A Copa da Grécia 1938-39 foi a terceira edição do segundo maior torneio grego e foi organizada pela Federação Helênica de Futebol, após cinco anos sem a competição. Foi realizada de 26 de outubro de 1938 a 28 de maio de 1939
O campeão dessa vez foi o AEK Atenas, que derrotou o por 2 a 1 o PAOK em 28 de maio de 1939 e conquistou seu segundo título da competição.
Organização Um total de 73 clubes participaram do torneio, a partir das oitavas de finais houve sorteio para se decidir os locais de disputas. As partidas da fase preliminar teve início em 26 de outubro de 1938, enquanto a fase final iniciou-se em 19 de fevereiro de 1939. O evento foi concluído em 28 de maio de 1939.
Confrontos
Notas Pelas quartas de final o Apollon empatava por 1 a 1 com o AEK Atenas quando a partida foi interrompida pelas fortes chuvas, posteriormente cancelada, aconteceu um novo jogo, que terminou com a vitória do AEK Atenas por 3-1.
Pelas quartas de final o Ethnikos Pireu empatava por 2 a 2 com Aris de Salonica quando a partida foi interrompida pelas fortes chuvas, posteriormente cancelada, aconteceu um novo jogo que terminou com a vítora de 2-0 do Ethnikos Pireu.
Final
Premiação Copa da Grécia 1938-39 AEK AtenasCampeão(2º título)
Copa da Grécia