Standardförteckningen för Michael Haydns kompositioner är Shermans och Donleys katalog från år 1993 (MH). Tidigare fanns utgivna Pergers (P) och Klafskys (K) förteckningar över instrumental- respektive kyrkomusiken. Dessa innehöll dock åtskilliga felaktigheter och ofullständigheter. Det fanns också en förteckning av Sherman över Michael Haydns symfonier (S), utgiven 1982.
Även MH innehöll en del felaktigheter och inkonsekvenser, bland annat vad gäller bedömningen av huruvida kompositionerna var autentiska eller inte. Detta försökte Dwight C. Blazin komma till rätta med i sin doktorsavhandling vid New York University, framlagd år 2004. I detta arbete inför Blazin ett helt nytt system, där varje numret för varje verk som inte är helt säkert autentiskt förses med ett tecken, * för troligen autentiska verk, ? för verk av tvivelaktig äkthet, ett x för verk som inte är original samt ett s för verk som inte är autentiska. I övrigt använder Blazin samma system som Hoboken i sin förteckning över verk av Joseph Haydn.
Många verk finns bara bevarade i kopior, där tonsättarnamnet bara anges som "Haydn", eller tillskrivs både Michael och hans mera kände bror Joseph i olika bevarade kopior av respektive verk. Det är därför i många fall omöjligt att avgöra, vem av de båda bröderna som är upphovsman; i många fall kan man nog anta, att den verklige upphovsmannen är någon tredje person. Många av dessa tvivelaktiga verk listas av Hoboken i hans förteckning över Joseph Haydns verk, hans nummer anges i så fall i listan nedan (HV). I några fall har verk även tillskrivit Mozart, dessas nummer i Köchels förteckning anges i så fall (KV).
I nedanstående lista förtecknas alla verk i Blazins förteckning (Bl), de som säkerligen är oäkta medtas dock bara om de finns med i någon av de övriga verkförteckningarna. Även tvivelaktiga verk redovisas i en del fall bara översiktligt, se Blazins avhandling för detaljer, boken finns att ladda ner på internet: https://www.academia.edu/7388366/Michael_Haydn_and_The_Haydn_Tradition_A_Study_of_Attribution_Chronology_and_Source_Transmission.
Vad gäller övrig information om verken, t.ex. tillkomsttid, kan det förekomma olika uppgifter i olika källor; det har inte gjorts något försök att vara helt konsekvent i dessa fall. Utöver de ovan nämnda verken har Groves musiklexikon samt MGG konsulterats, se litteraturlistan.
Verk för piano eller orgel MHBlAndra numreringarKategoriTonartBesättningTillkomsttidAnm176XVI:?2P 131Preludier, versetter och kadenser Orgel1770/1772Äktheten ifrågasatt435XVI:?3 Preludier, versetter och kadenser Orgel1787caOfullständigt verk. Äktheten ifrågasatt436XVI:?4 Preludier och final Orgel1787caÄktheten ifrågasatt465XXXII:8 Tysk dansA-durPiano eller cembalo1786/1788caFragment. Ej autentiskt verk enligt MGG466XXXII:9 AndanteC-durPiano eller cembalo1786/1788caFragment467XXXII:10 Obetitlat styckeD-durPiano eller cembalo1786/1788caFragment468XXXII:11 Obetitlat styckeEss-durPiano eller cembalo1786/1788caFragment469XXXII:12 MenuettF-durPiano eller cembalo1786/1788caFragment470XXXII:13 AllegroG-durPiano eller cembalo1786/1788caAv Georg Benda enligt MGG471XXXII:14 AllegrettoF-durMekanisk orgel1786/1788ca 472XXXII:15 MenuettG-durPiano eller cembalo1786/1788ca 571XXXII:21 Obetitlat styckeC-dur?1795ca771XVI:?5 Variationer över Gott erhalte Franz den KaiserG-durPiano eller cembalo1799Av Sigismund von Neukomm enligt MGG. Variationer över en sång av Joseph Haydn(271)–Abels Tod Piano eller cembaloSenast 1778-09-03Fragment av klaverutdrag––(HV I:27)AndanteC-durPiano eller cembaloKlaverbearbetning av andra satsen i Joseph Haydns symfoni nr 27–XVI:?1DivertimentoF-durPiano eller cembaloEfter 1768Äktheten ifrågasatt–XVI:?6VariationerC-durPiano eller cembaloÄktheten ifrågasatt. Temat identiskt med andra satsen i MH 108–XVI:?7HV XVI:A1SonatA-durPiano eller cembaloEj bevarad. Äktheten ifrågasatt Blazin XVI:?2-6 borde väl ha förts till verkkategori XVII (pianostycken)?
Klaververk som inte anses autentiska: Andante F dur, HV XVII:F2.
Kammarmusik För 2-3 instrument MHBlAndra numreringarBenämningTonartBesättningTillkomsttidAnm5V:1P 101; HV V:D2DivertimentoD-dur2 violiner, bas1754/1757ca 6V:2P 103; HV V:G2DivertimentoG-dur2 violiner, bas1754/1757ca 7V:3HV V:E1DivertimentoE-dur2 violiner, bas1754/1757ca 8V:4HV V:A1DivertimentoA-dur2 violiner, bas1754/1757ca 9V:5HV V:Es1DivertimentoEss-durViolin, viola, bas1754/1757ca10V:6HV V:B2DivertimentoB-dur2 violiner, bas1754/1757ca 27V:*1P 99DivertimentoC-durViolin, violoncello, bas1758/1760ca 173IV:?1HV IV:D3DivertimentoD-durHorn, viola, bas1770/1772Äktheten ifrågasatt179IV:1P 98DivertimentoC-durFlöjt, viola, bas1770/1772210IX:*1 6 menuetter Violin, basSenast 1771273XV:?1DivertimentoG-durCembalo, flöjt, bas1778Äktheten ifrågasatt335VI:1P 127; HV VI:C1SonataC-durViolin & violaSommaren 1783Michael Haydn hade fått beställning på sex sonater för violin och viola. På grund av sjukdom kunde han dock inte fullfölja beställningen, utan bad Mozart, som var på tillfälligt besök i Salzburg, att komponera de övriga två (KV 423 och 424).336VI:2P 128; HV VI:D3SonataD-durViolin & violaSommaren 1783Se ovan337VI:3P 129; HV VI:E1SonataE-durViolin & violaSommaren 1783Se ovan338VI:4P 130; HV VI:F2SonataF-durViolin & violaSommaren 1783Se ovanAnh. 9Ic:3P 126SonataB-dur2 violiner, orgel?Ej bevarad––GallanteriaD-dur2 flöjter1779cams A-KR H 142/14–IV:?2HV IV:Es1DivertimentoEss-durClarinette d'amour, violin, basSenast 1781Äktheten ifrågasatt–IV:?3HV IV:Es2DivertimentoEss-durClarinette d'amour, violin, basSenast 1781Äktheten ifrågasatt–IV:?4HV IV:G1DivertimentoG-durFlöjt, violin, basÄktheten ifrågasatt–IV:?5HV IV:A1DivertimentoA-durFlöjt, violin, basSenast 1781Äktheten ifrågasatt–IV:?6HV IV:B1DivertimentoB-durClarinette d'amour, violin, basSenast 1781Äktheten ifrågasatt–V:?1P 102Notturno / DivertimentoEss-dur2 violiner, basTroligen av Carl Denck–V:?2HV V:C6TrioC-dur2 violiner, basÄktheten ifrågasatt–V:?3HV V:C8TrioC-dur2 violiner, basÄktheten ifrågasatt–V:?4HV V:Es5TrioEss-dur2 violiner, basÄktheten ifrågasatt–V:?5HV V:E2TrioE-dur2 violiner, basÄktheten ifrågasatt–V:?6HV V:F1TrioF-dur2 violiner, basSenast 1765Äktheten ifrågasatt–V:?7HV V:A2TrioA-dur2 violiner, basSenast 1771Äktheten ifrågasatt–V:?8HV V:B3TrioB-dur2 violiner, basSenast 1770Äktheten ifrågasatt–V:?9HV V:B4TrioB-dur2 violiner, basÄktheten ifrågasatt–V:?10/Trio/G-durSenast 1770Äktheten ifrågasatt–V:?11/Trio/A-durÄktheten ifrågasatt
Trior som tillskrivits Michael Haydn men som ej är autentiska Trio för violin, viola och cello HV V:8 Ess-dur, (av Joseph Haydn) Trio för 2 violiner och cello HV V:11 Ess-dur, (av Joseph Haydn) Trio för 2 violiner och cello HV V:15 D-dur, (av Joseph Haydn) Trio för 2 violiner och cello HV V:16 C-dur, (av Joseph Haydn) Trio för 2 violiner och cello HV V:17 Ess-dur, (av Joseph Haydn) Trio för 2 violiner och cello HV V:18 B-dur, (av Joseph Haydn) Trio för 2 violiner och cello HV V:19 E-dur, (av Joseph Haydn) Trio för 2 violiner och cello HV V:20 G-dur, (av Joseph Haydn) Trio D-dur HV V:D3 Trio B-dur HV V:B5 Pianotrio HV XV:3 C-dur, (tillskriven Joseph Haydn och (troligare) Ignaz Pleyel) Pianotrio HV XV:4 F-dur, (tillskriven Joseph Haydn och Ignaz Pleyel) Pianotrio HV XV:C1 C-dur, (av Georg Christoph Wagenseil?)
För fyra instrument MHBlAndra numreringarBenämningTonartBesättningTillkomsttidAnm172III:?1P 104DivertimentoG-dur2 violiner, viola, bas1770/1772Äktheten ifrågasatt173aIII:*1 DivertimentoG-dur2 violiner, viola, bas1770/1772Omarbetad från en förlorad symfoni?174III:x1P 135Symfoni?G-dur2 violiner, viola, cello1770/1772Fragment, se Blazin I:8175III:x2P 136Stråkkvartett?B-dur2 violiner, viola, cello1770/1772Endast ett Andantino, som symfonisats se MH 133209III:?2P 123; HV III:B9DivertimentoB-dur2 violiner, viola, bas1773/1775Äktheten ifrågasatt. Även tillskriven Gaetano Pugnani och Joseph Haydn299III:1P 121DivertimentoA-dur2 violiner, viola, bas1781308III:?3P 124StråkkvartettB-dur2 violiner, viola, cello1780/1782caÄktheten ifrågasatt (se Blazin p. 125ff)309III:?4P 118StråkkvartettEss-dur2 violiner, viola, cello1780/1782caÄktheten ifrågasatt (se Blazin p. 125ff)310III:?5P 122StråkkvartettA-dur2 violiner, viola, cello1780/1782caÄktheten ifrågasatt (se Blazin p. 125ff)311III:?6P 120StråkkvartettB-dur2 violiner, viola, cello1780/1782caÄktheten ifrågasatt (se Blazin p. 125ff)312III:?7P 119StråkkvartettF-dur2 violiner, viola, cello1780/1782caÄktheten ifrågasatt (se Blazin p. 125ff)313III:?8P 116StråkkvartettC-dur2 violiner, viola, cello1780/1782caÄktheten ifrågasatt (se Blazin p. 125ff)314III:?9 StråkkvartettD-dur2 violiner, viola, cello1780/1782caÄktheten ifrågasatt. Även tillskriven Joseph Hafeneder316III:3P 125DivertimentoB-dur2 violiner, viola, bas1784/1788ca 319III:2P 93DivertimentoD-dur2 violiner, viola, bas1782-05-27Komponerat 1781 enligt Blazin.320VIII:x2P 93MarschD-dur2 violiner, viola, bas1782-05-31Inget självständigt verk, ingår i MH 319464IIb:?1P 100DivertimentoD-durFlöjt, oboe, horn, fagott1786/1788caÄktheten ifrågasatt664XXXII:23 Obetitlat styckeG-dur2 violiner, 2 violor1797-07-23caFragment–III:?10HV III:C7StråkkvartettC-dur2 violiner, viola, celloÄktheten ifrågasatt–III:?11HV III:C9StråkkvartettC-dur2 violiner, viola, celloSenast 1782Äktheten ifrågasatt, ej bevarad.–III:?12HV III:Es7StråkkvartettEss-dur2 violiner, viola, celloSenast 1768Äktheten ifrågasatt–III:?13HV III:Es8StråkkvartettEss-dur2 violiner, viola, celloSenast 1767Äktheten ifrågasatt–III:?14HV III:G7StråkkvartettG-dur2 violiner, viola, celloÄktheten ifrågasatt–III:?15/Stråkkvartett/C-durÄktheten ifrågasatt Kvartetter som tillskrivits Michael Haydn men som inte är autentiska Stråkkvartett G dur MH 315, (av Joseph Hafeneder) Stråkkvartett Ess dur HV III:2, (av Joseph Haydn) Stråkkvartett G dur HV III:4, (av Joseph Haydn) Stråkkvartett F-dur HV III:10, (av Joseph Haydn) Stråkkvartett Ess-dur HV III:Es6 Stråkkvartett C-dur HV III:C10, (av Wolfgang Kirmayr) Sex stråkkvartetter HV III:C8, D7, F2, G5, g1, B4 = KV Anh. 20.06, (av Johann Anton Mederitsch) Stråkkvartett D dur HV III:D3, (av Johann Georg Albrechtsberger) Divertimento C-dur HV XIV:4, för piano, 2 violiner & bas (av Joseph Haydn) Kvartett D dur P 117, (troligen av Jean-Baptiste Davaux)
För fem instrument MHBlAndra numreringarBenämningTonartBesättningTillkomsttidAnm59IIb:1P 107PartitaF? -dur2 klarinetter, 2 horn, fagott1762-12-22Ej bevarad187II:1P 108; HV II:C9NotturnoC-dur2 violiner, 2 violor, bas1773-02-17 189II:2P 109NotturnoG-dur2 violiner, 2 violor, bas1773-12-01 199IIa:2P 92DivertimentoB-durOboe, fagott, violin, viola, bas1774-09-18367II:3P 110StråkkvintettF-dur2 violiner, 2 violor, cello1784-05-27 406IIa:3P 94DivertimentoG-durFlöjt, fagott, horn, violin, viola1785-06-17 411II:4P 112DivertimentoF-dur2 violiner, 2 violor, bas1786-06-30 412II:5P 105DivertimentoB-dur2 violiner, 2 violor, cello1786ca 421VIII:x3P 59MarschF-dur2 violiner, 2 violor, bas1786-06-30Inget självständigt verk, ingår i MH 411516IIa:4P 111KvintettEss-durKlarinett, fagott, horn, violin, viola1790-07-04 600IIa:6P 115KvintettC-durViolin, engelskt horn, violoncello piccolo, bas1795-08-03Komponerad 1790-06-08 enligt annan källaAnh. 8IIb:3P 97DivertimentoF-dur2 bassetthorn, 2 valthorn, fagottEj bevarat–– SonataC-durFlöjt, horn, fagott, violin, viola1780cams HR-Zha LXXX.F Kvintetter som tillskrivits Michael Haydn men som ej är autentiska Divertimento G dur HV II:9=P 113, (av Joseph Haydn) Divertimento G dur HV II:G1=P 114, (troligen av Joseph Haydn) Blazin listar ytterligare 3 icke-autentiska verk inom verkkategori IIa
Orkestermusik Divertimenti, serenader, kassationer för större besättningar