Na miejsce starej protestanckiej szlachty czeskiej była osadzana nowa szlachta katolicka, pochodząca często z Austrii lub innych krajów niemieckich i w większości niemieckojęzyczna. W wiekach XVII–XVIII obszar Korony Czeskiej zmniejszał się. W 1635 roku jeszcze za panowania Ferdynanda II na mocy pokoju praskiego utraciło ono na rzecz Saksonii Łużyce.

Po przegranych przez cesarzową Marię Teresę wojnach śląskich 1740–1745 większa część Śląska wraz z hrabstwem kłodzkim przypadła Królestwu Prus. Zmagania wojenne znowu toczono na ziemiach czeskich.

Reformy Marii i jej syna Józefa II (tzw. Reformy józefińskie), zwłaszcza ograniczenie pańszczyzny, zniesienie poddaństwa i liczne kasaty majątków kościelnych, stworzyły w Czechach na przełomie XVIII i XIX w. warunki do stopniowego rozwoju gospodarki kapitalistycznej. Pomimo utraty Śląska, Czechy pozostały najlepiej rozwiniętym ekonomicznie krajem monarchii Habsburgów (budżet armii cesarskiej w 50% finansowany był przez ziemie królestwa);