Njuonajaure kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:
Njuonajaure (Frostvikens socken, Jämtland, 717093-143724), sjö i Strömsunds kommun, (7,59 ha) Njuonajaure (Frostvikens socken, Jämtland, 721253-144153), sjö i Strömsunds kommun, (6,63 ha)
Kategori:Listor över Sveriges insjöar baserat på namn