne språkene ha utviklet seg videre til ursamisk og urfinsk språk.
Med utviklingen av ursamisk i Finland og spredningen av det nord- og vestover på Den skandinaviske halvøy rundt 500-tallet, var det menneskene som var jegere som tok til seg språket. Den samiske kulturen ble omformet til en livsform spesialisert på naturprodukter. Samtidig sluttet den samiske kulturen med andre aktiviteter som disse menneskene tidligere hadde drevet med, da de var mer eller mindre selvforsynte. Salg av pels kan ha vært drivkraften som fikk den tidlige samiske kulturen til å spre seg. Disse jeger- og samlerfolkene hadde kontakter med germanske handelsnettverk som samtidig spredde seg utover.
Fra begynnelsen ble samene koblet opp mot finnene, ettersom det samiske språket åpenbart er nært beslektet med finsk. Da den biologiske antropologien ble utviklet på 1800-tallet ble samene sett på som avvikende fra alle omgivende folkegrupper. Det gav opphavet til en teori om at samene utviklet seg som en isolert gruppe under istiden, da de skulle ha overvintret ved Nordishavet. Teorien er kjent som overvintringshypotesen. Lingvister har forsøkt å finne samenes opphav øst for Volga eller Ural ved å sammenligne språkene, ettersom samisk har språklige likheter med samojediske språk. En annen metode, som antropologer anvendte på 1800-tallet, var å undersøke etnisitet og rase basert på målinger av hodeskaller. Sammen med sosialdarwinistiske tenkemåter ble det spekulert på hvordan samene kunne ha språklige likheter med finner, men ikke ha utviklet seg til samme «høyere kulturelt nivå». Med dette mente en at samene var nomadiske, mens finnene var bofaste. Slike tankemåter ga seg uheldige utslag med nedvurdering av samene som mennesker og deres kultur, noe som først ble endret etter andre verdenskrig.
Samenes egne oppfatninger om tidlig historie Samenes tidlige historie på Den skandinaviske halvøy har vært tema for både samer og andre. Hvem som «kom først» har vært et spørsmål under debatt siden begynnelsen av 1800-tallet, både for historikere og språkforskere. Likeså spørsmålet om samenes utbredelse i forskjellige tidsperioder. Fra 1700-tallet og utover har samiske fortellinger om egen historie blitt nedskrevet.
Den svenske presten Petrus Martini Högström (1714–1784) skrev i 1740-årene at: «noen Lappere vil påstå at deres forfedre i gamle dager var eiere av hele Sverige; men at de ble drevet vekk og fortrengt under fremmed herredømme […]» Som svar på hvor samenes forfedre kommer fra, sier samene at: «Lapper og svensker var fra begynnelsen ett folk, men da det kom en voldsom storm, ble noen av dem redd og gjemme seg under et brett. Noen av etterkommerne ble svensker, og Gud lot brettet gjøres om til et hus. Men de andre, som var dristigere og ikke ville søke tilflukt, ble stamfedre til lappene, som fortsatt har sitt tilholdssted under åpen himmel den dag i dag.»
Den norske misjonæren Knud Leem (1697–1774) skriver i 1767 at samene selv oppgir å være de eldste innbyggerne i Norden. Senere har et annet folk fordrevet samene lenger mot nord. En mer utførlig beretning om dette ble nedskrevet av den finske presten Jakob Fellman (1795–1875), som fikk høre historien i et episk dikt med oppkomst fra Finnmark. Ifølge denne kan samenes historie i Norden inndeles i tre perioder. Først kom samene til Nord-Skandinavia etter en lang vandring, vanskeliggjort av store elvestryk. Landet var karrig og de kalte det for Samieatnam (Sameland). Det var mennesker der fra før som ikke talte samisk, men samene fordrev dem. De siste urmenneskene bodde en tid ved Tanaelva. Av de fordrevne lærte samene seg hvordan de kunne bo i det kalde landet. Samene benyttet stein for å lage våpen til jakt. I den andre perioden kom det nye stammer med samer, og disse hadde en «mer utviklet kultur.» Senere innvandret enda en gruppe samer med reinsdyr fra sørvest. Etter en tid med stridigheter mellom de samiske folkene kom de frem til at de alle var i slekt. Gruppene smeltet sammen til en stor gruppe, som dagens samer tilhører. Den tredje perioden oppstod da samene ble underlagt konger.
Blant samer fra Torneå fantes et sagn om at samene opprinnelig kommer fra et sydlig land, som noen mener er Himalaya. Imidlertid ble de skilt av fiender og de av dem som ikke hadde reinsdyr ble i området og kjempet mot inntrengerne. De andre som hadde rein, flyktet og utvandret langs to veier: en mot nord og en mot sør. Den sørlige gruppen dro mot Kaukasus og Alpene, mens den andre gruppen dro mot Jylland i Danmark. Videre over det skånske sundet dro de så i små skinnbåter, og etter seg i vannet dro de store skinnposer med utstyret sitt. Da de så kom til Den skandinaviske halvøy dro de mot nord og de ubebodde områdene der. Senere kom det også andre folk inn i Skandinavia og lagde ufred for samene, som da dro mot nord.
Samen Johan Turi (1854–1936) skrev i 1917 at samene ikke kommer fra noe sted, men at de alltid har vært urinnvånere i Skandinavia. I gamle tid bodde samene ved kysten i Norge og overalt i Sverige, og visste ikke at det fantes andre folk enn dem.
Tidlige språklige og etnografiske oppfatninger om samenes opphav mini|På et tresnitt fra den svenske biskopen Olaus Magnus (1490–1557) Historie om de nordiske folkene avbildes Nordens ulike folkeslag i form av en moskovitt, en finne, en same og en gjøt.
mini|Omslaget til Lapponia fra 1673 av Johannes Schefferus.
Europeiske lærde hevdet på 1600-tallet at samene var Skandinavias urbefolkning. Den tysk-svenske lærde Johannes Schefferus (1621–1679) utga i 1673 boken Lapponia hvor han skrev at samene nedstammet fra finnene. Han mente at samene i flere perioder hadde blitt tvunget til å forlate Finland på grunn av angrep, skattelegging og kristning under tvang. Schefferus argumenterte for at begge folkeslagene har mye til felles, både i lynne og utseende: «Finnene har svart hår, brede ansikter og et bistert oppsyn, slik også samene har.» Til og med i klesdrakten syntes Schefferus det bare fantes ubetydelige forskjeller mellom samer og finner.
I 1770 publiserte den ungarske jesuittpresten János Sajnovics (1733–1785) en artikkel der han påpekte en lingvistisk sammenheng mellom samisk og ungarsk. Med dette arbeidet bidro han til grunnleggende forståelse av de finsk-ugriske språkene.
Oppfatninger om dannelsen av samene som etnisk gruppe Opp gjennom tidene har en hatt to hovedsyn på opphavet til samene; enten som relativt sene immigranter til Skandinavia eller at de tvert om er urinnvånere med svært lange historiske røtter på Nordkalotten, i Norden eller endog med utbredelse i store deler av Nord-Europa. I tidligere historisk forskning ble mennesker, rase og etnisk tilknytning oppfattet som mer eller mindre sammenfallende begreper. De fysiske forskjellen mellom mennesker, som kropps- og kranieform var ansett som viktige for å kartlegge folkegruppers forskjeller og deres opphav. Fra midten av 1900-tallet gikk en mer og mer bort fra oppfatningen om slike sammenhenger i kulturforskningen.
For samene har handel vært en viktig del av deres levebrød, helt siden forhistorisk tid da jakt var basisen for deres eksistens. En mener at jakt har vært en viktig faktor for dannelse av den samiske identiteten. Det er forskere som mener at den samiske identiteten som ble dannet i den nordlige delen av Fennoskandia oppstod som et resultat av samvirke mellom jegerfolk og bofaste bondesamfunn. Et omfattende distribusjonssystem oppstod mellom jegere i nord, handelsfolk og produsenter i øst og sør. Jakten som samene drev, var en spesialisering som i neste omgang gjorde samene avhengig av handel.
De fire fasene for forståelsen av samisk forhistorie Den svenske arkeologen Inger Zachrisson (1936–) har delt idéhistorien om samenes forhistorie inn i fire faser. I perioden 1820–1860 mente lærde, som den svenske arkeologen Sven Nilsson (1787–1883), at samene var en nordisk urbefolkning. Disse skulle ha levd over hele Skandinavia. Mens perioden 1860–1900 var kjennetegnet av oppfatningen om de «to steinalderkulturen», en i nord og en annen i sør. Mer radikale overtoner tok plass i den tredje perioden fra 1900 til 1970, der den svenske arkeologen Oscar Montelius (1843–1921) anså samene som en egen rase. En annen svensk arkeolog, Gustaf Hallström (1880–1962), var overbevist om at steinalderkulturen i Nord-Sverige var av skandinavisk opphav, mens samene hadde migrert inn i regionen mye senere. Den fjerde perioden etter 1970 utviklet seg i Norge og var inspirert av sosialantropologi. Sosialantropologen og arkeologen Knut Odner (1924–2008) og arkeologen Bjørnar Olsen (1958–) var inspirert av teoriene til sosialantropologen Fredrik Barth (1928–2016), som dannet en teori om at samisk etnisitet hadde oppstått under kulturelle interaksjoner. Disse interaksjonene hadde innbefattet både samarbeid og konflikt. Samhandlingene oppstod mer spesifikt mellom jegergrupper i Nord-Norge og Finland og jordbrukere som produserte metall i det sentrale og østlige Russland. Dette skulle ha skjedd i bronsealderen. Zachrisson inndeling av periodene er fulgt i den følgende fremstillingen.
1820–1860: samene var en nordisk urbefolkning mini|Hertugen av Orléans i et sametelt i august 1795, olje på lerret av François-Auguste Biard, 1840
På 1700- og begynnelsen av 1800-tallet var det en utbredt oppfatningen innenfor vitenskapen at samene var opprinnelige innbyggere i Fennoskandia. Den svenske naturhistorikeren Sven Nilsson (1787–1883) mente endog at samene fra svært langt tilbake i tiden hadde holdt til i store deler av Nord-Europa (Danmark, Nord-Tyskland, Storbritannia og muligens deler av Frankrike), kjent som storutbredningsteorin. Argumentasjonen bygget han på at funn av samiske kranier i Varanger var like dem som var funnet på gravplasser i Sør-Sverige, videre at funn av verktøy og gravkamre på kontinentet lignet dem som samene skulle ha hatt i Sverige. Nilsson mente at de så hadde blitt fortrengt lenger og lenger mot nord av germanske grupper. Den svenske anatomen og antropologen Anders Retzius (1796–1860) hadde omtrent samme oppfatning og mente at de mye mer kulturelt avanserte nordiske folkeslag hadde fortrengt samene nordover. Lignende oppfatninger ble fremført i 1820- og 1830-årene av den danske språkforskeren Rasmus Rask (1787–1832) og den svenske historikeren Erik Gustaf Geijer (1783–1847).