A Viagem do Beagle é o título comumente dado ao livro escrito por Charles Darwin publicado em 1839 como Diário e Anotações, o que trouxe a ele considerável fama e respeito. O título se refere à segunda expedição de levantamento topográfico do navio HMS Beagle que zarpou em 27 de dezembro de 1831 sob o comando do capitão Robert FitzRoy.
Embora a expedição tenha sido originalmente planejada para durar um ano, ela durou quase cinco anos – o Beagle não retornou até 2 de outubro de 1836. Darwin gastou a maior parte do seu tempo explorando em terra (três anos e três meses em terra; 18 meses no mar).
O livro, conhecido como Diário de Pesquisas de Darwin é um vivido e excitante relato das memórias da viagem e também um detalhado diário científico de campo cobrindo áreas da biologia, geologia, e antropologia e que demonstra o grande poder observacional de Darwin, escrito em um período onde os europeus ocidentais ainda estavam descobrindo e explorando muito do resto do mundo. Embora Darwin tenha revisitado alguns lugares durante a expedição, para um melhor entendimento, os capítulos do livro estão ordenados por referências a lugares e locações ao invés de uma organização cronológica. Embora com compreensão tardia, Darwin iria posteriormente utilizar várias das ideias que são indicadas no livro para o desenvolvimento da Teoria da Evolução.
Objetivos da Viagem O principal propósito da expedição foi o levantamento cartográfico das costas da parte sulista da América do Sul como uma continuação do trabalho de levantamentos anteriores, produzindo gráficos para guerras navais e comércio, desenhos de colinas da perspectiva do mar, com medidas de suas alturas. Em particular, a longitude do Rio de Janeiro que havia formado pontos de discordância entre levantamentos anteriores devido a discrepâncias nas medidas. Uma longitude exata deveria ser encontrada, usando cronômetros calibrados que deveriam ser corroborados por repetitivas observações astronômicas. Registros contínuos das marés e das condições meteorológicas também foram exigidos.
Em segundo plano estava o levantamento próximo às enseadas nas Ilhas Malvinas e, se estação permitisse, nas Ilhas Galápagos. Então o Beagle procederia para o Taiti e para Baía de Sydney, Austrália, pontos conhecidos para a verificação dos cronômetros. Uma exigência adicional foi realizar um levantamento geológico de um atol de coral circular no Oceano Pacífico, incluindo investigações do seu perfil e dos fluxos relativos a maré.
Contexto e preparações thumb|300px|FitzRoy, capitão do Beagle na expedição. As expedições anteriores de levantamento destinados a América do Sul envolveram o HMS Adventure e o HMS Beagle sob o comando geral do comandante australiano Philip Parker King. Durante o levantamento o capitão da Beagle, Pringle Stokes, cometeu suicídio e seu comando foi transferido para o jovem aristocrata Robert FitzRoy.
Após o retorno da expedição em 14 de outubro de 1830 capitão King se aposentou, e em 25 de junho de 1831, FitzRoy com 26 anos foi apontado como líder de uma segunda expedição comandando o Beagle. Ele não poupou despesas nos reparos e melhorias do Beagle, com o levantamento do convés e a instalação do melhor e mais recentes equipamentos de navegação. Ele contratou um construtor de instrumentos matemáticos para manter os 22 cronômetros posicionados dentro de sua cabine, e o primeiro oficial desenhista Augustus Earle. Adoecendo este na cidade de Montevidéu, FitzRoy o substituiu por Conrad Martens, que estava no Rio de Janeiro a caminho da Índia e que recebeu o título de segundo oficial desenhista.
Durante a viagem anterior, três fueguianos haviam sido trazidos para Inglaterra e foi planejado que eles retornassem para Terra de Fuego no Beagle junto com o missionário Richard Matthews.
FitzRoy estava ciente do estresse e solidão que o comando trazia durante esse período. Desmond e Moore sugeriram que sua patente o teria barrado de jantar com seus subordinados, e ele estava bem alerta acerca do suicídio do capitão Stokes e de seu próprio tio Visconde de Castlereagh. Abordou seu amigo Harry Chester com a ideia de que ele o acompanhasse, sem muito sucesso. Não era muito fora do comum que naturalistas fossem convidados para tais expedições como passageiros que pagam suas próprias despesas, e em agosto de 1831, FitzRoy escreveu apressadamente paro o Almirantado, presumidamente para seu amigo e superior Capitão Francis Beaufort, pedindo que um cavalheiro bem educado e com conhecimentos científicos fosse procurado para preencher essa vaga. Os pedidos e inquéritos de Beaufort através de seu amigo George Peacock na Universidade de Cambridge foram recusados pelo Reverendo Leonard Jenyns, vigário de Swaffham Bulbeck, e pelo professor John Stevens Henslow, que tinham outros compromissos. Todavia, ambos recomendaram o jovem de 22 anos Charles Darwin que tinha acabado de completar seu curso de teologia e estava na época em uma viagem de campo de geologia.
Consequentemente, quando tinha retornado, Darwin recebeu cartas de Henslow dizendo "Eu lhe asseguro, acredito que você é o homem que eles estão procurando" para a posição de "mais um companheiro do que um mero colecionador", e de Peacock que disse que o posto estava s sua "absoluta disposição". Inicialmente, o pai de Darwin rejeitou a proposta, todavia foi persuadido por seu cunhado Josiah Wedgwood II a ceder e bancar a expedição de seu filho. Então, FitzRoy mandou uma carta se desculpando já que a posição havia sido prometida a um amigo, todavia quando Darwin chegou para a entrevista, FitzRoy disse a ele que seu amigo o havia recusado nem há cinco minutos atrás. O tori FitzRoy estava desconfiado com o cenário de ter como companheiro de viagem um desconhecido jovem com um passado Whig (partido político), e por isso eles passaram uma semana juntos, para se conhecerem melhor. Embora FitzRoy quase rejeitou Darwin devido ao formato de seu nariz que indicava uma falta de determinação (veja fisiognomonia), ambos acharam o outro agradável. Beaufort aconselhou que a parte dos custos de Darwin fosse de até £500, e que ele estaria livre para sair em qualquer estágio da expedição e teria controle sobre seu "corpo publico" e sua própria coleção também.
Darwin ficou encarregado de obter seu próprio equipamento e de meios para preservar seus espécimes, procurando conselhos com seu velho mentor Robert Edmund Grant entre outros. O geólogo Charles Lyell pediu a FitzRoy para registrar observações de características geológicas como, por exemplo, de blocos erráticos, e antes da expedição sair da Inglaterra, FitzRoy deu a Darwin uma cópia do primeiro volume do livro de Lyell Principles of Geology (Princípios da Geologia) que explicava as características(geológicas) como o resultado de um processo gradual através de longos períodos de tempo.
A Viagem O Beagle não estava pronto para velejar até o início de novembro, e foi então repetidamente atrasado por ventos fortes, zarpando só em 27 de dezembro de 1831. Passou pela Ilha da Madeira (mas não aportou nela) indo então para Tenerife, mas proibido de desembarcar por causa da quarentena de cólera imposta a barcos vindo da Inglaterra. Eles fizeram sua primeira parada na ilha vulcânica de Santiago no Arquipélago do Cabo Verde, e é onde o Diário de Darwin começa. Enquanto leituras precisas eram feitas para confirmar dados sobre a longitude, ele foi à praia e ficou fascinado com sua primeira visão da vegetação tropical, e da geologia do lugar, analisando uma faixa branca bem elevada de conchas do mar, dando suporte a teses de Lyell da elevação e queda da crosta da Terra.
Depois de passar pelos arquipélagos de São Pedro e São Paulo e de Fernando de Noronha, já no Brasil, eles chegaram à Bahia (Salvador), em 29 de fevereiro, onde Darwin ficou maravilhado com a floresta tropical. A visão da escravidão foi considerada ofensiva por Darwin. Ao retrucar isso a FitzRoy quando ele disse que a mesma era justificável, fez com que FitzRoy perdesse a calma e o baniu da expedição. Os oficiais do barco apelidaram o capitão de "hot coffe" (café quente) devido ao seu temperamento na situação, e após algumas horas ele pediu desculpas a Darwin e pediu para que ele permanecesse na expedição.
O navio foi descendo a costa até o Rio de Janeiro. Como era de praxe na época, o cirurgião do barco tomava o lugar de naturalista. Robert McCormick, o cirurgião do Beagle, sentia (e com razão) que ele estava sendo substituído por Darwin, já que ele e não o doutor recebia convites de dignitários, deixando-o suficientemente frustrado e pensando em abandonar o barco ali mesmo (e abandonou). Darwin, agora assumindo um estado quase oficial dos deveres de naturalista do barco e ganhando um apelido de Philos, ainda fazia coleções pessoais de espécimes, que mandava para Henslow em Cambridge que esperava seu retorno, ao invés de fazer coleções para a expedição. Entretanto, outros a bordo, incluindo FitzRoy e o novo cirurgião fizeram coleções para a Coroa, as quais o Almirantado colocou no Museu Britânico.
Levantamento na América do Sul thumb|250px|Quadro mostrando um típico fueguiano|left
Enquanto o barquinho continuava com o seu trabalho de levantamento, navegando junto a costa, Darwin passou muito de seu tempo longe do navio. A certos intervalos, o Beagle retornava a certos portos em que a correspondência poderia ser recebida e onde as anotações, diários de Darwin e suas coleções eram mandadas de volta para Inglaterra. Darwin fez várias visitas ao continente, com companheiros de viagem das regiões que visitava. Na Patagônia ele percorreu o território com gaúchos e os viu usarem boleadeiras para derrubarem Emas, e até comeu tatu assado. Na praia de Punta Alta em setembro de 1832 ele encontrou ossos fossilizados de mamíferos gigantes extintos. Um que ele achou que poderia vir a ser de um rinoceronte, veio a ser um Megatherium, uma preguiça gigante, e o outro foi o de um tatu gigantes, o Glyptodonte. Em novembro, na cidade de Montevidéu a correspondência que chegava da Inglaterra incluía uma cópia do segundo volume dos Princípios da Geologia de Lyell, que apresentava uma variação de Criacionismo relatando a ideia de mudança gradual, onde espécies eram criadas em "centros de Criação" e iam a extinção a medida que o ambiente mudava, para sua desvantagem.
Eles chegaram à Terra do Fogo em 1 de dezembro de 1832 e Darwin ficou perplexo com o estado "cru" de selvajaria dos nativos, em grande contraste com o comportamento civilizado dos três fueguianos que eles estavam retornando como missionários (que haviam recebido os nomes cristãos York Minster, Fuegia Basket e Jemmy Button). Ele descreveu seu primeiro encontro com os nativos fueguianos como sendo "sem exceção o espetáculo mais interessante e curioso que ele já tinha visto: eu não podia acreditar quão grande era a diferença entre os selvagens e os homens civilizados: era maior do que de um animal selvagem e um doméstico, visto que o homem tem um grande poder de melhoramento." Em contraste, ele falou sobre Jemmy "que parecia ainda esplêndido para mim, quando eu penso em todas as suas boas qualidades, que ele era da mesmo raça, e indubitavelmente compartilha do mesmo caráter, dos miseráveis, selvagens degradados que primeiramente conhecemos aqui. (Quatro décadas depois em a Descendência do Homem, ele usaria suas impressões desse período como evidência de que o homem tinha evoluído a civilização, de um estado mais primitivo).