Чемпіонат Словаччини з футболу 1998/99 — 6-й сезон найвищого рівня футбольних дивізіонів Словаччини. Чемпіонський титул вчетверте здобув Слован.
Турнірна таблиця
Примітки: 1. Клуб Дукла взяв участь у Кубку УЄФА 1999—2000 як переможець Кубку Словаччини 1998—1999.
Позначення: bgcolor="#ACE1AF" width=30 — участь у кваліфікаційному раунді Ліги чемпіонів УЄФА 1999—2000
bgcolor="#97DEFF" width=30 — участь у кваліфікаційному раунді Кубка УЄФА 1999—2000
bgcolor="#ccccff" width=30 — участь у Кубку Інтертото 1999
bgcolor="#FFCCCC" width=30 — клуби, що залишили Суперлігу
Найкращі бомбардири Гравець Клуб Голи Мартін ФабушОцета Дукла Тренчин 19 Томаш МедведьРімавска Собота 14
Посилання Чемпіонат Словаччини на rsssf