Вопрос о польско-литовских отношениях во время Второй мировой войны является спорным, и некоторые современные литовские и польские историки до сих пор расходятся в своих интерпретациях связанных с этим событий, многие из которых связаны с литовским сотрудничеством с нацистской Германией и операциями польской армии. организация сопротивления Армии Крайовой на территориях, населённых литовцами и поляками. Несколько общих научных конференций начали устранять разрыв между литовскими и польскими интерпретациями, но существенные различия остаются.

История Польско-литовские отношения были натянутыми в межвоенный период, в основном из-за конфликта из-за Вильнюсского края (в котором проживало большинство поляков, но литовцы считали его исторической столицей)Michael MacQueen, The Context of Mass Destruction: Agents and Prerequisites of the Holocaust in Lithuania, Holocaust and Genocide Studies, Volume 12, Number 1, pp. 27-48, 1998, . Этот конфликт привёл к вражде между местными сообществами и взаимному жестокому обращению с польскими и литовскими этническими меньшинствами, проживающими в обеих странах. Напряжённость начала снижаться ранней весной 1938 г. (см. ультиматум Польши 1938 г. Литве), когда обе страны восстановили нормальные отношения и были установлены телефонная, почтовая, железнодорожная и автомобильная связи. Однако сближение было остановлено, когда Германия и Советский Союз вторглись в Польшу в сентябре 1939 годаA study of crisis By Michael Brecher, Jonathan Wilkenfeld, page 255 "This was followed by a period of relative harmony between the two states. Литва оставалась независимой в начале Второй мировой войны, однако вскоре она была присоединена к Советскому Союзу, затем захвачена Германией, а затем снова присоединена к Советскому Союзу, который ранее присоединил её как одну из своих республик.

Противоречащие идеологии Вильнюсский регион имел сложную демографическую историю. Это ещё больше усугублялось тем, что германцы насильно переселяли литовские семьи в регион [когда?] из западных частей Литвы.

Значительное количество литовцев начало сотрудничать с германскими оккупантамиPiotrowski, 1998, p.163Snyder, p.84Alvydas Nikžentaitis, Stefan Schreiner, Darius Staliunas, The Vanished World of Lithuanian Jews, Rodopi, 2004, ,Google Print, p.3Leonidas Donskis, Identity and Freedom: mapping nationalism and social criticism in twentieth-century Lithuania, Routledge, 2002, , Google Print, p.74, ярким примером является Фронт литовских активистов, многие члены которого вышли из национал-юнионистов, чей довоенный лозунг был «Литва для литовцев». Литовское правительство, поощряемое германцами, надеялось, что они предоставят Литве столько же автономии, сколько оно предоставило Словакии. Даже из-за того, что LAF исчез после 1941 года, а германцы так и не предоставили литовцам автономию, которую они желали, элементы в литовском правительстве, сотрудничая с нацистами, участвовали в программе этнической и расовой чистки, нацеленной на евреев, поляков и другие нелитовские этнические меньшинстваSnyder, p.82. Антипольская риторика и насилие стали обычным явлением при правительстве Юозаса Амбразавичюса в 1941 году (за которым последовала роль Пятраса Кубилюнаса в качестве марионеточного советника германских правителей)Piotrowski, 1998. Кубилюнас возглавлял марионеточный Совет, консультирующий правительство Германии по «генеральному округу Литва» (Generalbezirk Litauen) во главе с генеральным комиссаром Литвы Теодором Адрианом фон Рентельном. чем евреи, и предлагали индульгенции за убийство поляков. Литовский профессор написал брошюру «Почему мы должны ненавидеть поляков», а ЛАФ выступала за создание гетто для поляков, требование к ним носить опознавательные знаки и сокращение их продовольственных пайков, утверждая, что «при Советах мы убивали 50 % поляков, при германцах мы убьём остальные 50 %». Один из самых печально известных инцидентов произошёл в районе Панеряй (польск. Понары) Вильнюса, где с 1941 по 1943 годы германцы и литовцы вырезали десятки тысяч евреев и поляковKazimierz Sakowicz, Yitzhak Arad, Ponary Diary, 1941—1943: A Bystander’s Account of a Mass Murder, Yale University Press, 2005, , Google Print.Piotrowski, 1998, p.168.

Около 1943 г. одна из политических фракций Правительственной делегации Польши от Вильнюсского края, Вильнюсская демократическая концентрация () — подпольный союз левых польских партий Piotr Niwiński, Okręgowa Delegatura Rządu w Wilnie , отчасти из-за пронацистской позиции Литовские власти, отчасти под влиянием националистической позиции польской партии Endecja, заявили о плане после войны присоединить Литву, подчинить её польскому генеральному комиссариату и перевоспитать «коррумпированных» литовцев Arūnas Bubnys. Armijos Krajovos ištakos ir ideologija Lietuvoje (Beginnings and ideology of Armia Krajowa in Lithuania). Armija Krajova Lietuvoje, pp. 6-13. A. Bubnys, K. Garšva, E. Gečiauskas, J. Lebionka, J. Saudargienė, R. Zizas (editors). Vilnius — Kaunas, 1995.. 1 марта 1944 г. Польский конвент политических партий [ pl ] издал декларацию о подготовке к борьбе за восточные окраины (Вильнюс, Гродно, Львов, Лида, Новогрудок и Пинск). Однако такие заявления местных польских политиков существенно отличались от официальных заявлений и действий эмигратского польского правительства, которое было единственной страной [необходимо уточнение] среди Антигитлеровской коалиции и её союзников, заявившей о своей поддержке литовской войны за независимостьAntypolski film w litewskiej telewizji . Article from Rzeczpospolita reprinted on the pages by Polish Ministry of Foreign Affairs.. Anna Pisarczyk, Wyboista droga do pojednania, «MAGAZYN WILEŃSKI», 4/2006.

Хотя у литовского и польского сопротивления были общие враги — нацистская Германия и её союзники — они так и не стали союзниками. Основным препятствием на пути к союзу был вопрос о Вильнюсе — польское правительство в Лондоне, Армия Крайова, Национальные вооружённые силы и Крестьянские батальоны (хоть и в меньшей степени) из польского сопротивления считали Вильнюс частью Польши, а литовское сопротивление считало Вильнюс столицей Литвы. Литовские повстанцы считали Советский Союз и его леворадикальных и левых союзников своими главными врагами, а Третий Рейх и его союзников — своими второстепенными противниками. Польское сопротивление считало нацистскую Германию и тех кто ей помогал главными врагами и не имело чёткого консенсуса в отношении Советского Союза. Только в 1944—1945 годах, после освобождения Советским Союзом, литовское сопротивление и некоторые польские силы начали сотрудничать в борьбе против Советского Союза и его союзников Arūnas Bubnys. Lietuvių ir lenkų pasipriešinimo judėjimai 1942—1945 m.: sąsajos ir skirtumai (Lithuanian and Polish resistance movements 1942—1945), 30 January 2004.

Вооружённые конфликты Литовские власти помогали нацистам в их действиях против поляков с самого начала германского захвата в 1941 году, в результате которой погибли тысячи поляков. Тысячи поляков были убиты литовскими коллаборационистами, сотрудничавшими с национал-социалистами (такими как подчинённая Германии Литовская полиция безопасности Gazeta Wyborcza, 2001-02-14, Litewska prokuratura przesłuchuje weteranów AK (Lithuanian prosecutor questioning AK veterans), last accessed on 7 June 2006] или Литовские силы территориальной обороны под командованием генерала Повиласа Плехавичюса Gazeta Wyborcza, 2004-09-01, W Wilnie pojednają się dziś weterani litewskiej armii i polskiej AK (Today in Vilnius veterans of Lithuanian army and AK will forgive each other), last accessed on 7 June 2006, многие другие были депортированы в Германию в качестве рабовPiotrowski, p.168, p.169) Тадеуш Пиотровский отмечает, что тысячи поляков погибли от рук литовских коллаборационистов, а десятки тысяч были депортированы.

Осенью 1943 года Армия Крайова начала операции против литовской коллаборационистской организации «Литовская полиция безопасности», которая с момента своего создания помогала германцам в их операциях. Польские политические и военные подпольные ячейки создавались по всей Литве, нападения польских партизан обычно происходили не только в Виленском крае, но и за прежней линией разграниченияRimantas Zizas. Armijos Krajovos veikla Lietuvoje 1942—1944 metais (Acitivies of Armia Krajowa in Lithuania in 1942—1944). Armija Krajova Lietuvoje, pp. 14-39. A. Bubnys, K. Garšva, E. Gečiauskas, J. Lebionka, J. Saudargienė, R. Zizas (editors). Vilnius — Kaunas, 1995.. Вскоре значительная часть операций АК стала направлена против союзных Германскому Рейху литовской полиции и местной литовской администрации. В течение первой половины 1944 года АК уничтожила сотни литовцев, служивших в нацистских вспомогательных частях или организациях: полицейских, членов деревенских отрядов самообороны, служащих местной администрации, солдат Литовских территориальных сил обороны и других коллаборационистов. Гражданские лица с обеих сторон все чаще становились их жертвами Arūnas Bubnys. Armija Krajova Rytų Lietuvoje (Armia Krajowa in Eastern Lithuania). «Atgimimas», 9 June 1989, No. 22 (35).

В ответ литовская полиция, убившая сотни польских мирных жителей с 1941 года, усилила свои операции против поляков, казнив многих польских мирных жителей; это ещё больше увеличило порочный круг, и ранее тлевший польско-литовский конфликт из-за Вильнюсского края перерос в вялотекущую гражданскую войну под национал-социалистической оккупациейTimothy Snyder, Yale University Press, 2003, , The Reconstruction of Nations: Poland, Ukraine, Lithuania, Belarus, 1569—1999. Масштабы разрушения со временем росли; Литовский историк Станисловас Бухавецкас отмечал, что АК смогла парализовать деятельность многих литовских учебных заведений в 1943 году Stanislovas Buchaveckas. Rytų Lietuvos Mokyklos ir Armija Krajova 1941—1944 m. (Schools in Eastern Lithuania and Armia Krajowa in 1941—1944). Armija Krajova Lietuvoje, pp. 40-56. A. Bubnys, K. Garšva, E. Gečiauskas, J. Lebionka, J. Saudargienė, R. Zizas (editors). Vilnius — Kaunas, 1995..

В мае 1944 г. в битве при Муроване-Ошмянке аковцы нанесли значительный удар территориальным силам обороны Литвы, терроризировавшим местное в основном польское население. В то время Александр Кржижановский, командующий АК Вильнюсского района, командовал более чем 9000 вооружённых ополченцев Армии Крайовой.

23 июня 1944 г., в ответ на резню 20 июня 37 польских жителей деревни Глитишкес (Глинчишки) литовской полицией безопасности 5-я бригада Вильнюсской Армии Крайовой (под командованием командование Зигмунта Шендзеларза «Лупашко», не присутствовавшего на событиях) совершила расправу над литовскими полицейскими и мирными жителями в Дубингяй (Дубинки), где было убито 27 литовцев, в том числе дети и женщины. Это подразделение действовало вопреки особым приказам Кшижановского, запрещавшим репрессии против мирных жителей. В целом число жертв польского реванша в конце июня 1944 г. в Дубингяй и соседних городах Йонишкис, Интурке, Биютишкис и Гедрайчяй, было 70-100 литовцев, в том числе много мирных жителей. Резня в Дубингяй была единственной известной резнёй, устроенной подразделениями АК. Дальнейшая эскалация с обеих сторон была прервана советским освобождением Вильнюсского района две недели спустя.