Sezon 2020/2021 był dla Motoru Lublin 27. sezonem na trzecim szczeblu ligowym.
Przebieg sezonu Letni okres przygotowawczy 15 czerwca nowy, dwuletni kontrakt z opcją przedłużenia o rok podpisał wychowanek Motoru Maksymilian Cichocki. Pierwszym zawodnikiem, który dołączył do drugoligowego zespołu, został Leszek Jagodziński, występujący poprzednio w rezerwach Zagłębia Lubin. Z klubu odeszli Maciej Kraśniewski, Bartosz Rymek, Krystian Kalinowski, Adrian Olszewski, Michał Grunt oraz najlepszy strzelec lubelskiego zespołu w poprzednim sezonie Michał Paluch, który związał się umową z KSZO 1929 Ostrowiec Świętokrzyski. W lipcu i sierpniu do drużyny dołączyli Michał Król (poprz. Wigry Suwałki), Sebastian Madejski (poprz. Olimpia Elbląg), Seweryn Kiełpin (poprz. Stal Mielec), Ariel Wawszczyk (poprz. Olimpia Grudziądz), Daniel Świderski (poprz. Resovia) oraz Paweł Moskwik (poprz. Znicz Pruszków). Dodatkowo na rok wypożyczono 19-letniego obrońcę z Zagłębia Lubin, Michała Bogacza. Piłkarze Motoru do treningów powrócili 8 lipca.
DataPrzeciwnikD/WMiejsceWynikM/PStrzelcyŹródłoPRZEDSEZONOWE MECZE SPARINGOWE15 lipca 2020Orlęta Radzyń PodlaskiD boczne boisko Areny Lublin3:1Ceglarz Swędrowski , zawodnik testowany 18 lipca 2020Ruch ChorzówN Wola Chorzelowska3:1Michota Swędrowski , Kunca 31 lipca 2020Polonia WarszawaDboczne boisko Areny Lublin1:0Jagodziński 8 sierpnia 2020Pogoń SiedlceWSiedlce1:4Swędrowski 16 sierpnia 2020Górnik ŁęcznaWStadion Górnika1:1Kunca 22 sierpnia 2020Stal RzeszówDArena Lublin3:0Grodzicki , Ceglarz , R. Król
Runda jesienna thumb|Mecz trzeciej kolejki Motor – Błękitni Stargard thumb|Stadion Oporowska, Śląsk II Wrocław – Motor Po sześciu latach Motor rozegrał mecz na trzecim szczeblu ligowym. 29 sierpnia na Arenie Lublin mierzył się ze Zniczem Pruszków, który utrzymanie w poprzednim sezonie zapewnił sobie w ostatniej kolejce. W obecności ponad 3,5 tysięcy widzów Motor przegrał 1:2. Honorową bramkę dla lubelskiego zespołu zdobył Piotr Ceglarz. Tydzień później lublinianie odnieśli pierwsze zwycięstwo w drugoligowych rozgrywkach. W wyjazdowym spotkaniu z Olimpią Elbląg wynik w 11. minucie otworzyli gospodarze. W 35. minucie Motor mógł zdobyć wyrównującą bramkę, jednak rzutu karnego, podyktowanego za zagranie ręką elbląskiego obrońcy, nie wykorzystał Sławomir Duda. W drugiej połowie dwukrotnie do siatki Olimpii trafił Filip Wójcik, a jedna bramka dla Motoru, który od 76. minuty grał z przewagą jednego zawodnika, padła ze strzału samobójczego. W meczu trzeciej kolejki przeciwko Błękitnym Stargard, podobnie jak w spotkaniu ze Zniczem, Motor przegrywał do przerwy 0:2. Kontaktową bramkę zdobył w 58. minucie Tomasz Swędrowski, a w doliczonym czasie gry ten sam zawodnik zdobył wyrównującą bramkę, płaskim strzałem po ziemi z rzutu wolnego, wykonywanego z 16 metrów. W wyjazdowym spotkaniu ze Skrą Częstochowa po raz kolejny lubelski zespół zmuszony był odrabiać straty. Cztery minuty po przerwie do wyrównania doprowadził Rafał Król. Motor kończył mecz w osłabieniu po usunięciu z boiska Marcina Michoty, który za faul taktyczny w końcowym fragmencie gry otrzymał drugą żółtą kartkę.
Mecz piątej kolejki pomiędzy Motorem a Garbarnią Kraków na Arenie Lublin transmitowany był przez stację TVP Sport. Spotkanie zakończyło się wynikiem 1:1. Po raz pierwszy w tym sezonie piłkarze Motoru objęli prowadzenie po strzale w 22. minucie Piotra Ceglarza. Goście wyrównali na pięć minut przed przerwą. Wyjazdowy mecz ze Śląskiem II Wrocław zakończył się dla piłkarzy Motoru czwartym remisem z rzędu. Prowadzenie objęli lublinianie po bramce Tomasza Swędrowskiego w 9. minucie, a do wyrównania doprowadził Fabian Piasecki w 43. minucie. Tuż przed przerwą piłkę w siatce umieścił Rafał Król, jednak arbiter dopatrzył się pozycji spalonej. W meczu siódmej kolejki, w którym przeciwnikiem Motoru był inny beniaminek – KKS 1925 Kalisz, lubelski zespół przegrał 0:3. W ósmej kolejce Motor grał na wyjeździe ze spadkowiczem z I ligi – Wigrami Suwałki. Gospodarze wygrali mecz po bramce strzelonej w 63. minucie, po czym wrócili na pozycję lidera II ligi. Spotkanie odbyło się bez udziału publiczności ze względu na włączenie Suwałk w obręb strefy czerwonej. Spotkanie dziesiątej kolejki pomiędzy Motorem a Bytovią Bytów zostało odwołane z powodu wykrycia koronawirusa w lubelskim zespole.
28 października, po tygodniowej kwarantannie, piłkarze Motoru powrócili do wspólnych treningów. W środę, 4 listopada, po niespełna miesięcznej przerwie, lubelski zespół walczył o ligowe punkty ze spadkowiczem z I ligi – Chojniczanką Chojnice. Mecz drużyn, które zagrały ze sobą po raz pierwszy w historii, zakończył się bezbramkowym remisem. W dwunastej kolejce Motor grał ze Stalą Rzeszów i odniósł pierwsze zwycięstwo na Arenie Lublin w sezonie 2020/2021. Bramkę na wagę trzech punktów zdobył Marcin Michota. W kolejnym wyjazdowym meczu Motor walczył z innym beniaminkiem II ligi – Sokołem Ostróda. Spotkanie, które dla obydwu zespołów było pierwszym w historii, zakończyło się zwycięstwem Sokoła. Od 68. minuty Motor grał w dziesiątkę po usunięciu z boiska za drugą żółtą kartkę Marcina Michoty. W zaległym meczu dziesiątej kolejki Motor pokonał Bytovię Bytów 2:1, po czym przesunął się w tabeli na dwunaste miejsce. 22 listopada na Arenie Lublin rywalizowały zespoły, które w sezonie 2019/2020 występowały w grupie IV III ligi. Spotkanie Motoru z Hutnikiem Kraków zakończyło się zwycięstwem lubelskiej drużyny 3:0 po bramkach w drugiej połowie Tomasza Swędrowskiego i Daniela Świderskiego. Dzięki drugiej wygranej z rzędu Motor awansował w tabeli o dwie pozycje.
29 listopada lubelski zespół wyjechał do Katowic na mecz z wiceliderem rozgrywek – GKS-em. Wynik meczu otworzyli gospodarze w 66. minucie, którzy wykorzystali błąd obrony Motoru. Wyrównanie padło w 82. minucie po strzale głową Szymona Raka, jednak to GKS zdobył trzy punkty, dzięki bramce strzelonej w doliczonym czasie gry. Kilka dni później, w środku tygodnia, Motor podejmował rezerwy Lecha Poznań. Spotkanie zakończyło się zwycięstwem lublinian, po bramce Daniela Świderskiego. Ten sam zawodnik zdobył bramkę dającą punkt w wyjazdowym spotkaniu siedemnastej kolejki z wideliderem Górnikiem Polkowice. Gospodarze prowadzenie mogli objąć w 15. minucie, jednak rzut karny wykonywany przez piłkarza Górnika wybronił Sebastian Madejski, który skapitulował dziesięć minut później. Po bramce Świderskiego w 71. minucie Górnik dążył do zdobycia trzech punktów, jednak ostatecznie mecz zakończył się wynikiem 1:1. W ostatnim ligowym meczu w 2020 roku Motor podejmował Pogoń Siedlce. Do 70. minuty lublinianie prowadzili 3:0, jednak w ciągu kolejnych siedmiu minut Pogoń doprowadziła do wyrównania, dzięki dwóm bramkom Miłosza Przybeckiego i jednej Ishmaela Baidoo. 13 grudnia zarząd Motoru podjął decyzję o odsunięciu trenera Mirosława Hajdy od prowadzenia pierwszego zespołu. Zastąpił go Marek Saganowski.
Zimowy okres przygotowawczy Piłkarze Motoru do treningów powrócili 11 stycznia 2021. Pierwszym zawodnikiem, który dołączył do drużyny w przerwie zimowej, został pomocnik Piotr Kusiński, występujący poprzednio w III-ligowym Świcie Nowy Dwór Mazowiecki. 31 stycznia 25-osobowa kadra wraz ze sztabem szkoleniowym udała się na tygodniowe zgrupowanie do Uniejowa. 4 lutego klub poinformował o wystawieniu trzech zawodników na listę transferową – Piotra Darmochwała, Krystiana Kalinowskiego oraz Adama Nowaka. Tydzień później kontrakt z Nowakiem został rozwiązany za porozumieniem stron. Ponadto w lutym do kadry Motoru dołączyli Arkadiusz Najemski z GKS-u Bełchatów oraz Dawid Pakulski, którego wypożyczono do końca sezonu z Zagłębia Lubin.
DataPrzeciwnikD/WMiejsceWynikM/PStrzelcyŹródłoMECZE SPARINGOWE W PRZERWIE ZIMOWEJ19 stycznia 2021Wisła PłockNSiedlce1:2Ropski 23 stycznia 2021Wólczanka Wólka PełkińskaDboczne boisko Areny Lublin4:0Świderski , Ropski , Darmochwał , Ceglarz 27 stycznia 2021Radomiak RadomWRadom3:3Ropski , Rak , Nowak 31 stycznia 2021Legia II WarszawaWKsiążenice3:0Wójcik , Rak 6 lutego 2021ResoviaNRadom3:1Świderski , Ropski , Swędrowski 13 lutego 2021Pogoń SiedlceWSiedlce1:3Swędrowski 13 lutego 2021KSZO 1929 Ostrowiec ŚwiętokrzyskiDboczne boisko Areny Lublin5:0Moskwik , Jagodziński , Bogacz , Ceglarz , Michota 20 lutego 2021Stal Stalowa WolaWStalowa Wola2:1Moskwik , Świderski
Runda wiosenna W pierwszym meczu ligowym rozegranym w 2021 roku, który zarazem kończył I rundę rozgrywek, Motor doznał wyjazdowej porażki z Olimpią Grudziądz 0:1. Dla Olimpii było to pierwsze ligowe zwycięstwo od listopada 2019. Tydzień później Motor rozegrał pierwsze spotkanie rundy rewanżowej w Pruszkowie, z tamtejszym Zniczem, odnosząc zwycięstwo po bramce Piotra Ceglarza w 85. minucie. W takim samym stosunku zakończył się mecz 21. kolejki z Olimpią Elbląg, rozegranym na Arenie Lublin. Lubelski zespół zwyciężył dzięki trafieniu Ariela Wawszczyka w 87. minucie. W Stargardzie Motor przegrywał do przerwy z Błękitnymi 0:1, jednak w drugiej połowie do wyrównania strzałem głową doprowadził Daniel Świderski. W 75. minucie dogodnej sytuacji nie wykorzystał pomocnik gospodarzy Mateusz Bochnak, a chwilę później Tomasz Swędrowski uderzył w słupek. Ostatecznie mecz zakończył się wynikiem 1:1. Po tym spotkaniu strata Motoru do szóstego miejsca, dającego grę w barażach, wynosiła cztery punkty.
19 marca zarząd klubu poinformował o potwierdzonych przypadkach zakażenia koronawirusem wśród piłkarzy i sztabu szkoleniowego, w związku z czym mecze dwudziestej trzeciej kolejki ze Skrą Częstochowa i dwudziestej czwartej kolejki z Garbarnią Kraków zostały przełożone na późniejszy termin. 28 marca zespół zakończył kwarantannę i rozpoczął przygotowania do spotkania z rezerwami Śląska Wrocław, które przegrał 2:3. W zaległym meczu dwudziestej trzeciej kolejki Motor zremisował bezbramkowo na własnym stadionie ze Skrą Częstochowa. 10 kwietnia w Kaliszu, w konfrontacji beniaminków, Motor zremisował z KKS-em 1:1, tracąc bramkę w doliczonym czasie gry. Cztery dni później po raz dziesiąty w historii spotkały się ze sobą zespoły Motoru i Wigier Suwałki. Na Arenie Lublin walczący o awans do I ligi goście objęli prowadzenie w pierwszej połowie spotkania, po bramce najlepszego strzelca Wigier Kamila Adamka. W drugiej części pomimo przewagi Motoru i stworzeniu kilku dogodnych sytuacji na strzelenie wyrównującego gola, wynik nie uległ zmianie.
W zaległym spotkaniu dwudziestej czwartej kolejki Motor przegrał na wyjeździe z Garbarnią Kraków 1:2 W 11. minucie boisko opuścił Marcin Michota, który zerwał więzadła krzyżowe w kolanie. 24 kwietnia po sześciu meczach bez zwycięstwa zespół udał się do Bytowa, na starcie z tamtejszą Bytovią. Pierwsza połowa zakończyła się bezbramkowym remisem. Po przerwie przewagę osiągnęli gospodarze, jednak w 74. minucie po dośrodkowaniu Filipa Wójcika, Paweł Moskwik zdobył zwycięską bramkę dla Motoru. Cztery dni później Motor gościł walczącą o bezpośredni awans do I ligi Chojniczankę Chojnice, którzy do przerwy prowadzili 1:0 po bramce Adama Ryczkowskiego. W 53. minucie obrońca gości sfaulował w polu karnym Tomasza Swędrowskiego i prowadzący to spotkanie sędzia podyktował rzut karny, którego na bramkę zamienił Rafał Król. W 57. minucie Motor wyszedł na prowadzenie po strzale z rzutu wolnego Swędrowskiego. Po stracie drugiej bramki piłkarze z Chojnic osiągnęli przewagę i w efekcie doprowadzili do wyrównania w 65. minucie za sprawą Ryczkowskiego. Pomimo kilku groźnych sytuacji Chojniczanki, mecz zakończył się wynikiem remisowym.