Karlsö kan syfta på
Stora Karlsö – en ö i Gotlands kommun i Gotlands län Lilla Karlsö – en ö i Östersjön utanför Gotlands västkust Karlsöarna – en gemensam benämning på Stora och Lilla Karlsö Karlsöarna – en före detta ögrupp i Estland, se Paljassaare HMS Karlsö (M59) – en minsvepare i svenska flottan
Se även Karlö (finska: Hailuoto), ö utanför Uleåborg