Во время сражения при Энтитеме Северовирджинская армия генерала Роберта Ли состояла из 10 пехотных дивизий, сведённых в два крыла. Армия Юга насчитывала от 35 тыс. к началу сражения до 52 тыс. Иногда встречается усреднённая оценка в 45 000Имея 35 000 человек на утро 17 сентября, Северовирджинская армия получила существенное подкрепление в разгар сражения в виде дивизий Джексона. Это позволяет исследователям указывать либо только изначальную численность, либо общую численность с учётом потерь на момент пополнения, либо общую численность без учёта потерь на момент пополнения. Иногда встречается усреднённая оценка в 45 000..
Сам генерал Ли писал в рапорте, что армия насчитывала «менее 40 000 человек». Генерал Джон Гордон писал в мемуарах, что армия Севера насчитывала 60 000 человек, а армия Юга — 35 000. По статистике историка Джозефа Пьерро, корпус Лонгстрита насчитывал 17 146 человек, корпус Джексона — 14 584. Если добавить резервную артиллерию, то получится 32 851 человек. Это данные без учёта кавалерии, численность которой точно не известна, но обычно принимается за 4500 человекJoseph Pierro. The Maryland Campaign of September 1862: Ezra A. Carman’s Definitive Study of the Union and Confederate Armies at Antietam, Routledge, 2012 ISBN 1-135-91239-4.
По подсчётам историков, в сражении при Энтитеме участвовали представители 24 национальностей. В частности, в составе 12-й южнокаролинской дивизии числилось некоторое количество индейцев катоба. Северовирджинская армия Командующий: генерал Роберт Эдвард Ли Правое крыло Командующий: генерал-майор Джеймс Лонгстрит
Дивизия генерал-майора Лафайета Маклоуза Бригада Джозефа Кершоу: 2-й Южнокаролинский пехотный полк: пк. (р), май. Франклин Гаиллард 3-й Южнокаролинский пехотный полк: пк. Джеймс Нэнс 7-й Южнокаролинский пехотный полк: пк. Дэвид Эйкен (р), кап. Джон Хард 8-й Южнокаролинский пехотный полк: подпк. Эхелла Хул Бригада Хоуэлла Кобба 16-й Джорджианский: подполковник Филип Томас 24-й Джорджианский: майор Роберт Макмиллан (р) Легион Кобба: подполковник Лютер Гленн 15-й Северокаролинский пехотный полк: Подп. Бригада Пола Семса 10-й Джорджианский пехотный полк: май. Уиллис Хольт (р), кап. Уильям Джонстон (р), кап. Филологус Лоуд (р) 53-й Джорджианский пехотный полк: подполковник омас Слоан (mw), кап. Самуэль Маршборн 15-й вирджинский пехотный полк: кап. Эмметт Моррисон (р), кап. Эдвард Уиллис 32-й вирджинский пехотный полк: Полковник Эдгар Монтегю Бригада Уильяма Барксдейла 13-й Миссисипский пехотный полк: подполковник Кеннон Макэлрой 17-й Миссисипский пехотный полк: подполковник Джон Файсер 18-й Миссисипский пехотный полк: май. Джеймс Кэмпбелл (р), подполковник Уильям Льус 21-й Миссисипский пехотный полк: кап. Джон Симс, полковник Бенжамин ХемфрисХемфрис прибыл на поле боя уже в самом конце сражения Артиллерия майора Самуэля Гамильтона Manly’s Battery (1st North Carolina, Battery A): кап. Бэзил Мэнли Pulaski Artillery: кап. Джон Рид Richmond Artillery: кап. Майлз Макон Richmond Howitzers, 1-я рота: кап. Эдвард Маккарти Troup Artillery: кап. Генри Карлтон
Дивизия генерал-майор Ричарда Андерсона
Бригада Уилкокса (под ком. полковника (р), Хилари Герберта, Джеймса Кроу) 8-й Алабамский пехотный полк: май. Хилари Герберта 9-й Алабамский пехотный полк: май. Джеремия Джонстон (р), кап. Джеймс Кроу 10-й Алабамский пехотный полк: кап. Джордж Уотли (†) 11-й Алабамский пехотный полк: май. Бригада Махоуна (под ком. полковника Уильяма Пархама) 6-й Вирджинский пехотный полк: кап. Джон Ладлоу 12-й Вирджинский пехотный полк 16-й Вирджинский пехотный полк 41-й Вирджинский пехотный полк 61-й Вирджинский пехотный полк Бригада Фетерстоуна (под ком. полковника Кэрнота Посей) 12-й Миссисипский пехотный полк: полковник Уильям Тейлор 16-й Миссисипский пехотный полк: кап. Абрам Фелтус 19-й Миссисипский пехотный полк: полковник Натаниель Харрис (р) 2-й Миссисипский батальон: май. Уильям Уилсон (†) Бригада Льюиса Армистеда (после его ранения — полковник Джеймс Ходжес) 9-й Вирджинский пехотный полк: кап. Уильям Ричардсон 14-й Вирджинский пехотный полк: полковник Джеймс Ходжес 38-й Вирджинский пехотный полк: полковник Эдвард Эдмондс 53-й Вирджинский пехотный полк: кап. Уильям Поллард (†) 57-й Вирджинский пехотный полк Бригада Роджера Приора 14-й Алабамский пехотный полк: майор Джеймс Брум 2-й Флоридский пехотный полк: полковник Уильям Бэллантин (р), лейт. Генри Гейгер 5-й Флоридский пехотный полк: полковник Джон Хейтли (р), подполковник Томас Ламар (р), май. Бенжамин Дэвис 8-й Флоридский пехотный полк: подполковник Джордж Коппенс (†), кап. Ричард Уоллер (†), кап. Уильям Байа 3-й Вирджинский пехотный полк: полковник Джозеф Майо (р), подполковник Александр Келкотт Бригада Эмброуза Райта 44-й Алабамский пехотный полк: подполковник Чарльз Дерби (†), майор Уильям Перри 3-й Джорджианский пехотный полк: кап. Ройбен Нисбит (р), кап. Джон Джонс 22-й Джорджианский пехотный полк: полковник Роберт Джонс (р), кап. Лоуренс Лаллерстедт (р) 48-й Джорджианский пехотный полк: полковник Уильям Гибсон Артиллерия майора Джона Сондерса: Donaldsonville Artillery: кап. Виктор Моурин Norfolk Artillery: лейт. Чарльз Фелпс Moorman’s Battery: кап. Марсалас Мурман Portsmouth Artillery: кап. Кэри Граймс (†) Dixie Artillery: кап. Уильям Чэпман
Дивизия бригадного генерала Дэвида Джонса
Бригада Роберта Тумбса 2-й Джорджианский пехотный полк: подполковник Уильям Холмс (†), май. Скидмор Харрия (р), кап. Эбнер Левис 15-й Джорджианский пехотный полк: полковник Уильям Милликен (†), кап. Томас Джексон 17-й Джорджианский пехотный полк: кап. Джон Макгрегор 20-й Джорджианский пехотный полк: полковник Джон Камминг Бригада Томаса Дрейтона 50-й Джорджианский пехотный полк: подполковник Френсис Кирс 51-й Джорджианский пехотный полк Легион Филипса 15-й Южнокаролинский пехотный полк: полковник Уильям Де Сассёр 3-й Южнокаролинский батальон: кап. Джордж Ганнелс Бригада Пикетта (под ком. Ричарда Гарнетта) 8-й Вирджинский пехотный полк: полковник Эппа Хантон 18-й Вирджинский пехотный полк: май. Джордж Кейбелл 19-й Вирджинский пехотный полк: лейт. Уильям Вуд 28-й Вирджинский пехотный полк: кап. Уильям Уингфилд 56-й Вирджинский пехотный полк: кап. Джон Макфэйл Бригада Джеймса Кемпера 1-й Вирджинский пехотный полк: кап. Джордж Ньютон, май. Уильям Палмер 7-й Вирджинский пехотный полк: май. Артур Херберт 11-й Вирджинский пехотный полк 17-й Вирджинский пехотный полк: полковник Монтгомери Корсе (р) 24-й Вирджинский пехотный полк: полковник Уильям Терри Бригада Мики Дженкинса (под ком. Джозефа Уокера) 1-й Южнокаролинский (Добровольческий): подполковник Дэниель Ливингстон (р) 2-й Южнокаролинский винтовочный полк: полковник Роберт Томпсон 5-й Южнокаролинский пехотный полк: кап. Томас Бэкхэм 6-й Южнокаролинский пехотный полк: кап. Эдвард Кэнти (р) 4-й Южнокаролинский батальон: лейт. Филд Снайпера Пальметто: кап. Альфред Фостер (р), кап. Франклин Киркпатрик Бригада Джорджа Андерсона 1-й Джорджианский пехотный полк (регулярный): полковник Уильям Мэгилл (р), кап. Ричард Уэйн 7-й Джорджианский пехотный полк: полковник Джордж Кармайкл 8-й Джорджианский пехотный полк: полковник Джон Тоуэрс 9-й Джорджианский пехотный полк: подполковник Джон Моугер (р) 11-й Джорджианский пехотный полк: май. Френсис ЛиттлПолк был оставлен в Хагерстауне, но несколько рот пришли на поле боя утром и присоединились к бригаде Тумбса. Артиллерия Уайза, кап. Джеймс Браун. (Батареи Стриблинга, Роджерса и Лика были оставлены в Лисберге)
Дивизия бригадного генерала Джона Уокера
Бригады Ван Маннинга 3-й арканзасский пехотный полк: кап. Джон Риди 27-й Северокаролинский пехотный полк: полковник Джон Кук 46-й Северокаролинский пехотный полк: полковник Эдвард Холл, подполковник Уильям Дженкинс 48-й Северокаролинский пехотный полк: полковник Роберт Хилл 30-й Вирджинский пехотный полк: подполковник Роберт Чеу (р) Батарея Френча: кап. Томас Френч Бригада Роберта Рэнсома 24-й Северокаролинский пехотный полк: подполковник Джон Харрис 25-й Северокаролинский пехотный полк: полковник Генри Рутледж 35-й Северокаролинский пехотный полк: полковник 49-й Северокаролинский пехотный полк: подполковник Лерой Макаффи Батарея Брэнча: кап. Джеймс Брэнч
Дивизия бригадного генерала Джона Худа
Техасская бригада Уильяма Уоффорда 18-й Джорджианский пехотный полк: подполковник Солон Рафф Легион Хэмптона: подполковник Мартин Гэри 1-й Техасский пехотный полк: подполковник Филип Уорк 4-й Техасский пехотный полк: подполковник Бенжамин Картер 5-й Техасский пехотный полк: кап. Айк Тернер Бригада полковника Эвандера Лоу 4-й Алабамский пехотный полк: капитан Лоуренс Скраггс (р), кап. Уильям Роббинс 2-й Миссисипский пехотный полк: полковник Джон Стоун (р), лейт. Уильям Муди 11-й Миссисипский пехотный полк: подполковник Самуэль Батлер (†), майор Тальяферро Эванс (†) 6-й Северокаролинский пехотный полк: майор Роберт Уэбб (р) Артиллерийская бригада майора Башрода Фробеля German Artillery (Южнокаролинская): кап. Уильям Бачман Palmetto Artillery (Южнокаролинская): кап. Хью Гарден Rowan Artillery (Южнокаролинская): кап. Джеймс Рейли Отдельная бригада генерала Натана Эванса 17-й Южнокаролинский пехотный полк: полковник Фитц Макмастер 18-й Южнокаролинский пехотный полк: полковник Уильям Уоллес 22-й Южнокаролинский пехотный полк: май. Миель Хилтон 23-й Южнокаролинский пехотный полк: лейт. Уайт Легион Холкомба: полковник Питер Стивенс Macbeth Artillery: кап. Роберт Бойс
Артиллерийский резерв:
Артиллерийский батальон Джеймса Уалтона 1-я рота: кап. Чарльз Скваерс 2-я рота: кап. Джон Ричардсон 3-я рота: кап. Маррит Миллер 4-я рота: кап. Бенжамин Эшлеман Артиллерийский батальон Стивена Ли
Левое крыло Командующий: генерал-майор Томас Джексон
Дивизия генерала Александра Лоутона
Бригада Лоутона (под ком. полковника Марселлуса Дугласа(†), майора Джона Лоува) 13-й Джорджианский пехотный полк: кап. Кидд 26-й Джорджианский пехотный полк 31-й Джорджианский пехотный полк: подполковник Джон Кроудер (р), май. Джон Лоув 38-й Джорджианский пехотный полк: кап. Уильям Бэттей (†), кап. Питер Бреннан 60-й Джорджианский пехотный полк: май. Уотерс Джонс 61-й Джорджианский пехотный полк: полк. Джон Ламар, май. Арчибальд Макрей (†) Бригада Джубала Эрли 13-й Вирджинский пехотный полк: кап. Френк Уинстон 25-й Вирджинский пехотный полк: кап. 31-й Вирджинский пехотный полк: полк. Джон Хоффман 44-й Вирджинский пехотный полк: кап. Дэвид Андерсон (р) 49-й Вирджинский пехотный полк: полковник Уильям Смит, подполковник Джонатан Гибсон (р) 52-й Вирджинский пехотный полк: полковник Майкл Харман 58-й Вирджинский пехотный полк: кап. Генри УингфилдПолком официально командовал майор Джон Кейси, но 6 сентября он ввиду болезни сдал полк капитану Уингфилду. Ввиду неясности ситцации многие историки не указывают имя командира 58-го полка. Бригада Тримбла (под ком. Джеймса Уокера) 15-й Алабамский пехотный полк: кап. Исаак Фейгин 12-й Джорджианский пехотный полк: кап. Джеймс Роджерс (†), кап. Джон Карсон 21-й Джорджианский пехотный полк: май. Томас Гловер (р), кап. Джеймс Нисбит 21-й северокаролинский пехотный полк: кап. Миллер (†) 1-й северокаролинский снайперский батальон (придан 21-му северокаролинскому полку) Бригада Гарри Хайса 5-й Луизианский пехотный полк: полковник Генри Форно 6-й Луизианский пехотный полк: полковник Генри Стронг (†) 7-й Луизианский пехотный полк 8-й Луизианский пехотный полк: подполковник Тревенион Левис (р) 14-й Луизианский пехотный полк Артиллерия майора Альфреда Куртни Батарея Джонсона: кап. Джон Джонсон Louisiana Guard Artillery: кап. луис Д'Аквин
«Лёгкая дивизия», генерал Эмброуз Хилл
Бригада Лоуренса Бранча, полк. Джеймс Лэйн 7-й Северокаролинский пехотный полк: полковник Эдвард Хэйвуд 18-й Северокаролинский пехотный полк: подполковник Томас Парди 28-й Северокаролинский пехотный полк: полковник Джеймс Лэйн, май. Уильям Монтгомери 33-й Северокаролинский пехотный полк: подполковник