A perseguição aos pagãos sob Teodósio I começou em 381, após os primeiros anos de seu reinado como coimperador na parte oriental do Império Romano. Na década de 380, Teodósio I reiterou a proibição de Constantino, o Grande, aos sacrifícios de animais, proibiu o arúspice no sacrifício de animais, foi pioneiro na criminalização de magistrados que não aplicavam as leis antipagãs, desmantelou algumas associações pagãs e destruiu templos pagãos.
Entre 389 e 391, ele emitiu os "decretos teodosianos", que estabeleceram uma proibição prática ao paganismo;Theodosian Code (Book 16, Title. 10, .11) as visitas aos templos foram proibidas, os feriados pagãos restantes foram abolidos, o fogo sagrado no Templo de Vesta no Fórum Romano foi extinto, as Virgens Vestais foram dissolvidas e os auspícios e a bruxaria foram considerados ofensas puníveis. Teodósio recusou-se a restaurar o Altar da Vitória na Casa do Senado, conforme solicitado por senadores pagãos.
Em 392, ele se tornou imperador de todo o império (o último a ser). Desse momento até o fim de seu reinado em 395, enquanto os pagãos continuavam a se manifestar abertamente em suas demandas por tolerância, ele autorizou ou participou da destruição de muitos templos, locais sagrados, imagens e objetos de piedade em todo o império em ações de cristãos contra importantes locais pagãos. Ele promulgou uma lei abrangente que proibia qualquer ritual pagão público e era particularmente opressiva em relação aos maniqueístas. É provável que ele tenha suprimido os Jogos Olímpicos da Antiguidade, cujo último registro de celebração data de 393.
Tolerância inicial (379–381) Teodósio I foi relativamente tolerante com os pagãos no início de seu reinado,Theodosian Code 12.1.112.Hebblewhite (2020) 112ff argues that Theodosius was largely indifferent to pagan ritual practice in the early years of his reign, instead focusing on combating what he saw as 'heresy' within the Christian Church já que precisava do apoio da influente classe dominante pagã e a porcentagem de não cristãos na população geral ainda era bastante grande, talvez 50% no total. Isso era especialmente verdade no Ocidente, onde a Igreja ainda era em grande parte um fenômeno urbano, exceto no Norte da África. Ele manifestou seu apoio à preservação de templos ou estátuas pagãs como edifícios públicos úteis. Sabe-se que nomeou vários pagãos para cargos públicos no início de seu reinado. Por exemplo, nomeou o pagão Eutôlmio Taciano como prefeito pretoriano do Egito. A relativa tolerância de Teodósio I para com outras religiões também é demonstrada por sua ordem posterior (em 388) para a reconstrução de uma sinagoga judaica em Calínico, na Mesopotâmia, que havia sido destruída por um bispo e seus fiéis cristãos.
Teodósio lidou com severidade com os arianos, hereges, e apóstatas cristãos.Theodosian Code 16.7.1, 1.7.2, 16.7.2, 16.7.3, 16.7.4, 16.7.5. Mais tarde, em seu reinado, ele tentou erradicar os últimos vestígios do paganismo com grande severidade.. No entanto, ele não teve sucesso nisso. Mesmo privados do apoio estatal e municipal, desprovidos de fundos e propriedades, os seguidores das antigas religiões continuaram a sobreviver visivelmente, embora sob pressão e enfraquecidos, até o início do século VI.
Perseguição Primeiras tentativas de inibir o paganismo (381–388) Sua primeira tentativa de inibir o paganismo ocorreu em 381, quando reiterou a proibição de sacrifícios imposta por Constantino. Em 384, proibiu o arúspice sobre o sacrifício de animais e, diferentemente das proibições antipagãs anteriores, criminalizou o descumprimento da lei por magistrados. Tanto Teodósio quanto Valentiniano II reconheceram formalmente Máximo em 384. Por um tempo, os pagãos desfrutaram novamente da liberdade religiosa, e muitos pagãos ilustres ascenderam a cargos importantes no estado. O fato de os templos continuarem a ser cuidados e de as festas pagãs continuarem a ser celebradas é indicado por uma lei de 386, que declarava que o cuidado com os templos e as festas era prerrogativa exclusiva dos pagãos.Theodosian Code (Book 12, Title. 1, .112) Essa lei também confirma o direito dos sacerdotes de realizar os ritos pagãos tradicionais dos templos. Em 387, Teodósio declarou guerra a Máximo depois que este expulsou Valentiniano II da Itália. Máximo foi derrotado e executado, e os regulamentos antipagãos de Graciano foram aparentemente restabelecidos por Valentiniano II.
Em 388, Teodósio enviou um prefeito à Síria, Egito, e Ásia Menor com o objetivo de desmantelar as associações pagãs e destruir seus templos. O Serapeu de Alexandria foi destruído durante essa campanha.Socr., V, 16
Decretos teodosianos (389–391) Em uma série de decretos chamados "Decretos Teodosianos", ele declarou progressivamente que as festas pagãs que ainda não haviam sido convertidas em festas cristãs passariam a ser dias de trabalho (em 389). Em 391, reiterou a proibição do sacrifício de sangue e decretou: "ninguém deve ir aos santuários, andar pelos templos ou erguer os olhos para as estátuas criadas pelo trabalho do homem" . (decreto "Nemo se hostiis polluat", Codex Theodosianus xvi.10.10). Também em 391, Valentiniano II, que era imperador no Ocidente sob a égide de Teodósio, foi aconselhado por Ambrósio a promulgar uma lei que não só proibia os sacrifícios, como também impedia qualquer pessoa de visitar os templos.Theodosian Code 16.10.10 Isto causou novamente turbulência no Ocidente. Valentiniano II rapidamente seguiu esta lei com uma segunda, que declarava que os templos pagãos deveriam ser fechados, uma lei que foi vista como praticamente proibindo o paganismo.Theodosian Code 16.10.11
Após a morte de Máximo, Valentiniano II, sob a égide de Teodósio, reassumiu o cargo de imperador do Ocidente. Valentiniano II, aconselhado por Ambrósio, e apesar dos apelos dos pagãos, recusou-se a restaurar o Altar da Vitória à Casa do Senado, nem a devolver os rendimentos aos sacerdotes e às Virgens Vestais.. Valentiniano foi assassinado, possivelmente por agentes de Arbogasto que ele tentara demitir, e Eugênio, um professor de retórica, foi proclamado imperador.. Os ritos religiosos ancestrais foram mais uma vez realizados abertamente e o Altar da Vitória foi restaurado.. Os templos que assim foram fechados podiam ser declarados "abandonados", como observou imediatamente o bispo Teófilo I de Alexandria ao solicitar permissão para demolir um local e cobri-lo com uma igreja cristã, um ato que deve ter recebido aprovação geral, pois mitreias formando criptas de igrejas e templos formando os alicerces de igrejas do século V aparecem por todo o antigo Império Romano.
thumb|right|Santo Ambrósio e o Imperador Teodósio, Anthony van Dyck. Por decreto, em 391, Teodósio pôs fim aos subsídios que ainda chegavam a alguns remanescentes do paganismo cívico greco-romano. Em 394, o fogo eterno do Templo de Vesta, no Fórum Romano, foi extinto, e as Virgens Vestais foram dissolvidas. Tomar auspícios e praticar bruxaria eram atos passíveis de punição. Quando membros pagãos do Senado em Roma lhe pediram que restaurasse o Altar da Vitória na Casa do Senado, ele se recusou.
A aparente mudança de política que resultou nos "decretos teodosianos" tem sido frequentemente atribuída à crescente influência de Ambrósio, bispo de Milão. Somente após o que é comumente conhecido como o massacre de Tessalônica, em 390, Ambrósio conseguiu ganhar influência sobre Teodósio. Ambrósio alcançou isso excomungando Teodósio por ter ordenado o massacre, forçando-o assim a obedecer.
Alguns historiadores modernos questionam as consequências das leis contra os pagãos.R. Malcolm Errington. "Christian Accounts of the Religious Legislation of Theodosius I" (1997) 79:2 Klio 398 & Hebblewhite, M. (2020) p. 117 ff. A punição por venerar imagens pagãs feitas pelo homem era a perda da casa do indivíduo. A punição para quem sacrificasse em templos ou santuários era uma multa de vinte e cinco libras de ouro..
Em 391, em Alexandria, na sequência dos grandes motins antipagãos, "os bustos de Serápis que ficavam nas paredes, vestíbulos, portas e janelas de todas as casas foram arrancados e destruídos... e em seu lugar o sinal da cruz do Senhor foi pintado nas portas, vestíbulos, janelas, paredes e colunas."
Guerra contra o paganismo (392–395) Roma era mais pagã do que cristã até a década de 390; a Gália, a Hispânia e o norte da Itália, com exceção das áreas urbanas, eram pagãs, exceto Milão, que permaneceu parcialmente pagã.
Em 392, Teodósio tornou-se imperador também da parte ocidental do Império Romano, o último imperador a governar ambas. No mesmo ano, ele começou oficialmente a proscrever a prática do paganismo. Foi então que ele autorizou a destruição de muitos templos por todo o império.Grindle, Gilbert (1892) The Destruction of paganism in the Roman Empire, pp. 29–30: 'For example, Theodosius ordered Cynegius (Zosimus 4.37), the praetorian prefect of the East, to permanently close down the temples and forbade the worship of the deities throughout Egypt and the East. Most of the destruction was perpetrated by Christian monks and bishops...'
Ações contra importantes locais pagãos Teodósio participou de ações de cristãos contra importantes locais pagãos: a destruição do gigantesco Serapeu por soldados em 391, segundo as fontes cristãs autorizadas por Teodósio (extirpium malum), precisa ser vista em um contexto complexo de violência menos espetacular na cidade: Eusébio menciona lutas de rua em Alexandria entre cristãos e não cristãos já em 249, e não cristãos participaram das lutas a favor e contra Atanásio em 341 e 356. "Em 363, eles mataram o Bispo Jorge por repetidos atos de ultraje, insulto, e pilhagem dos tesouros mais sagrados da cidade." Em 391, eclodiram revoltas entre os partidários do prefeito imperial de Teodósio e os partidários do patriarca independente de Alexandria, sobre quem realmente governava Alexandria; os revoltosos que se opunham ao patriarca refugiaram-se no Serapeu e o usaram como fortaleza; quando a ordem foi restabelecida, o prefeito ordenou sua demolição para que futuros revoltosos não pudessem usá-lo para o mesmo propósito.
Em 386, Libânio apelou sem sucesso a Teodósio para impedir a destruição de um templo em Edessa e implorou por tolerância e preservação dos templos contra os ataques contínuos de monges cristãos, que, segundo ele, eram: "Apressem-se a atacar os templos com paus, pedras e barras de ferro e, em alguns casos, desprezando-os, com as mãos e os pés. Seguir-se-á então a desolação total, com a destruição dos telhados, a demolição das paredes, a derrubada das estátuas e a queda dos altares, e os sacerdotes terão de se calar ou morrer. Após demolir um, correm para outro, e para um terceiro, e troféu sobre troféu, em violação da lei. Tais ultrajes ocorrem até mesmo nas cidades, mas são mais comuns no campo. Muitos são os inimigos que perpetram os ataques isolados, mas após seus incontáveis crimes, essa turba dispersa se reúne e cai em desgraça, a menos que tenha cometido o mais vil dos ultrajes...Os templos, Senhor, são a alma do campo: marcam o início do seu povoamento e foram transmitidos por muitas gerações até os homens de hoje. Neles, as comunidades agrícolas depositam suas esperanças em maridos, esposas, filhos, em seus bois e na terra que semeiam e plantam. Uma propriedade que sofreu tanto perdeu a inspiração do campesinato, juntamente com suas esperanças, pois estes acreditam que seu trabalho será em vão, uma vez que lhes sejam roubados os deuses que guiam seus esforços para o seu devido fim. E se a terra não recebe mais os mesmos cuidados, a produção também não pode ser igual à de antes e, nesse caso, o camponês fica mais pobre e a renda fica comprometida."Pro Templis (Oration XXX.8-10)
Supressão de rituais pagãos, religio illicita