Kärtajaure kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:

Kärtajaure (Jokkmokks socken, Lappland, 736372-170304), sjö i Jokkmokks kommun, (4,86 ha) Kärtajaure (Jokkmokks socken, Lappland, 747447-153760), sjö i Jokkmokks kommun,

Kategori:Listor över Sveriges insjöar baserat på namn