miniaturadaimagem|Khamenei lendo o testamento de Khomeini na reunião Uma eleição para o segundo Líder Supremo do Irã foi realizada em 4 de junho de 1989, após a morte em exercício de Ruhollah Khomeini. Na eleição, Ali Khamenei foi eleito líder supremo pela Assembleia dos Peritos com 60 dos 74 votos.
Mudanças constitucionais que antecederam a eleição Devido a um conflito ideológico entre Ruhollah Khomeini e Hussein-Ali Montazeri, seu herdeiro aceito, Khomeini solicitou uma revisão do Artigo 109, que estabelecia que os sucessores de Khomeini deveriam ser uma 'fonte de imitação' ou deter o título de Marja'. A mudança na constituição não ocorreria oficialmente até 6 de agosto de 1989, quando uma votação reduziria a qualificação para a posse da autoridade de emitir uma fatwa. O debate dentro da Assembleia dos Peritos sobre a mudança constitucional incluiu se a qualificação clerical de Marjaʿiyyat, presente no Artigo 109, contribuía para a qualidade de liderança que Khomeini era visto mantendo. A Assembleia dos Peritos, composta por muitas pessoas que foram fundamentais para a Revolução de 1979 e que, em alguns casos, conheceram Khomeini, concluiu que a liderança de Khomeini era atribuída em parte às suas qualificações religiosas, mas principalmente à sua motivação e habilidade política.
Processo eleitoral A decisão de realizar a sessão foi tomada em 3 de junho de 1989, quando Ahmad Khomeini telefonou para Akbar Hashemi Rafsanjani por volta das 15h00 para informá-lo de que seu pai estava em estado crítico. Quando ficou evidente que a escolha de um sucessor seria necessária, Rafsanjani e Mohsen Rezaee convocaram os membros da assembleia nas províncias para uma reunião de emergência em Teerã. O anúncio da morte de Ruhollah Khomeini foi adiado para depois da reunião.
Rafsanjani liderou a reunião na manhã seguinte e trouxe o testamento lacrado que estava guardado em um cofre. O presidente Ali Khamenei leu o testamento, após Ahmad Khomeini ter se recusado a fazê-lo devido ao luto. A leitura das 35 páginas do testamento levou pouco mais de duas horas.
Líder Supremo versus Conselho de Liderança A primeira questão levantada para discussão foi se a assembleia deveria estabelecer um "Conselho de Liderança" ou uma única pessoa. Vários nomes foram propostos como membros do conselho pelos defensores de uma liderança colegiada, incluindo: Primeiro grupoAli KhameneiAbdolkarim Mousavi ArdebiliAli MeshkiniPresidentePresidente da Suprema CortePresidente da Assembleia Segundo grupoAkbar Hashemi RafsanjaniAbdolkarim Mousavi ArdebiliPresidente do ParlamentoPresidente da Suprema Corte Terceiro grupoAli KhameneiAbdolkarim Mousavi ArdebiliAli MeshkiniMohammad Fazel LankaraniAbdollah Javadi AmoliPresidente do IrãPresidente da Suprema CortePresidente da AssembleiaMarja'Marja' 45 membros votaram a favor de uma única pessoa e 23 contra, estes últimos tendo votado por uma liderança em conselho. Ali Khamenei e Akbar Hashemi Rafsanjani estavam ambos entre os defensores de um conselho.
Indicação de Mohammad-Reza Golpaygani Após a votação em favor de um detentor único do cargo em vez de um conselho, Mohammad-Reza Golpaygani foi proposto como o sucessor. Ele era considerado um Marja' distinto e, após a destituição de Hussein-Ali Montazeri como herdeiro, surgiu rapidamente como o "candidato principal" nas discussões públicas. No entanto, Golpaygani era "completamente desconhecido pelo público em geral" e carecia de experiência política. Ele acabou recebendo apenas 14 votos.
Indicação de Ali Khamenei Após a votação de Golpaygani não atingir o quórum necessário, em uma segunda tentativa, Ali Khamenei foi considerado e escolhido como o Líder Supremo. A imprensa nacional escreveu que ele foi eleito com 60 votos a favor e 14 votos contra. Ali Meshkini declarou que ele foi escolhido devido às suas relações próximas com Khomeini, por ter desempenhado papéis importantes tanto durante a revolução quanto na guerra, e devido à sua familiaridade com questões sociais, econômicas e políticas; enquanto Akbar Hashemi Rafsanjani afirmou que Khomeini havia desejado em seu leito de morte que Khamenei o sucedesse.
Os detalhes das discussões sobre sua indicação foram mantidos em segredo por décadas. Em 2008, trechos de filmagens inéditas da sessão foram exibidos pela emissora estatal IRIB (Islamic Republic of Iran Broadcasting), mostrando que Rafsanjani desempenhou um papel fundamental em convencer os membros da assembleia a votar em Khamenei.
De acordo com o depoimento de Rafsanjani na sessão, o Aiatolá Khomeini havia pontuado, em uma reunião em março de 1989, que Khamenei seria um sucessor adequado para ele, respondendo a observações de que não existiam outros candidatos para a sucessão após a destituição de Montazeri. Como resultado, Rafsanjani foi amplamente creditado como um kingmaker (articulador de poder).
O próprio Khamenei opôs-se à moção, afirmando: "Eu apoio a shuray-e rahbari [conselho de liderança], de acordo com a Constituição, e sou contrário à rahbari-ye fardi [liderança individual]. Como posso ser um candidato?". Ele foi respondido por Rafsanjani: "A rahbari-ye fardi tornou-se a lei (qanun shode). Não há alternativa". O vídeo mostra Khamenei deixando o pódio após dizer "sobre esta questão... bem, eu sou contra de qualquer maneira"; então Rafsanjani anuncia: "Aqueles que forem a favor, levantem-se!", e uma maioria esmagadora se levanta gritando "Deus é grande".
A terceira parte do documentário Narrativa da Liderança, que em fevereiro de 2019 revelou que Khamenei havia sido eleito temporariamente para atuar como Líder Supremo até que as emendas constitucionais fossem aprovadas pelo referendo constitucional. A assembleia confirmou posteriormente sua decisão em julho de 1989, nomeando-o definitivamente como o Líder Supremo.
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