Podczas sprawowania administracji nad lednickimi wiernymi przez parafię Nowy Gawłów doszło do znacznego pogorszenia się sytuacji zboru. Z poprzednich 15 funkcjonujących tam gospodarstw pozostało 7, prowadzono jedynie dwa nabożeństwa rocznie, a koszta związane z działaniem własnej szkoły przekraczały możliwości finansowe wiernych. Prowadzeniem pogrzebów i chrztów dla ewangelików zajmowali się ponadto duchowni z parafii rzymskokatolickiej w Wieliczce.
Wobec zaniedbań wiernych czynionych przez parafię gawłowską, od 1872 Lednica została przyłączona do parafii w Krakowie. W związku z asymilacją członków zboru, w przeprowadzonym w 1890 na terenie Galicji spisie powszechnym wszyscy ledniccy ewangelicy zadeklarowali posługiwanie się językiem polskim. W 1900 roku natomiast 98 ewangelików (z 248 mieszkańców) w Lednicy Niemieckiej również zadeklarowało język polski jako język potoczny
W 1904 został otwarty nowy budynek szkoły. Jednak w 1907 placówka została zamknięta w wyniku problemów finansowych w związku z utrzymaniem nauczyciela. Od tej pory w dawnej siedzibie szkoły odbywały się jedynie lekcje religii, które prowadził dojeżdżający tam ksiądz. Szkoła stała się w 1910 instytucją publiczną.