Zasadniczą rolę w procesie wytwarzania sake odgrywa grzyb (pleśń) o łacińskiej nazwie Aspergillus oryzae. Jego japońska nazwa to Nihon kōjikabi (日本麹黴), kōjikin lub kikukin (麹菌). W jednych klasyfikacjach jest on traktowany m.in. jako odmiana grzyba należącego do gatunku Aspergillus flavus (pol. Kropidlak żółty), a w innych oba mogą być ekotypami tych samych gatunków, A. oryzae jest zaś rezultatem udomowienia A. flavus. W opisach technologicznych, recepturach i informatorach w języku angielskim używana jest krótka forma kōji (麹). Słowo to oznacza ryż po zakończeniu parowania i skażeniu go zarodnikami tej pleśni. Dokonuje się tego w specjalnych pomieszczeniach, zamkniętych i sterylnych. Ryż jest układany na długich stołach, a doświadczony pracownik potrząsając pojemnikiem, rozsypuje zarodniki pleśni na ryż.
Ten rodzaj pleśni przydatny w sporządzaniu niektórych potraw i napojów alkoholowych jest znany na Dalekim Wschodzie od bardzo dawna. Pierwszy jej opis zanotowano w 300 roku p.n.e. w chińskiej księdze Zhou li. Natomiast w przypadku Japonii o kōji wspomniano po raz pierwszy (i po raz pierwszy poza Chinami) w 725 roku w raporcie Fudoki („Opisy obyczajów i ziem”) dotyczącym prowincji Harima (obecnie część prefektury Hyōgo).