Высшие учебные заведения в томской истории — данные о вузах, существовавших в Томской губернии, Томском округе и Томской области в период с XIX века.

Известное неофициальное название города «Сибирские Афины» связывают с вузами и, прежде всего, с Императорским Сибирским Томским университетом (ныне — ТГУ), который был основан в 1878 году (открыт в 1888) и с Императорским Томским Технологическим Институтом (сейчас Томский политехнический университет, ТПУ), основанном в 1896 году. Нынешний ТПУ под разными наименованиями просуществовал до 1944 года, когда за ним закрепился современный бренд: политехнический. А годами раньше, в 1858 году, в губернской столице была основана Томская духовная семинария — религиозная образовательная организация высшего православного образования.

В годы Гражданской войны 1918—1920 годов в Томске в здании современного корпуса № 2 современного вуза ТГАСУ действовала эвакуированная из столицы Российская Академия Генерального штаба. Тогда же на основе Высшего политехнического училища был организован Первый Томский практический политехнический институт (ТПУ тогда носил наименование не политехнического, а технологического института), получивший в 1921 году имя тов. Тимирязева и в 1923 году, по личному распоряжению наркома Луначарского, реорганизованного в образцовый Сибирский политехникум им. Тимирязева.

В годы советской власти 1918—1991 в городе открывались и закрывались, реорганизовывались вузы.

Ниже, в хронологическом порядке по году открытия, дан перечень томских вузов.

Список высших образовательных учреждений 1858—1919, 1992—н/в — Томская духовная семинарияДо второй половины XX века данное учебное заведение относилось к образовательным учреждениям среднего образования II ступени. См. АИ: Ищенко О. В. Развитие общего и профессионального образования в Западной Сибири во второй половине XIX — начале XX века. // Вестник ТГПУ. — Томск: ТГПУ, 2011. — № 13(115). — С. 22.К числу вузов данное учреждение отнесено лишь в XXI веке.. 1878 — основан Императорский (имени Его Императорского Величества Александра III) Первый Сибирский университет. Начало формирования преподавательской, методологической и материальной базы учреждённого Высочайше вуза Сибири. 1888 — начало полноценной деятельности Томского Императорского университета: 1878—1888 — создаваемый Императорский Сибирский классический университет. 1888—1917 — Императорский Сибирский Томский университет. 1917—1928 — Томский университет. 1928—1934 — Томский государственный университет (ТГУ). с 1930 — из ТГУ выделен новый государственный вуз Томский медицинский институт (ныне СибГМУ). с 1931 — на базе педагогического факультета ТГУ создан новый государственный вуз Томский индустриально-педагогический институт (ныне ТГПУ). 1930—1934 — Сибирский химико-технологический институт (СХТИ, Томск). Данный новый вуз был создан на паритетных началах из материальной базы химических факультетов ТГУ и СТИ. При объединении в 1934 году технических вузов Томска СГИ, СХТИ и СМИ будет образован единый Томский индустриальный институт (ТИИ). 1930—1935 — Сибирский геолого-разведочный институт (СГРИ, Томск). Вуз был создан на паритетных началах из материальной базы геологических факультетов ТГУ и СТИ. С 1935 года СГРИ реорганизован в факультет Томского индустриального института. 1934—1991 — Томский государственный университет имени В. В. Куйбышева (ТГУ). 1967—1980 — Томский Краснознамённый государственный университет имени В. В. Куйбышева (ТГУ). 1980—1991 — Томский ордена Октябрьской Революции и ордена Трудового Красного Знамени государственный университет имени В. В. Куйбышева (ТГУ). с 1986 — в структуре ТГУ создан Новосибирский юридический институт (филиал ТГУ). 1991—2010 — Томский государственный университет (ТГУ). 2010—н/в — Национальный исследовательский Томский государственный университет (ТГУ или НИУ ТГУ).

1896 — Высочайше основан Первый Сибирский Императорский (имени Его Императорского Величества Николая II) Томский технологический институт практических инженеров. Начало формирования преподавательской, методологической и материальной базы учреждённого первого технического вуза Сибири. 1900 — Томский технологический институт Императора Николая II (открытие и начало полноценной работы). Он же — Императорский Сибирский (Томский) технологический институт. 1917—1925 — Сибирский Томский технологический институт (ТТИ). 1925—1930 — Сибирский технологический институт имени тов. Ф. Э. Дзержинского (СТИ). Разделён «разукрупнением» на несколько новых вузов: 1930—1934 — Сибирский химико-технологический институт (СХТИ, Томск). Данный новый вуз был создан на паритетных началах из материальной базы химических факультетов ТГУ и СТИ. При объединении в 1934 году технических вузов Томска СГИ, СХТИ и СМИ будет образован единый Томский индустриальный институт (ТИИ). 1930—1933 — Сибирский горный институт (СГИ или Угольный институт), создан на материальной и учебной базе прежнего Горного факультета СТИ. В 1934 году данный томский вуз, вместе с СМИ и СХТИ, слиянием образуют Томский индустриальный институт (ТИИ). 1930—1933 — Сибирский институт цветной металлургии (СИЦМ, золотодобывающая отрасль), создан на материальной и учебной базе прежнего Горного факультета СТИ. Новый вуз был передислоцирован в Иркутск и вскоре, объединившись с местным Политехникумом, становится Иркутским горным (с 1960 — горно-металлургическим) институтом, ныне это Иркутский технический университет. 1930—1935 — Сибирский геолого-разведочный институт (СГРИ, Томск). Данный новый вуз был создан на паритетных началах из материальной базы геологических факультетов ТГУ и СТИ. С 1935 года СГРИ реорганизован в факультет Томского индустриального института. 1930—1933 — Сибирский строительный институт (СибСтрИн). Передислоцирован с 1933 года в Новосибирск, ныне это НГАСУ-Сибстрин. 1930—1931 — Сибирский металлургический институт. В 1931 году реорганизован в Сибирский государственный институт чёрных металлов и передислоцирован в Сталинск (ныне — Новокузнецк), ныне это Сибирский государственный индустриальный университет. 1930—1933 — Сибирский институт сельскохозяйственного машиностроения (СИСМ). В 1931 вуз был передислоцирован в Новосибирск, с переименованием в Западно-Сибирский институт сельскохозяйственного машиностроения. В 1933 — возвращён в Томск и объединён с вузом СММИ. Новый вуз — Сибирский машиностроительный институт (СМИ) в 1934 году будет объединён «укрупнением» с СХТИ и СГИ, формируя при этом новый томский вуз — Томский индустриальный институт (ТИИ). 1930—1932 — Сибирский институт инженеров транспорта (СИИТ). Будет реорганизован и «разукрупнён» в 1932 на два вуза: 1932—1960 — Томский электромеханический институт инженеров транспорта (ТЭМИИТ), который с 1960 по 1962 будет передислоцирован в Омск, ныне это ОГУПС. с 1932 — создан и передислоцирован в Новосибирск «Новосибирский путейско-строительный институт инженеров железнодорожного транспорта» (НПСИИЖДТ)Данный вуз в дальнейшем также станет основой новых сибирских вузов: железнодорожной и водно-транспортной специализаций. Институт инженеров водного транспорта через полвека откроет в Томске вновь свой филиал., ныне это СГУПС. 1930—1933 — Сибирский механико-машиностроительный институт (СММИ). При объединении в 1933 году «укрупнением» с вузом СИСМ, будет реорганизован в Сибирский машиностроительный институт (СМИ). В 1934 году данный вуз, вместе с СГИ и СХТИ, слиянием образуют Томский индустриальный институт (ТИИ). 1934—1940 — Томский индустриальный институт имени С. М. Кирова (ТИИ). 1940—1944 — Краснознамённый Томский индустриальный институт имени С. М. Кирова (ТИИ). 1944—1971 — Краснознамённый Томский политехнический институт им. С. М. Кирова (ТПИ). с 1962 года на учебно-преподавательской базе 2-х факультетов ТПИ, в здании бывшего ТЭМИИТ, был создан новый томский вуз — ТИРиЭТ. с 1969 года Горный факультет ТПИ по решению Правительства СССР передислоцирован в Кемерово в состав «Кузбасского политехнического института» (КПИ); ныне этот вуз называется Кузбасским государственным техническим университетом имени Т. Ф. Горбачёва (в своё время Т.Ф. Горбачёв был выпускником ТПИ). 1971—1991 — Томский ордена Октябрьской Революции и ордена Трудового Красного Знамени политехнический институт им. С. М. Кирова (ТПИ). 1991—2009 — Томский политехнический университет (ТПУ). 2009—н/в — Национальный исследовательский Томский политехнический университет (ТПУ или НИ ТПУ).

1902—1920 — Томский учительский институт. Упразднён введением учебной базы вуза в качестве педагогического факультета в составе ТГУ. В дальнейшем (1930) станет основой нового томского педагогического вуза. 1934—1956 — Томский учительский институт повышения квалификации педагогов (на базе ТГПИ). Объединён с Томским областным институтом усовершенствования учителей. 1945—1988 — Томский областной институт усовершенствования учителей. 1988—н/в — учреждение последипломного образования работников педагогической сферы: Томский областной институт повышения квалификации и переподготовки работников образования (ТОИПКПРО или «Институт Учителя»). 1910—1920 — Сибирские высшие женские курсы (Томск). 1912—1919 — Томский губернский Народный университет (под патронажем П. И. Макушина). 1917—1920 — Сибирская народная консерватория. лето 1918 — Сибирская академия художеств (Томск, действовала неск.месяцев). 1918—1923 — Первый Томский практический политехнический институт (с 1921 — имени тов. Тимирязева). 1918— ??? — Ново-Николаевский уездный учительский институт. Ново-Николаевский уезд, Томская губерния. 1918—1919 — Томская инструкторская школа младших офицеров пехоты Сибирской армии. 1919—1919 — Академия Генерального штаба Русской Армии (в эвакуации в Томске). Подготовка и переподготовка офицеров высшего командного состава Русской и Белой (Сибирской) армии. 1919—1921 — 2-е Сибирские пехотные командного состава курсы РККАПервые учебные курсы, которые готовили командиров РККА среднего (комвзвода, комроты) и старшего (командир батальона, командир полка) комсостава, по факту не являлись в полной мере высшими учебными заведениями. Однако потребность страны в подготовке военных руководителей через некоторое время потребует повышения качества образования для молодых лейтенантов Красной (Советской) армии на уровне вузов. Новая военно-образовательная реформа в России в 2010-х гг. потребует высшего образования уже и для командиров младшего, низшего комсостава (сержанты и старшины). Военное образование для среднего и старшего командного состава в XX веке принято рассматривать как высшее военное образование. С XIX века в России командиры высших командных должностей (командир корпуса, дивизии, бригады, армии, военного округа) обязаны проходить «последипломное» обучение в специализированных вузах — военных академиях. Ныне по этой аналогии в России с 2005 года вводится подготовка хозяйственных и государственных руководителей высших управленческих должностей в системе последипломного дополнительного образования, называемой «корпоративными университетами».. 1921—1925 — 25-я Томская военная пехотная школа командного состава РККА. 1920—192х (?) — Сибирская академия народного образования (учебно-педагогический вуз), САНОРешение о САНО было принято высшим органом власти в Советской Сибири — Сибревкомом. См.: Ценюга С. Н., Мезит Л. Э., Корытько Ю. С. Педагогические учебные заведения Сибирского отдела народного образования в 1920—1938 гг. // Вестник Красноярского государственного педагогического университета им. В. П. Астафьева. — Красноярск, 2016. — С. 124. 1920—192х (?) — Томский губернский Рабочий институт СибОНО Сибревкома. 1920—1923 (?) — Сибирский областной политико-просветительный институт Отдела политического просвещения Томского губисполкома. октябрь 1920 — октябрь 1923 — Томский институт физической культуры. 1920—1921 — Государственная высшая музыкальная школа Сибири Отдела политического просвещения Томского губисполкома. 1920—1922 — Первые артиллерийские курсы Сибири для комсостава РККА.