Mühlhausen kan syfta på:
Mühlhausen, Mittelfranken – en köping i Mittelfranken i Tyskland Mühlhausen im Täle – en kommun i Landkreis Göppingen i Tyskland Mühlhausen, Thüringen – en stad i Tyskland Mühlhausen, Rhein-Neckar – en kommun i Rhein-Neckar-Kreis, Baden-Württemberg i Tyskland Mühlhausen, Oberpfalz – en kommun i Landkreis Neumarkt in der Oberpfalz i Bayern Mulhouse - fransk kommun i departementet Haut-Rhin, med Mülhausen som tyskt namn Mühlhausen – en by i nordvästra Tjeckien, se Nelahozeves