W bitwie na Białej Górze 8 listopada 1620 wojska cesarskie pobiły armię powstańczą. W następstwie klęski przywileje stanów czeskich uległy drastycznemu ograniczeniu. Poza Śląskiem zniesiono swobody religijne, chłopi popadli w poddaństwo osobiste. W konstytucji Odnowiony porządek ziemski () Habsburgowie znieśli uprzywilejowaną pozycję jęz. czeskiego, narzucili rządy absolutne i dziedziczność tronu, a czeską arystokrację zastępowali oddanymi dynastii cudzoziemcami. Przymusowa rekatolicyzacja Czech w latach 1627–1657 wywołała masową emigrację protestantów. Do Rzeczypospolitej wyemigrował wówczas m.in. Jan Ámos Komenský. W ramach kontrreformacji powstawały nowe, jezuickie kolegia i uniwersytety, w 1573 roku w Ołomuńscu, a w 1702 we Wrocławiu.
W latach 1599–1711 granica między współczesnymi Czechami a Słowacją była często narażona na najazdy Imperium Osmańskiego i jego wasali (zwłaszcza Tatarów i Siedmiogrodzian).