Z powodu swoich poglądów naraził się na ostrą krytykę władz Kościoła katolickiego. W wielu miejscach Europy zwalczano rozpowszechnianie jego dzieł, palono je na stosie, jego samego zaś oskarżano o herezję (na jego pogrzebie nie zjawił się żaden katolicki duchowny). Papież Paweł IV w 1559 zaliczył wszystkie jego dzieła do pierwszej kategorii ksiąg zakazanych. Sankcje te zostały kilka lat później częściowo złagodzone przez Sobór Trydencki, nadal jednak większość z tych dzieł podlegała mniej lub bardziej restrykcyjnej cenzurze. Jednak nie wszyscy hierarchowie byli mu nieprzychylni. Do jego przyjaciół zaliczał się m.in. kardynał Jan Fisher (przyszły święty). Papież Paweł III (1534–1549) w 1535 roku zaproponował mu nawet kapelusz kardynalski. Erazm odmówił przyjęcia tej nominacji z uwagi na zły stan zdrowia.
Doktryna polityczna Republikanizm – krytykował szlachectwo bez cnoty, snobizm i godności duchowe bez pobożności oraz wiedzy, jak również demoralizację kleru, a także instytucję monarchii dziedzicznej.
Pacyfizm – uważał, że wojna jest sprzeczna z filozofią świata i występuje przeciwko naturze człowieka, który jest stworzony do życia w pokoju. Wojna niszczy prawa moralne, zasady religijne i wartości kulturalne.