thumb|upright=0.7|left|Wczesny „Ioachimsthaler” bity w imieniu Ludwika II, z postacią św. Joachima na rewersie (1525). W 1515 roku Jagiellonowie zawarli układ wiedeński z Habsburgami, dotyczył on dziedziczenia tronu przez austriackich władców w przypadku wygaśnięcia Jagiellonów czesko-węgierskich. W 1516 roku na tronie zasiadł małoletni syn zmarłego Władysława – Ludwik Jagiellończyk.
Za rządów Ludwika wyczerpane już były złoża srebra w Kutnej Horze, jednak odkryto nowe w leżącym w Rudawach Jáchymowie (). Z dobywanego od 1516 roku tam srebra rozpoczęto bicie nowej monety talara.
W 1526 roku młody król zginął w bitwie pod Mohaczem, walcząc przeciwko Osmanom.
Okres Habsburski
Po bezpotomnej śmierci Ludwika na tron został wybrany Ferdynand I Habsburg. Panowanie Habsburgów przyniosło Czechom ograniczenie przywilejów stanowych oraz swobód religijnych, mimo zagwarantowania w 1609 roku przez cesarza Rudolfa II wolności religijnej protestantów w liście majestatycznym. W 1618 roku protestanci wyrzucili przez okna zamku na Hradczanach dwóch namiestników nowego króla Ferdynanda II (tzw. defenestracja praska 1618 r.), co stało się bezpośrednią przyczyną wybuchu wojny trzydziestoletniej 1618–1648. Po śmierci Macieja II w 1619 roku stany nie uznały następstwa Ferdynanda II i powołały na tron władcę Palatynatu Fryderyka Wittelsbacha.