BRENDA (O Sistema Abrangente de Informações sobre Enzimas) é um sistema de informações que representa um dos repositórios de enzimas mais abrangentes. É um recurso eletrônico que compreende informações moleculares e bioquímicas sobre enzimas que foram classificadas pelo IUBMB. Toda enzima classificada é caracterizada em relação à sua reação bioquímica catalisada. As propriedades cinéticas dos reagentes correspondentes (isto é, substratos e produtos) são descritas em detalhes. O BRENDA contém dados específicos de enzimas extraídos manualmente da literatura científica primária e dados adicionais derivados de métodos de recuperação automática de informações, como mineração de texto. Ele fornece uma interface de usuário baseada na Web que permite um acesso conveniente e sofisticado aos dados.
História O BRENDA foi fundado em 1987 no antigo Centro Alemão de Pesquisa em Biotecnologia (agora o Helmholtz Center for Infection Research) em Braunschweig e foi publicado originalmente como uma série de livros. Seu nome era originalmente um acrônimo para o banco de dados de enzimas Braunschweig. De 1996 a 2007, o BRENDA foi localizado na Universidade de Colônia. Lá, o BRENDA se transformou em um sistema de informações enzimáticas publicamente acessível. Em 2007, o BRENDA retornou a Braunschweig. Atualmente, o BRENDA é mantido e desenvolvido no Departamento de Bioinformática e Bioquímica da TU Braunschweig.
Atualizações Uma grande atualização dos dados no BRENDA é realizada duas vezes por ano. Além da atualização de seu conteúdo, melhorias na interface do usuário também são incorporadas ao banco de dados BRENDA.
Conteúdo e recursos Base de dados:
O banco de dados contém mais de 40 campos de dados com informações específicas de enzimas em mais de 7000 números EC classificados de acordo com o IBMB. Os diferentes campos de dados cobrem informações sobre a nomenclatura da enzima, reação e especificidade, estrutura da enzima, isolamento e preparação, estabilidade da enzima, parâmetros cinéticos como valor de Km e número de rotatividade, ocorrência e localização, mutantes e enzimas manipuladas, aplicação de enzimas e ligantes. dados relacionados. Atualmente, o BRENDA contém dados anotados manualmente de mais de 140.000 artigos científicos diferentes. Cada entrada de enzima está claramente ligada a pelo menos uma referência da literatura, ao seu organismo de origem e, quando disponível, à sequência de proteínas da enzima. Uma parte importante do BRENDA representa os mais de 110.000 ligantes enzimáticos, disponíveis em seus nomes, sinônimos ou através da estrutura química. O termo "ligando" é utilizado neste contexto para todos os compostos de baixo peso molecular que interagem com enzimas. Estes incluem não apenas metabolitos do metabolismo primário, co-substratos ou cofatores, mas também inibidores de enzimas ou íons metálicos. A origem dessas moléculas varia de antibióticos naturais a compostos sintéticos que foram sintetizados para o desenvolvimento de drogas ou pesticidas. Além disso, são fornecidas referências cruzadas a recursos de informações externas, como bancos de dados de sequência e estrutura 3D, bem como ontologias biomédicas.
Extensões:
Desde 2006, os dados no BRENDA são complementados com informações extraídas da literatura científica por uma abordagem de mineração de texto baseada em co-ocorrência. Para esse fim, foram introduzidos quatro repositórios de mineração de texto FRENDA (Enzyme DAta de referência completa), AMENDA (Mineração automática de enzima DAta), DRENDA (DAtabase de informações de enzimas relacionadas a doenças) e KENDA (Enzyme DAta de cinética). Esses resultados de mineração de texto foram derivados dos títulos e resumos de todos os artigos no banco de dados da literatura PubMed.Schomburg I, Chang A, Placzek S, Söhngen C, Rother M, Lang M, Munaretto C, Ulas S, Stelzer M, Grote A, Scheer M, Schomburg D: "BRENDA in 2013: integrated reactions, kinetic data, enzyme function data, improved disease classification: new options and contents in BRENDA", Nucleic Acids Res., 41 (Database issue): D764-D772
Acesso de dados:
Existem várias ferramentas para obter acesso aos dados no BRENDA. Alguns deles estão listados aqui.
Vários formulários de consulta diferentes (por exemplo, pesquisa rápida e avançada) Navegador em árvore CE Navegador da árvore de taxonomia Ontologias para diferentes domínios biológicos (por exemplo, ontologia de tecidos BRENDA, ontologia genética) Thesaurus para nomes de ligantes Motor de busca de subestrutura química para estruturas de ligantes Interface SOAP
Disponibilidade O uso do BRENDA é gratuito. Além disso, FRENDA e AMENDA são gratuitas para usuários sem fins lucrativos. Os usuários comerciais precisam de uma licença para esses bancos de dados através do BIOBASE.
Outras bases de dados O BRENDA fornece links para vários outros bancos de dados com um foco diferente na enzima, por exemplo, função metabólica ou estrutura da enzima. Outros links levam a informações ontológicas sobre o gene correspondente da enzima em questão. Links para a literatura são estabelecidos com o PubMed. O BRENDA possui links para outros bancos de dados e repositórios, como:
Ontologia de tecidos BRENDA ExPASy Bases de dados NCBI (Proteína, nucleotídeo, estrutura, genoma, OMIM, Domínios Nomenclatura da enzima IUBMB KEGG Banco de dados do PDB (informações 3D) PROSITE SCOP CATH InterPro ChEBI Uniprot
Leitura adicional
Ligações externas Site oficial do BRENDA Nomenclatura enzimática Biobase BRENDA - Banco de Dados de Enzimas
Categoria:Bancos de dados biológicos Categoria:Enzimas Categoria:Biologia