Flera konspirationsteorier har uppstått efter 11 september-attackerna. Några menar att statsledningen i USA kände till att attackerna var på väg men att man medvetet inte förhindrade dem. Andra misstänker att det inte var al-Qaida som genomförde attacken utan att några andra var ansvariga. Inte sällan pekas höga amerikanska politiker, till och med George W. Bush, ut som misstänkta. Enligt bland annat tidskriften Popular Mechanics accepteras dessa teorier inte som trovärdiga av politiker, etablerade journalister, forskare eller utredare, som menar att det med all sannolikhet är al-Qaida ensamma som är ansvarigaPopular Mechanics, Debunking the 9/11 Myths: Special Report .

Det finns dock journalister, politiker och anhöriga till avlidna den 11 september, som menar att det finns stora oklarheter kring händelserna, och det finns personer insatta i själva ämnet som själva är kritiska till den etablerade versionen. En av dessa är den mellanösternbaserade journalisten Robert Fisk, en mycket erfaren journalist som intervjuat Usama Bin Ladin ett flertal gånger. Fisk ifrågasätter vissa konspirationsteoretiker, men ifrågasätter själv många händelser som ägde rum vid attackerna. Allt från kollapsen av WTC 7 till påståendet av avsaknad av vrakdelar vid Pentagon-attacken. Dan Rather på CBS menade att journalister inte undersökt omständigheterna efter 11 september ordentligt på grund av anklagelser om avsaknad av patriotism. En av Egyptens mest respekterade journalister, Mohamed Heikal, uttryckte misstro mot utpekandet av Usama Bin Ladin och al-Qaida. Enligt Heikal var al-Qaida bevakade och penetrerade av amerikansk, egyptisk, pakistansk och saudisk underrättelsetjänst. Enligt honom skulle de aldrig kunnat hemlighålla attacken.Det finns flera politiker som uttalat sig kritiskt mot den etablerade versionen. Senatorn Tom Daschle har uttryckt skarp kritik mot Vita huset efter den 11 september. Han uttryckte ”det som jag tror behöver göras nu är att reda ut vad presidenten och Vita huset visste om händelserna som ledde till 11 september, när de visste, och viktigast av allt, vad gjorde de åt det under den perioden”. Senatorn Mark Dayton har också kritiserat den etablerade versionen. Han påstod att Norad (Nordamerikanska flygförsvaret) ”ljög för det amerikanska folket, för kongressen och för 11 septemberkommissionen” för att skapa en förfalskad bild av deras kompetens och organisation när attackerna skedde. Den före detta chefen för pakistanska underrättelsetjänsten Hamid Gul uttryckte redan några dagar efter attackerna, att det skulle vara en kupp som skett. Möjligen av proisraeliska krafter. Han pekade på det misslyckade försvaret av USA:s luftrum som icke troligt, bland annat med tanke på att landet har världens mest sofistikerade flygvapen.

Bland dem som hävdar att den amerikanska regeringen mörklagt eller på något sätt varit inblandad i händelserna finns det gemensamma kravet på en ny och verkligt opartisk utredning, eftersom man anser att 11 september-kommissionen varken tilldelats tillräckliga ekonomiska resurser eller nödvändig tid för att utreda händelserna, att den inte fått fri tillgång till nödvändiga dokument, samt att flera av dess medlemmar är komprometterade av intressekonflikter och jäv. Till och med kommissionens vice ordförande, Lee Hamilton, har i en intervju med News of the world medgivit att "there were all kinds of reasons we think we were set up to fail".Kommissionens slutrapport kritiserades också hårt av flera anhöriga vid ett seminarium 2005, lett av kongressledamoten Cynthia McKinney. Laurie Van Auken, Mindy Kleinberg och Monica Gabrielle var några av de anhöriga som kritiserade en rad punkter kommissionen förbisåg. Punkter som togs upp var bland andra Oklarheter kring den exakta tiden för flight 93-kraschen vid Pennsylvania. De mängder av varningar om terrorattackerna som myndighetspersoner förnekade. Hela 52 varningar från FAA. Oklarheterna kring den misstänkte 20:e kaparen Zacarias Moussaoui och det möjliga misslyckandet att avslöja attackplanerna. Det amerikanska flygförsvarets misslyckande och flygförsvarets övningar som möjligen gjorde försvaret icke fungerande under attackerna. Oklarheterna kring Pentagonkraschen och kommissionens misslyckande att offentliggöra de kameror som fångade händelsen på film. Bland annat kameror på ett hotell och en bensinmack som var riktade mot Pentagon.

Utöver detta gemensamma intresse av vidare utredning av det egentliga skeendet den 11 september 2001, finns två grundläggande teoribildningar om vad vissa kritiker tror hände.

Myndigheterna har avstått från att agera? Den första teoribildningen menar att delar av den amerikanska administrationen och säkerhetstjänsterna hade kännedom om att attackerna var på väg att ske, men valde att inte ingripa, för att kunna utnyttja den sympati och politiska konsensus som attackerna skapade för att starta realpolitiskt motiverade krig mot Afghanistan och Irak. Man pekar ofta på att administrationen genom bland annat Condoleezza Rice förnekade att man fått några som helst varningar om en förestående attack i uttalanden som gjordes efter den 11 september, trots att det senare dokumenterats väl i pressen att man mottagit mängder av varningar, från såväl sina egna underrättelsetjänster som från bland annat de brittiska, franska, ryska, egyptiska, somaliska och israeliska säkerhetstjänsterna.

Bush-administrationen påstår att man inte mottagit några specifika varningar, något som tillbakavisats av 11 Septemberkommissionen11 September rapporten, sidan 254,som bland annat påpekar att Bush den 6 augusti 2001 erhöll en rapport från CIA med titeln "Bin Laden Determined to Strike in U.S.", som nämnde bin Ladins önskan och kapacitet att attackera USA med hjälp av kapade flygplan. I rapporten varnade CIA för att bin Ladin inom några veckor skulle komma att utföra en eller flera attacker mot USA och/eller Israel som skulle "be spectacular and designed to inflict mass casualties against US facilities or interests". Denna rapport diskuterades bland annat under Condoleezza Rices vittnesmål inför 11 september-kommissionen, ett vittnesmål som många av dem som för fram alternativa teorier om händelserna den 11 september 2001 också pekat på som allt annat än förtroendeingivande.

Man har även uppmärksammat de varningar som Frankfurter Allgemeine Zeitung någon dag efter attackerna skrev att USA hade mottagit genom spionnätverket Echelon, varningar för att terrorister från Mellanöstern planerade att kapa flygplan och använda dem som vapen mot viktiga kulturella symboler i USA och Israel och det faktum att NORAD (North American Aerospace Defense Command) under två år före hösten 2001 utförde övningar i vilka man simulerade situationer där kapade flygplan användes som vapen mot olika mål i USA, bland annat World Trade Center.

Det faktum att George W. Bush och Dick Cheney vägrade att ställa upp på offentliga och separata förhör och, efter hårda påtryckningar, endast ställde upp på att utfrågas tillsammans, bakom lyckta dörrar och utan att vara edsvurna, har inte direkt satt stopp för spekulationerna. Dessutom har BBC:s Newsnight anklagat Bush-administrationen för att ha hindrat FBI-agenter från att undersöka bin-Ladins släktingar före 11 september-attackerna. I den amerikanska kongressens utredning angående attackerna, censurerade dåvarande president Bush 28 sidor av den 800-sidor långa rapporten. Den censurerade delen gällde Saudiarabien. Informationen är fortfarande hemligstämplad.

Avslöjandet att amerikansk underrättelsetjänst samarbetat med indiska myndigheter vid krossandet av en terrorcell i Bombay 1995, där mannen som låg bakom bombningen av World Trade Center 1993 greps, och där man avslöjade planer på att kapa flygplan och flyga dem in i bland annat Pentagon, CIA:s högkvarter och World Trade Center, har också höjt en del ögonbryn med tanke på att Bush-administrationen så tydligt hävdat att tanken på att använda flygplan som vapen varit dem (och hela den amerikanska underrättelsetjänsten) så främmande.

De uttalanden som gjorts av Richard A. Clarke, nationell säkerhetsrådgivare åt fyra efter varandra följande presidenter (Ronald Reagan, George H.W. Bush, Bill Clinton och George W. Bush) som hävdat att "alla varningslampor blinkade rött" före 11 september-attackerna, men att George W. Bushs administration inte tog hotet på allvar och att de, efter att attacken var ett faktum, var mer intresserade av att invadera Irak än att få tag på Usama bin Ladin har använts som ytterligare ett indicium på att delar av Bush-administrationen visste mer än de ville tillstå. Clarke har dock aldrig själv hävdat att Bush-administrationen medvetet lät attackerna ske, utan bara att man varit inkompetent och inte tagit hotet från al-Qaida på allvar.

De som hävdar att administrationen och säkerhetstjänsterna avsiktligt lät attackerna ske, pekar ofta på förekomsten av irreguljär handel med aktieoptioner från Boeing, United Airlines och andra företag som drabbades direkt av attackerna, under veckan före den 11 september, som ett bevis för att det måste ha funnits personer med kännedom om attackerna i förväg. Denna irreguljära handel har dokumenterats av israeliska International Policy Institute for Counter-Terrorism, kritiker menar9/11 myths dock att påståendena är överdrivna och att det fanns andra anledningar till att vissa optioner köptes i ovanligt hög utsträckning under dessa dagar, eller att nivåerna i själva verket inte var så höga att man kan dra några slutsatser om insiderhandel, med tanke på att aktier inom flygindustrin haft en nedåtgående börskurva under en längre period före den 11 september 2001.

Den ovanliga handel som förekommit dagarna före 11 septemberattackerna var mellan American airlines och United airlines gällande aktieoptioner. Båda flygbolagen hade flygplan involverade i attackerna, men det förekom ingen sådan ovanlig aktiehandel bland andra flygbolag. John Kinnucan som var anställd vid en telekommunikationsfirma med forskningsinriktning uttryckte ”Jag såg högre siffror än vad jag någonsin sett de senaste tio åren, speciellt inom options-marknaden”. En av de som kritiserats för att ha med denna ovanliga handel att göra är den fd CIA-chefen Buzzy Krongard. Han satt i styrelsen för företaget Alex Brown inc, ett företag som var inblandat i den ovanliga börshandeln.. Investmentbanken Morgan Stanley blev också misstänkt för ovanlig handel med put-optioner. Morgan Stanley hade flera kontor i det förstörda tvillingtornen. Dylan Ratigan vid Bloomberg business news kommenterade handeln med orden ”Det här måste vara en av de mest extraordinära händelserna i mänsklighetens historia, om detta var en tillfällighet”. 11 septemberkommissionen slog i sin slutgiltiga rapport fast att put-optionerna gällande United airlines var placerade av en USA-baserad investerare utan koppling till Al-Qaida.

USA:s politiska ledning medskyldig? Den andra grundläggande teoribildningen för fram ett ännu mer illvilligt scenario än den första - nämligen att delar av den amerikanska administrationen och de amerikanska underrättelsetjänsterna inte bara lät terrorattackerna ske, utan till och med intervenerade själva för att garantera att attackerna skulle lyckas och få önskvärd effekt - av ungefär samma anledningar som angavs för att låta attackerna ske. Men många tillägger att man dessutom vill omforma USA till en polisstat, genom de uppluckringar av rättssäkerheten och rätten till personlig integritet som blir följden av till exempel the Patriot Act. En av de mer otroliga teorierna är att det inte var flygplan som träffade World Trade Center utan hologram i kombination med sprängmedel.

USA:s president Bush var på besök i en skola i Sarasota, Florida, långt bort från attackerna. Enligt vissa sändes han dit för att han inte skulle riskera att dödas i attackerna, eftersom ett fjärde plan skulle krascha in i vita huset. Det nådde däremot aldrig fram.