Ранний период Впервые Йошкар-Ола упоминается 1 ноября 1584 года в разрядной книге — главном документе «Разрядного приказа» 1475 — 1598 годов. Однако, археологические раскопки свидетельствуют, что люди в окрестностях этих мест жили уже с эпохи мезолита (12 тыс. лет до н. э.).

Территория вокруг современного города всегда была окружена богатыми лесами, что позволяло местному населению заниматься охотой и собирательством, а лес использовать в качестве строительного материала. Места лесных вырубок распахивались и использовались под нужды земледелия и скотоводства. Были развиты бортничество и рыболовство. На поселениях находят много изделий из кости, связанных главным образом с охотой (различных форм наконечники стрел, гарпуны, наконечники мотыг), обломки глиняной посуды, украшенияЭтнология. Учебник. Для высших учебных заведений/Э. Г. Александренков, Л. Б. Заседателева, Ю. И. Зверева и др.-М., Наука, 1994 г..

Между XIII и XV веком территория современной Йошкар-Олы была заселена коренными марийцами и входила в состав Золотой Орды, а затем, до середины XVI века, являлась северной периферией Галицкой даруги Казанского ханства, через которую осуществлялись торгово-экономические и военно-политические связи между Казанью и северо-восточными русскими землями. В частности, известно, что эту местность пересекала Галицкая дорога, проходившая на северо-запад от Казани в сторону города Галича — важного средневекового города северо-восточной Руси. В составе Казанского ханства у марийцев не было городов, они жили небольшими поселениями — «илемами».

Основание Царевококшайска Длительное военное соперничество между русскими княжествами и Золотой Ордой, а в последующем — между Русским государством и Казанским ханством, завершилось в октябре 1552 года разгромом Казанского ханства войсками Ивана Грозного, и присоединением Среднего Поволжья, в том числе и марийского края, к Российскому государству. С этим непосредственно связано основание города Царевококшайска. Часть местного населения уже в середине октября 1552 года была приведена к присяге на верность русскому царю и обязалась платить ему ясак. Но уже в декабре марийцы во многих местах восстали, отказались подчиняться новым порядкам московского правительства, а с весны 1553 года развернулось широкое национально-освободительное движение, получившее название «черемисских войн».

Для подавления восстания на земли луговых марийцев направлялись московские войска под управлением воевод «на вылазке». Важным пунктом их дислокации была «волость Ошла» (речка Ошла впадает в Кокшагу рядом с городом), а наряду с ней в летописных сообщениях впервые упоминаются Кокшага, Манага и другие окрестности. В одном ряду с ними называется также Мамич-Бердеева волость по имени предводителя мятежного движения. Возможно, и она находилась на Малой Кокшаге, близ устья Ошлы, включая место будущего города. Здесь Мамич-Бердей даже попытался провозгласить независимое «царство» с приглашением править ногайского царевича, но при попытке склонить «горных черемис» на совместную войну с Москвой был пленён и отправлен в Москву на расправу.

Черемисские войны прошли тремя волнами: 1552—1557 гг., 1572—1574 гг., 1582—1584 годы. Во время второй из них Иван Грозный решил не ограничиваться временными военно-ресурсными базами, опорными военными пунктами на вновь присоединенной территории и указал там «городы и остроги ставити». Так, в 1574 году был построен между устьями Большой и Малой Кокшаги город Кокшажск (Кокшайск), и контроль над значительной частью Луговой стороны был установлен — восстание прекратилось. Но через несколько лет вновь стало неспокойно в центре марийской земли. Сюда многократно посылались войска, но подавить сопротивление долго не удавалось. Тогда решили построить города-крепости и в глубинных районах на расстоянии дневного перехода пеших войск (это составляло тогда 50-60 верст), чтобы окончательно усмирить мятежников. Это было осуществлено уже после смерти Ивана Грозного, в царствование Федора Иоанновича. «Сам государь праведный, — сказано в летописи, — рассмотрев, да видя их, и чая от них впредь измены, и посла воевод своих и повелел ставити во всей Черемисской земле городы», и тем укрепил здесь московское правлениеБольшая Российская энциклопедия: В 30 т. / Председатель науч.-ред. совета Ю. С. Осипов. Отв. ред С. Л. Кравец. Т. 12. Исландия — Канцеляризмы. — М.: Большая Российская энциклопедия, 2008. — 767 с.: ил.: карт. (стр. 301—302, статья Йошкар-Ола).

Летом 1584 года войска русских воевод поднялись по Малой Кокшаге из Кокшайска, разгромили основные силы мятежников и на Малой Кокшаге, в её среднем течении на правом берегу в наиболее удобной местности, уже освоенной ими со времен первой черемисской войны, заложили крепость и сообщили об этом в Москву. И появилось в «Разрядных книгах» первое документальное упоминание Царёва города на Кокшаге «в Черемисе».

В другом летописном сообщении указано:

По бытовавшему тогда византийскому календарю «от сотворения мира» 7092 год охватывал время с 1 сентября 1583 года по 31 августа 1584 года. Следовательно, 1 ноября — дата первого упоминания города, построенного уже до 31 августа. Поскольку Царёвых городов оказалось несколько, то для уточнения стали писать Царёв город на Кокшаге или Царёв Кокшайский, а через эту форму в первой половине XVII века закрепилось название Царевококшайск. К городу был приписан уезд, который ещё в течение длительного времени назывался «Царегородский» (отсюда и распространенная в этих краях фамилия Царегородцев).

Основание Царевококшайска было частью политики правительственной колонизации вновь приобретенных земель. С территории застройки города и в окружности не менее пяти верст коренные жители выселялись подальше или сами уходили, не дожидаясь насильственного изгнания.

«Царёв город на Кокшаге» (отсюда позднее образовалось надолго закрепившееся официальное название города — Царевококшайск) был основан в 1584 году при царе Фёдоре Иоанновиче уже после смерти Ивана Грозного. Первоначально Царевококшайский кремль представлял собой типичное военное укрепление, окружённое с четырёх сторон земляными валами с деревянными стенами. Со временем город перестал выполнять свою военную функцию, превращаясь в ремесленный и торговый центр. Здесь начали селиться ремесленники, торговцы, крестьяне, границы города тоже вышли за прежние пределы, образовав посад и слободу. Основным занятием населения стало земледелие. В окрестностях города выращивался хмель. Процветали пушной, лесной и винокуренный промыслы. Но основную часть населения по-прежнему составляли военные.

Царевококшайск в течение длительного времени оставался военно-административным центром в глубине марийского края. В городе размещались уездная администрация и военный гарнизон, состоящий из русских стрельцов и служилых людей, которым не раз приходилось подавлять стихийные волнения местного населения. Например, бунтующие крестьяне Поволжья и Вятской стороны (русские, татары, чуваши, марийцы) зимой 1609 года с боем захватили Царевококшайск. Для усмирения повстанцев из Казани прибыл царский карательный отряд, который жестоко расправился с восставшими.

Царевококшайцы участвовали в ополчении Кузьмы Минина и Дмитрия Пожарского. Их посылали для усиления русского влияния на Дон и в калмыцкие степи. Сохранились предания, что царевококшайцы участвовали и в военных походах Петра I.

С созданием Царёва города на Кокшаге здесь появилось и русское население. Рядом с крепостью был расположен посад, где жили торговцы и ремесленники, в основном прибывшие из центральных районов Русского государства. В середине XVII в. деревни, находившиеся в окрестностях Царевококшайска, ныне вошедшие в черту города (Вараксино, Лапшино, Гомзово, Берёзово, Кожино, Марково, Пахомово, Ширяйково, Жуково, Княжна), принадлежали царскому окольничему князю В. Г. Ромодановскому1649 год. Писцовая книга города Царевококшайска, составленная воеводой И. Т. Шадриным — РГАДА, ф. 1209 кн. 523 л. 1—71об.. Во второй половине XVII в. после его смерти, они перешли в ведение дворцового управления, то есть государственной казны. Из нерусского населения в городе и его окрестностях проживали новокрещённые служилые люди — тарханы, о которых напоминает до сих пор название городского микрорайона «Тарханово».

Возникнув как укреплённый город, Царевококшайск ещё более 300 лет назад стал центром уезда. Городом и уездом в XVII в. управлял воевода, назначаемый Разрядным приказом и подчинявшийся приказу Казанского двора. Он руководил вооружёнными силами, исполнял юридические функции, собирал ясак с марийского населения.

При Петре I Царевококшайск был приписан к Казанской губернии, в которую входило всё Поволжье от Нижнего Новгорода до Астрахани. В 1775 году издаётся указ, согласно которому в Казанскую губернию входило только Среднее Поволжье. Царевококшайск стал уездным центром вновь преобразованной Казанской губернии.

В XVIII в. город несколько видоизменился: появились каменные дома, было построено 5 церквей: Троицкая (1736 год), Входо-Иерусалимская (1754 год), Вознесенская (1756 год), Воскресенский собор (1759 год), Тихвинская (1774 год). В «Экономических примечаниях Царевококшайского уезда», составленных в конце XVIII в., указывалось, что в Воскресенском соборе помещалась кладовая для хранения собираемой государственной денежной казны; в казённом помещении возле Троицкой церкви размещались городская полиция и тюрьмаЙошкар-Ола: справочник-путеводитель / Сост. и науч. ред. К. К. Васин. — Йошкар-Ола: Марийское книжное издательство, 1982. В XVIII веке в городе появились первые промышленные предприятия, наблюдался бум каменного строительства (до этого город был полностью деревянным). В городе стала проводиться Александро-Елизаветинская ярмарка. Тогда же в городе складываются купеческие династии.

XIX век в истории города

В 1835 году был создан первый регулярный план Царевококшайска. На нём 1 марта 1835 года император Николай I собственноручно начертал: «Быть по сему». По этому плану город и развивался в дальнейшем, постепенно превращаясь в торгово-экономический и культурный центр Марийского края, хотя его население составляло всего около 2000 чел.

С середины XIX века Царевококшайск становится местом политической ссылки. Сюда были сосланы участники Польского восстания 1863 года.

По уровню среднего образования Царевококшайск в этот период занимал первое место в губернии, опережая саму Казань: здесь на две тысячи населения было пять школ. Но в то же время в городе не было развитой промышленности. В 1837 году местный краевед, — уездный исправник, барон Александр фон Келлер, в очерковых заметках писал: « … фабрик и заводов нет … разных ремесленников находится: столяр — 1, сапожников — 2, портных — 2, медник — 1, оловянник — 1, красильщиков — 2».

Спустя почти полвека, в 1876 году, другой краевед, учитель И. О. Дерюжев, констатировал: «За исключением булочника, мясника, сапожника и немногих других ремесленников, занимающихся такими работами, без которых никакое скопление людей не могло бы существовать при самой небольшой степени образованности населения, ни одна отрасль промышленности не известна городскому населению». Только в конце XIX века в Царевококшайске был построен небольшой винокуренный завод, на котором работали 70 рабочих.

XX век в истории города К началу XX века Царевококшайск оставался тихим провинциальным городом. Основу экономики составляло сельское хозяйство, самым многочисленным сословием было крестьянство.

17 февраля 1919 года Царевококшайск был переименован в Краснококшайск. 18 июня 1920 года вошёл в состав Вятской губернии. 4 ноября 1920 года принимается Декрет ВЦИК и СНК РСФСР об образовании Марийской автономной области, а уже 25 ноября Краснококшайск становится её административным центром.

25 января 1928 года Краснококшайск получил марийское национальное название — Йошкар-Ола («Красный город»). В декабре 1936 года Марийская автономная область была преобразована в Марийскую Автономную Советскую Социалистическую Республику и город Йошкар-Ола становится её столицей.