Kontynuował tę działalność również po wykroczeniu Niemców w czasie operacji Barbarossa w 1941 i ponownym zajęciu Łatgalii przez Sowietów w 1944 roku, ukrywając mężczyzn, którzy dostali powołanie do armii niemieckiej lub sowieckiej.
Przy jego udziale na Czarcim Bagnie w pobliżu Vanagi powstały cztery bunkry, w których kwaterował ponad 20-osobowy oddział partyzancki, a kolejnych siedmiu mężczyzn przebywało na plebanii. 28 stycznia 1945 roku plebania i kościół w Vanagi zostały zaatakowane przez grupę operacyjną NKWD, jednak partyzanci przy pomocy uzbrojonych parafian odparli ten atak.. Po tym wydarzeniu ks. Juchniewicz zszedł do podziemia. Przyjął pseudonimy „Vientulis” i „Monakus”. Następnie organizował kolejne oddziały partyzantki niepodległościowej. W połowie sierpnia 1945 roku wspólnie z Kārlisem Blūmsem i Jānisem Zelčānsem utworzył Łotewskie Zjednoczenie Strażników (Partyzantów) Ojczyzny, które miało być scentralizowaną organizacją koordynującą działalność różnych oddziałów partyzanckich. Ks. Juchniewicz został pierwszym przewodniczącym jego prezydium i pierwszym dowódcą pionu wojskowego organizacji..