Ekebysjön kan syfta på ett antal insjöar i Sverige:
Ekebysjön, Södermanland, sjö i Nyköpings kommun, (1,13 km²) Ekebysjön (Danderyds socken, Uppland), sjö i Danderyds kommun, (7,65 ha) Ekebysjön (Markims socken, Uppland), sjö i Vallentuna kommun, Stolp-Ekebysjön, sjö i Vallentuna kommun, (8,2 ha)
Kategori:Listor över Sveriges insjöar baserat på namn