Wojna trzydziestoletnia spowodowała w Czechach znaczne straty populacyjne (śmierć 1/3 ludności) i gospodarcze. Nastąpił upadek miast. Doszło także do zmian etnicznych, gdyż działania wojenne pustoszył głównie nizinne tereny zamieszkałe przez ludność czeską. Konsekwencją klęski Czechów na Białej Górze w 1620 roku była przymusowa rekatolicyzacja kraju, emigracja ludności protestanckiej, likwidacja monarchii elekcyjnej i zaprowadzenie sterowanego z Wiednia absolutyzmu. Chociaż Czechy były dalej formalnie niepodległym krajem, to faktycznie stały się częścią monarchii habsburskiej, związku państw połączonych wspólną rodziną panującą, z dominującą pozycją Austrii. Czechy nadal należały do Świętego Cesarstwa Rzymskiego, a jako król Czech, władca monarchii habsburskiej posiadał status elektora przy wyborze cesarza. Wraz z rekatolicyzacją doszło także do niemal całkowitej germanizacji szlachty i mieszczaństwa. Większość protestanckiej szlachty czeskiej emigrowała za granicę, a jej majątki na ziemiach czeskich były konfiskowane. Wielu czeskich mieszczan przeszło na judaizm, będący wówczas jedyną legalną alternatywą wobec katolicyzmu. Dorobek kulturalny protestantów uległ w znacznej mierze zniszczeniu, palono protestanckie książki i dzieła sztuki.