José Serra foi eleito governador do estado de São Paulo em primeiro turno das eleições de 1 de outubro de 2006 com votos, correspondentes a 57,93% dos votos válidos. Tomou posse em 1 de janeiro de 2007, e o mandato encerrou-se em 1 de janeiro de 2011.
As eleições para governador em 2006 Em debate eleitoral realizado na Rede Record antes da eleição, também garantira terminar o mandato. Perguntado no debate, se recomendaria a seus eleitores a não votarem nele se fizesse o oposto, Serra afirmou que o compromisso estava assumido, com os termos ditos por Boris Casoy, âncora do debate. Sua saída gerou polêmica e causou protestos Aloizio Mercadante (seu adversário na disputa pelo governo do estado de São Paulo) e Marta Suplicy, adversários políticos diretos de José Serra na época, classificaram a renúncia como um "estelionato eleitoral".
Há quinze dias do primeiro turno da eleição, a Polícia Federal desmontou a compra, por um petista e um ex-policial, de um falso dossiê. Os dois foram presos com 1.7 milhões de reais em dinheiro vivo em São Paulo e acusaram integrantes da executiva nacional do PT como mandantes, no intuito de atingir José Serra e Geraldo Alckmin, candidatos tucanos a governador e a presidente respectivamente, no que ficou conhecido como Escândalo do Dossiê. No desdobramento do caso, o chefe de comunicação da campanha deAloizio Mercadante, Hamilton Lacerda, foi afastado de sua campanha por ter articulado a publicação do dossiê com a revistaIsto É.
O Governo José Serra Desde que chegou ao Palácio dos Bandeirantes, Serra combina uma política de gestão fiscal para elevar receitas e investimentos, com um controle maior de despesas.
As prioridades de governo têm sido o Rodoanel Mário Covas, a expansão do Metrô, a modernização da rede de trens da grande São Paulo no projeto Expansão SP, recuperação de estradas vicinais, expansão das FATECs/ETECs e introdução das AMEs (Ambulatórios Médicos de Especialidades), além da construção de dez novos hospitais, entre eles o Instituto Lucy Montoro.
Em 2009, Serra fazia em média por cinco viagens por mês fora da capital, tendo um total de 62 deslocamentos, número que triplicou em 2010, com 16 viagens em janeiro. A maioria das viagens foi para inaugurar obras, divulgar novos programas ou anunciar a liberação de recursos para prefeituras. Três visitas foram em razão das enchentes. Serra esteve ainda em duas cidades para acompanhar o presidente Luiz Inácio Lula da Silva no mês de janeiro de 2010.
Política de investimentos Nos últimos dez anos, os investimentos feitos pelo estado representaram de 5,3% a 8,5% da receita, Em 2008, alcançaram 9,1%. Em 2009, a previsão é que os investimentos cheguem a 17% da receita,http://www.estadao.com.br/estadaodehoje/20081226/not_imp299060,0.php quase 130% maiores do que os previstos para 2007, primeiro ano do governo de José Serra, representando mais de quatro vezes o total investido pelo Estado em 2006, último ano da gestão anterior, de Geraldo Alckmin. A intenção do governo é investir R$ 42,5 bilhões entre 2009 e 2010.
Educação Na área da educação, o governo paulista encerrou o ano de 2007 sem conseguir cumprir as metas estabelecidas pelo Plano Plurianual em 2004, quando da gestão de Geraldo Alckmin. O objetivo geral do plano era a redução da repetência e da evasão escolar, tanto no ensino fundamental quanto no ensino médio. Dos quatro indicadores medidos, três registraram pioras. A taxa de reprovação do ensino médio subiu de 9,3% para 17,6%. O plano previa reduzi-la para 7%. Já o balanço do Plano Plurianual seguinte (2008-2011), divulgado em maio de 2008, registra que o governo paulista cumpriu mais da metade das metas. Segundo balanço publicado pelo Idesp (Índice de Desenvolvimento da Educação do Estado de São Paulo) em março de 2009, 40,5% das escolas do primeiro ciclo do ensino fundamental e 44,8% do segundo ciclo atingiram as metas de melhoria da qualidade de ensino.
No que tange ao programa curricular, o governo de São Paulo precisou fazer ajustes para enquadrar o estado na lei federal, aprovada pelo Congresso Nacional e sancionada em junho passado pelo governo Lula, que prevê a inclusão de sociologia e filosofia nos três anos do ensino médio. Como a rede paulista não contava com filosofia nem possuía sociologia em todos os anos do ensino médio, o governo cogitou reduzir as aulas de história, mas, diante das críticas, recuou. Em agosto de 2009, o ensino de espanhol, tornado obrigatório, por força de lei federal, a partir 2010, atingia 0,2% dos alunos da rede pública do estado. No mesmo ano, a média nacional era de 11%.
Segundo reportagem publicada pela Folha de S. Paulo em agosto de 2008, pelo menos 44% do total de cargos das diretorias de ensino mantidos pelo governo do estado de São Paulo eram ocupados por indicações feitas por políticos. As diretorias de ensino são órgãos de natureza técnica, responsáveis pela implementação dos programas educacionais nos municípios do estado. Ainda de acordo com a reportagem, a prática de loteamento político havia sido substituído por um sistema de provas e entrevistas para a escolha dos diretores durante a gestão Mário Covas, mas voltou a ser posto em prática nas gestões posteriores. Em respostas, o governo Serra admitiu que aceita indicações de políticos, mas afirmou que os dirigentes só são nomeados após "rigorosa análise técnica".
Em 2009, o governo de São Paulo teve de recolher cerca de 500 mil exemplares de um livro de geografia produzido pela Fundação Vanzolini, para uso dos alunos da 6ª série do ensino fundamental da rede pública. O livro trazia um mapa da América do Sul com a localização do Paraguai e do Uruguai invertidas. O nome "Paraguai" também aparecia estampado duas vezes, uma sobre o que deveria ser o Uruguai e outra sobre o mapa da Bolívia. O Equador, por sua vez, foi excluído do mapa. Nesse mesmo ano, o governo estadual teve de recolher 1216 exemplares do livro Dez na Área, um na Banheira e Ninguém no Gol, distribuídos aos alunos da 3ª série do ensino fundamental, de cerca de 9 anos. O livro, ilustrado por Caco Galhardo, é uma compilação de 11 histórias com sátiras do futebol, palavrões, frases de duplo sentido com conotação sexual, expressões sexuais explícitas e referências ao Primeiro Comando da Capital. O governador José Serra considerou a falha da Secretaria da Educação como "um horror" e mandou abrir sindicância para apurar as responsabilidades pela seleção do livro. O Ministério Público também abriu procedimento para cobrar explicações da pasta.
Entre 2008 e 2009, apesar dos esforços do Governo Federal e do MEC através do uso do programa Brasil Alfabetizado, a taxa de analfabetismo do estado de São Paulo subiu 3%. Em São Paulo, 4,74% da população eram analfabetos em 2008, índice que coloca o estado na 5ª posição no ranking de taxa da alfabetização, atrás do Amapá, Distrito Federal, Santa Catarina e Rio de Janeiro. O estado também caiu quatro posições no ranking nacional de salários iniciais da educação básica, passando a ocupar a 14ª posição entre as 27 unidades federativas; porém, dos 5 estados com a maior rede de ensino, São Paulo tem a 2ª melhor remuneração por hora-aula (R$ 11,47), ficando na frente do Rio de Janeiro (R$ 11,45), Minas Gerais (R$ 10,63) e Bahia (R$ 10,41), perdendo apenas doParaná (R$ 11,91). O salário-base de São Paulo está em R$ 1835,00, sendo que o maior atualmente é o do Distrito Federal (R$ 3386,00) e o menor é o da Paraíba (R$ 712,00). Em outubro de 2009, o governo do estado aprovou um projeto que garante aumento permanente de 25% aos professores mais bem avaliados em exames. A medida atinge 45 mil docentes, mas gerou protestos das associações da classe, que consideram-na excludente. Em maio de 2010, após uma conturbada greve da categoria, o Sinpeem (Sindicato dos Profissionais em Educação no Ensino Municipal de São Paulo) acatou contra-proposta do governo do estado de 28,41% de reajuste salarial para todos os profissionais da área, nos próximos três anos. A reivindicação inicial dos grevistas era de um reajuste de 34%.
Com relação aos projetos de intervenção pedagógica da gestão Serra, destaca-se o "Ler e Escrever", que estabelece a figura do professor auxiliar nas salas de aula do primeiro ciclo do ensino fundamental. O objetivo declarado do programa é criar condições institucionais adequadas para a aprendizagem em sala de aula, fornecendo apoio à figura do professor-coordenador. No que tange ao ensino técnico, o governo do estado autorizou a criação de sete novas FATECs (Faculdades de Tecnologia) nos municípios de Bauru, Bragança Paulista, Catanduva, Lins, Mogi das Cruzes, São Sebastião e na capital paulista. Na área do ensino superior, a gestão Serra criou a Univesp (Universidade Virtual do Estado de São Paulo), programa de educação a distância voltado para a capacitação dos professores da rede estadual de ensino básico, e a Redefor (Rede São Paulo de Formação de Profissionais da Educação), que visa oferecer formação especializada a distância e presencial para profissionais da rede estadual..
Saúde Recente pesquisa realizada pela Secretaria Estadual de Saúde de São Paulo com os usuários do Sistema Único de Saúde (SUS) revelou falhas graves no atendimento do SUS no Estado de São Paulo durante o mandato de José Serra. Segundo a pesquisa, há diversas carências que fazem a espera por exames chegar a até seis meses, além de falhas nos procedimentos de parto e falta de vacinas em pontos de atendimento, por exemplo. A Secretaria de Saúde afirma que "é preciso esclarecer que o objetivo da Pesquisa de Satisfação do Usuário do SUS é justamente mapear as dificuldades do SUS paulista e trabalhar para corrigi-los"."secreto" mostra falhas graves no atendimento do SUS no Estado de SP
Reportagem publicada pela Folha Online em novembro de 2008 afirma que o governo Serra reduziu em 8,7 % a previsão de investimentos em saúde no orçamento de 2009, de 351 milhões de reais (2008) para 320 milhões de reais. Na época, o governo alegou que "executou e entregou nos últimos anos, e sobretudo em 2008, obras importantíssimas de ampliação da rede, e agora precisa alocar recursos para custear os novos equipamentos".
O governo Serra criou a Lei Antifumo, lei que serviu de base para outras leis parecidas em outros estados. Essa lei proíbe fumar em ambientes fechados de uso coletivo como bares, restaurantes, casas noturnas e outros estabelecimentos comerciais. Mesmo os fumódromos em ambientes de trabalho e as áreas reservadas para fumantes em restaurantes ficam proibidas. A nova legislação estabelece ambientes 100% livres do tabaco. A nova lei restringe, mas não proíbe o ato de fumar. O cigarro continua autorizado dentro das residências, das vias públicas e em áreas ao ar livre.http://www.leiantifumo.sp.gov.br/portal.php/lei