Каждый из Курильских островов являлся важным звеном на пути передвижений древних морских охотников между Японскими островами и Камчаткой.

С конца I тыс. до н. э. по II тыс. н. э. на островах Курильской гряды, а также Хоккайдо, господствовала охотская культура, которая зародилась на Сахалине. Доисторическая эпоха описывается археологией как постепенное слияние культур — неолитической у наиболее древних насельников и более поздней, занесённой переселенцами с материка. В историческую эпоху складывается айнский этнос, культура которого господствовала на островах вплоть до середины XIX века.

До XIX века Курильские острова были населены айнами задолго до прихода как русских, так и японцев. На их языке кур(ув японизированной передаче, так как согласно правилам японского языка словам обычно придаётся окончание гласного звука) означало «человек», откуда и пошло их второе название «курильцы», а затем — и наименование архипелага.

Первые сведения о южных Курильских островах были собраны японцами в ходе экспедиции на Эдзо (Хоккайдо) и Кита-Эдзодосл. «Северный Эдзо» (Сахалин) в 1635 году. В 1644 году, по итогам экспедиций 1635—1637 годов, на Хоккайдо была составлена первая японская карта Сахалина и Курильских острововВысоков М. С. // История Сахалина и Курильских островов с древнейших времен до начала XXI столетия: Учебное пособие.

В 1643 году острова были обследованы голландцами во главе с Мартином де Фризом. Эта экспедиция составила более подробные карты и описала земли. 20 июня 1643 года экспедиция обнаружила пролив между островами Итуруп и Уруп (в настоящее время пролив Фриза). Де Фриз по ошибке посчитал остров Итуруп северо-восточной оконечностью Иезо (Хоккайдо), а Уруп — частью американского континента. В тот же день 20 июня голландские моряки впервые высадились на Урупе. 23 июня 1643 года де Фриз установил на плоской вершине высокой горы острова Урупа деревянный крест и объявил эту землю «американской» собственностью Голландской Ост-Индской компании.

Русские впервые увидели северные Курильские острова в 1697 году, во время похода Владимира Атласова на Камчатку, а в августе 1711 года они вступили на курильскую землю, когда отряд камчатских казаков под руководством Данилы Анциферова и Ивана Козыревского высадился на двух северных островах гряды — Шумшу и Парамушире, где сражался с отрядами местных айнов.

В составленной в начале XVIII века Семёном Ремезовым географической карте «камчадальских земель» была отмечена и «земля Курильская на озере и на островах»Диспут: общественно-политический и историко-просветительский альманах, 2001, Омск, № 1, с. 44.

Ко времени прихода русских людей на Курильские острова (1711 год) население архипелага не было однородным. На острове Шумшу жили ительмены, вытесненные с соседней Камчатки или бежавшие на остров от притеснения русских. Они частично ассимилировали местных айнов, а частично — потеснили их на остров Парамушир и другие острова северной группы. На всех остальных островах жили только айны.

Далее, по мере продвижения интересов империи вниз по гряде, последовали десятилетия «бессистемной» (до учреждения РАК в 1799 году) колонизации Курил русскими охотниками за пушниной, торговцами, промышленниками. Айнские жители островов время от времени объявлялись российскими подданными и облагались ясаком; производилось картографирование архипелага.

Достоверная российская карта Курильских островов постепенно составлялась и уточнялась в течение XVIII — начале XIX века благодаря исследованиям второй Камчатской экспедиции (капитаны Шпанберг — Вальтон — Шельтинг) в 1738—1741 годах, плаванию галиота «Екатерина» под командованием Григория Ловцова в Японию в 1790 году, плаванию Гавриила Андреевича Сарычева и геодезиста Алексея Гилева на катере «Чёрный Орёл» в 1792 году, плаванию шлюпа «Надежда» под командой Ивана Фёдоровича Крузенштерна в 1805 году, плаванию кораблей «Юнона» и «Авось» под командой Гавриила Ивановича Давыдова и Николая Александровича Хвостова в 1806 и 1807 годах, исследованию шлюпа «Диана» под командой Василия Михайловича Головнина в 1811 году и того же шлюпа под командованием Петра Ивановича Рикорда в 1812 и 1813 годах, а также плаваниям многих других менее известных кормщиков и мореходцев.

История наречения Курильских островов российскими исследователями — одна из самых запутанных в исторической географии Дальнего Востока. Участник второй Камчатской экспедиции Шпанберг A. M. (сын руководителя её южного отряда Мартына Шпанберга) сделал в 1738—1739 годах попытку дать островам новые, преимущественно русские названия, такие как «Дьякон», «Илья», «Красногорск», «Нерпичий», «Фигурный» и другие. Эти названия вошли на первые карты Камчатки и Курильских острововКрашенин­ников С.П. (Описание Земли Камчатки, сочиненное Степаном Крашениннико­вым, Академии наук профессором, т. I—II. СПб., 1775 г., изд. 2-е. АН. СПб., 1787 г., изд. 3-е в серии «Полное собрание ученых путешествий по России», Акад. Наук. СПб., 1818—1819 г.); Штеллер Г. В. (Stellar G.W. Beschreibung von dem Lande Kamtachatka, dessen Einwohner, deren Sitten, Nahmen, Lebensart und verschiedenen Oewohnheiten, Frankfurt und Leipzig, 1774), а также на «Генеральной карте Российской Империи», помещенной в первом «Атласе Российском» 1745 г., но в целом не прижились, хотя встречались у российских и зарубежных картографов до конца XVIII века.

В 1760-х годах посланник камчатской администрации сотник Иван Чёрный заложил традицию порядкового исчисления островов и кучно расположенных субархипелагов Курильской гряды от Камчатки до Японии. Согласно этому подходу, группа скал Мусир (ныне Ловушки) учитывалась как «Десятый остров»; сразу два субархипелага — Среднего и Ушишир (Янкича и Рыпонкича) — как «Четырнадцатый остров»; островная группа Чёрные Братья (Чирпой и Брат-Чирпоев) вкупе с островом Макантор (ныне Броутона) — как «Семнадцатый остров»; наконец, Алаид (ныне Атласова) не считался курильским островомоднако в 1875 году как явная часть Курильской гряды был передан Японии вместе с 18 Курильскими островами по Петербургскому договору. При этом, у разных исследователей 20-й и 21-й ординалы могли по-разному распределяться между Шикотаном и Кунаширом (например, у Шелихова не так, как у Чёрного и Головнина).

Японские источники с явным неодобрением подтверждают появление русских на Итурупе после 1766 года: «Раньше этого… Россия постепенно пожрала все острова к северу от Расёва, и затем разграбила южную часть этой группы островов».

К концу XVIII века Россия номинально включала Курильские острова в свой состав в законодательных актах, однако фактическое управление ими со стороны государства не осуществлялось; прочный контроль над островами южнее Урупа, несмотря на акции по «объясачиванию» их населения, Россия установить не смогла; не способствовали лояльности местного населения и злоупотребления и жестокое обращение со стороны казаков, промышленников и купцов, которые часто пренебрегали российскими законами на покоряемых землях. «Бесчинства» купцов и сборщиков ясака в отношении курильских айнов привели к военным стычкам с ними на островах Уруп и Броутона в 1771—1772 годах.

30 апреля 1779 года императрица Екатерина II издала указ Сенату об освобождении от податей насельников Курильских островов, принявших российское подданство — в попытке исправить образ Российской империи в глазах курильцевРусские экспедиции по изучению северной части Тихого океана во второй половине XVIII века. Сборник документов. М.: Наука. Главная редакция восточной литературы, 1989. с.182. Указ Сената 12 сентября 1788 года подтвердил «накрепко вообще всем промышленникам касательно Курильских островов» запрет на сбор ясакаТам же, с.251..

Хотя с XVIII века Курильские острова и обозначались на картах как часть Российского государства, на деле же с 1799 года управление ими было переложено властями империи на Российско-Американскую компанию (РАК). Именно РАК должна была опекать те земли, где она промышляла, в том числе и Курильские островаПолное собрание законов Российской империи. Собрание первое (1649—1825). Т. 25. № 19 030. С. 699—718. URL: http://www.nlr.ru/e-res/law_r/search.php/ (дата обращения: 14.06.2011).

С 1770-х годов на Курилы сначала эпизодически (с промышленниками русских купеческих компаний), а затем и регулярно (с 1828 года Российско-американской компанией) стали привозить алеутов и кадьякских эскимосов. Они селились на Урупе, Симушире и Шумшу. Хотя эти этнические группы жили обособленно, в русских источниках XVIII—XIX веков и в литературе, особенно современной, за ними закрепилось общее название «курильцы», причём большинство современных авторов склонны ошибочно считать население всего архипелага в этот период айнским.

Кроме того, Япония, также осваивавшая острова, опасалась продвижения России и её усиления на своих северных границах, в связи с чем в конце XVIII века предприняла прямые попытки противодействия российской экспансии на Курилах, что положило начало соперничеству за обладание архипелагом.

Второе, после М. П. Шпанберга в 1739 году, посещение русским кораблём Японии состоялось в 1771 году, и это были беглецы с Камчатки под руководством международного авантюриста Бенёвского. Бенёвский в своих мемуарах упоминает письмо, переданное им японцам для пересылки в голландскую факторию. В письме содержится просьба о помощи беглецам с Камчатки. О других письмах он не упоминает, но в голландских архивах хранятся 6 писем Бенёвского, в том числе четвёртое письмо, получившее название «предостережение Бенёвского», где говорится, что «…в этом году два русских галиота и один фрегат, выполняя тайный приказ, совершили плавание вокруг берегов Японии и занесли свои наблюдения на карту, готовясь к наступлению на Мацума и прилегающие к нему острова, намеченному на будущий год. С этой целью на одном из Курильских островов, находящемся ближе других к Камчатке, была построена крепость и подготовлены снаряды, артиллерия и провиантские склады» Давидсон А. Б., Макрушин В. А. Облик далёкой страны. М., 1973, c.145.

Большинство историков, в том числе японский исследователь Синтаро Накамура и американец Дональд Кин, считают все письма, кроме первого, подделкой. Голландцы, передавшие содержание этого письма японским властям, не хотели иметь конкурентов в своей монополии на торговлю с Японией. Тем не менее именно это письмо подтолкнуло Японию к укреплению своих северных границ, началу освоения Эдзо и южных Курил. Добравшись до Франции, Бенёвский сам предлагал французам проект захвата не только Курильских, но и Алеутских островов, а также Формозы.

С конца XVII века власти Японской империи отправляли айнов из центральных районов Эдзо на работу на морские промыслы Кунашира и Итурупа (которые в то время также осваивались японцами), где жили в условиях неестественной скученности, не имея возможности поддерживать традиционный образ жизни. Вызванные такой политикой эпидемии и демографический кризис позволяют говорить о геноциде айновWalker, Brett L. The Conquest of Ainu Lands: Ecology and Culture in Japanese Expansion, 1590–1800. — Berkeley: University of California Press, 2001.. Всё это привело к новым вооружённым выступлениям туземного населения: восстанию айнов против японцев на Кунашире и на близлежащих окраинах Эдзо в 1789 году.

На рубеже XVIII—XIX веков представители японской администрации выселили находившихся на Итурупе русских, установили на острове столб, провозглашавший его владением ЯпонииPapinot, E. (1910). «Historical and Geographical Dictionary of Japan.» 1972 Printing. Charles E. Tuttle Company, Tokyo, ISBN 0-8048-0996-8. С. 305—306 и устроили здесь и на Кунашире сторожевые посты // «Новая история Хоккайдо», изд. Губернаторства Хоккайдо, 1937 г., т. 2, с. 416—417; цит. по: МИД России, МИД Японии, 1992.. Коренные жители Южных Курил рассматривались Японией в качестве японских подданных и «употреблялись ими в тяжкие работы» // Архив князя Воронцова, кн. 24.

XIX век