Med San Franciscos pendeltåg kan avse:
Bay Area Rapid Transit (BART), ett metro-system (rapid transit) mellan San Francisco och områden på östra sidan av San Francisco Bay Caltrain, lokaltåg som trafikerar bl.a. San Francisco och San Jose
Se även Muni Metro, ett spårvägssystem i San Francisco San Francisco Municipal Railway, ett kollektivtrafikföretag i San Francisco