A história da cidade de Nova Iorque começa com a primeira documentação de europeus da região feita pelo capitão italiano Giovanni da Verrazzano, no comando do navio francês LaDauphone, quando visitou o local, em 1524. Acredita-se que Verrazzano explorou a área conhecida hoje como Alta Baía de Nova Iorque (Upper New York Bay). Lá, encontrou os lenapes, um grupo de tribos indígenas. Depois, voltou pelo estreito The Narrows, onde ancorou na noite de 17 de abril, realizando, assim, uma breve parada antes de continuar a viagem. Verrazzano nomeou a área de Nova Angoulême, em homenagem ao rei Francisco I de França e ao conde de Angoulême.Samuel Eliot Morison, The European Discovery of America: The Northern Voyages (1971). p. 490.
A colonização europeia começou em 3 de setembro de 1609, quando o inglês Henry Hudson, a serviço da Companhia Holandesa das Índias Orientais, navegou pelo estreito de The Narrows, na Baía de Nova York, a bordo do navio Meia-Lua. Assim como Cristóvão Colombo, Hudson procurava uma rota ocidental para a Ásia. Ele não encontrou o caminho, mas registrou em cartas a abundante população de castores da região.
Pele de castor estava na moda na Europa, e a exportação desse produto poderia alimentar um negócio lucrativo. O relatório de Hudson sobre os castores encontrados no local serviu como impulso para a fundação de colônias holandesas de comércio. Um desses assentamentos foi o de Nova Amsterdã, criado em 1624 no local onde, mais tarde, abrigaria a cidade de Nova Iorque. A importância do castor na história da região é refletida até hoje: a imagem do roedor é utilizada no selo oficial da cidade.
A área ao redor de Nova Iorque foi palco de batalhas da Guerra Revolucionária Americana, travada entre habitantes locais, que queriam a independência, e o Reino da Grã-Bretanha. A maior delas, a Batalha do Brooklyn, ocorreu em terras nova-iorquinas. Os britânicos venceram e ocuparam a cidade de setembro de 1776 até 1783, quando um tratado de paz entre americanos e ingleses encerrou a guerra. George Washington foi empossado como o primeiro presidente dos Estados Unidos em 30 de abril de 1789 em frente à Câmara Federal. A cidade serviu como a capital provisória dos Estados Unidos até 1790.
A moderna cidade de Nova Iorque alavanca seu desenvolvimento na criação dos cinco boroughs, em 1898, e experimenta um crescimento econômico após a Grande Depressão e a Segunda Guerra Mundial. Ao longo da história, Nova Iorque tem servido como o principal porto de entrada para muitos imigrantes. Suas influências culturais e econômicas a tornaram uma das mais importantes áreas urbanas nos Estados Unidos e do mundo.
Até 1674 thumb|esquerda|Lower Manhattan, em 1660, quando fazia parte de Nova Amsterdã. O norte é para a direita. Na época da chegada dos europeus, a região onde atualmente se localiza a cidade de Nova Iorque era habitada por nativos americanos, principalmente pelos lenapes. Acredita-se que o primeiro europeu a visitar a região foi o italiano Giovanni da Verrazzano, a serviço do Rei Francisco I de França. O navegador desembarcou na atual Staten Island em 1524, enquanto explorava a costa americana.
Outros exploradores também passaram pela região, após Verrazzano, seguindo descrições dadas pelos nativos lenapes sobre a existência de uma ilha que eles chamavam de Manahata, mas nenhum deles conseguiu encontrar o local – a ilha é conhecida hoje como Manhattan. Foi somente em 1609 que Henry Hudson localizou a ilha. Hudson era inglês e estava a serviço dos Países Baixos em busca de uma rota para as Índias. A área descoberta e terras adjacentes, na costa, foram nomeadas pelos neerlandeses de Novos Países Baixos.
Em 1613, o explorador e comerciante neerlandês Adriaen Block e sua tripulação tornaram-se os primeiros europeus a viverem na ilha de Manhattan. Eles passaram o inverno daquele ano na região, vivendo em pequenas cabanas de palha, já que um incêndio destruiu o navio em que eles viajavam. No final do inverno, já em 1614, Block e sua tripulação construíram um novo navio e saíram de Manhattan finalmente, na primavera.
Em 1624, a Companhia Holandesa das Índias Orientais, uma empresa de comércio e colonização, mandou um grupo de assentadores à Manhattan. Em 1625, eles construíram um pequeno vilarejo e um forte, chamado Fort Amsterdam (Forte Amsterdam), no sul da ilha. O vilarejo logo foi nomeado como Nova Amsterdam. No ano seguinte, o governador dos Novos Países Baixos, Peter Minuit, comprou dos nativos algonquianos o terreno da ilha de Manhattan, pagando com produtos cujo valor total equivale hoje a 24 dólares americanos. thumb|direita|Pintura de Benjamin West (em 1771) retratando o acordo de William Penn com os lenapes em 1682. O local cresceu lentamente durante seus primeiros anos, por causa da péssima administração dos primeiros governadores enviados pela metrópole para a administração dos Novos Países Baixos. Mas, em 1647, com o competente Peter Stuyvesant assumindo o cargo, a colônia neerlandesa prosperou rapidamente. Cerca de mil habitantes viviam na cidade por volta de 1650. Em 1653, os colonizadores construíram uma muralha ao sul da cidade, por medo de ataques dos nativos americanos, mas o muro caiu em poucos anos. Em seu lugar, uma rua foi construída – a atual Wall Street.
A prosperidade econômica da cidade e a pouca importância dada pelos governadores da colônia neerlandesa à origem dos habitantes da comunidade atraíram imigrantes, como espanhóis, judeus e africanos. Os primeiros moradores de Nova Amsterdam foram judeus de origem portuguesa que chegaram em 7 de setembro de 1654, fugindo da Inquisição na cidade de Recife. Das 16 naus que partiram às pressas do Brasil, uma delas chegou a Nova Amsterdam. Transportava 23 judeus, todos sem bens, já que a nau em que viajavam foi saqueada na Jamaica. Os recém-chegados estabeleceram residência e trabalharam no comércio. Os restos mortais desses judeus, bem como alguns de seus descendentes, estão enterrados em um pequeno cemitério localizado em Chinatown chamado First Shearith Israel Graveyard.
1674 - 1760 Os Países Baixos e a Inglaterra enfrentaram-se em três guerras, as Guerras Anglo-Holandesas, que duraram de 1652 a 1670. Em 1664, a força naval inglesa forçou a entrada na baía de Nova Iorque, enfrentando mínima resistência dos habitantes da cidade. Os ingleses renomearam a cidade de New York, em homenagem a Jaime, Duque de Iorque.
Em 1673, os Holandeses recuperaram novamente a cidade, e o renomearam de New Orange, mas um ano depois, em 1674, cederam definitivamente a cidade aos ingleses (bem como toda a região de Novos Países Baixos), após a derrota Holandesa na Terceira Guerra Anglo-Holandesa.
A cidade cresceu rapidamente sob controle inglês. Em 1700, a cidade possuía uma população de sete mil habitantes, e ruas e estruturas cobriam a parte inferior de Manhattan. O primeiro jornal diário da cidade, o New York Gazette, foi impresso pela primeira vez em 1725. Liberdade de imprensa foi instituída em 1735. Em 1754, foi construída a primeira faculdade da cidade, a King's College, que é atualmente a Universidade de Columbia. Em 1756, o Dia de São Patrício foi celebrado em 17 de março, e desde então ficou famoso mundialmente como a parada de São Patrício, que é um feriado na cidade e tem influência direta dos imigrantes Irlandeses - as pessoas saem às ruas vestidos de verde para o desfile.
1760 - 1880 thumb|A estátua do rei George III da Inglaterra é retirada em 1776. thumb|Nova Iorque em 1848.
A cidade de Nova Iorque teve um papel essencial ao longo da resistência americana ao controle britânico. Em 1765, comerciantes juntaram-se no centro na cidade, protestando contra novos impostos criados pelos britânicos. Em 1770, habitantes da cidade enfrentaram soldados britânicos, deixando um morto.
Logo que a Guerra da Independência dos Estados Unidos da América começara, em 1775, os rebeldes americanos tomaram controle da cidade de Nova Iorque. 9 Em julho de 1776, o assistente de George Washington leu a Declaração de Independência dos Estados Unidos para suas tropas e cidadãos de Nova Iorque, que então foram para Bowling Green, onde ficava a estátua do rei George III. Então eles amarraram as cordas à estátua, a arrantaram da base e levaram os restos para Litchfield, Connecticut, onde a maior parte do chumbo da estátua foi transformada em 42.000 mosquetes para o Exército Continental. Durante o processo, os pináculos no topo da cerca construída ao longo do perímetro de Bowling Green para proteger a estátua que representa o símbolo real de uma coroa foram serrados. A cerca permanece de pé até hoje, e as marcas irregulares dos cortes onde os pináculos em forma de coroa costumavam estar ainda são visíveis. Mas em 1776, os britânicos recapturaram a cidade, que continuou sob domínio britânico até o final da guerra, em 1783.
Em janeiro de 1785, e até 1790, Nova Iorque foi escolhida para ser a capital temporária do recém-formado Estados Unidos. George Washington foi eleito como o primeiro Presidente do país em 1789, na cidade. Então, Nova Iorque, com seus 49 mil habitantes, era a terceira maior cidade do país, sendo superada apenas por Boston e Filadélfia. Mas Nova Iorque cresceu rapidamente, tanto econômica quanto populacionalmente, devido à sua excelente posição geográfica e às excelentes condições da baía de Nova Iorque. Em 1792, a Bolsa de Valores de Nova Iorque foi criada, na Wall Street. Por volta de 1800, Nova Iorque tinha cerca de 60 mil habitantes, e já era a maior cidade dos Estados Unidos.
thumb|esquerda|upright|Bairro de Bowery, em 1895, em pintura de Louis Sontag.
Em 1811, a municipalidade de Nova Iorque, buscando melhor planejar o crescimento da cidade, que até então crescera desordenadamente, decidiu que toda via pública construída na cidade teria que correr em linhas paralelas, num sentido norte-sul (avenidas) ou leste-oeste (ruas).
O Canal de Erie, que permitiu acesso dos Grandes Lagos ao Oceano Atlântico, foi aberto em 1825, e a importância da cidade de Nova Iorque como um centro portuário crescera bastante, ultrapassando a cidade de Montreal, e tornando-a a cidade portuária mais importante do leste americano. Além disto, um número crescente de bancos e companhias financeiras que escolheram Nova Iorque como sede contribuíram muito para o rápido crescimento da cidade.
Ao longo do século XIX, milhares de imigrantes desembarcavam na cidade, anualmente. Até o final do século, por volta de 1890, a maioria era procedente da Alemanha, Irlanda, Inglaterra, Suécia, Noruega ou Dinamarca e após 1890, Itália. Muitos imigrantes tinham muitos problemas para se ajustarem ao estilo de vida americano, vivendo em favelas superlotadas e tendo problemas para conseguir um trabalho.
Uma sociedade política, a Tammany Hall Society, composta de diversos políticos do Partido Democrático, oferecia postos de trabalho, presentes e conselhos aos imigrantes, em troca de votos para membros da sociedade. Como consequência, esta organização política controlou a cidade por um longo período de tempo, até 1934.
1880 - 1940 thumb|Fotocromia da Mulberry Street, na Little Italy (Manhattan), c. 1900.
Em 1883, a Ponte Brooklyn foi inaugurada, conectando a ilha de Manhattan com a cidade vizinha de Brooklyn. Em 1898, Brooklyn, bem como as diversas comunidades que atualmente formam Bronx, Queens e Staten Island, foram fundidas com Manhattan, para formar o que foi chamado de Grande Nova Iorque. Esta nova cidade era gigantesca, para padrões da época. Então, cerca de três milhões de pessoas viviam em Nova Iorque, com dois milhões apenas em Manhattan.
A construção de inúmeras pontes conectando as cinco regiões da cidade, bem como a construção de um eficiente sistema de metrô, facilitou a locomoção de pessoas e veículos ao longo da cidade. Como consequência, muitos habitantes abandonaram Manhattan, movendo-se para outras regiões da cidade.
thumb|esquerda|Centro de Manhattan em 1932, visto do Rockefeller Center.