mini|Same med hund i høyfjellet.
Samisk historie i tidlig moderne tid handler her om tiden fra 1500 til 1800. I første del av denne perioden dreide statenes rivaliseringer på Nordkalotten seg ikke bare om skatter og kontroll med handelen, først og fremst med samene, men om storpolitikk og strategier mellom statene. Sverige og Danmark-Norge kjempet om territorier og handelsveier. Sverige følte seg omringet av Danmark-Norge, som hadde besatt Skåne og Halland, og som dermed kontrollerte skipsfarten gjennom Øresund og delvis Østersjøen. I nord hadde Danmark-Norge også kontroll over sjøtrafikken via Norskehavet mot Kola og Kvitsjøen. Sverige så en mulighet for å få etablert en korridor nordover mot Nordishavet, dermed ble det ført kriger mellom landene for å få kontroll over Nord-Norge.
Nasjonalstatene i Norden økte sine ambisjoner for kolonisering i de samiske områdene gjennom 1600-tallet. Samer og andre minoritetsgrupper hadde lite å stille opp mot statene og kirkens krav om bekjennelse til protestantismen, rettssystem og pengeøkonomi, samt dele land med et økende antall nybyggere. Etter en rekke stridigheter og kriger kom den endelig avslutningen etter freden i Roskilde i 1658. Sverige fikk med fredsslutningen fri tilgang til verdenshavene ved at hele kysten fra Svinesund til Øresund, og rundt Skåne, ble svensk territorium. Med denne avklaringen mistet Sverige interessen for territorium i Nord-Norge. I 1751 ble det også enighet om en eksakt grenselinje mellom Norge og Sverige. Til grenseavtalen var det et tillegg, kjent som Lappekodisillen der samenes rett til blant annet grensepasseringer med reinflokker ble tillatt.
Lenge før 1500 hadde samene brukt reinsdyr til mat, tamme rein ble brukt til å lokke til seg villrein under jakt, til transport og for melking. Rundt 1500-tallet, eller tidligere, mener mange historikere at samene gikk over til mer spesialisert og intenst husdyrhold, kalt pastoralisme. Da fikk de store reinflokker for å produsere melk, kjøtt og blod. Utover på 1700-tallet skjedde enda en ny utvikling, med storproduksjon av reinkjøtt for salg. Besetningen kunne da bestå av flere hundre eller noen tusen rein. Melking tok slutt i dette stadiet. I Finnmark utviklet dette seg til en driftform der samene flytter reinflokkene ut mot kysten på våren hvor de blir hele sommeren. De svenske fjellsamene flyttet mellom skoglandet i øst til fjellområdene mot vest på våren. Senere på sommeren flyttet de reinene helt ut til øyene på norskekysten. Utpå høsten gikk trekkene motsatt retning.
I fjorddistriktene i Nord-Norge holdt sjøfinner til, eller sjøsamer som de senere ble kaldt. Sjøsamene drev stort sett med de samme næringsveier som sine norske naboer. De kombinerte reindrift, reinsdyrjakt, fiske på havet og jakt på sel, hval og hvalross, samt jordbruk. På 1700-tallet begynner bestanden av villrein å avta, og fra da av begynner mange sjøsamer med gårdsdrift. I Finnmark kombinerer mange sjøsamer fiske og jordbruk helt opp til 1900-tallet. Sjøsamene hadde hatt oppgangstid gjennom hele 1500-tallet, men det gikk ikke like bra senere for dem. De ble aldri «formuende» som mange av reinsamene ble i løpet av 1600-tallet. I det store og hele ble mange samer fattige, og i Sverige graderte skattesatsene samene i kategoriene fjell-, skogs- og fattiglapper.
Begrepsavklaring mini|Tresnitt som forestiller fire samer i forskjellig alder som driver med bueskyting. Fra boken Historia de gentibus septentrionalibus av Olaus Magnus utgitt i 1555.
Vanligvis betegnes nyere tid som tiden fra rundt 1500 til rundt starten av 1800-tallet, altså perioden mellom middelalderen og moderne tid. (2021) Moderne tid brukes også om denne perioden, moderne tid Det Norske Akademi for Språk og Litteratur (2022) Det er også vanlig å kalle denne perioden tidlig moderne tid, og la tiden mellom 1800 og 1900 benevnes for senere moderne tid.
Finner har vært en betegnelse på samer i gammel tid, og antas å være et ord av norrøn opprinnelse. Betydningen av ordet kan være vandrer, sporfinner eller jeger.Berg-Nordlie, Mikkel: (2021) På 1800-tallet ble det i offisielle folketellinger benyttet begrepene lapper og/eller finner, fra 1865 til 1910 bare lapp. En tid ble ordet finner ikke brukt om samer, men om innvandrende kvener som fikk denne betegnelsen. Fra 1920 ble samene igjen kalt for finner. En foretrakk dette ordet siden det var det gamle norske ordet, mens lapp var et svensk ord. På grunn av disse vekslingene mellom begreper, ble kategoriene ikke helt entydige. Noen steder ble finn brukt om sjøsamer. Begrepet lapp ble oppfattet nedsettende i Norge, men hadde ikke denne heftelsen i Finland. Ordet same var det samene selv foretrakk, og ordet finnes i alle de samiske språkene. Etter at samene hadde arbeidet for å få kontroll over begrepsbruken, ble same brukt første gang i folketellinger i 1930. I Sverige ble lapp erstattet av same i 1960-årene, da det ble oppfattet som mer korrekt.
Finnmark (eller Finnmork på gamlenorsk) var en vanlig betegnelse for samisk område, og ser ut til å ha vært brukt i dagens Norge vest og nord for Kjølen (fjellkjeden mellom Norge og Sverige.) I middelalderen ble Finnmark forstått som et område mye større enn dagens fylke. En kjenner til at det som ble benevnt som Finnmark gikk helt ned til Nord-Trøndelag og nordlige del av Jemtland i Sverige på 1200-tallet. Nødvendigvis behøver ikke Finnmark å ha vært et geografisk begrep, men betegnelse på område der samene bodde, jevnfør det gammelnorske ordet mark i betydningen «skog» eller «grenseland».
De områdene som samene holder til i kalles Sameland (eller på samisk Sápmi og i gamle tid Sami Eana ámta). Det vil i moderne tid si Trøndelag, Nordland, Troms og Finnmark i Norge, Norrland og Västerbotten i Sverige og Lapin lääni i Finland, samt Kolahalvøya i Russland. I fjordområdene, spesielt i Troms og Finnmark, har samene tradisjonelt drevet med kystfiske og kalles derfor sjøsamer eller kystsamer. I innlandet på Nordkalotten, rett nedenfor tregrensen i Norge og Sverige, har de nomadiserende samene tradisjonelt hatt tilholdssted og de har derfor vært kalt derfor fjellsamer. I dette området fant de gode tilholdssteder for reinen, i tillegg til bjørk og brensel. En annen gruppe, som en finer i Sverige og Finaland, er skogssamene, som holder til i de innalandske skogene. Til sitt livsopphold drev de med fiske, jakt og fangst. I Finland er samisk hovedområde Kemi lappmark, samt stedene Enontekiö, Utsjok og Enare. Her er det ikke høyfjell, men noen lave fjell, vide marker med reinlav, bjørke- og barskog og lengst mot øst finnes fiskerike innsjøer. Tradisjonelt var samene i Finland kategorisert som skogsamer. I tidligere tider var det villrein i disse områdene, mens det i moderne tid drives reindrift med store flokker. Samene i Russland kalles historisk for skolte- og kola- og tersamer. Til skoletsamene hører de som holder til i Neiden, Pasvik, Suenjel, Petsamo og Notozero, mens de to andre kategoriene er historiske benevnelser for samer på Kolahalvøya.
Selv om en gjengs oppfatning er at de fleste samer først og fremst driver med rein, har det aldri vært tilfelle. Mange har også vært bofaste opp gjennom tidene. Det er også en feiloppfatning å oppfatte samisk kultur som noe ensartet. Tvert om har det alltid vært et svært differensiert kulturmønster innenfor sameland. For eksempel er fjellsamer og skogsamer to forskjellige sosiale grupper som utnytter forskjellige økologiske nisjer. De har også hatt forskjellige sesongvise bevegelsesmønstre. Dog har næring og kultur ikke vært konstant gjennom tidene, og store endringer har skjedd opp gjennom historien.
Geopolitiske rivaliseringer på Nordkalotten Fra slutten av 1500-tallet dreide statenes konflikter på Nordkalotten seg ikke bare om skatter og kontroll med handelen, da spesielt pels, men også om storpolitikk og rivalisering mellom statene. Sverige og Danmark-Norge kjempet om territorier og handelsveier. Sverige følte seg helt omringet av Danmark-Norge, som hadde besatt Skåne og Halland og dermed kontrollerte skipsfarten gjennom Øresund og delvis Østersjøen. I nord hadde Danmark-Norge også kontroll over sjøtrafikken via Norskehavet mot Kola og Kvitsjøen.
Nasjonalstatene i Norden økte sine ambisjoner for kolonisering i de samiske områdene fra 1600-tallet. Samer og andre minoritetsgrupper hadde lite å stille opp mot statene og kirkens krav om bekjennelse til protestantismen, rettssystem og pengeøkonomi, samt dele land med et økende antall nybyggere. Imidlertid var statenes involvering begrenset med hensyn på utnyttelse av naturressurser som fisk, jakt og reinsdyrdrift. Selv om statene begynte å legge grunnlaget for senere kontroll på denne tiden, var deres innsikt og informasjon for begrenset til at de kunne formulerer lover for kontroll og skattlegging i detalj.
Sverige så en mulighet for å få etablert en korridor nordover mot Nordishavet. Dermed fikk Nöteborgstraktaten fra 1323 fornyet interesse, og da spesielt formuleringen om at grensen gikk ut mot havet i nord. Svenskene mente at dette kunne tolkes som at deres egentlige krav var en grenselinje mot havet, et sted mellom Varanger og Fiskerhalvøya.
Kalmarkrigen, Hannibalfeiden og endelig avklaring i 1658
I 1590-årene gjorde Danmark-Norge og Sverige-Finland en stor innsats for å få oversikt over den samiske befolkningen, deres næringsveier og mulighet for skattlegging. Begge statene gjorde også det de kunne for å få styre forvaltningen og militære på Nordkalotten. I Sverige ble det opprettet et eget stattholderembete for Lappmarken, det ble også opprettet egne fogder for å ha oppsyn med laksefiske i Altaelva og Tana. Svenske myndigheter forsøkte å få etablert kirker der samene hold til, ikke bare i innlandet, men også på kysten i Alta og Tysfjord. Dansk-norske myndigheter gjorde hva de kunne for å forhindre dette, og som mottrekk fikk de selv reist en kirke i Tysfjord. Et annet tiltak var at Lensherrene, først Hartvig Bille (omtrent 1575–1649) og Claus Urne (1561–1606), samt senere etterfølgere, skulle ha fast opphold i landsdelen slik at de kunne følge utvikling. For å markere suvereniteten dro Kong Christian IV på reise helt opp til Finnmark og østover langs Kolakysten.
Sverige-Finland og Russland kom til en avklaring i 1595 med Freden i Teusina (i Estland) etter at de hadde ligget i krig siden 1572. I fredsavtalen som ble inngått måtte Sverige begrense sine ambisjoner i nordøst og avstå fra å kreve Kolahalvøya som sitt terriotorium. Imidlertid fikk de gjennombrudd for en ishavslinje, slik at den svensk-russiske grenselinjen skulle trekkes ut mot et punkt litt øst for Varanger. Etter denne avtalene ble det slutt på at Russland skulle skattlegge sjøsamene vest for Varanger, samene i Kemi lappmark og i indre strøk av Finnmark.
De videre konfliktene om Nordkalotten stod etter 1595 mellom Danmark-Norge og Sverige. Landene hevdet i 1610-årene sine territorielle krav ved retten til å skattlegge sine undersåtter og i dette området dreide det seg om samene. Konkret betydde dette en skjerpet strid om skattlegging av sjøsamene. Landene hadde også forhandlinger om grensene, hvor de hevdet sine prinsipper for kravene. Svenske la vekt på tradisjonelle regler for skattelegging, mens en fra dansk-norsk side viste til den gamle oppfatningen om at grensen mellom landene gikk ved Kjølen, altså fjellryggen mellom Sverige og Norge. Imidlertid flater landskapet mellom landene ut i Nord-Troms og Finnmark. Dermed brukte de danske forhandlerne argumentet om at «alder tids bruk» måtte være avgjørende. Kravene var vidt forskjellige, og landene trappet opp militært. Det ble etablert et fort i Altafjorden og foretatt spredte tiltak med tvangsevakuering av sjøsamene vekk fra fjordområdene.