União Ibérica é o termo historiográfico que designa a monarquia composta que regeu a Península Ibérica de 1580 a 1640,Do pau-brasil ao real Caderno História do Jornal Gazeta do Povo de 21 de julho de 2013 resultado da união dinástica filipina entre as monarquias de Portugal e da Espanha após a Guerra da Sucessão Portuguesa.António Henrique R. de Oliveira Marques, History of Portugal. 1972, page 322. Boris Fausto, A Concise History of Brazil, pág. 40. Na sequência da crise de sucessão de 1580 em Portugal, uma união dinástica que juntou as duas coroas, bem como as respectivas possessões coloniais, sob o controle da monarquia espanhola durante a chamada dinastia Filipina. O termo união ibérica é uma criação de historiadores modernos.
Sancho III de Navarra e Afonso VII de Leão e Castela tomaram ambos o título de Imperator totius Hispaniae, que significa "Imperador de Toda a Hispânia". A união poderia ter sido alcançada antes se Miguel da Paz (1498-1500), Príncipe de Portugal e das Astúrias, filho do primeiro casamento do rei Manuel I com a infanta Isabel de Aragão, tivesse chegado a ser rei, mas este morreu na infância.
A história de Portugal desde a crise de sucessão iniciada em 1578 até aos primeiros monarcas da dinastia de Bragança foi um período de transição. O reino de Portugal estava no auge no início deste período.
Ao longo do século XVII, a crescente predação às feitorias portuguesas no Oriente por holandeses, ingleses e franceses, e a rápida intrusão no comércio atlântico de escravos, minou o lucrativo monopólio português no comércio oceânico de especiarias e no tráfico de escravos, iniciando um longo declínio. Em menor medida, o desvio de riqueza de Portugal pela monarquia dos Habsburgo para sustentar o lado católico na Guerra dos Trinta Anos, também criou tensões dentro da união, embora Portugal tenha beneficiado do poderio militar espanhol para ajudar a manter o Brasil e impedir o comércio holandês. Estes eventos, e aqueles que ocorreram no final da dinastia de Aviz e no período da união ibérica, levaram Portugal a um estado de dependência das suas colónias, primeiro da Índia e depois o Brasil.
Início da união
thumb|left|upright|António, Prior do Crato, aclamado António I de Portugal em 1580
Em 1554, o herdeiro do trono português e nono filho do rei João III, príncipe João Manuel e sua esposa, Joana da Áustria, conceberam um filho, logo chamado de "o Desejado", pois seu nascimento asseguraria a Dinastia de Avis no trono de Portugal, já que os oito primeiros filhos do rei haviam morrido. João Manuel teve o mesmo destino dos irmãos, morrendo menos de 20 dias antes do nascimento de seu filho, batizado Sebastião. Assim, a expectativa de que o futuro rei produzisse semente era muito grande. Porém, logo na juventude, Sebastião, que herdara o trono aos 14 anos, fez voto de castidade, o que despertou preocupação sobre o futuro da monarquia.
A derrota na batalha de Alcácer-Quibir em 1578, que resultou na morte precoce do jovem rei português, predisse o fim da Dinastia de Avis. O sucessor, seu tio Cardeal Henrique de Portugal, tinha 70 anos na época. À sua morte, em 31 de Janeiro de 1580, seguiu-se uma crise de sucessão, com três netos do rei Manuel I a reivindicar o trono: Catarina, infanta de Portugal, duquesa de Bragança (filha do infante Duarte e da infanta Isabel de Bragança) António, Prior do Crato (filho de Luís, duque de Beja e de Violante Gomes) e o rei Filipe II de Espanha (filho do rei Carlos V e de Isabel de Portugal).
thumb|left|193x193px|Mapa dos Impérios Espanhol e Português conjuntos sob a união Ibérica, em 1598.
A maioria dos membros do Conselho de Governadores do Reino de Portugal apoiou Filipe. Após partirem para Espanha, declaram-no o sucessor legal do Henrique. Perante a falta de uma decisão clara sobre a sucessão, os dois principais pretendentes passam à acção: o primeiro movimento foi de Filipe II, cujas forças castelhanas entram no Alentejo a 16 de Fevereiro, tomando sem resistência diversas praças. O Prior do Crato consegue um crescente apoio do povo, mobilizando a seu favor o sentimento patriótico e a recusa à aceitação de um monarca estrangeiro. Em 24 de Julho de 1580, foi aclamado rei de Portugal pelo povo de Santarém, e, em seguida, em muitas cidades e vilas do país. Assumindo o título de António I, partiu para Lisboa onde foi recebido sem grande entusiasmo.
O Terço Espanhol comandado pelo terceiro duque de Alba, Fernando Pimentel marchou para a capital.Geoffrey Parker The army of Flanders and the Spanish road, London, 1972 ISBN 0-521-08462-8, p. 35 Antes de entrar em Lisboa, o duque de Alba impôs às províncias portuguesas a sujeição a Filipe II. A 25 de Agosto travou a Batalha de Alcântara, derrotando a força leal ao Prior do Crato chefiada por Diogo de Meneses. Enquanto isso, permitiu aos seus soldados saquear os arredores da capital, onde apreendeu um imenso tesouro.Henry Kamen, The duke of Alba (New Haven–London: Yale University Press, 2004), Pp. x + 204.
thumb|Desembarque das tropas espanholas na baía das Mós, ilha Terceira, Açores em 1583. Pintura mural em El Escorial, Madrid
Filipe II de Espanha foi coroado como Filipe I de Portugal em 1581, sendo reconhecido como rei pelas Cortes de Tomar, iniciando a Casa de Habsburgo portuguesa, a chamada dinastia Filipina. A resistência liderada por António recuou para os Açores, onde até 1583 este foi reconhecido como rei e chegou a cunhar moeda. A rendição deu-se após encarniçadas lutas, com o Desembarque da Baía das Mós.
Quando Filipe partiu em 1583 para Madrid, nomeou o seu sobrinho, o cardeal Alberto de Áustria como Vice-rei de Portugal sediado em Lisboa. Em Madrid, estabeleceu o Conselho de Portugal para o aconselhar sobre assuntos portugueses. O status de Portugal foi mantido pelos dois primeiros reis da União Ibérica, Filipe I e seu filho Filipe II de Portugal e III de Espanha. Ambos os monarcas deram excelentes posições a nobres portugueses nas cortes espanholas, e Portugal manteve uma lei própria, moeda e governo. Numa altura em que não existia uma capital fixa, chegou a ser equacionado estabelecimento em Lisboa, Sevilha ou Barcelona, mas o peso do centro da Península Ibérica e escasso apoio noutras latitudes, acabou por se escolher Madrid.
Governo thumb|left|upright|Filipe II de Espanha, Filipe I de Portugal em c.1570
Devido à complexidade da governação ibérica, o monarca espanhol precisava de alguns órgãos auxiliares, como os Conselhos (Consejos), dedicados ao aconselhamento e resolução de problemas, e submetidos ao conhecimento e dictum do monarca. Esta complexidade precisava de uma sede permanente, e o rei Filipe II de Espanha estabeleceu em 1562 a capital permanente em Madrid, sede da Corte Real e do pessoal administrativo, embora transferida durante um breve período (1601-1606) para Valladolid, com toda a equipe administrativa.
Quanto ao funcionamento, a correspondência administrativa vinha dos diferentes Conselhos para Madrid, em seguida o secretário de cada Conselho organizava o material que tinha que entregar à atenção do rei e, mais tarde, o rei reunia com os secretários solicitando o parecer do Conselho. Depois, o Conselho respondia após reunir para tratar a questão e fazer a consulta formal ao monarca. O secretário levava a consulta ao rei, e devolvia-a ao Conselho com a resposta a ser executada. As reuniões dos Conselhos tinham lugar no palácio real, e habitualmente não contavam com a presença do rei. Neste sistema polisinodial, o "Consejo de Estado" (Conselho de Estado) destacava-se pela sua importância. O Conselho de Estado em Madrid, encarregado de deliberar sobre as principais decisões que diziam respeito à organização e à defesa do conjunto da monarquia hispânica, tinha frequentemente de entrar em assuntos portugueses. Também o Conselho de Guerra (Consejo de Guerra) exerceu a sua jurisdição sobre as tropas colocadas em fortalezas Castelhanas estabelecidas no litoral Português.
Existiam também conselhos de caráter territorial, dedicados a gerir um espaço territorial concreto: o Conselho de Castela, o Conselho de Aragão, o Conselho de Navarra, o Conselho da Itália, do Conselho das Índias, o Conselho de Flandres, e do Conselho de Portugal. O Conselho de Portugal, criado em 1582, era constituído por um presidente e seis (mais tarde quatro) conselheiros, sendo extinto em 1668. A função do Conselho consistia em representar junto do rei os tribunais da Coroa de Portugal para as questões que dependiam das cortes, graça, e finalmente, da economia do domínio real Português. Qualquer decisão do rei relativa ao reino devia ser objeto de uma consulta ao Conselho antes de ser transmitida à chancelaria de Lisboa e às cortes em causa. O Conselho de Portugal teve duas ausências: em 1619, dada a presença do Rei em Lisboa, e entre 1639-1658, substituído pela Junta de Portugal. A partir da Restauração, o Conselho manteve-se, já que Filipe IV não havia reconhecido a independência de Portugal, atendendo os portugueses fieis à coroa espanhola e o governo de Ceuta.
Governo em Portugal thumb|upright=1.2|Armas da Monarquia Habsburgo após a integração da Coroa de Portugal com o escudo português em ponto de honra; conjunto envolvido pelo colar da Ordem do Tosão de Ouro. O escudo português também foi pintado na abóbada do Salão dos Reinos em Madrid na década de 30 do século XVII.
Quanto ao governo do reino de Portugal em particular, durante a união os Habsburgos respeitaram globalmente os compromissos assumidos nas Cortes de Tomar de 1581, permitindo uma considerável autonomia dos portugueses e dos territórios de seu império. Mantiveram-se repartições públicas reservadas para assuntos portugueses no território e no exterior. O rei estava representado em Lisboa pelo Vice-rei de Portugal, cargo confiado pelo rei a um português ou, em alternativa a um membro da família real, e, por vezes, por uma junta governativa. Assim, Espanha deixou a administração de Portugal e do seu império em grande parte aos portugueses, sob a supervisão de Madrid, canalizada através do vice-rei em Lisboa. Questões importantes, no entanto, eram encaminhadas para Madrid, onde eram apresentadas ao Conselho de Portugal. No reino de Portugal, o sistema polisinodial é reforçado:
Conselho de Estado de Lisboa é o Conselho privado do Rei, encarregado de debater questões importantes relacionadas com a Coroa, especialmente a política externa. Os conselheiros podem enviar as suas observações ao rei, e o rei consulta-os através do seu vice-rei. Embora o Conselho de Estado de Lisboa trabalhasse como principal assessor do delegado do rei, este Conselho de Estado não tinha poderes administrativos claramente definidos e não tinha um papel relevante de coordenação. Os reis espanhóis mantiveram o sistema de dois secretários de Estado, um para o reino e outro para a "Índia", ou seja, para as colónias, apesar de vários conflitos sobre a sua jurisdição, até à criação do "Conselho da Índia" em 1604. Da mesma forma, os reis espanhóis mantiveram a "Mesa da Consciência e Ordens", que era simultaneamente tribunal e Conselho para assuntos religiosos, e que era responsável pela administração de assuntos eclesiásticos e da propriedade das ordens militares nas colónias e no país. A Inquisição Portuguesa permaneceu independente da Mesa da Consciência e Ordens. Existiam três tribunais principais em Lisboa, Coimbra e Évora.