Kaumoebavirus — гигантский вирус, который морфологически и генетически близок к другому гигантскому вирусу, Faustovirus, а также вирусам семейства Asfarviridae. Он имеет икосаэдрический капсид размером около 250 нм, а его геном представлен молекулой ДНК, состоящей из около 350 тысяч пар оснований (п. о.) и содержащей 465 предсказанных генов, кодирующих белки.
Вирус был описан в 2016 году при культивации амебоидных протистов Vermamoeba vermiformis с пробой сточных вод из южной части Саудовской Аравии.
По состоянию на ноябрь 2018 года род Kaumoebavirus не зарегистрирован в базе данных Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV).
Описание Как упоминалось выше, Kaumoebavirus имеет икосаэдрический капсид размером около 250 нм. Его геном представлен кольцевой молекулой ДНК, содержащей примерно 351731 п. о. В геноме отсутствуют повторяющиеся последовательности, за исключением длинного тандемного повтора длиной 1407 п. о. GC-состав генома составляет 43,7 %. Согласно данным биоинформатического анализа, геном Kaumoebavirus содержит 465 генов, которые кодируют белки длиной от 113 до 6209 аминокислотных остатков (а. о.). Гены тРНК в его геноме выявлены не были. В плане гомологии 74 (59 %) белков Kaumoebavirus наиболее близки к другим вирусным белкам, 19 (15 %) — к белкам бактерий, 31 (25%) — к белкам эукариот и два (2 %) — к белкам архей. Как и у Faustovirus, у Kaumoebavirus при созревании мРНК происходит сплайсинг.
Жизненный цикл На ранней стадии инфекции (через 2 часа после проникновения в клетку протиста Vermamoeba vermiformis) в цитоплазме клетки наблюдаются фагоцитозные вакуоли, содержащие вирионы Kaumoebavirus. Ещё через три часа они уже образовывали скопления из 2—4 вирусных частиц внутри вакуолей. Через 4 часа после проникновения вирусная ДНК выходит в цитоплазму, и в течение двух последующих часов вблизи ядра клетки можно наблюдать вирусные фабрики, в которых происходит репликация вирусных геномов и сборка вирионов. С 8 по 16 час после инфицирования в вирусной фабрике выявляются новосформированные вирусные частицы Kaumoebavirus. В ходе репликации Kaumoebavirus морфология ядра клетки не изменяется. Наконец, происходит лизис клетки, и вирионы выходят наружу. Общая длительность жизненного цикла Kaumoebavirus составляет от 16 до 20 часов, как и у Faustovirus.
Филогения и родственные связи Среди вирусных белков к белкам Kaumoebavirus наиболее близки белки вирусов порядка Megavirales, в частности, другого гигантского вируса, Faustovirus, а также белкам семейства Asfarviridae. Среди других родственников Kaumoebavirus — члены семейств , , Poxviridae, Baculoviridae, а также гигантские вирусы рода Marseillevirus. С эволюционной точки зрения Kaumoebavirus занимает промежуточное положение между Faustovirus и Asfarviridae.
В 2018 году были опубликованы результаты анализа, который ещё больше подтвердил близкое родство Kaumoebavirus с Faustovirus и Asfarviridae. В исследовании проверялось, характерны ли последовательности, характерные для выявленных ранее промоторов Asfarviridae, у гигантских вирусов Kaumoebavirus и Faustovirus. Ранее было показано, что для представителей семейства Asfarviridae характерно наличие A/T-богатых последовательностей в промоторах. Оказалось, что у Kaumoebavirus и Faustovirus в промоторах преобладают AT-богатые мотивы TATTT и TATATA, что дополнительно сближает их с Asfarviridae.
Согласно филогенетическому дереву, построенному на основании последовательности генов ДНК-полимеразы B, Pacmanvirus, Kaumoebavirus, Faustovirus и Asfarviridae формируют монофилетическую кладу. По-видимому, эти вирусы имели общего предка.
Примечания
Категория:Крупные ядерно-цитоплазматические ДНК-содержащие вирусы